#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 19, 2024; 5:31 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Dijoux L., Verbruggen H., Mattio L., Duong N., & Payri C.E. 2012. Diversity of Halimeda (Bryopsidales, Chlorophyta) in New Caledonia: a combined morphological and molecular study. Journal of Phycology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12336] BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Avrainvillea_lacerata 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5309 (NC)' 'Halimeda borneensis AM049955 (FP)' 'Halimeda copiosa EF667065 (Jam)' 'Halimeda cryptica EF667057 (Jam)' 'Halimeda cylindracea (morphotype A) IRD 5326 (NC)' 'Halimeda discoidea ( morphotype G) IRD 5306 (NC)' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5303 (NC)' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5305 (NC)' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5307 (NC) a' 'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5320 (NC)' 'Halimeda fragilis (morphotype D ) IRD 5318 (NC)' 'Halimeda fragilis EF667058 (Guam)' 'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 5312 (NC)' 'Halimeda gracilis AM049965 (FP)' 'Halimeda gracilis AY826365 (FP)' 'Halimeda gracilis FJ624727 (Phi)' 'Halimeda gracilis FJ624731 (Flo)' 'Halimeda heteromorpha (morphotype O) IRD 5330 (NC)' 'Halimeda kanaloana (morphotype P) IRD 5323 (NC) a' 'Halimeda lacrimosa FJ624730 (Bah)' 'Halimeda lacunalis ( morphotype F) IRD 5316 (NC)' 'Halimeda lacunalis (morphotype F) IRD 5317 (NC)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5304 (NC)' 'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5308 (NC)' 'Halimeda macroloba AM049960 (Tanz)' 'Halimeda magnidisca FJ624536 (Aust)' 'Halimeda melanesica AM049961 (Phi)' 'Halimeda micronesica (morphotype E) IRD 4862 (Mal)' 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5299 (NC)' 'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5351 (NC)' 'Halimeda minima FJ624669 (Guam)' 'Halimeda pygmaea EF667062 (Fiji)' 'Halimeda renschii FJ624691(Tanz)' 'Halimeda simulans AM049963 (Jam)' 'Halimeda sp. (morphotype D) IRD 5300 (NC)' 'Halimeda sp.(morphotype D) IRD 5319 (NC)' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 4861 (Mal)a' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5313 (NC)' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5314 (NC)' 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5315 (NC)' 'Halimeda velasquezii (morphotype R) IRD 5296 (NC)' 'Halimeda velasquezii FJ624698 (Phi)' 'Halimeda xishaensis (morphotype Q) IRD 4867 (Mal)' ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M11441] TITLE 'Halimeda tufa+ rbcl concatened Matrix'; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1576; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Avrainvillea_lacerata AAAAACATGATTACAGGTGCTGCCCAAATGGATGGTGCTATATTAGTTGTTTCAGGAGCGGATGGTCCAATGCCTCAAACAAAAGAACATATCTTATTGGCTAAACAAGTAGGTGTTCCATCTATTGTAGTTTTCTTAAATAAAATTGATCAAGTTGATGACAATGAATTATTAGAACTCGTAGAAGTAGAAGTACGTGAAACTCTTAGTCAGTATGATTTTCCAGGTGATAATATTCCAGTTATTACAGGATCAGCTTTAAAGGCTTTAAACGTATTAAGTGAAAAACCTAAAACCTTAAAAAATGAGAACGAATGGGTTGATAAAATTTATGATTTAATGGAACAGGTTGATAAATATATTCCTTTACCAAAACGTGATATTGATAAACCTTTTTTAATGGCTATAGAAAATGTTGTTTCTATTACAGGTCGTGGCACGGTTGTAACAGGTCGAGTAGAACGCGGTATTATTAAAATTGGGGAATCCGTTGAAATTGTTGGTTTAGAAGAAACAAAAACTACAACAGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTTATGCTGGAGACAATGTTGGTATTTTATTGAGAGGAATTCAAAAAACGGATGTTCAGAGAGGAATGGTATTAGCAAAACCTGGTTTTATGACTCCGCATACAAGTTTTGAAGCACAAGTTTATGTATTAAAAAAAAATGAAGGTGGTAGACATACATCCTTTTTTGCAGGATATAGACCACAGTTTTATGTACGAACAACAGATGTTACAGGCAAAATAGCATCCTTTAGAGCAGATGACGATAGTGAAATAAAGATGGTAATGCCGGGAGATCGGGTTAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GATTATCGTTTAACATATTATACACCAGATTATCAAGTGAAAGATACTGATATTTTAGCTGCTTTTCGAATGACACCACAACCCGGAGTACCCCCTGAAGAAGCAGGTGCAGCTGTTGCAGCTGAATCATCAACAGGTACATGGACAACTGTTTGGACAGATGGATTAACAAGTTTAGATAGTTATAAGGGTCGTTGTTATGACATCGAACCAGTAGCAGGTGAAGAAAATCAATATATTGCTTATGTTGCTTATCCATTAGATCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACAAATTTATTTACTTCGATTGTTGGAAATGTTTTTGGTTTTAAAGCTTTAAGAGCATTAAGATTAGAAGATTTAAGAATTCCCCCGGCTTATGTTAAAACGTTTCAAGGACCACCACACGGTATCCAAGTTGAACGTGATAAGTTAAATAAATATGGTCGTTCACTTCTTGGCTGTACTATTAAACC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 'Halimeda borneensis (morphotype B) IRD 5309 (NC)' ???AATATGATCACAGGAGCAGCGCAAATGGATGGAGCCATTTTAGTGGTCTCAGGTGCTGATGGGCCTATGCCACAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTGCCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAGGTAGATGATGCAGATTTACTTGAACTTGTTGAGCTTGAAATTCGAGAAACTTTAGATAGATATGATTTTCCAGGAGATGATATTCCTATCATAAGTGGATCAGCTTTAGCTGCTGTCGAAGCTTTAACTACAAATCCGATGATCCAAAGAGGAGAAAACGAATGGGTAGATAAAATCTATAAATTGATGGATGTTATTGATGAAGAAATTCCTCTTCCGCCTCGAAGTACAGATAAAGATTTTCTTATGGCCGTTGAAAATGTTGTTTCTATTACAGGTCGGGGAACAGTTGCTACAGGTCGAGTTGAAAGGGGTCAAATAAAAGTTGGACAAAATATTGAAATTGTAGGTCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACTGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTGGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTGTTCAAAAAAATGAAATTCAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCAGGGTCTATTACACCTCATACACGTTTCAAAGCTCAAGTATATATTTTGAAAAAAGATGAAGGTGGGCGTCATACTTCTTTTGTAGCAGGTTATCGACCGCAATTTTATGTACGAACTACAGATGTTACTGGAAAAATTGACTCTTTTCAAGGAGACGACGATAGTGAAATCCGTATGGTTATGCCAGGTGACCGAGTAAAAATTA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTGTTAAAGATTATCGTTTAACATATTATACACCAGAATATCAAGTATTAGATACAGACATTCTTGCAGCTTTTCGAATGACACCTCAACCAGGTGTTCCACCTGAAGAAGCAGGTGCTGCAGTAGCTGCTGAATCATCAACGGGAACATGGACAACAGTTTGGACAGATGGATTAACAAGTTTAGACAGATACAAAGGTCGTTGCTATGATATTGAAGCAGTAGCTGGTGAAGAAAATCAATATATTGCTTATGTAGCATATCCATTAGACCTTTTCGAAGAAGGTTCTGTAACAAATTTATTTACTTCAATTGTTGGAAATGTTTTCGGATTTAAAGCATTAAGAGCATTGCGTCTTGAAGATTTACGTATTCCTCCATCTTATGTAAAAACATTCCAAGGTCCACCTCACGGTATTCAAGTAGAGCGTGACAAATTGAATAAATATGGACGTCCTTTTTTAGGTTGTACAATTAAGCCAAAATTAGGTCTTTCTGCTAAGAATTATGGACGTGCTGTTTATGAAGGTTTAAGAGGTGGTTTAGATTTCACAAAAGATGATGAAAATGTAAATTCACAACCTTTTATGCGTTGGCGTGATCGTTTCCTTTTTGTTGCGGAAGC 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'Halimeda copiosa EF667065 (Jam)' 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'Halimeda cryptica EF667057 (Jam)' 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'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5303 (NC)' 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'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5307 (NC) a' 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'Halimeda discoidea (morphotype G) IRD 5320 (NC)' 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'Halimeda fragilis (morphotype D ) IRD 5318 (NC)' 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'Halimeda gracilis (morphotype K) IRD 5312 (NC)' 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'Halimeda gracilis FJ624731 (Flo)' 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'Halimeda kanaloana (morphotype P) IRD 5323 (NC) a' 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'Halimeda lacrimosa FJ624730 (Bah)' 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'Halimeda lacunalis ( morphotype F) IRD 5316 (NC)' 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'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5304 (NC)' 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'Halimeda macroloba (morphotype C) IRD 5308 (NC)' 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'Halimeda melanesica AM049961 (Phi)' 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'Halimeda micronesica (morphotype E) IRD 4862 (Mal)' 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'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5299 (NC)' 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'Halimeda minima (morphotype L) IRD 5351 (NC)' 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'Halimeda minima FJ624669 (Guam)' 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'Halimeda pygmaea EF667062 (Fiji)' 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'Halimeda renschii FJ624691(Tanz)' 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'Halimeda simulans AM049963 (Jam)' 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'Halimeda sp. (morphotype D) IRD 5300 (NC)' AAAAATATGATTACTGGAGCAGCGCAAATGGATGGTGCTATTTTAGTAGTTTCTGGTGCTGATGGACCTATGCCACAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTTCCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAAGTAGATGATAAAGAATTACTGGAACTTGTTGAATTAGAAATTAGGGACACTTTAAATCAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTGCAATTATAAGTGGATCAGCTTTAGCTGCTGTCGAGGCATTAACAACAAATCCAATGATTCAAAGAGGAGAAAATGAATGGGTTGATAAAATTTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAAGAAATTCCTCTACCACCTAGAAATACAGAAAAAGATTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCAATTACGGGTCGTGGAACAGTTGCAACAGGTCGCGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTTGGTGAAACGATTGCAATAGTTGGTCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACGGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGAGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTATTCAAAAAAATGACATTCAACGCGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCAATTACACCTCATACACGTTTTAAAGCTCAAGTCTATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTAGCAGGTTATCGACCACAATTTTATGTTCGAACTACAGATGTAACTGGAAAAATTGATTCATTTCAAGGGGATGATAATAGTGAAATTCGTATGGTTATGCCCGG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTGTTAAAGACTATCGTTTAACATATTATACACCAGAATATCAAGTATTAGACACAGATATTCTTGCAGCCTTTCGAATGACACCTCAACCAGGAGTTCCTCCTGAAGAAGCTGGTGCTGCTGTAGCTGCTGAATCATCAACAGGAACATGGACAACAGTTTGGACAGATGGACTAACAAGTTTAGATAGATACAAAGGTCGTTGTTATGATATTGAAGCAGTTGCTGGTGAAGAAAATCAGTATATTGCTTACGTAGCATATCCTTTAGATCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTAACAAATTTATTTACTTCAATTGTTGGAAACGTTTTTGGATTTAAAGCATTAAGAGCATTACGCCTTGAAGATTTACGTATTCCTCCATCTTATGTAAAAACATTTCAAGGGCCGCCTCATGGTATTCAAGTAGAACGTGATAAACTTAATAAATATGGTCGTCCTTTTTTAGGTTGTACAATTAAGCCAAAATTAGGCCTTTCAGCTAAAAATTATGGACGTGCTGTTTATGAAGGTTTACGAGGAGGTTTAGATTTTACAAAAGATGATGAAAATGTTAATTCACAACCTTTTATGCGTTGGCGTGATCGTTTCCTTTTTGTAGCAGAAGC 'Halimeda sp.