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Matrix 13372 of Study 12889

About Citation title: "The evolution of pharyngognathy: a phylogenetic and functional appraisal of the pharyngeal jaw key innovation in labroid fishes and beyond".
About Study name: "The evolution of pharyngognathy: a phylogenetic and functional appraisal of the pharyngeal jaw key innovation in labroid fishes and beyond".
About This study is part of submission 12889 (Status: Published).

Matrices

Title: labroid 10 nuclear genes

Description: concatenated 10 nuclear genes

Rows

Taxon Label Row Segments Characters 1?–30
Polymixia lowei  (none) TTTCTGGAGAGGAACCTCCACCCATCCAAC
Polymixia japonica  (none) TTTCTGGAGAGGAACCTCCACCCATCCAAC
Chaunax sp  (none) TTCCTAGAGCGAAACCTTCACCCATCTAAC
Gigantactis vanhoeffeni  (none) TTCCTGGAGAGGAACCTTCACCCGTCTAAC
Lophius americanus  (none) TTCCTTGAGACAAACCTCCACCCGACAAAT
Lophius gastrophysus  (none) ??????????????????????????????
Brotula multibarbata  (none) ??????????????????????????????
Percopsis omiscomaycus  (none) TTCCTGGAGAGGAACCTGCACCCGTCCAAC
Mugil cephalus  (none) ATTCTTAGAGAGAACCTTCACCCGTCCAAC
Mugil curema  (none) TTCTTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Labidesthes sicculus  (none) TTCCTTGAGAGAAACCTTCACCCTTCCAAC
Atherinomorus lacunosus  (none) TTTCTGGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Melanotaenia sp  (none) TTTCTTGAGAGAAACCTTCACCCATCCAAC
Rheocles wrightae  (none) ????????????AACCTTCACCCGTCCAAC
Oryzias latipes  (none) TTCCTTGAGAGAAACCTTCATCCATCCAAC
Platybelone argala  (none) TTCTTGGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Strongylura marina  (none) TTCTTGGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Xenentodon cancila  (none) TTCTTGGAAAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Cheilopogon pinnatibarbatus  (none) ??????????????????????????????
Cypselurus melanurus  (none) ??????????????????????????????
Dermogenys collettei  (none) ??????????????????????????????
Arrhamphus sclerolepis  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Scomberesox saurus  (none) TTCTTGGAGAGAAACCTTCACCCGACCAAC
Fundulus heteroclitus  (none) TTCCTGGAGAGAAATCTTCATCCATCCAAC
Lucania goodei  (none) TTCCTGGAGAGAAATCTTCATCCGTCCAAC
Gambusia affinis  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCATCCGTCCAAC
Beryx decadactylus  (none) TTTCTAGAGAGGAACCTCCACCCATCTAAC
Hoplostethus atlanticus  (none) TTTCTAGAGAGAAACCTTCATCCATCTAAC
Aulostomus maculatus  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTCCACCCTTCTAAC
Aeoliscus strigatus  (none) TTCCTGGAACGAAACCTTCACCCATCTAAC
Aulorhynchus flavidus  (none) ???CTGGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAT
Gasterosteus aculeatus  (none) ??????????????????????????????
Macrognathus siamensis  (none) ????????GAGAAGACTCCACCCTTCCAAC
Monopterus albus  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAT
Anoplopoma fimbria  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Cottus carolinae  (none) ??????????????????????????????
Cyclopterus lumpus  (none) TTCCTCGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Hexagrammos otakii  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCGAAT
Sebastes fasciatus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Sebastes ruberrimus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Sebastolobus alascanus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTCCACCCGTCTAAC
Apogon lateralis  (none) TTTCTTGAAAGAAACCTCCACCCATCTAAC
Cheilodipterus quinquelineatus  (none) TTTCTTGAAAGAAACCTCCACCCATCTAAC
Seriola dumerili  (none) ????TAGAGAGAAACCTTCACCCTTCTAAC
Trachinotus carolinus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCCTCTAAC
Ambloplites rupestris  (none) TTCCTAGAGAGGAACCTTCACCCATCCAAC
Centrogenys vaigiensis  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCATCCAAC
Centropomus undecimalis  (none) TTCCTCGAGAGAAACCTCCACCCGTCTAAC
Chaetodon ornatissimus  (none) TTCTTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Forcipiger flavissimus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Ambassis urotaenia  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCCTCCAAC
Paracirrhites arcatus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Cheilodactylus variegatus  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Eucinostomus lefroyi  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Eugerres plumieri  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Gramma loreto  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Haemulon sciurus  (none) TTCTTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Inermia vitatta  (none) TTCTTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Kuhlia marginata  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Kyphosus elegans  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Gazza minuta  (none) TTCCTTGAGAGAAACCTTCACCCATCCAAC
