#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 19, 2024; 6:37 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Spies C.F., Meitz-hopkins J.C., Langenhoven S.D., Pretorius M.C., & Mcleod A. 2014. Two clonal lineages of Phytophthora citrophthora from citrus in South Africa represent a single phylogenetic species. Mycologia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14609] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=96; TAXLABELS Phytophthora_bisheria_P10117 Phytophthora_botryosa_P6945 Phytophthora_capsici_P1319 Phytophthora_citricola_CBS_22188 Phytophthora_citricola_STEU6750 Phytophthora_citrophthora_3BO 'Phytophthora citrophthora BO-01' 'Phytophthora citrophthora BO-02' 'Phytophthora citrophthora BO-03' 'Phytophthora citrophthora BO-04' 'Phytophthora citrophthora BO-05' 'Phytophthora citrophthora BO-06' Phytophthora_citrophthora_P0318_CTR1 Phytophthora_citrophthora_P3078_CTR1 Phytophthora_citrophthora_P3079_CTR1 Phytophthora_citrophthora_P7487_CTR1 Phytophthora_citrophthora_STEU6751 Phytophthora_citrophthora_STEU7420 Phytophthora_citrophthora_STEU7421 Phytophthora_citrophthora_STEU7422 Phytophthora_citrophthora_STEU7423 Phytophthora_citrophthora_STEU7424 Phytophthora_citrophthora_STEU7425 Phytophthora_citrophthora_STEU7426 Phytophthora_citrophthora_STEU7427 Phytophthora_citrophthora_STEU7428 Phytophthora_citrophthora_STEU7429 Phytophthora_citrophthora_STEU7430 Phytophthora_citrophthora_STEU7431 Phytophthora_citrophthora_STEU7432 Phytophthora_citrophthora_STEU7433 Phytophthora_citrophthora_STEU7434 Phytophthora_citrophthora_STEU7435 Phytophthora_citrophthora_STEU7436 Phytophthora_citrophthora_STEU7437 Phytophthora_citrophthora_STEU7438 Phytophthora_citrophthora_STEU7439 Phytophthora_citrophthora_STEU7440 Phytophthora_citrophthora_STEU7441 Phytophthora_citrophthora_STEU7442 Phytophthora_citrophthora_STEU7443 Phytophthora_citrophthora_STEU7444 Phytophthora_citrophthora_STEU7445 Phytophthora_citrophthora_STEU7446 Phytophthora_citrophthora_STEU7447 Phytophthora_citrophthora_STEU7448 Phytophthora_citrophthora_STEU7449 Phytophthora_citrophthora_STEU7450 Phytophthora_citrophthora_STEU7451 Phytophthora_citrophthora_STEU7452 Phytophthora_citrophthora_STEU7453 Phytophthora_citrophthora_STEU7454 Phytophthora_citrophthora_STEU7455 Phytophthora_citrophthora_STEU7456 Phytophthora_citrophthora_STEU7457 Phytophthora_citrophthora_STEU7458 Phytophthora_citrophthora_STEU7459 Phytophthora_citrophthora_STEU7460 Phytophthora_citrophthora_STEU7461 Phytophthora_citrophthora_STEU7462 Phytophthora_citrophthora_STEU7463 Phytophthora_citrophthora_STEU7464 Phytophthora_citrophthora_STEU7465 Phytophthora_citrophthora_STEU7466 Phytophthora_citrophthora_STEU7467 Phytophthora_citrophthora_STEU7468 Phytophthora_citrophthora_STEU7469 Phytophthora_citrophthora_STEU7470 Phytophthora_citrophthora_STEU7472 Phytophthora_citrophthora_STEU7473 Phytophthora_citrophthora_STEU7474 Phytophthora_citrophthora_STEU7475 Phytophthora_citrophthora_STEU7476 Phytophthora_citrophthora_STEU7477 Phytophthora_citrophthora_STEU7478 Phytophthora_citrophthora_STEU7479 Phytophthora_citrophthora_STEU7480 'Phytophthora citrophthora Vi-11' 'Phytophthora citrophthora Vi-12' 'Phytophthora citrophthora Vi-21' 'Phytophthora citrophthora Vi-22' Phytophthora_colocasiae_P6290 Phytophthora_colocasiae_P6317 Phytophthora_glovera_P10619 Phytophthora_heveae_P1000 Phytophthora_himalsilva_44 Phytophthora_himalsilva_60 Phytophthora_himalsilva_61 Phytophthora_himalsilva_72 Phytophthora_himalsilva_73 Phytophthora_himalsilva_86 Phytophthora_katsurae_P6921 Phytophthora_meadii_CBS_21988 Phytophthora_multivesiculata_CBS_54596 Phytophthora_sp._P1200_CTR2 Phytophthora_sp._P3771_CTR3 