#NEXUS
[!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file.


Generated on May 13, 2024; 2:50 GMT

TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Gu W., Li M., Xu Y., Wang T., Ko J., & Zhou T. 2014. The impact of RNA structure
on coding sequence evolution in both bacteria and eukaryotes. BMC Evolutionary Biology,
.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15642]

BEGIN TAXA;
        TITLE  Taxa;
        DIMENSIONS NTAX=12;
        TAXLABELS
            Drosophila_ananassae
            Drosophila_erecta
            Drosophila_grimshawi
            Drosophila_melanogaster
            Drosophila_mojavensis
            Drosophila_persimilis
            Drosophila_pseudoobscura
            Drosophila_sechellia
            Drosophila_simulans
            Drosophila_virilis
            Drosophila_willistoni
            Drosophila_yakuba
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M21767]

	TITLE fly_data_Matrix;
	LINK TAXA = Taxa;
	DIMENSIONS NCHAR=576;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                    10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570      ]
[                                     .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .      ]
Drosophila_ananassae         ATGCTTCTGATGGACGCCCTCTTTAACAGTCTGCTGGTGGTGAGCTCCGGCTATGCCATGTACACCCTGCGCCCCCTGGAGACGCCCTACGGATATGCCGCCGCCGCCCTCAGTCTGGTCCATGGGCTGTTGGGCGTGGCCCGAGCCGCCAGCAACGACGATGACGAGTGCAATCGATTGCGTTTAATCACATCCGGTATCATGGAGATCGTTCCGCTGCCACTGACCAACATCGAACTGTATCTGAAGTCGACCAACCCGGGCCTGGCGCTGGCCCATGGCTGTTTTGTGGTGCCGCTGGCCTACGATCTGATGGCCAAAATGGGTGACAACGAGGACACCTCCACCGAGACCCTCAAGGAGCTGACCCTGCTGGGGAATGTCGTCTCCATGCTCTTCCTGGGCGTGAACCAGCTGAGCAACATGTACGGCGGCATGGCGGCCATCGCCTTCGCGGCCCGCTACGGCTCCGTCATCCTTGACTACTACTGGGAGGGCCTCGGCTCCGACTTCAATCTCCTGGCCCACTCCATGTTCATTGTCCTGATGACGATGACCCTCTCGGCCAAA------
