#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 12:39 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Chen X. 1994. "Phylogenetic studies of the amblycipitid catfishes (Teleostei, Siluriformes) with species accounts." In: , eds. Phylogenetic studies of the amblycipitid catfishes (Teleostei, Siluriformes) with species accounts. pp. iii-471. , UMI Dissertation Services. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12885] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=201; TAXLABELS _Pseudopimelodus_albosignatus Acanthicus_hystrix Acanthobunocephalus_nicoi Acanthobunocephalus_nicoi_2 Acrochordonichthys Acrochordonichthys_melanogaster Ageneiosus Ageneiosus_brevifilis Ageneiosus_ucayalensis Agmus_scabriceps Akysis Akysis_2 Akysis_baramensis Akysis_leucorhynchus Amaralia Amblyceps_laticeps Amblyceps_mangoides Amblyceps_mangois Amblyceps_murray 'Amblyceps murray-stuarti' Amblycipitidae Amblydoras Ameiurus_brunneus Ameiurus_nebulosus Amphilius_atesuensis Amphilius_jacksonii Amphilius_platychir Ancharius_fuscus Ancistrus Ariopsis_seemani Arius_felis Arius_jordani Aspredinichthys_tibicen Aspredo_aspredo Astroblepus Auchenipterus_dentatus Auchenoglanis_occidentalis Bagarius Bagarius_bagarius Bagre_marinus Bagroides_melapterus Belodontichthys_dinema Belonoglanis_tenuis Brachyglanis_magoi Brachyrhamdia_imitator Breitensteini_insignis Breitensteinia Bunocephalus Bunocephalus_2 Bunocephalus_amaurus Bunocephalus_coracoideus Cetopsis_coecutiens Cetopsogiton Cetopsorhamdia_rosae Chaca_chaca Chaca_sp. Chiloglanis_disneyi Chiloglanis_neumanni Chiloglanis_niloticus Chrysichthys_cranchi Chrysichthys_walkeri Clarias_batrachus Clupisoma_garua Cochliodon_sp. Conta Conta_conta Coreobagrus_ichikawai Corydoras Cranoglanis_multiradiatus Diplomystes_chilensis Diplomystes_viedmensis Diplomystidae Doradidae Doumea_alula Duopalatinus_peruanus Entomocorus_benjamini Eremophilus_mutisii Erethistes Erethistes_2 Erethistes_pusillus Euchilichthys Euchiloglanis Euchiloglanis_hodgarti Euchiloglanis_kishinoueyi Euristhmus_lepturus Eutropiichthys_vacha_ Eutropius_congensis Exallodontus_aguanai Exostoma Exostoma_2 Exostoma_labiatum Gagata Gagata_cenia Glyptothorax Glyptothorax_2 Glyptothorax_laosensis Glyptothorax_major Glyptothorax_platypogoides Glyptothorax_sinense Glyptothorax_trilineatus Hara Hara_hara Hara_jerdoni Helogenes_marmoratus Hemisilurus_mekongensis Heptapterus_brevier Heteropneustes_fossilis Hoplomyzon Hoplosternum_thoracatum Hypophthalmus_edentatus Hypsidoridae Hypsidoris_farsonensis Ictalurus_platycephelus Iheringichthys_labrosus Imparfinis Kryptopterus_bicirrhis Laguvia_ribeiroi Laguvia_shawi Laides_hexanema Leiarius_marmoratus Leptodoras Liobagrus_andersoni Liobagrus_anguillicauda Liobagrus_formosanus Liobagrus_marginatoides Liobagrus_marginatus Liobagrus_marginatus_ Liobagrus_mediadiposalis Liobagrus_nigricauda Liobagrus_nigricauda_ Liobagrus_obesus Liobagrus_obesus__ Liobagrus_reini Liobagrus_reinii Liobagrus_styani Liocassis_siamensis Lophiosilurus_alexandri Loricaria Loricariinae Malapterurus_electricus Malapterurus_microstoma Microglanis_poecilus Myoglanis Mystus_nemurus Mystus_vittatus Nangra Nangra_nangra Nannorhamdia_nemacheir Nematogenys_inermis_ Noturus_insignis Olyra Olyra_burmanica Olyra_longicaudata Oreoglanis Oreoglanis_labiatum Oreoglanis_macropterum Pangasius_nasutus Pangasius_sp. Pangasius_sutchi Paracetopsis_occidentalis Parakysis Parakysis_verrucosa Parapimelodus_nigribarbis Parasilurus_asotous Parexostoma_stoliczkae Pelteobagrus_nudiceps Phractocephalus_hemiliopterus Phractura_lindica Pimelodus_pictus Platydoras_costatus Platystacus_cotylephorus Platystomatichthys_sturio Plotosus_canius Plotosus_lineatus Pseudecheneis Pseudecheneis_sulcatus