#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 23, 2024; 7:05 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Alexander P., Windham M., Beck J., Al-shehbaz I.A., Allphin L., & Bailey C.D. 2012. Molecular phylogenetics and taxonomy of the genus Boechera and related genera (Brassicaceae: Boechereae). Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12814] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=91; TAXLABELS Anelsonia_eurycarpa_083 Anelsonia_eurycarpa_098 Boechera_arcuata_354a Boechera_breweri_subsp._breweri_350a Boechera_breweri_subsp._shastaensis_352a Boechera_canadensis_288 Boechera_canadensis_298 Boechera_cobrensis_120 Boechera_collinsii_009a Boechera_collinsii_359a Boechera_crandallii_003a Boechera_cusickii_B103 Boechera_davidsonii_086 Boechera_dentata_403 Boechera_dentata_404 Boechera_dispar_355a Boechera_evadens_306a Boechera_fendleri_226b Boechera_fendleri_229a Boechera_fernaldiana_subsp._fernaldiana_007a Boechera_fernaldiana_subsp._vivariensis_028 Boechera_formosa_041 Boechera_glaucovalvula_349c Boechera_gracilipes_174 Boechera_gracilipes_347a Boechera_howellii_312a Boechera_johnstonii_126b Boechera_koehleri_351a Boechera_laevigata_095 Boechera_laevigata_284 Boechera_lasiocarpa_010a Boechera_lemmonii_313a Boechera_lignifera_213 Boechera_lincolnensis_142 Boechera_lyallii_314a Boechera_lyallii_B242 Boechera_missouriensis_245 Boechera_missouriensis_283a Boechera_nevadensis_013a Boechera_oxylobula_004 Boechera_oxylobula_005 Boechera_pallidifolia_069 Boechera_pallidifolia_331a Boechera_pallidifolia_B335 Boechera_parishii_335a Boechera_pendulina_015 Boechera_pendulina_168 Boechera_pendulocarpa_118a Boechera_pendulocarpa_342a Boechera_perennans_016 Boechera_perennans_133 Boechera_platysperma_017a Boechera_polyantha_360a Boechera_polyantha_361a Boechera_puberula_018a Boechera_puberula_167 Boechera_pulchra_144 Boechera_pygmaea_401b Boechera_rectissima_270 Boechera_rectissima_356a Boechera_repanda_308b Boechera_repanda_357a Boechera_retrofracta_170 Boechera_rollei_311a Boechera_schistacea_147 Boechera_serotina_094 Boechera_serpenticola_187 Boechera_serpenticola_358a Boechera_shockleyi_022a Boechera_sparsiflora_002a Boechera_sparsiflora_023a Boechera_spatifolia_124a Boechera_spatifolia_322a Boechera_stricta_025a Boechera_stricta_400a Boechera_subpinnatifida_148 Boechera_suffrutescens_027 Boechera_texana_150d Boechera_tiehmii_310a Boechera_villosa_180 Boechera_williamsii_367a Boechera_yorkii_192 Borodinia_macrophylla_369 Crucihimalaya_wallichii_242 Cusickiella_douglasii_243 Halimolobos_jaegeri_244 Nevada_holmgrenii_084 Phoenicaulis_cheiranthoides_085 Phoenicaulis_cheiranthoides_089 Sandbergia_whitedii_248 Transberingia_bursifolia_249 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Boechera_dentata_404 