(morphotype D) IRD 5319 (NC)' AAAAATATGATTACTGGAGCGGCGCAAATGGATGGTGCTATTTTAGTAGTCTCTGGTGCTGATGGACCTATGCCACAAACAAAAGAACATATTTTATTAGCACAACAAGTTGGAGTTCCTGCTATTGTTGTTTTTCTTAATAAAATTGATCAAGTAGATGATAAAGAATTACTGGAACTTGTTGAATTAGAAATTAGAGATACTTTAAATCAATATGATTTTCCAGGTGATGATATTGCAATTATAAGTGGATCAGCTTTAGCTGCTGTTGAAGCATTAACAACAAATCCAATGATTCAAAGAGGAGAAAATGAATGGGTTGATAAAATTTATAAATTAATGGATGTTATTGATGAAGAAATTCCTCTGCCACCTCGAAATACAGAAAAAGATTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCAATTACGGGTCGGGGAACAGTTGCAACAGGTCGAGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTTGGTGAAACTATTGAAATAGTTGGTCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACGGTTATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGAGATAATGTTGGTATTTTATTACGTGGTATTCAAAAAAATGACATTCAACGCGGTATGGTTTTAGCAAAACCTGGTTCAATTACACCTCATACACGTTTTAAAGCTCAAGTCTATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTAGCTGGTTATCGACCACAATTTTATGTTCGAACTACAGATGTAACTGGAAAAATTGATTCATTTCAAGGGGATGATAATAGTGAAATTCGTATGGTAATGCCCGGAGATCGAGTGAAAATTATTG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTGTTAAAGACTATCGTTTAACATATTATACACCAGAATATCAAGTATTAGACACAGATATTCTTGCAGCCTTTCGAATGACACCTCAACCAGGAGTTCCTCCTGAAGAAGCTGGTGCTGCTGTAGCTGCTGAATCATCAACAGGAACATGGACAACAGTTTGGACAGATGGACTAACAAGTTTAGATAGATACAAAGGTCGTTGTTATGATATTGAAGCAGTTGCTGGTGAAGAAAATCAGTATATTGCTTACGTAGCATATCCTTTAGATCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTAACAAATTTATTTACTTCAATTGTTGGAAACGTTTTTGGATTTAAAGCATTAAGAGCATTACGCCTTGAAGATTTACGTATTCCTCCATCTTACGTAAAAACATTTCAAGGGCCGCCTCATGGTATTCAAGTAGAACGTGATAAACTTAATAAATATGGTCGTCCTTTCTTAGGTTGTACAATTAAACCAAAATTAGGCCTTTCAGCTAAAAATTATGGACGTGCTGTTTATGAAGGTTTACGAGGTGGTTTAGATTTTACAAAAGATGATGAAAATGTTAATTCACAACCTTTTATGCGTTGGCGTGATCGTTTCCTTTTTGTAGCAGAAGC 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 4861 (Mal)a' ???AACATGATCACTGGAGCGGCTCAAATGGATGGGGCAATTCTAGTAGTTTCTGGTGCTGATGGGCCAATGCCTCAAACAAAAGAACATATATTATTAGCCCAACAAGTAGGTGTGCCAGCTATAGTTGTTTTCTTGAATAAAATTGATCAGGTTGATGATAAAGATTTATTAGAACTTGTGGAACTTGAAATTCGAGAAACTTTAGACCGCTATGATTTTCCAGGAGATGAGATTCCAATAATTAGTGGTTCAGCATTAGCAGCAGTGGAAGCATTAACAACAAATCCAATGATTCAAAGAGGTGAAAATGAATGGGTTGATAACATCTATAAATTAATGGATATTATTGATGATGAAATACCTCTGCCACCTCGAAATACAGAAAAAGATTTTTTAATGGCAATTGAAAATGTTGTTTCAATAACAGGTCGAGGAACAGTTGCTACAGGCCGAGTTGAAAGAGGTCAAATAAAAGTAGGACAAACTGTTGAAATTGTAGGCCTTAAAGAAACAAAAGAAACAACTGTAATTGGACTTGAAATGTTTCAAAAAACATTAGAAGAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGGTGTTTTATTACGTGGTATTCAAAAAAATCAAATTGAACGTGGTATGGTTTTGGCAAAACCAGGTTCTATTACACCTCATACTCGTTTTAAAGCTCAAGTCTATATTTTAAAAAAAGATGAAGGTGGACGTCATACTTCTTTTGTTGCAGGTTATAGACCACAATTTTATGTTCGAACAACAGATGTTACTGGTAAAATTGATTCTTTTCAAGGAGATGACGATAGTGTGATTCGTATGGTAATGCCAGGAGATCGAGTAAAAAT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCAAGTCTTAGATACTGACTTCCTTGCAGCTTTTCGAATGACACCTCAACCAGGTGTTCCTCCTGAAGAAGCTGGTGCTGCAGTAGCTGCCGAATCATCAACAGGAACATGGACAACGGTTTGGACAGATGGACTAACAAGTTTAGATAAATACAAAGGTCGTTGCTATGATATTGAAGCAGTTGCTGGAGAAGAAAACCAATATATTGCTTATGTAGCATATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTAACGAACTTGTTTACTTCAATCGTTGGAAACGTTTTTGGCTTCAAAGCATTACGTGCATTACGACTTGAAGATTTACGTATTCCACCATCTTATGTTAAAACATTCCAAGGACCACCTCACGGTATTCAAGTAGAACGTGATAAATTGAATAAATATGGTCGTCCTTTTTTAGGTTGTACTATTAAGCCAAAATTAGGTCTTTCAGCTAAAAATTATGGACGTGCTGTTTATGAATGTTTAAGAGGTGGACTTGATTTTACAAAAAGACGATGAAAATGTAAATTCACAACCTTTTATGCGTTGGCGTGATCGTTTTCTTTTTGTTGCTGA?? 'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5313 (NC)' 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'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5314 (NC)' 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'Halimeda taenicola (morphotype J) IRD 5315 (NC)' 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'Halimeda velasquezii (morphotype R) IRD 5296 (NC)' 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'Halimeda velasquezii FJ624698 (Phi)' 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'Halimeda xishaensis (morphotype Q) IRD 4867 (Mal)' 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