#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 17, 2024; 9:39 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Clark J.L., Funke M., Duffy A.M., & Smith J. 2012. Phylogeny of a Neotropical clade in the Gesneriaceae: More tales of convergent evolution. International Journal of Plant Sciences, 173(8): 894-916. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12668] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=78; TAXLABELS Achimenes_cettoana Alloplectus_hispidus Alsobia_dianthiflora Alsobia_punctata Amalophyllon_albiflorum Chrysothemis_friedrichsthaliana Chrysothemis_pulchella Cobananthus_calochlamys Codonanthe_elegans Codonanthe_gracilis Codonanthopsis_ulei Columnea_ambigua Columnea_byrsina Columnea_dielsii Columnea_domingensis Columnea_guianensis Columnea_kucyniakii Columnea_paramicola Columnea_purpusii Columnea_scandens Columnea_strigosa Columnea_tenella Corytoplectus_capitatus Corytoplectus_speciosus Crantzia_cristata Crantzia_epirotes Crantzia_tigrina Cremersia_platula Drymonia_coccinea Drymonia_longifolia Drymonia_serrulata Drymonia_strigosa Drymonia_urceolata Episcia_fimbriata Episcia_lilacina Episcia_sphalera Episcia_xantha Episcia_xantha_1 Gesneria_pedicellaris Glossoloma_anomalum Glossoloma_baguense Glossoloma_grandicalyx Glossoloma_herthae Glossoloma_martinianum Glossoloma_oblongicalyx Glossoloma_panamense Glossoloma_sprucei Lembocarpus_amoenus Nautilocalyx_adenosiphon Nautilocalyx_melittifolius Nautilocalyx_pemphidius Nautilocalyx_pictus Nematanthus_albus Nematanthus_fissus Nematanthus_fritschii Nematanthus_savannarum Neomortonia_nummularia Neomortonia_rosea Oerstedina_cerricola Paradrymonia_aurea Paradrymonia_aurea_1 Paradrymonia_campostyla Paradrymonia_ciliosa Paradrymonia_ciliosa_1 Paradrymonia_densa Paradrymonia_maculata Paradrymonia_metamorphophylla Paradrymonia_pedunculata Rhoogeton_cyclophyllus Rhoogeton_viviparus Rhytidophyllum_auriculatum Rufodorsia_major Rufodorsia_minor Sinningia_cooperi Sinningia_incarnata Sinningia_richii Sinningia_speciosa Sphaerorrhiza_sarmentiana ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M17019] TITLE Episcieae_V02_DNA; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=4796; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Alsobia_dianthiflora 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Chrysothemis_friedrichsthaliana 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Drymonia_urceolata 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Episcia_fimbriata