Leiognathus equulus  (none) TTCCTTGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Lethrinus erythropterus  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Monotaxis grandoculis  (none) TTTCTGGAGAGAAACCTTCACCCATCCAAC
Lutjanus biguttatus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCATCCAAC
Lutjanus mahogoni  (none) TTCCTAGAGAAGAACCTTCATCCATCCAAC
Ocyurus chrysurus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCATCCAAC
Caulolatilus princeps  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Malacanthus plumieri  (none) ??????????????????????????????
Morone chrysops  (none) TTCTTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Pentapodus caninus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Scolopsis bilineata  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Scolopsis margaritifer  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Opistognathus aurifrons  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Maccullochella peelii  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Gadopsis marmoratus  (none) TTCTTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Etheostoma atripinne  (none) TTCCTAGAAAGAAACCTTCACCCAACTAAC
Percina caprodes  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCAACTAAC
Perca flavescens  (none) ????TAGAGAGAAACCTTCACCCAACTAAC
Plesiops melas  (none) ????????GAGAAACCTTCACCCGACCAAC
Monocirrhus polyacanthus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCCAAC
Polycentrus schomburgki  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCGTCCAAC
Stereolepis gigas  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Chaetodontoplus melanasoma  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Holocanthus passer  (none) TTCTTAGAAAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Pomacanthus zonipectus  (none) TTCCTAGAAAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Congrogadus subducens  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCGTCCAAC
Pseudochromis fridmani  (none) TTCCTCGAGCGAAACCTCCACCCCACCAAC
Labracinus cyclophthalmus  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTCCACCCCACCAAC
Ogilbynia novaehollandae  (none) ????????GAGAAACCTTCACCCCACCAAC
Pholidochromis cerasiae  (none) TTCCTCGAGAGGAACCTCCACCCCACCAAC
Aplodinotus grunniens  (none) TTCCTAGAGCGAAACCTTCACCCTTCTAAC
Leiostomus xanthurus  (none) ???????????AAACCTTCACCCTTCTAAC
Menticirrhus littoralis  (none) TTCCTAGAGCGAAACCTTCACCCTTCTAAC
Cephalopholis argus  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Hypoplecterus puella  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCAACTAAC
Mycteroperca microlepis  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Paralabrax nebulifer  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCAACTAAC
Pseudanthias pascalus  (none) TTTCTAGAGAGGAATCTTCACCCGTCTAAC
Rypticus saponaceus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCCTCTAAC
Serranus tigrinus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCCACTAAC
Hemanthias aureorubens  (none) TTTCTAGAGAGGAATCTCCACCCGTCTAAC
Lagodon rhomboides  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Stenotomus chrysops  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Toxotes jaculatrix  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Cichla temensis  (none) TTCTTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Etroplus maculatus  (none) TTCTTAGAGCGAAACCTCCACCCGACCAAC
Heros appendictulatus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Heterochromis multidens  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Herichthys cyanoguttatus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCCAAC
Oreochromis niloticus  (none) TTATTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Paratilapia polleni  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTCCACCCGTCCAAC
Paretroplus maculatus  (none) TTCCTAGAGCGAAACCTCCACCCGTCCAAC
Ptychochromis grandidieri  (none) ??????????????????????????????
Cymatogaster aggregatta  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCGTCCAAC
Damalichthys vacca  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCGTCCAAC
Embiotoca jacksoni  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCGTCCAAC
Embiotoca lateralis  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCGTCCAAC
Hyperprosopon argenteum  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCGTCCAAC
Phanerodon furcatus  (none) ????????GAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Bodianus rufus  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTCCATCCGTCAAAC
Chlorurus sordidus  (none) ??????GAGAGGAACCTTCACCCGTCAAAC
Clepticus parrae  (none) TTCCT{AG}GAGAGAAACCTCCATCCGTCA
Coris batuensis  (none) ????TAGAGAAGAACCTTCACCCATCAAAC
Coris gaimard  (none) TTCCTCGAGAAGAACCTTCACCCGTCAAAC
Diproctacanthus xanthurus  (none) TTCCTCGAGAAGAACCTTCACCCGTCAAAC
Epibulus brevis  (none) TTCCTGGAGAGGAACCTTCACCCATCAAAC
Epibulus insidiator  (none) ???CTGGAGAGGAACCTTCACCCATCAAAC
Gomphosus varius  (none) ?????GGAGAAGAACCTTCACCCGTCAAAC
Halichoeres bivutatus  (none) ????TTGAGAAGAACCTTCATCCATCAAAC
Halichoeres margaritaceus  (none) ??????????????????????????????
Labrichthys unilineatus  (none) TTCCTCGAGAAGAACCTTCACCCGTCAAAC
Labropsis australis  (none) ????????????????????????TCAAAC
Lachnolaimus maximus  (none) ?TCTTGGAAAGAAACCTTCACCCGTCAAAC
Oxycheilinus celibecus  (none) ???????????????????????TTCAAAC
Oxyjulis californicus  (none) TTCCTCGAGAAGAACCTTCACCCGTCAAAC
Pterogogus enneacanthus  (none) TTCCTCGAGAGAAACCTTCATCCGTCAAAC
Tautoga onitis  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCGTCAAAC
Tautogolabrus adspersus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCGTCAAAC
Xyrichtys martinicensis  (none) TTCCT{AG}GAAAGAAACCTTCATCCGTCA
Haletta semifasciata  (none) TTCCTTGAGAGAAACCTTCACCCAACAAAT
Abudefduf saxatilis  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Chromis cyanea  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTCCACCCGTCCAAC
Microspathodon bairdii  (none) ??????????????CCTTCACCCGTCCAAC
Stegastes leucostictus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Cetoscarus bicolor  (none) TTCCTTGAGAGGAACCTCCACCCGTCAAAC
Anarhichas lupus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAT
Pholis crasiceps  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTGCACCCGTCTAAT
Lycodes terraenovae  (none) TTCCTAGAGAAGAACCTTCACCCGTCTAAT
Dissostichus eleginoides  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTGCACCCGTCTAAC
Chionobathyscus dewitti  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTGCACCCGTCTAAC
Bembrops anatirostris  (none) ????????GAGAAACCTTCACCCGACTAAC
Bembrops gobioides  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGACTAAC
Parapercis clathrata  (none) ??????????????????????????????
Astroscopus y graecum  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGTCTAAC
Kathetostoma averruncus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Pholidichthys leucotaenia  (none) TTCCTAGAAAGGAACCTCCACCCGTCCAAC
Meiacanthus grammistes  (none) TTCTTGGAAAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Ophiblennius atlanticus  (none) TTCCTGGAGAGGAACCTTCACCCATCCAAC
Chaenopsis alepidota  (none) ??????????????????????????????
Gillellus semicinctus  (none) ??????????????????????????????
Labrisomus multiporosa  (none) ??????????????????????????????
Icosteus aenigmaticus  (none) ????????GAGAAACCTTCACCCGACTAAC
Diademichthys lineatus  (none) ????????GAGAAACCTTCACCCATCCAAC
Gobiesox maeandricus  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCGTCCAAC
Odontobutis potamophila  (none) TTCCTCGAGAGAAACCTCCACCCATCAAAC
Percottus glenni  (none) TTCCTCGAGAGAAACCTCCATCCATCAAAC
Eleotris pisonis  (none) ????????GAGAAACCTCCATCCATCAAAC
Acanthurus bahianus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCATCTAAC
Ctenochaetus strigosus  (none) ?????????GAGAACCTTCATCCATCCAAC
Scatophagus argus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCCAAC
Ruvettus pretiosus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCGACTAAC
Sarda sarda  (none) TTCCTTGAGAGAAACCTTCACCCAACTAAC
Trichiurus lepturus  (none) TTCTTAGAGAGAAACCTTCACCCGACTAAC
Cubiceps baxteri  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCACCCAACTAAC
Microctenopoma nanum  (none) TTCTTAGAGAGAAACCTTCATCCTTCTAAC
Ctenopoma kingsleyae  (none) TTCTTAGAGAGAAACCTTCATCCATCTAAC
Betta splendens  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Channa striata  (none) TTTCTAGAGAGAAACCTTCATCCATCTAAC
Paralichthys dentatus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCGACTAAC
Pleuronectes platessa  (none) ??????????????????????????????
Pseudopleuronectes americanus  (none) TTCCTAGAGAGAAACCTTCATCCGACTAAC
Scophthalmus aquosus  (none) TTCCTGGAGAGAAACCTCCACCCGTCTAAC
Chilomycterus schoepfii  (none) TTTCTGGAGAGAAACCTTCATCCATCTAAC
Diodon holocanthus  (none) TTTCTGGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Ostracion cubicus  (none) TTTCTTGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Lactophrys triqueter  (none) TTTCTAGAGAGAAACCTTCACCCATCTAAC
Triacanthodes anomalus  (none) ????????????AACCTTCACCCATCTAAT

Columns

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