Drosophila_erecta            ATGCTGCTAATGGACGCATTGTTCAACAGCCTATTGGTGGTCAGTTCCGGCTATGCGATGTACAGCCTCCACCCCCTGGAAACGCCCTATGGTTATGCAACAGCGACCTTGAGCCTCGTCCACGGAATCTTGGGTATGGTCCGGGCGGCGAGCAACGACGACGATGAATGCAATCGGATGCGGCTGATACCGTCGGGCATTATGGAGATAGTGCCGCTGCCATTGACCAATATCGAGCTCTATCTGAAGTCCAGCAATCCGAGCCTGGCTTTGGCCCACACCTGCTTTGTGGTGCCATTGGTCTACGACATGATGGCCAAATTGGCTGGCACCGAGGACACATCCATCGAAACCCTCAAGGAACTCACACTCCTGGGCAACGTGGTCTCCCTGCTCTTCCTGGGCGTCAATCAGTCCAACAATCTGTATGGCGGCATGGCTGCCATTGCTTTTGCGGCTCACTACGGTTCTGTTATT---GACTATTACTGGAAGGGATTGGGTGGCGAGTTCAACCTGCTGGCCCACTCCATGTTTGTCGTCCTGATGACCATGACACTGGCGGCTAAA------
Drosophila_grimshawi         ATGCTGTTCATGGACGCACTGTTCAACAGCTTGCTGGTGGTCAGCTCCGGCTATGCGATGTACACGCTGCATCCGTGGCAAACACCCTACGGCTATGCGGCGGCCGCATTGAGTCTGGTGCATGGACTGCTGGGTGTGGTGCGGGCGGCAAACAACGATGATGATGAATGCAATCGCGCACGGCAGATAACGTCCGGTGTTATGGAGCTGGTGCCGTTGCCATTGGCCAACATCGAGCTGTATCTGAAATCGTCCAGTCCGCATCTGGCAATGGCGCATGGCTGCTTTGTGATACCGTTGGCCTTCGATCTGGTTGCCAAGTGGCGCGACAGCGAGGACAATTCAACGGCGACGCTCAAGGATCTGACGCTGCTCGGCAATGTGGTATCGCTGCTCTTTCTGGGCGTCAATCAGTCGAGCAATGTTTGCGGTAGCATGGCGGCAATTGCAATGGCTGCACGCTACGGCTCCGTCATGCTCGAATATTACTGGGAGGGTCTAGGCATTCACTTCAATCTGCTGGCCAATTCGGCGTTCATCGTACTAATGGCCATGACCCTGACGACAAAGTCC---
Drosophila_melanogaster      ATGCTGGTCATGGACGCATTGTTTAACAGCCTATTGGTGGTCAGTTCCGGCTATGCGATCTACACTCTCCATCCAATGGAAACACCCTATGGCTATGCAACAGCGGCCTTGAGCCTGGTCCATGGAATTTTGGGAATGGTGCGAGCGGCGAGCAACGACGATGACGAATGCAATCGGGTGCGATTGATTACGTCGGGCATCATGGAGATAGTACCGCTGCCCCTGACCAATATGGAGCTGTATCTGAAGTCCACCAATCCGGGCTTGGCTTTGGCGCACACATGTTTTGTGGTGCCATTAGTCTACGATATGTTGGCCAAAGTGGTTGACACCGAGGATACCGTAACGGAGACCCTTAAGGAACTAACACTGTTGGGCAACGTTGTGTCCATGCTCTTTTTGGGCGTCAACGAGTCGAATAATATGTACGGCATCTTGGCTGCCATCGCTTTTGGTGCTCGATACGGTTCCGCTTTTCTCGACTACTACTGGAAGGGATTAGGTGCCGAATTCACCCTACTGGCCCACTCCATGTTTGTCCTACTGATGACGATGACCCTTTCGGCGAAA------
Drosophila_mojavensis        ATGCTGTTCATGGACGCGCTGTTCAACAGCTTGCTGGTGGTCAGCTCCGGCTATGCAATGTACACGCTGCATCCATTGCAGACGCCCTATGGTTACGCGGCGGCGGCGTTGAGTCTGGTCCATGGGCTGCTGGGCGTGGTGCGGGCGGCGAACAATGATGACGATGAGTGCAATCGATTACGTCAGATAACTTCTGGTATTATGGAGCTGGTGCCGCTGCCATTGGCCAACATTGAGCTCTACTTGAAGTCCTCGAGCCCGCACTTGGCCATGGCGCACGGCTGCTTCTTGGTGCCGCTCACCTTCGATGTGGTGGCCAAGTGGCGCGACGTCGAGGACAATTCAACGATGACACTTAAGGATCTGACCCTGCTCGGCAATGTGGTCTCGCTGCTATTCCTGGGCGTCAATCAGTCCAGTAATATCTATGGGGGGATGGCGGCCATCGCCTTCGGAGCGCGCTACGGATCCGTCATGTTCGACTATTACTGGGAGGGCCTCGGAGTCCAATTCAACTTACTGGCCAACTCCGCCTTCATTATGCTAATGGCCATGACGCTGACGGCCAAGTCC---