GCGTCTTT-ATTGATTTTCTT-G-TACTGAT-CAACAAGACATGG-AGCCACAAAACATGG-AAGTTATTCTTT------------TCTTTTGTTCGTGCTTAATTTGTAAGATCTTCAATATATT--ATAGAGTATGT----CTAAACATGTATTCACCAAGTTGACAAAAATATATATATATATAT----GTATTCACCAACTGTGTTTTGAA---ACCACACCAAGACA--AAA----TCTTAAGC----GAGTTAGATCCATAAGTAATTCAGTTTTTAGGT----TATT----GAGAGAAAATCTG---GGATGTGATATAAA-T---------ATCTGAACAGTTTAC-TGATTTTACATTTGTGGCTTTCAAAACTAATTGAAAACTGGGAATTA----TACTTTTGAGT-------------------------ATCCTGATAAAAAT-AATTTTAATCCAAA-------------TATTATTTATTATTA-TTAATTAATTCTGACAATCATA----GGCTTA----GTTCTAACAAATGAGATATA--TCTCTATAGAGTAATAAGCATACAGAGGGTTGTATACCATTTAAGTCCCTACCTAGTAGC----ATTTATG--------TGTATGCATA------------TCTGTGTAAACTTTT-GCAAATA--------AGGATGTCAATATAT----------------------------------------GTGTGTT--ACTGTTATATATGTTTCGCATGAAACATGAACATACAGAGAC-GAGACTTGTCATAT----------CTGT-------------------------GTATA--GATAAGCGAA---TTTATTTGTGTG--ATGTAAATTCATTAAAA-CTAT----TAATACTTATCTAATAC--------ATATTCTCACCACCCCAACAACAACAAAC?ACAC?CAACCAACC??CACAAAACCACAAAAAAAAAAAAAAAA??????CA?CCCACAACAAAACAAAAAACA??AAC?CA?CA?CACA??CCA????CAAAAAA??CAA??ACAAACACAC???? 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Boechera_yorkii_192 GCGTCTTT-ATTGATTTTCTT-G-TACTGAT-CAACAAGACATGG-AGCCACAAAACATGG-AAGTTATTCTTT------------TCTTTTGTTTGTGCTTAATTTGTAAGATCTTCAATATATT--ATAGAGTGTAT----CTAAACAT-----------------------------------------GTATTCACCAACCGTGGTTTCGAA--ACCACACCAAGACA--AAAA---TCTTAAGC----GAGTTAGATCCATAAGTAATTCAGTTTTTAGGT----TATT----GAGAGAAAATCTG---GGATGTGATATAAA-TCATGAGAATATCTGAACAGTTTAC-TGATTTTACATTTGTGGCTTTCAAAACTAATTGAAAACTGGGAATTA----TACTTTTGAGT-------------------------ATCCTGATAAAAATTAATTTTAATCCAAA----------TTTTTTTTATTATTATTA-TTAATTAATTCTGAAAATCATA----TGTTTA----GTTCTAACAAATGAGATATATATCTCTATAGAGTAATAATCATACAGAGGGTTGTATACCATTTAAGTCCCTACCTAGTAAT----ATTTA----------TGTATGCATA------------TATGTGTAAACTTTT-GCATATA--------AGGATGTCAATATAT----------------------------------------GTGTGTT--ACTGTTATATATGTTCCGCATGAAACATGAACATAGAGAGAC-GAGACTTGTCATAT----------CTGTTTCTTAAAACA--AGTTT----AGTGTATA--GATAAGTGAA--T{GT}TTTTTTGTGTG--ATGTAAATTCATTAAAA-CTAT----TAATACTTGTCTAATAC--------ATATGCTCACCACCCCAACAACCA?AAAACACAACCAACCAACCAAAACAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA???CAAAAACCCAAAACAAAC?AAAAAACA??AAC?CA?CA?CACA??CAAACACCAAAAAA?CAAA?AACAAACACAC???? Borodinia_macrophylla_369 GCGTCTTT-ATTGATTTTCTT-G-TACTGAT-CAACAAGACATGG-AGCCACAAAACATGG-AAGTTATTCTTT------------TCTTTCGTTCGTGCTTAATTTGTAAGATCTTCAATATATT--ATAGAGTATAT----CTAAACAT-----------------------------------------GTATTCACCAACTGTGTTTTAAA---ACCACACCAAGACA--AAT----TCTTAAGC----GAGTTAGATCCATAAGTAATTCAGTTTTTAGGT----TATTAATTGAGAGAAAATCTG---GGATGTGATATAAA-T---------ATCTGAACAGTTTAC-TGATTTTACATTTGTG---------ACTCATTGAAAACTGGGAATTA----TACTTTTGAGT-------------------------ATCCTGATAAAAATTAATTTTAATCCAAA-------------TATTATTTATTATTA-TTAATTAATTCTGACAATCATA----CGTTTA----GTTCTAACAAATGCGATATA--TCTCTATAGAGTAATAAGCATACAGAGGGTTGTATACCATTTAAGTCCCTACCTAGTAAC----ATTTATG--------TGTATGCATA------------TCTGTGTAAACTTTT-GCATATA--------AGGATGTCAATATAT----------------------------------------GTGTGTT--ACTGTTATATATGTTCCGCATGAAACATGAACACAGAGAGAC-GGGACTTGTCATAG----------CTGTTTCTT-AAATA--TGTTTAATTAGTGTATA--GATAAGTGAA---TTGTTTTGTGTG--ATGTAAATTCATTAAAA--------------CTTATCTAATAC--------ATATGCTCACCACCCCAACAACCA?AAAC?ACAC?CAACAAACC??CACACAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA??????CA?CCCACAACAAAACAAAAAACA??AAC?CA?CA?CACA??CAACCAACAAAAAA??CAA??ACAAA?C?AC???? Crucihimalaya_wallichii_242 