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M18285] TITLE 'Btub, COI and ITS - all isolates'; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=2670; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Phytophthora_citricola_STEU6750 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Phytophthora_citrophthora_3BO 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'Phytophthora citrophthora BO-01' 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'Phytophthora citrophthora BO-03' CTGCAGCTGGAGCGCATCAATGTGTACTACAACGAGGCTACGGGCGGCCGTTACGTGCCCCGTGCCATCCTTATGGATCTGGAGCCCGGCACAATGGACTCGGTCCGCGCTGGCCCTTACGGTCAGCTCTTCCGCCCGGACAACTTCGTGTTCGGCCAAACAGGCGCCGGTAACAACTGGGCCAAGGGACACTACACAGAGGGTGCAGAGCTGATCGACTCGGTGCTTGATGTCGTCCGTAAGGAGGCTGAGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGTTTCCAGATCACCCACTCGCTTGGTGGCGGTACCGGTTCCGGTATGGGTACGCTTCTTATCTCGAAGATTCGTGAGGAGTACCCCGACCGTATCATGTGCACGTACTCGGTGTGCCCGTCGCCTAAGGTGTCGGACACTGTCGTGGAGCCCTACAACGCCACGTTGTCGGTACACCAGCTTGTCGAGAACGCTGATGAGGTCATGTGCCTGGATAACGAGGCTCTGTACGATATTTGCTTCCGTACGCTAAAGCTCACCACGCCCACATACGGTGACCTGAACCACTTGGTGTGTGCTGCCATGTCCGGTATCACGACGTGCCTGCGTTTCCCCGGTCAGTTGAACTCGGACCTGCGTAAGCTGGCTGTGAACCTGATCCCGTTCCCGCGTCTCCACTTCTTTATGATTGGTTTCGCCCCGTTGACCTC{GT}CGTGGATCTCAGCAGTACCGTGCCCTCACCGTCCCTGAGCTGACCCAGCAACAGTTCGATGCTAAGAACATGATGTGTGCCGCTGACCCTCGCCACGGTCGCTATTTAACTGCCGCGTGTATGTTCCGCGGACGGATGAGCACGAAGGAGGTTGACGAACAGATGCTGAACGTGCAGAACAAGAACTCATCGTACTTCGTTGAGTGGATCCCCAACAACATCAAGGCTAGTGTGTGTGATATTCCTCCCAAGGGTCTGAAGATGAGCACCACGTTCATTGGTAACTCGACCGCCATCCAGGAGATGTTCAAGCGTGTGTCCGAACAGTTTACGGCAATGTTCCGTCGTAAGGCTTTCTTGCAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCAGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTAATTGTTACTGCTCATGCTTTCATCATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGAGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGTCCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACTGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATATCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTCTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAAG----------------------------------------------------------------------------------------------GTGTTGCTTGGCGTTTTTGCTG-------------------------------AGCCACGCCCTATCATGGCGAATGTTTGGACTTCGGTCTGGGCTAGTAGCTTTTTTGTTTTAAACCCATTTAACAATACTGATTATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTA--ACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATGTGCCAGATGTGAAGTGTCTTGCG-GTTTTTGTGCCTTCGGGCCAT-GGCTGCGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGGTGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGCGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTCTGCTGC{AG}GCG-TTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAG-GCGCTTATTGTATGCTTTTCCTGCTGTGGCGTGATGGGCTGGTGAACCGTAGCTGTGTGTGGCTTGGCTTTTGAATCGGCTTTGCTGTTGCGAAGTAGAGTGGCGGCTTCGGCTGTCGA-GTGTCGATCCA-TTTTGGGAACGTTTGTGTGCGCTTTCGAGTGTG---------------------------------------------- 'Phytophthora citrophthora BO-04' 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'Phytophthora citrophthora BO-05' 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Phytophthora_citrophthora_STEU7443 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Phytophthora_citrophthora_STEU7474 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Phytophthora_citrophthora_STEU7480 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Phytophthora_colocasiae_P6290 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Phytophthora_colocasiae_P6317 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Phytophthora_himalsilva_72 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Phytophthora_sp._P3771_CTR3 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