Pseudobagrus_adiposalis Pseudobagrus_aurantiacus Pseudobunocephalus Pseudobunocephalus_amazonicus Pseudopimelodus_raninus Pterodoras_angeli Pylodictis_olivaris Rhamdella Rhamdia_sobae Schilbe_mystus Scoloplax_distolothrix Silurus_cochinchinensis Synodontis_acanthomias Synodontis_schall Tandanus_ater Trachelyopterus_galeatus Trachycorystes Trachycorystes_striatulus Trichomycterus_barbouri Vandellia Wallago_attu Xiurenbagrus_xiurenensis Xiurenensis Xyliphius Xyliphius_2 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M13360] TITLE Character_Matrix; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=44; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1 2 3" MISSING=? GAP= -; CHARSTATELABELS 1 Ethmoid_cartilage, 2 'Lateral (antorbital) process of lateral ethmoid articulating with palatine', 3 Posterior_cranial_fontanelle, 4 Lateral_cranial_fontanelle, 5 Posttemporal_fossa, 6 Transverse_crest_on_posterior_margin_of_skull, 7 Infraorbitals, 8 Position_of_lacrimal_relative_to_chamber_of_olfactory_organ, 9 Adductor_mandibularis_muscle, 10 Forms_of_endopterygoid, 11 Endopterygoid_extending_nearly_to_hyomandibula_alongside_metapterygoid, 12 Lateral_depression_situated_in_posterodorsal_portion_of_hyomandibula, 13 Foramen_enclosed_by_hyomandibula_and_preopercle, 14 Trapezoidal_anterior_bony_sheet_of_preopercle, 15 Position_of_preopercle, 16 Forms_of_interopercle_and_its_spatial_relationship_with_opercle, 17 Contact_between_anterior_ceratohyal_and_posterior_ceratohyal, 18 Horizontal_expansion_of_anterior_ceratohyal, 19 'Accessory basibranchial cartilage; cartilage is located between third and fourth basibranchials', 20 Basibranchial_4, 21 'Median vertical laminar-septum formed by sutured complex centrum and supraoccipital spine', 22 Ventral_process_of_superficial_ossification_of_complex_centrum, 23 Lateral_margin_of_fourth_transverse_process, 24 Suture_between_fourth_transverse_process_and_posterior_process_of_supracleithrum, 25 Fifth_transverse_process, 26 Spine_shaft_with_longitudinal_grooves, 27 Bony_canals_for_first_dorsal_erector_muscles, 28 Anterior_portion_of_first_dorsal_pterygiophore, 29 Development_of_transverse_lamina_of_first_dorsal_pterygiophore, 30 Dorsal_surface_of_first_dorsal_pterygiophore_bearing_muscle_rings_or_canals, 31 'Forms and orientation of articular surface between first dorsal pterygiophore and fourth (and/or fifth) neural process', 32 Striated_articular_surface_between_first_dorsal_pterygiophore_and_fourth_neural_spine, 33 Anterior_process_of_cleithra_at_midline, 34 Interdigitating_sutures_between_cleithra_and_coracoid, 35 Posterior_process_of_coracoid, 36 Forms_of_mesocoracoid_arch, 37 Transcapular_ligament, 38 Enlarged_cartilaginous_tips_of_anterior_processes_of_basipterygium, 39 Ventral_flange_of_basipterygium, 40 'Pre-narial cartilage', 41 'Head-to-tail connection of mental barbels', 42 Anterior_limb_equal_to_posterior_limb_in_length, 43 'Posterior-limb connection limited on one side only', 44 'Glyptosternum-like fusion pattern of mental barbel limbs', ; MATRIX [ 10 20 30 40 ] [ . . . . ] _Pseudopimelodus_albosignatus ???????????????????????????????????????????? Acanthicus_hystrix ???????????????????????????????????????????? Acanthobunocephalus_nicoi ???????????????????????????????????????????? Acanthobunocephalus_nicoi_2 ???????????????????????????????????????????? Acrochordonichthys ???????????????????????????????????????????? Acrochordonichthys_melanogaster 102110100100011010101000011110100000010?0100 Ageneiosus ???????????????????????????????????????????? Ageneiosus_brevifilis ???????????????????????????????????????????? Ageneiosus_ucayalensis ???????????????????????????????????????????? Agmus_scabriceps ???????????????????????????????????????????? Akysis ???????????????????????????????????????????? Akysis_2 10011010010001000000110001111010110002010100 Akysis_baramensis 10011010010001000000110001111010110002010100 Akysis_leucorhynchus 10011010010001000000110001111010110002010100 Amaralia ???????????????????????????????????????????? Amblyceps_laticeps 11000100121110110010010011111110100001011000 Amblyceps_mangoides ???????????????????????????????????????????? Amblyceps_mangois 11000100121110110010010011111110100001011000 Amblyceps_murray ???????????????????????????????????????????? 'Amblyceps murray-stuarti' 11000100121110110010010011111110100001011000 Amblycipitidae ???????????????????????????????????????????? Amblydoras ???????????????????????????????????????????? Ameiurus_brunneus ???????????????????????????????????????????? Ameiurus_nebulosus ???????????????????????????????????????????? Amphilius_atesuensis ???????????????????????????????????????????? Amphilius_jacksonii ???????????????????????????????????????????? Amphilius_platychir ???????????????????????????????????????????? Ancharius_fuscus ???????????????????????????????????????????? Ancistrus ???????????????????????????????????????????? Ariopsis_seemani ???????????????????????????????????????????? Arius_felis ???????????????????????????????????????????? Arius_jordani ???????????????????????????????????????????? Aspredinichthys_tibicen ???????????????????????????????????????????? Aspredo_aspredo ???????????????????????????????????????????? Astroblepus ???????????????????????????????????????????? Auchenipterus_dentatus ???????????????????????????????????????????? Auchenoglanis_occidentalis ???????????????????????????????????????????? Bagarius ???????????????????????????????????????????? Bagarius_bagarius 11101000001001100010111120111010110002110010 Bagre_marinus ???????????????????????????????????????????? Bagroides_melapterus ???????????????????????????????????????????? Belodontichthys_dinema ???????????????????????????????????????????? Belonoglanis_tenuis ???????????????????????????????????????????? Brachyglanis_magoi ???????????????????????????????????????????? Brachyrhamdia_imitator ???????????????????????????????????????????? Breitensteini_insignis 1021101?0??0?110101010000011101011000?0?0?00 Breitensteinia ???????????????????????????????????????????? Bunocephalus ???????????????????????????????????????????? Bunocephalus_2 10300000000001000000000020211010001000000000 Bunocephalus_amaurus 10300000000001000000000020211010001000000000 Bunocephalus_coracoideus 10300000000001000000000020211010001000000000 Cetopsis_coecutiens ???????????????????????????????????????????? Cetopsogiton ???????????????????????????????????????????? Cetopsorhamdia_rosae ???????????????????????????????????????????? Chaca_chaca ???????????????????????????????????????????? Chaca_sp. ???????????????????????????????????????????? Chiloglanis_disneyi ???????????????????????????????????????????? Chiloglanis_neumanni ???????????????????????????????????????????? Chiloglanis_niloticus ???????????????????????????????????????????? Chrysichthys_cranchi ???????????????????????????????????????????? Chrysichthys_walkeri ???????????????????????????????????????????? Clarias_batrachus ???????????????????????????????????????????? Clupisoma_garua ???????????????????????????????????????????? Cochliodon_sp. ???????????????????????????????????????????? Conta ???????????????????????????????????????????? Conta_conta 10100002001001100101111120111011111122110100 Coreobagrus_ichikawai ???????????????????????????????????????????? Corydoras ???????????????????????????????????????????? Cranoglanis_multiradiatus ???????????????????????????????????????????? Diplomystes_chilensis 