TCGAGACCTGCAAA-GCAAACCCGCGAACACGTTTCCAA-CACGCTTGGGTTCGCGCCGTCGGATGCCT----CGG--CGTCCCTCGTCGCGCTCCC-TTATC-GACGACTCACGCTTGCGTGGGTCGTTC-CGG-TTAACGAACATCC-CGGCGCGGCATGCG---AAA-GGGAAA--CTGTCACGAGAAAGCCTGCCCCCGCGAA-TATCGTTCGCGATGC-ATC--GCGGG-CGGCA-CTTGCC-TCTTGAAT--CACCTAAACAC-TCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGTCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGC?TCGCCCCCTCCC--ACCCC-TCT------GTGAG-AGCGGG--TGAATC-CAA--GGGGACGGACATTGGGCTCCCGTGCTCTTCTCGTGCGGCCGGCTTAAATTTGAGTCCTCGTCGACGGATGTCACGACTAGTGGTGGT---TGGATCAATCGCGTGCTGTCGTGCAAGA-CCCCGTC----------GGACTGTGGACGTCAGTA----CCGACCCACTAATGCCAC---GCGCATTCGACTATCTAAAGCGGCCATTAAGGAGCTGGTGCAGGCTAAGAAAAGTGGGAGTGGGAGTGGGAGTGGGAGTGCTAAGAGCATTTCTTCCCCTTCCGAATGCGAGGTAGTGTCTGCAGGAAATGGTGAAACTTTCGAAAATGGCAGCTATTTGGATGCGGATTCAAAGAAGAAATCACTGCCCCTGAATCCTAACAACAAGTGTAAAGAAAATGCAAAAGATCCACAGCAGTCTGCATTAAATCTTGCTAAAGTATCAAGGGCTAAGGCAAGAGCAAGGGCAAGAGAAAGAACAAGAGAGAAAATGTGCATCAAGAAGCTTAATGAATCAAGAAACATGGATCCTGAT---TTGAACCCTTCAAACCAAATTCAGCCTACCCTCCACTGTCCCTTAACTAATAATGTACCTGCTGCAACAACTGAAGATTTAATTCAAGAGT---CCATTGTCATTAAAAGGATGTTGAAACAGTACCCTTCATTTTTTGGATTTCAACAAAACCTTATCATTTCAAGGGATTTGAACTGCCATCTCCCTTCTCCTAATATCAACGAAAATTGGGATATCAATAGCTTAACCTCACAATCGATGCTCACTACAAGGCTTGCTTATATGCTGGAATCAATATTAGTGGTACTAATGGGGAGGTTATGCCTGGCCAGGTTTCTTCCACCAACTCTCTTTTGCCTTTTTTT---------CCTCATTGAACAT--------GCATATACCATTATAATGTAGTCTTATGGTAAAA----GTTTTGACTTTATCAACACTTCTTGAAGTGGGAATTTCAAGTTGGTCCTAGCGTTGGAATTGAAGCTGGAG------ATCACATCTGGTGTGCAAGGTACCTTCTCGAGGTATGCAATATTATATTATTTGTTCATAGGGAATAGATTCTGTATTTCAGAAAAGAAATGCAGAAAAAATGTCTACCATACTTCTCATTATCATGCCATAAGTGCATGAAGGGGTAGACTTATGCCACTTATTAGTTTCTT---GCATGATGAAACCTGTTGCTCTAAATTGACGAGGAAGATTTGCATGTGCATATCACTATTCTCTTGTTTA---TTTACTATCTGGACAGAGAATTACTGAACAAGCTGGCGTTGTCCTGATGCTCACTACAAGGCTTGCTTATACGCCGGAATCAATATCAGTGGTACTAATGGAGAGGTTATGCCTGGCCAGGTATCTTTTGGACAACTATTATTGTTTCACGAGTGGACTTGAATATCTATTGTAGTCCTCTAGTTCAAAT---------GATGAAGGCCTGATGCTTCTTGCAGTGGGAATTTCAAGTCGGTCCTAGTGTTGGAATTGAAGCTGGAGATCACATCTGGTGCGCGAGGTACCTGCTTGAGGTATGCCAAATTAATTAGTTC??????TCAAAGAAAGGGTGCCCATTCTTCCCTCTCTCC------AAC-----AAGATTCACCAAATCTTAAGTAC-----CACGACA--CATGCAAGTACATAATGCTAATCTTTCTTGATTCTTTGTCTTTCCAGAGAATT----------------------------------ACAGAACAAGCTGGCGTTGTCCTGCACGACT?AATTGAGCCTTGGTATGGAAACCTACTAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGGAATTAATAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATC-----CTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCAGAAAGCGAAAAAGGGGATAGG-----TGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAACGGAGTTGACTGCATTGGTAGAGGAATCTTTC---CATCGAAACTTCAGAAAGGATGAAGGATAAACGTATCTATTG--AATACTATATCAAATGATTAATAACGGCCCGAGTCTGTATCATATCTTTTTGTCTATGAAAAATGG----------GTGAATTGATTCC---------------ACATTGAAGAA{AG}GAATCGAATATTCATTCATCAAATCTTGCACTCCATAGTCCGATAGATCTTTTCTTTTAAAGAACTTATTAATTTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCGTTCTACATGTCAATACCGGCAACAATGAAACTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTTAAAATCGTG??????CTATCCCCAAAAAAGCCTATTTGACTCCAAAAATATTTATCCTATCCCCCTTTTCGTTAGCAGTTCAAAATTCCTTTATCTTTCTAAT------TGTTTTACAAATGTATTTGGGCGTAAATGACTTTCTCTTATC-------ACATGTGATATAGAAGACACATCAAAA-----TTAAGCAAGGAATCCCTATTGGAATGATTCACAATCAATAGCATTACTCATGCTGAAACTTACAAAGTCGTCTTTTTGAAGATCCGAGAGATTACAGG------ACTTGGAGAAAAC{GT}TTGTAATCTTCCCTTGTCCCTTTAATTGACATAGACCCCAGTCACATCATAAAATGAGGATGGGATGTTACAGTGGGAATGGTCGGGATAGCTCAGCTAAT?????????????TTTCTTGTTGGGTTGTATTGTAAATAGGCCACGATGGAGCTCGAGTCGAAAGGATTAATTAATTTCTCGGGGGCAAGGATCTAGGGTTAATGCCAATCAAT----CAATTGGAACAACTTCGTAAATGTATCTTCCATATATATATATATATATAT------AGAAATAGAAAGGATCCAATTCGAGCAAGTTTCCAATTCAAAACCAAAACTTGTTGGAATTGATCAAACTTTTTCGATTCAAAGTGTATCACGCGGGAATCAACTG----TCCATAGGATTCTTTGATAGAAAGAAATCAAAAAGGGGTATGTTGCTGCCATTTTGAAAGTATTAAGAAGCACCGAAGTAATGTCTAAACCCAATGATTTAAAAT-----AAAGATGAAAGGATCCAAGAACAAGTAAAACACTATTTTAATT------GTCTCGATAGTTTCAATAACTGGATTACTCTAAAG--AATCCAAATAGAATTTTAAACGAGACAAACAAAAGGGGG----TAAAGACCACTCAATAAATGAAATTGTCTAAAGTAAAGAAACCCTTTTTCCTTTGAGCTATTTGAGAGTTATTCAACTTGAGTTATGAGTACGAATGGTTTCTTTTT------CATTTTCCG?AAGGAAAAAAACGACTGAAATTATAGTCTAATTTATTTTATAGGCCCATTTGT?AT??AATTTATTGTCATTGAATAAATCAAACCTTGACGAATAACTAATTGATTTCCTTTCTTTCAGTTATCCTTTTCTCCCTTCCTGGTCTAGTAATAACCAAGCGGATTTTTCCAATGTATAAAATCTAAATTCCAACGGCTTTGGCTACTATAACCTTCCCGACCACGATTTTTTCTTTTTTTT--AGGTATTTTACTGCGAAATACGAAAGAAACAATCAATTTTCTTTTGCTAGATGTCAAAAA-TAGAGTAAAAAAAAAAAA--GAAATCCAAATTAAAT-------------------GGATAAAGAAATAGTGGGTTCCATCGTTTCTATGGTTACTTCTTAAACGGTGAGGTCTTCTCTATACACCGGAGCCCTTAACTTCATTTAATCAATGTTATTGAGAACTTGTATAGTTCTCACCACACTCTTCGGCTCTACCCATGAATTATCCAGTAATAGGTCTTTCACAAT------GAGACTCGCCTATACAGTAACGGTATTTAATTATGAAAGTTAGCTGGGGG--TAGCTGACCCTCGTAGTCCGTCCTTGACCGAGTGTGAACTTCATTTTT-CTGTTTTTTTTTT-CATTT-CATTTCAATAAGATTCCCTCCGCTTAAT-GGATAGCCATTTGCTACCAATGGAGAATTGCTTATCAACTTAAGTTCAGGTTGCCACAA-----TCGAAACCATAAACTTCATACACAATAAAGGGATCGATTTGCTTATTTTTAGATAGTAAATGGAGTTCCTTCTTCCATTCTATCCTATT{CG}ACTGGTACCGATCATTCATA{CG}TGGAAAGAGGTT{GT}TCT{GT}TCTTTTGTTTGTGCCAGCTCATGAT? Episcia_lilacina 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Episcia_sphalera 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Glossoloma_baguense 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Glossoloma_grandicalyx 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Glossoloma_herthae 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Glossoloma_martinianum 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Glossoloma_oblongicalyx 