GCGTCTTT-ATTGATTTTTTTTG-TACT----CAACAAGACATGG-AGCCACAAAACATGG-AAGCTATTCTTT------------TCTTTTGTTCGTGCTTAATTTGTAAGATCTTCAATATATT--ATAGAGTATATATATCTAAACAT-----------------------------------------GTATTCACCAACTGTGTTTTAAA---ACCACACCAAGACA--AAA----TCTTAAGC----GAGTTAGATCTATTAGTAAGATAGTTTTTAGGT----TATT----GAGAGAAAATCTG---GGATGTGATATAAA-T----AGACTATCTGAACAGTTTAT-TAATTTTACATTTCTGGCTTTGAAAACTAAATGAAGACTGGGAATTA----TACTTTTGATT-------------------------ATCCTGATAAACATTAATTTAAATCCATA-------------TATTACTTATTATTA-TTAATTAATTCTGACAATTATA----GGTTTA----GTTCTAACAAATGAGATATA--TCTCTATAGAGTAACAAGCATACAGAGGGTTG-ATACCATTTAAGTGCCTACCTAGTAGT----ACTTATG--------TGTATGCA---GA---------TCTGTGTAAACTTTT-GTATATA--------AGGATGTCAATATAT----------------------------------------CTGTGTT--ACTGTTATATATGTTCTGCATGAAACATGAACACAGAGAGAC-GAGACTTGTCATGGATAACCATATCTCTTTCTT-AATTA--TGTTT----ATTTAATA--GATAAGTGAA---TTTTTTT---------GT---GTCTTTAAAA-CTAT----TTATACTTATCTAATATCAATAT--ATGTGCTCAACC?CCCAACAAACA?AAAC?ACAC?CAACCAACC?CAACAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA??????CA?CCCACCACAAAACAAAACAAAACAAC?CA?CA?CACAAAAAACCACCAAAAAA??CAA??C?CAACACAAAAAC Cusickiella_douglasii_243 GCGTCTTT-ATTGATTTTCTT-G-TACTGAT-CAACAAGACATGG-AGCCACAAAACATGG-AAGTTATTCTTT------------TCTTTTGTTTGTGCTTAATTTGTAAGATCTTCAATATATT--ATAGAGTATAT----CTAAACAT-----------------------------------------A--------AACCGTGTTATGAA---ACCACACCAAGAAA--AAA----TCTTAATCAAGCGAGTTAGATCAACAAGTAATTCAGTTTTTAGAT----TATT----GAGAGAAATTCGG---GGATGTGATATAAA-T---GAGAATATCTGAACAGTTTAC-TGATTTTACATTTGTGGCTTTCAAAACTAATTGAAAACTGGGAATTC----TACTTTTGAGT-------------------------ATCCTCATAAAGATTAATTTTAATTAAAA-------------TATTATTTAATATTA-ATAATTAATTCTGACAATTATA----GGTTTA----GTTCTAACAAATGAGATATA--TCTCTATAGAGTAATAAGCATACAGAGGGTTGTATACCATTTAAGTCACTACCTAGTAGT----AT--GTG--------TGTATGCATA------------TCTGTGTAAACTTTT-GCATATA--------AGGATGTCAATATAT----------------------------------------GTGTGTT--ACTGATATATATGTTCTGTATGAAACATGAACATAGA-AGAT-GAGACTGTTCGTAT----------CTGTTTCTT-AAATA--TGTTT----AGTGTACA--GATAAGTGA--TGTTTTTTTGAGTGTGATGTAAATTCATTAAAA-CTAT----TAATACTTATCTAATAC--------ATATGCTCACCACCCCAACAACCA?C?AC?ACAC?AAACCAACCCAAACAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA??????CA?CCCACAACC?AACAAAAAACA??AAC?CA?CA?CCCA??CAACCACCAACAAA?AAAAAAAAAAACACAC???? Halimolobos_jaegeri_244 GCGTCTTT-ATTGATTTTCTT-G-TACT----CAACAAGACATGG-AACCACAAAACATGG-AAGTTATTCTTT------------TCTTTTGTTCGTGCTTAATTTGTAAGATCTTCAATATATT--ATAGAGTATAT----CTAAACAT-----------------------------------------GTATTCACCAACTGTGTTTTGAA---ACCACACCA-GACA--TAA----TCTTAAGC----GAGTTAGATCCATAAGTAATCCAGATTTTAGGT----TATT----GAGATAAAATCTG---GGATGTGATATAAA-T---GAGAATATCTGAACAGTTTAC-TGATATTACATTTGTGGCTTTCAAAACTAATTGAAAACTAGGAATTA----TACTTTTGCAT-------------------------ATCCTGATAAAAATTCATTTTAATCCAAA-------------TATTATTTATTATTA-TTAATTAATTCTGACAATCATA----GGTTTA----GTTCTAACAAATGAGATATA--TCTCTATAGAGTAATAAGCATACAGAGGGTTGTATACCATTTAAGTCCCTACCTAGTAGT----ATTTATG--------TGTATGCATA------------TCTGTGTAAACTTTT-GCATATA--------AGGATGTCAATATAT----------------------------------------GTGTGCT--ACTGTTATATATGTTCTGCATGAAACATGAACATAGAGAGAC-GAGACTTGTCATGGATAACCATATCTGTTTCTT-AAATA--TGTTT----AGTATATA--GATAAGTGAA----TTTTTTGTGTG--ATGTAAATTCATTAAAA-CTAA----TAGTACTTGTCTATTAATACA----ATATGCTCACCC?CCCAACAACCA?AAAC?CCAC?CAACCAACCCAAACAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA??????CA?CCCACAACAAAACAAAAAACA??AAC?CA?CA?CACAAAAAACCACCAAAAAA???CA??ACAAACACAAAAC? 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Phoenicaulis_cheiranthoides_085 ------TT-ATTGATTTTCTT-G-TACTCAA-CAACAAGACATGG-AGCCACAAAACATGG-AAGTTATTCTTT------------TCTTTTGGTCGTGCTTAATTTGTAAGATCTTCAATATATT--ATAG{AG}GTATAT----CTAAACAT-----------------------------------------GTATTCACCAACTGTGTTTTCAA---{AC}CCACACTAAGACA--AATTAATTCTTAAGC----GAGTTAGATCCATAAGTAATTCAGTTTTTAGGT----TATT----GAGAGAAAATCTG---GGATGTGACATAAA-T---GAGAATATCTGAACATTTTAC-TGATTTTACATTTGTGGCTTTCAAAACTAATTGAAAACTGGGAATTA----TACTTTTGAGT-------------------------ATCCTGATAAAAATTAATTTTAATTCAAA-------------TATTGTTTATTATTA-TTAATTAATTCTGACAATCATA----GGTTTA----GTTCTAGCAAATGAGATATA--TCTCTATAGAGTAATAAGCATATAGAGGGTTGTATACCATTTAAGTCCCTACCTAGTAAC----ATTTATG--------TGTATGCATA------------TCTGTGTAAACTTTT-GCATATA--------AGGATGTCAATATAT----------------------------------------GTGTGTT--ACTGTTATATATGTTCTGCATGAAACATGAACATAGAGAGAC-GAGACTGTTCATAT----------CTGTTTCTT-AAATA--TGTTT----CGTGTATA--GATAAGTGA------GTTTTGTGTGATATGTAAATTCATTAAAA-CCAT----TAGTAC--------------------------CACCACCCCAACAACCA?AAAC?ACAAACAACCAACCCAAACAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA??????CA?CCCACAACAAAACAAAAAACA??AAC?CA?CA?CACA??CAACCACCAA???C????A??AAAAACAC?????? 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Transberingia_bursifolia_249 GCATCTTTTATTGATTTTTT--G-TACT----CAACAAGACATGG-AGCCACAAAACATAG-AAGTTATTCTTT------------TCTTTTGTTCGTGCTTAATTTGTAAGATCTTCAATATATT--ATAGAGTATAT----CTAAACAT-----------------------------------------GTATTCACCAACTGTGTTTTGAA---ACCACACCAAGACA--AAA----TCTATAGC----GAGTTAGATCCATAAGTAATTCAGCTTTTAGGT----TATT----GAGAGAAA-TCTG---GGATGTGATATAAA-T---GAGTATATCTGAACAGTTTAC-TGATTTTACATTTGTGGCTTTCAAAACTAATTGAAAAAAGGGAATTG----TACTTTTGAGT-------------------------ATCCTGATAAAAATTAGTTTTAATCCAAA-------------TATTATTTTTTATTA-TTAATTAATTCTGACAATCATA----GGTTTAGCTAGTTCTAACAAATGAGATATA--TCTCTATAGAGTAATAAGCATACAGAGGGTTATATACCATTTAAGTCCCTAGCTAGT-GTATATATTTATG--------TGTATGCATATGA---------TCTGTGTAAAATTTT-GCATATA--------AGGATGTCAATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGCT--ACTGTTATATATGTTATGCATGAAACATGAACATAGAGAGACAGAGACTTGTCATGGATAACCATATCTGTTTCTT-AAATA--TGTTT----ATTGTATA--GATAAGTGAA---TTTTTTTCTGTG--ATGTAAATTCTTTAAAA-CTAT----TAATACTTATCTAATAC--------ATATG--AC?CC?CCCAACAACCA?AAAC?ACAC?CAACCACCCCAAACAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA??????CA?CCAACACAAAAACAAAAAAAAACAAC?CA?AAACAAAAAAAACCACCAAAAAA??CAA??ACAAACACAC???? ; END;