Drosophila_persimilis        ATGCTAGTGATCGACGCCCTGTTCAATAGCCTGCTGGTGGTCAGCTCCGGCTATGCCATGTACACCTTGCATCCGACGAAAACCCCGTACGCCTATGGGGTGGCAACCCTTAGTCTGATACACGGACTGCTGGGCGTGGGGCGGGCCGCTTGCAACGATCACGACGAGTGCAATCGGGTGCGACTGATCACATCGGGTGTCATGGAGATTGCTCCGCTGCCACTGGTCAACATCGAACTGTACCTGAAGTCG---AATCCCAGTCTGGCCTTTGCCCACAGCTTCTTTTTGGTGCCGCTTGCCTTCGATATAGTGGCCAAAATGACCGATACCGAGGACATCTCCACGGAGTCGCTCAAGGAGCTTACACTCTTGGGCAACCTGGTCTCACTGCTCTTCCTGGGCGTCAATCAGTCGAACAATATGTACGGAGCCATTGCCACTGTGGCCTTTGCGGCCCGCTACGGATCCTTGATAATCGATCACTACTGGGAAGGACGCGGATCTGACTTCAGGCTGTTGGCCAATTCCCTTTTCATTGTATTGATGACCCTCACCTTGTCGGCCAAG------
Drosophila_pseudoobscura     ATGCTAGTGGTCGACGCCCTGTTCAATAGCCTGCTGGTGGTCAGCTCCGGCTATGCCATGTACACCTTGCATCCGGCGAAAACCCCGTACGCCTATGGGGTGGCAACCCTTAGTCTGATACACGGACTGCTGGGCGTGGGGCGGGCCGCTTGCAACGATCACGACGAATGCAATCGGGTGCGACTGATCACATCGGGTGTCATGGAGATTGCTCCGCTGCCGCTGGTCAACATCGAATTGTACCTGAAGTCG---AATCCCAGTCTGGCCTTTGCCCACAGCTTCTTTTTGGTGCCGCTTGCCTTCGATATAGTGGCCAAAATGACCGATACCGAGGACATCTCCACGGAGTCGCTCAAGGAGCTTACACTCTTGGGCAACCTGGTCTCACTGCTCTTCCTGGGCGTCAATCAGTCGAACAATATGTACGGAGCCATTGCCACTGTGGCCTTTGCGGCCCGCTACGGATCCTTGATAATCGATCACTACTGGGAAGGACGCGGATCTGACTTCAGGCTGCTGGCCAATTCCCTTTTCATTGTATTGATGACCCTCACCCTGTCGGCCAAG------
Drosophila_sechellia         ATGCTGGTCATGGACGCGTTGTTTAACAGCCTGTTGGTGGTCAGTTCCGGCTATGCGATGTACACCCTTCACCCAATTGAAACGCCCTATGGCTATGCAACAGCGGCCTTGAGCCTGGTCCACGGAATTTTGGGGATGGTGCGGGCGGCGAGCAACGACGATGACGAGTGCAATCGGGTGCGACTGATTACGTCGGGCATCATGGAGATAGTGCCGCTGCCCCTGACCAATATCGAGCTCTATCTGAAGTCCACCAATCCGGGCCTGGCGTTGGCCCACTCCTGTTTTGTGGTGCCATTATTCTACGATATGTTGGCCAAGGTGCGTGACACCGAGGACACCTCCACGGAGACCCTGAAGGAACTCACACTGGTGGGCAACGTTGTGTCCCTGCTCTTTCTGGGCGTCAACGAGTCCAGCAATGTGTACGGCGCCATGGCTGCCATCGCTTTTGGAGCTCGCTACGCTTCCGCTTTCCTCGACTACTACTGGAAGGGACTAGGTGCCGAGTTCACCCTGCTGGCCCACTCCATGTTTGTCCTACTGATGACCATGACCCTTTCGGCGAAA------
