#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 30, 2024; 2:11 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Zhao C.L., Cui B., & Steffen K.T. 2013. Yuchengia, a new polypore genus segregated from Perenniporia (Polyporales, Basidiomycota) based on morphological and molecular characters. Nordic Journal of Botany, 31: 331–338. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12005] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=59; TAXLABELS Antrodia_alpina_RLG6107 'Antrodia carbonica FP105585-R' Antrodia_xantha_TFRI879 Bjerkandera_adusta_DAOM215869 Diplomitoporus_lindbladii_Dai6414 Diplomitoporus_lindbladii_HHB5629 Perenniporia_corticola_Cui_2655 Perenniporia_corticola_Cui1248 Perenniporia_corticola_Cui1465 Perenniporia_corticola_Dai7330 Perenniporia_detrita_MUCL42649 Perenniporia_fraxinea_Cui7154 Perenniporia_fraxinea_Cui8871 Perenniporia_fraxinea_Cui8885 Perenniporia_fraxinea_DP83 Perenniporia_latissima_Cui6625 Perenniporia_maackiae_Cui5605 Perenniporia_maackiae_Cui8929 Perenniporia_martia_Cui7992 Perenniporia_martia_MUCL41677 Perenniporia_martia_MUCL41678 'Perenniporia medulla-panis Cui3274' 'Perenniporia medulla-panis Dai10780' 'Perenniporia medulla-panis MUCL43250' 'Perenniporia medulla-panis MUCL49581' Perenniporia_ochroleuca_Dai11486 Perenniporia_ochroleuca_MUCL39563 Perenniporia_ochroleuca_MUCL39726 Perenniporia_ohiensis_Cui5714 Perenniporia_ohiensis_MUCL41036 Perenniporia_pyricola_Cui9149 Perenniporia_pyricola_Dai10265 Perenniporia_robiniophila_Cui5644 Perenniporia_robiniophila_Cui7144 Perenniporia_robiniophila_Cui9174 Perenniporia_tenuis_Cui5523 Perenniporia_tephropora_Cui6331 Perenniporia_tephropora_Cui8040 Perenniporia_tephropora_Cui9029 Perenniporia_truncatospora_Cui6987 Perenniporia_truncatospora_Dai_5125 Pyrofomes_albomarginatus_Cui8838 Pyrofomes_albomarginatus_Cui8844 Trametes_elegans_BCC23751 Trametes_elegans_Cui10748 Trametes_hirsuta_Cui7784 Trametes_ochracea_PRM900601 Trametes_suaveolens_Dai10729 'Yuchengia narymica 0308/21-J' 'Yuchengia narymica 0709/157' 'Yuchengia narymica 0709/42' 'Yuchengia narymica 0808/10' 'Yuchengia narymica 0809/3' 'Yuchengia narymica 1009/22' Yuchengia_narymica_Dai10510 Yuchengia_narymica_Dai6989 Yuchengia_narymica_Dai6998 Yuchengia_narymica_Dai7016 Yuchengia_narymica_Dai7050 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M20535] TITLE Yuchengia_ITS; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=625; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Antrodia_alpina_RLG6107 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T-TTGAAAGGGGTTGTAGCTGGCCT-TCC----GGGGCAA-TGTGCACGCCCTGCTCAATCC---ACTCTCT--ACACCTGTGCACTTACTGTGGGTC-CTCTGGGGCG-CCGAGCG-GGCCTTT---CTT----GGCCTGTGAAAGCCCCCTCCGGGCCTGCGTTTTTAT--TATAA-AC--TCCAAAGTCGTCGGAATGTG--CAATGCG--ATGTAA-CGCATCTATA-TA-CAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCGAGGAGCATGCCTGTTTGAGTGTCATGAAT-CCCTCAACTT-ACAGGCCTTTGTGG------TTTG-TAGGGTTGGACTTTGGAGGTGT--TGTCGGCCAG-GCGGT-----CCGGCTCCTCCT-AAATGCATTAGTTC-GGTTCCTTGTGAATCGGCTC-TCGGCGTGATAATTGT--CTGCGCTGTGG-CCGTGAAGCGTT--------------TG-------ACG-AGCTTCTTAGCTGTCTC-TTATCAGGACTA 'Perenniporia medulla-panis Cui3274' 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