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Oerstedina_cerricola 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Paradrymonia_aurea 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Paradrymonia_aurea_1 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Rhytidophyllum_auriculatum ??????CCTACAAA-ACAAACCCCCAAACACATTCAAAA-CATTCTTACGTTCACCCTCTTAGATCTAT----CAT--CATCCACCGTCGCCCTCCC-TTCCC-TACTCAGCATGCGTGCGTGCGTTGTTC-GGT-TTAACGAACATCC-CGGCGCGACAACCG----AA-GGGAAA--CTATCATGAGAATGCTTGCTCCCGTGA-GGACCGTTCGCGGTA--ATA--GCGGGGTGGCA-TGCGCC-TCTTGTAT--CA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCTCCCCTCCC--ACCCCCTCTGCTTG-GCGGA-AGTGGG--CGGGCC-CCAA-GGGGGCGGATATTGGCCTCCCGTGCTGTTCTTGTGCGGCCGGCCCAAATTTGATTCCGCGTCGACGGAAGTCACGACTAGTGGTGGT---TGAAACAATCGGATGGGGTCGTGGAAGA-CCTCGGC----------GGATT-CGGACATGAGGA----GTGACCC-AGGA---------TTGCTTTCGACGATCTAAAGCAGCCATTAAGGAGCTGGTGCAGGCTAAGAAAAGTGGGAGTGGT------------AGT????????CATTTCTTCCCCTTCTGAATGCGAGGTACTGTCTGCAGGAACTGGTGAAACTTTCGAAAATGGCAGCTATATGGATGCGGATTCAAAGAAGAAATCACTGCCCCTGAATCCTAATTACAAGTGTAAAGAATATTCCAAAGATCCACAGCAGTCTGCATTAAATCTTGCTAAAGTATCAAGGGCTAAGGCAAGAGCAAGGGCCAGAGAAAGGACAAGAGAGAAAATGTGCATCAAGAAGCTTAATGAATCAAGAAACATGGACCCTGAT---TTGAACCCTCCGAACCAAATTCAGCCTACCCTCCACTGTCCCTTAAGTAATAGTGTACCTGCTTCAACAACTGAAGATTTAATTCAAGAAT---CCATTGTCATTAAAAGGATGTTGAAACAGTACCCTTCATTTTTTGGATTTCAACAAAACCTTATCGTTTCAAGGGATTTGAACTCGAATCTCCCTTCACCTAATATCAACAATAATTGGGATATCAATAGCTTAACCTCACAGTCGAT??TCACTACAAGGCTTGCTTATATGCTGGAATCAATATTAGTGGTACTAATGGGGAGGTTATGCCTGGCCAGGTTTCTTCCCCCAACTCTCTTTTGTGTTTTTTTTTT----?CCCTGATTGAACAT--------GCATATACCATTATAATGTAGTCTTGTAGTAAAA----GTATTGACTGTATCAACACTTCTTGAAGTGGGAATTTCAAGTCGGTCCAAGTGTTGGAATTGAAGCTGGAG------ATCACATCTGGTGCGCAAGGTACCTTCTTGAGGTATGCAATATTATATTATTTGTTCATAGGGAACTGATTCTGTATTTCAGAGACTGACCGCAAAAAAAATGTCTTCCATACTTCTCATTATCATGC----AGTGCATGAAGGGGTAGAGTTATGCCACTCATTATTTTCTT---GAATGATGAAACCTGTTTTCCTAAATTGACAAGGAAGATTTGCATGTGCATATCACTATTCTCTTGTTTA---TTTACTATCTTGGCCGAGA?TTACGGAACAAGCTGGTGTTGTCCTGATGCTCACTACAAGGCTGGCTTATATGCTGGAATCAATGTCAGTGGTACTAATGGAGAGGTTATGCCTGGGCAGGTATCTTTCAGACAACTGTTACTGTTTCACGAGTAGACTTGAATATCGATTGCAGTCCTCTTGTTAAAGT---------AATGAAGGATTGATGCTTCTTGCAGTGGGAATTTCAAGTCGGTCCTAGTGTTGGAATTGAAGCCGGAGATCACATCTGGTGCGCGAGGTACCTCCTTGAGGTATGCCAAATTTATTAGTTCATAGAGTCAAAGAAAGAGTGCCCCCTCTTCCCCCTCCAC------AACCACACACACTCCACCAAATCTTAAGCAC-----CACGACA--CGTGCAAGTACATAATGCTAATCTTTCTTGATTCATTGTCTTTCCAGAGAATT----------------------------------ACAGAACAAGCTGGCGTTGTCCT?????????????????CTTGGTATGGAAACCTACTAAGTGATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCCGGAATTAATAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATC-----CTGTTTTCTCAAAACAAAGGTTCAGAAAGCGAAAAAGGGGATAGG-----TGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGAGTTGACTGCATTGGTAGAGGAATCTTTC---CTTCGAAACTTCAGAAAGGATGAAGGATAAACGTATCTATTG--AATACTATATCAAATGATTAATAACGGCCCGAATCTGTATCATATCTTTTTGTATATGAAAAATGGAAGAATTGGTGTGAATTGATTCC---------------ACATTGAAGAAAGAATCGAATATTGATTCATCAAATCATTCACTCCATAGTCCGATAGATCTTTTCTTTTAAAGAACTTCTAAAT-----CGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCGTTCTACATGTCAATACCGGCAACAATGAAACTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTTAAA????????????????????????????????????????????????????????????TTTTTTCGTTAGCAGTTCAAAATTCCTTTATCTTTGTAAT------TGTTTTACAAATGTATTTGGGCGTAAATGACTTTCTCTTAGC-------ACATGTGATATAGAAGACACATCCAAA-----TTAAGCAAGGAATCCCTATTGGAATGATTCACAATCAATAGCATTACTCATACTGAAACTTACAAAGTCGTCTTTTTGAAGATCCAAGAGATTACAGGTACAGGACTTGGAGAAAACTTTGTAATCTTCCCTTGTCCCTTTAATTGACATAGACCCCAGTCACATCATAAAATGATGATGGGGTGTTACATTGGGAATGGTCGGGAAAGCCCAGCGGG-TAGAGCAGAGGACTTTCTTGTTGGGTTGTATTGTAAATAATCGACGATGGAGCTCGAGTCGAAAGGATTAATTAATTTCTCGGGGGCAAGGATCTAGGGTTAATGCCAATCAATCAATCAATTGGAACAACTTCGTAAATGTATCTTCCATAT----------------------AGAAATAGAAAGGATCCAATTCGAGCAAGTTTCCAATTCAAAACCAAAACTTGTTCGAATTGATCAAACTTTTTCGATTCAAAGTGTATCACGCGGGAATCAACTG----TCCATAGGATTCTTTGATAGACAGACATCAAAAAGGGGTATGTTGCTGCCATTTTGAAAGTATTAAGAAGCACCGAAGTAATGTCTAAACCCAATGATTTAAACT-----AAAGATTAAAGGATCCAAGAACAAGTAAAACACCATTTTAATT------GTCTCGATAGTTTCAATAACTGGATCATTCTAAAG--AATCCAAATAGAATTTTAAACGAGACAAACAAAAGGGGG----TAAAGACCACTCAATAAATGAGATTGCTTAAAGTAAAGAAAATATTTTTTCTTTGAGCTATTTGAGAGTTATCCAACTTGAGTTATGAGTACGAATGGTTTCTTTTT------CATTTTCAGGAAGGAAAAAAACGACTGAAATTAGAGTCTAATTTATTTTATGGGCCCATTTGTCATTTAATTTATT???ATTGAATAAATCAAACT???ACGAATAACTAATGGATTTCCTTTGTTTCAGTTATTCTTTTCTACCTTCCTGGTCTAGTAATAACCAAGCGGATTTTTCCAATGTATAAAATCAAAATTCCAATGGCTTTGGCTACTATAACCTTCCCGACCACGATTTTTTCTTTTTTTT--AGGTATTTTACTGCGAAATACGAAAGAAACAATCAATTTTCTTTTGCTAGATGTCAAAAA-TAGAGTCAAAAAAAAA----GAAATAAAAATTAAAT-------------------GGATAAAGAAATAGTGGGTCCCATCGTTTCTATGGTTACCTCTTAAACGGTGAGGTCTTCTCTATACACCGGAGCCTTTAACCTCATTTAATCAATGTTATTGAGAACTTGTATAGTTCACACCACACTCTTGGGCTCTACCCATGAATTACCCAGTCATAGGTCTTTCACAAT------GAGACTCGCCTATACAGTCACGGTATTTAATTATGAAAGTCAGCTGGG----TAGCTGACCCTCGTAGTCCACTCTTGACCAAGTCGGAACCTCATTTTT-ATGTTTTTTTTT--CATTT------CAATAAGATTTCCTCCGCTTAAT-GGATAGCCATTTGCTATCAATGGAGAATTGCTTATCATCTTAAATTCAGGTTGCACCAA-----TGGAAACCATAAACTTCATACACAATAAAGGGATCGATTTGCTTATTTTTAGATAGTCAATGGAGTTCCTTCTTCCATTCTATCCTATTCACTGGTACTGATCATTCATA{CG}TGGAAAGCGGTTTTCTTTTGGTT---TGT?????????????? 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Sinningia_incarnata 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Sinningia_richii 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