0000000000000000000000000000000000000000???? Diplomystes_viedmensis 0000000000000000000000000000000000000000???? Diplomystidae ???????????????????????????????????????????? Doradidae ???????????????????????????????????????????? Doumea_alula ???????????????????????????????????????????? Duopalatinus_peruanus ???????????????????????????????????????????? Entomocorus_benjamini ???????????????????????????????????????????? Eremophilus_mutisii ???????????????????????????????????????????? Erethistes ???????????????????????????????????????????? Erethistes_2 10200002001001100111101120111010111122110100 Erethistes_pusillus 10200002001001100111101120111010111122110100 Euchilichthys ???????????????????????????????????????????? Euchiloglanis ???????????????????????????????????????????? Euchiloglanis_hodgarti 110000010000011000010100100000??0200220?0001 Euchiloglanis_kishinoueyi 110000010000011000010100100000??0200220?0001 Euristhmus_lepturus ???????????????????????????????????????????? Eutropiichthys_vacha_ ???????????????????????????????????????????? Eutropius_congensis ???????????????????????????????????????????? Exallodontus_aguanai ???????????????????????????????????????????? Exostoma ???????????????????????????????????????????? Exostoma_2 110000010000001000?10100000000??0200220?0001 Exostoma_labiatum 110000010000001000?10100000000??0200220?0001 Gagata ???????????????????????????????????????????? Gagata_cenia 10311000000001100001121120111011100012110010 Glyptothorax 10100002001001100011111120111010101002110001 Glyptothorax_2 ???????????????????????????????????????????? Glyptothorax_laosensis 10100002001001100011111120111010101002110001 Glyptothorax_major 10100002001001100011111120111010101002110001 Glyptothorax_platypogoides 10100002001001100011111120111010101002110001 Glyptothorax_sinense 10100002001001100011111120111010101002110001 Glyptothorax_trilineatus 10100002001001100011111120111010101002110001 Hara ???????????????????????????????????????????? Hara_hara 10200002001001000111101120111010111112110100 Hara_jerdoni 10200002001001000111101120111010111112110100 Helogenes_marmoratus ???????????????????????????????????????????? Hemisilurus_mekongensis ???????????????????????????????????????????? Heptapterus_brevier ???????????????????????????????????????????? Heteropneustes_fossilis ???????????????????????????????????????????? Hoplomyzon ???????????????????????????????????????????? Hoplosternum_thoracatum ???????????????????????????????????????????? Hypophthalmus_edentatus ???????????????????????????????????????????? Hypsidoridae ???????????????????????????????????????????? Hypsidoris_farsonensis ?00000000000100000???0000000000000000?0????? Ictalurus_platycephelus ???????????????????????????????????????????? Iheringichthys_labrosus ???????????????????????????????????????????? Imparfinis ???????????????????????????????????????????? Kryptopterus_bicirrhis ???????????????????????????????????????????? Laguvia_ribeiroi ???????????????????????????????????????????? Laguvia_shawi ???????????????????????????????????????????? Laides_hexanema ???????????????????????????????????????????? Leiarius_marmoratus ???????????????????????????????????????????? Leptodoras ???????????????????????????????????????????? Liobagrus_andersoni 11000100121110110010010011111110100001011000 Liobagrus_anguillicauda 11000100121110110010010011111110100001011000 Liobagrus_formosanus 11000100121110110010010011111110100001011000 Liobagrus_marginatoides 11000100121110110010010011111110100001011000 Liobagrus_marginatus ???????????????????????????????????????????? Liobagrus_marginatus_ 11000100121110110010010011111110100001011000 Liobagrus_mediadiposalis 11000100121110110010010011111110100001011000 