Drosophila_simulans          ATGCTGGTCATGGACGCATTGTTCAACAGCCTGTTGGTGGTCAGTTCCGGCTATGCGATGTACACCCTTCACCCAATCGAAACGCCCTATGGCTATGCAACAGCGGCCTTGAGCCTGGTCCACGGAATTTTGGGGATGGTGCGGGCGGCGAGCAACGACGATGACGAGTGCAATCGGGTGCGACTGATTACGTCGGGCATCATGGAGATAGTGCCGCTGCCCCTGACCAATATCGAGCTCTATCTGAAGTCCACCAATCCGGGCCTGGCGTTGGCCCACTCCTGTTTTGTGGTGCCATTATTCTACGATATGTTGGCCAAGGTGCGCGACACCGAGGACACCTCCACGGAGACCCTGAAGGAACTCACACTGGTGGGCAACGTTGTGTCCCTGCTCTTTCTGGGCGTCAACGAGTCCAACAATATGTACGGCGCCATGGCTGCCATCGCTTTTGGAGCTCGCTACGCTTCCGCTTTCCTCGACTACTACTGGAAGGGACTAGGTGCCGAGTTCACCCTGCTGGCCCACTCCATGTTTGTCCTGCTGATGACCATGACCCTTTCGGCGAAA------
Drosophila_virilis           ATGCTATTCATGGATGCGCTGTTCAACAGTTTGCTGGTGGTTAGCTCCGGATATGCGATGTACACGCTGCAGCCAACGCAAACGCCCTACGGATATGCGGCGGCGGCAGTGAGTCTGGTCCATGGGCTGCTGGGGGTGGTGCGGGCGGCGAACAATGATGACGATGAGTGCAATCGGCTGCGCCAGATAACGTCCGGGATTATGGAGCTGGTGCCGCTGCCATTGACCAACATTGAGCTGTATCTGAAATCGTCGAGTCCGCATTTGGCCATGGCGCATGGCTGCTTTTTGGTGCCGCTGGCCTTTGATGTGGTGTCCAAATGGCGTGACATCGAGGATAACTCAACCGTTACGCTCAAGGATCTGACGCTGCTCGGCAATGTGGTGTCGCTGCTCTTCCTGGGTGTCAACCAGTCGAGCAACGTCTACGGCGGAATGGCGGCAATTGCGTTCGCTGCACGTTACGGCTCTGTCATGTTCGACTACTACTGGGAGGGTCTGGGTGTCCACTTCAATCTGCTGGCCAATTCCGCCTTCATTGTGCTAATGGCCATGACCCTGACGACCAAATCC---
Drosophila_willistoni        ATGCTATTTATGGATGCTCTATTCAATAGCCTGCTAGTGGTTAGTTCCGGCTATGCCATGTATACATTGCATCCATTGCAGACACCGTATGGTTATACGGCAGCTGGTATTAGTTTGATGCACGGACTGCTCGGCGTTATGAGAGCCATTAAGAATGATGAAGGTGAATGCAATGGCCTACGTTTGATCACATCCGGGATAATGGATATTGTACCATTGCCATTGACCAATATTGAATTGTATCTAAGGTCATCGAGTCCACATTTGGCACTGGCTCACGCTTGTTTTGTTGTTCCGCTAGTCTATGATATAGCGGCCAAGGTGACCGACAGTGAGGATACTTCAACGGAAACCCTAAAGGAGCTCACTATGCTGGGCAATGTGGTATCAATGCTATTTCTTGGAGTCAATCAATCGAGTAATATGTACGGCAGCATGGCAGCCCTTGCATTCGGAGCACGGTACGGTCCCGTTTTATTGGACCATTATGTTGACGGTTTGGGTGCCAATTTCAATTTGTTGGCCAATTCCATGTTCATTGTGCTAATGGCTATGACTCTGACGGTTAAGCAAATC
Drosophila_yakuba            ATGCTGCTGATGGACGCATTGTTCAACAGTCTGTTGGTGGTCAGTTCCGGCTATGCGATGTACACCCTCCACCCCCTGGAAACGCCCTATGGTTATGCAACAGCGGCCTTGAGCTTGGTTCATGGAATTTTGGGGATGGTGCGAGCGGCGAGCAATGACGATGATGAGTGCAATCGGGTGCGGCTGATTACGTCGGGCATCATGGAGATAGTGCCGCTGCCTTTGACCAATATCGAGCTCTATCTGAAGTCCACCAATCCGAGCCTGGCCTTGGCCCACACCTGTTTTGTAGTGCCATTGGTCTACGACATGATGGCCAAATTAGCTGACAACGAGGACACCTCCACGGAGACCCTAAAGGAACTCACACTCCTGGGCAACGTTGTCTCCCTGCTTTTCCTGGGCGTCAACCAGTCCAGCAATCTGTATGGCGGCATGGCTGCCATCGCTTTTGCAGCTCGCTACGGTTCTGTTATCCTCGACTACTACTGGAAGGGACTTGGTGCCAAGTTCAACCTGCTGGCCCACTCCATGTTTGTCGTCCTGATGACCATGACGCTTTCGGCAAAA------
;
END;