Liobagrus_nigricauda ???????????????????????????????????????????? Liobagrus_nigricauda_ 11000100121110110010010011111110100001011000 Liobagrus_obesus ???????????????????????????????????????????? Liobagrus_obesus__ 11000100121110110010010011111110100001011000 Liobagrus_reini 11000100121110110010010011111110100001011000 Liobagrus_reinii ???????????????????????????????????????????? Liobagrus_styani 11000100121110110010010011111110100001011000 Liocassis_siamensis ???????????????????????????????????????????? Lophiosilurus_alexandri ???????????????????????????????????????????? Loricaria ???????????????????????????????????????????? Loricariinae ???????????????????????????????????????????? Malapterurus_electricus ???????????????????????????????????????????? Malapterurus_microstoma ???????????????????????????????????????????? Microglanis_poecilus ???????????????????????????????????????????? Myoglanis ???????????????????????????????????????????? Mystus_nemurus ???????????????????????????????????????????? Mystus_vittatus ???????????????????????????????????????????? Nangra ???????????????????????????????????????????? Nangra_nangra 10011000000001100001121120111011010022110010 Nannorhamdia_nemacheir ???????????????????????????????????????????? Nematogenys_inermis_ ???????????????????????????????????????????? Noturus_insignis ???????????????????????????????????????????? Olyra ???????????????????????????????????????????? Olyra_burmanica ???????????????????????????????????????????? Olyra_longicaudata ???????????????????????????????????????????? Oreoglanis ???????????????????????????????????????????? Oreoglanis_labiatum 110000010000101000?10100000000??0200210?0001 Oreoglanis_macropterum 110000010000101000?10100000000??0200210?0001 Pangasius_nasutus ???????????????????????????????????????????? Pangasius_sp. ???????????????????????????????????????????? Pangasius_sutchi ???????????????????????????????????????????? Paracetopsis_occidentalis ???????????????????????????????????????????? Parakysis ???????????????????????????????????????????? Parakysis_verrucosa 1100000?0200010000101100011110??00000?0?0?0? Parapimelodus_nigribarbis ???????????????????????????????????????????? Parasilurus_asotous ???????????????????????????????????????????? Parexostoma_stoliczkae ???????????????????????????????????????????? Pelteobagrus_nudiceps ???????????????????????????????????????????? Phractocephalus_hemiliopterus ???????????????????????????????????????????? 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Pylodictis_olivaris ???????????????????????????????????????????? Rhamdella ???????????????????????????????????????????? Rhamdia_sobae ???????????????????????????????????????????? Schilbe_mystus ???????????????????????????????????????????? Scoloplax_distolothrix ???????????????????????????????????????????? Silurus_cochinchinensis ???????????????????????????????????????????? Synodontis_acanthomias ???????????????????????????????????????????? Synodontis_schall ???????????????????????????????????????????? Tandanus_ater ???????????????????????????????????????????? Trachelyopterus_galeatus ???????????????????????????????????????????? Trachycorystes ???????????????????????????????????????????? Trachycorystes_striatulus ???????????????????????????????????????????? Trichomycterus_barbouri ???????????????????????????????????????????? Vandellia ???????????????????????????????????????????? Wallago_attu ???????????????????????????????????????????? Xiurenbagrus_xiurenensis 11000100121110110010010011111110100001011000 Xiurenensis ???????????????????????????????????????????? Xyliphius ???????????????????????????????????????????? Xyliphius_2 10300000000001000010010120211010001000000000 ; END;