#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 19, 2024; 6:39 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Senousy H., Beakes G., & Hack E. 2004. Phylogenetic placement of Botryococcus braunii (Trebouxiophyceae) and Botryococcus sudeticus isolate UTEX 2629 (Chlorophyceae). Journal of Phycology, 40: 412-423. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1156] BEGIN TAXA; TITLE Consensus; DIMENSIONS NTAX=58; TAXLABELS 'Acrosiphonia sp. SAG-127.80' Ankistrodesmus_stipitatus Asteromonas_gracilis Botryococcus_braunii_Ayame Botryococcus_braunii_Berkeley 'Botryococcus braunii CCAP 807/1' Botryococcus_braunii_Songkla_Nakarin Botryococcus_braunii_Titicaca Botryococcus_sp._UTEX_2629 Bracteacoccus_minor Chaetophora_incrassata Characiopodium_hindakii Chlamydomonas_moewusii Chlamydomonas_reinhardtii Chlamydopodium_vacuolatum Chlorella_ellipsoidea Chlorella_kessleri Chlorella_luteoviridis Chlorella_minutissima Chlorella_mirabilis Chlorella_saccharophila Chlorella_sp._HvT Chlorella_vulgaris Chlorella_zofingiensis Chlorococcum_hypnosporum Choricystis_minor 'Choricystis sp. SAG 251-2' Dictyochloropsis_reticulata Dunaliella_salina Ettlia_minuta Floydiella_terrestris Fusochloris_perforata Gloeotilopsis_planctonica Hydrodictyon_reticulatum Microthamnion_kuetzingianum Myrmecia_biatorellae Nanochlorum_eucaryotum Neochloris_aquatica Nephroselmis_olivacea Parietochloris_pseudoalveolaris Pediastrum_duplex Pleurastrum_insigne Polytoma_anomale Protosiphon_botryoides Prototheca_wickerhamii Pseudoscourfieldia_marina Scenedesmus_obliquus Scenedesmus_vacuolatus Scherffelia_dubia Spermatozopsis_similis Stephanosphaera_sp._UTEX_LB_2409 Tetraselmis_striata Trebouxia_impressa Trebouxia_magna Trebouxia_usneae Ulothrix_zonata Ulva_rigida Watanabea_reniformis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2453] TITLE 18S_rDNA; LINK TAXA = Consensus; DIMENSIONS NCHAR=1859; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] 'Acrosiphonia sp. 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Botryococcus_braunii_Ayame 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Botryococcus_braunii_Berkeley 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Botryococcus_braunii_Titicaca -------------CTG-CCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGTTT-ATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGG-TACCTTGCTACTCGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGT-AAATCCCGACTTCT-GGAAGGGACGTATTTATTAGATAA-AAGGCTGA-CCAGGCATCTGCCTGACTCTTGCTGATTCATGATAACTTGACGGATCGCATGGGCTT-GCCC-CGGCGACGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTGTCGATGGTACGGTATTGGCCTACCATGGTGTTCACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGCGCCTGAGAGACGGCGACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACA-----------ATAAATAACAATATCGGGGTTTATAAACTCTGATAATTGGAATGAGTACAATCTAAAA-TCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTC-GGGCGGGGACCGG-CGGTCCGCC-ATCCGGTGTGCACTGCCG--AGCCTCGCC-TTGCTGCCGGGGACGGGCTCCTGGGCTTCACT-GTCCGGGACCCG-GAGTCGGCGTGGTTACTTTGAGTAAAGTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTACGCTCTGAATATGTTAGCATGGAATAACACGATAGGACTCTGG-CCTATCTTGTTGGTCTGTGGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCCTAGTCTCA-ACCA-TAAACGATGCCGACTAGGGATTGGAGGGTGTTCCATTGATGACCCCTCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA--CCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATA-GTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCAG-ACCTGGTTCT-TCCAGGCC--GC---CGACTTCTTAGAGGGACTCTTGGCGACT-AGCCAATGGAAGTGTGAGGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGCCTAG--CCTTGACCGAGAGGTCCGGGTAATCTGAGAAACTGCATCGTGATGGGGCTAGATTATTGCAATTATTAATCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCTTGTCATCAGCAAGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTA-CCGATTGGGTGTGCTGGTGAAGCGTTCGGATCGGCTGCA-CTG-GGCGGTTCG-CCGCTTG-ATGCAGCTGAGAAGTTCGTTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTT-CCG-TAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTG-- Botryococcus_sp._UTEX_2629 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Bracteacoccus_minor 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Chaetophora_incrassata 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Characiopodium_hindakii 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Chlamydomonas_moewusii ---------------------TAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAG-TACCTT-ATACTGCGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAATTTATTTGATGG-TACTT-ACTACTTGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGGATAATCCCAACTTCT-GGAAGGGACGTATTTATTAGATAA-AAGGCCAG-CCGTGCT--TGCACGATCCTGGTTGATTCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTT-GTGC-CGGCGATGTTTCAAATAAATATCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGATAACGGGTGACGGAGGATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATCCCGATACGGGGAGGTAGTGACA-----------ATAAATAACAATATCGGGCATCC-AATGTCTGATAATTGGAATGAGTACAATCTAAAT-CCATTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAGGCTCGTAGTCGAATTTC-GGGTGCATCTCGG-CGGTCCGCC-TCT-GGTGAGTACTACTGT-GGATGCACC-TTTCTGTCGGGGACAGGCTCTTGGGCTTCACT-GTCTGGGACCTG-GACTCGCCGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCGAAAGCCTTGAATACATTAGCATGGAATAGCATGATAGGACTCTGG-CCTATCTTGCTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTGGTATTTCCGAGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTTCGGAAAGACCTACCACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTAGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCT-ACCA-TAAACGATGCCGACCAGGGATTGGCAGGTGTTCCTTTGATGACCCTGCCAGCACCTTGAGAGAAATCAGAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA--CCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAATCTTACCAGGTCCAGACGCG-GGAATGATGAACAGATTGAGAGCTCTTTTTTGATTCTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCGG-CGGTCCTTTC-TGGATCGC--CT---CGACTTCTTAGAGGGACTATTGACGTTT-AGTCAATGGAAGTGTGAGGCAATAACAGGTCTGTGAT?CCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCAATCAACGAGCCTAT--CCTTGGCCGAGAGGCCTGGGTAATCTTGGAAATTGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTATTAGTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTA-CCGATTGGGTGTGCTGGTGAAGTGTTCGGATTGGCTTTG-AGG-GGTGGCAA---CACTCC-CCAGAGCCGAGAAGATCATTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTT-CC------------------------------ Chlamydomonas_reinhardtii 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Chlamydopodium_vacuolatum 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Chlorella_ellipsoidea 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Chlorella_kessleri 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Chlorella_luteoviridis 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Chlorella_minutissima 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Chlorella_mirabilis 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Chlorella_zofingiensis 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Choricystis_minor AACCTGGTTGATCCTG-CCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGG-TACCTTACTACTCGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGT-AAATCCCGACTTCT-GGAAGGGACGTATTTATTAGATAA-AAGGCCGA-CCGGGCT--TGCCCGACTCGCGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTT-GTGC-CGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCAACCGTAAGGTAGTGGCCTACGGTGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGATACAGGGAGGTAGTGACA-----------ATAAATAACAATACCGGGGTTTTTCAACTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAAT-CCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTC-GGGCGGGGCCTGC-CGGTCCGCC-TTT-GGTGTGCACTGGCA--GGGTCCGCC-TTGCTGTCGGGGACGGGTTCCTGGGCTTTACT-GTCTGGGACTCG-GAGTCGACGTGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCTTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACGCGATAGGACTCTGG-CCTATCTTGTTGGTCTGTGGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCCTAGTCTCA-ACCA-TAAACGATGCCGACTAGGGATTGGGGGGTGTTCCTTTGATGACCCCCCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA--CCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATA-GTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCCG-TCTTGGTTTT-TCCAGGGC--GC---TGACTTCTTAGAGGGACTCTCGGCGACT-AGCCGATGGAAGTGTGAGGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGCCTAA--CCTTGGCCGGAAGGTCCGGGTAATCTGTGAAACTGCATCGTGATGGGGCTAGATTATTGCAATTATTAATCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGATTCATCAGATCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTA-CCGATTGGGTGTGCTGGTGAAATGTTGGGATTGGCGGCA-GAT-GGCGGTTCG--CGCACT-CTGCCACCGAGAACTTCATTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTT-CCG-TAGGTGAACCTGCAGAAGGATCAA---- 'Choricystis sp. SAG 251-2' ----------------------AGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGG-TAACTTACTACTCGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGT-AAATCCCGACTTCT-GGAAGGGACGTATTTATTAGATAA-AAGGCCGA-CCGGGCT--TGCCCGACTCGCGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTC-GTGC-CGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCAACCGTAAGGTAGTGGCCTACGGTGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACA-----------ATAAATAACAATACCGGGGTTTTTCAACTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAAT-CCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTC-GGGCGGGGCCTGC-CGGTCCGCC-TTTCGGTGTGCACTGGCA--GGGTCCGCC-TTGCTGCCGGGGACGGGTTCCTGGGCTTCACT-GTCTGGGACTCG-GAGTCGGCGTGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACGCGATAGGACTCTGG-CCTATCTTGTTGGTCTGTGGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCCTAGTCTCA-ACCA-TAAACGATGCCGACTAGGGATTGGGGGGTGTTCCTTTGATGACCCCCCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA--CCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATA-GTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCTTGCTAAATAGTCCG-CCTTGGTTCT-TCCAGGGT--GC---TGACTTCTTAGAGGGACTCTCGGCGACT-AGCCGATGGAAGTGTGAGGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCAATCAACGAGCCTAA--CCTTGACCGAGAGGTCCGGGTAATCTGCGAAACTGCATCGTGATGGGGCTAGATTATTGCAATTATTAATCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCATGTCATCAGCATGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTA-CCGATTGGGTGTGCTGGTGAAATGTTCGGATTGGCGGCA-GGA-GGCGGTTCG-CCGCACT-CTGCCACCGAGAAGTTCATTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTT-CCG-TAGGTGAACCTGCAGAAGGATCAA---- Dictyochloropsis_reticulata -------------------------CATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGATACCTTGCTACTCGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGC-ACATCCCGACTCCT-GGAAGGGACGTATTTATTAGATAA-AAGGCCGA-CCGCGCT-TTGCGCGACTCGCGGTGAATCATGATAACTCGACGAATCGCATGGCCTCTGTGC-CGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACA-----------ATAAATAACAATACCGGGGCTTATCAGTTCTGGTAATTGGAATGAGAACAATCTAAAT-CCCTTATCGAGGATCGATTGGAGGGCAAGTCTGGT?CCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTT{CG}CAGTTAAAAAGCTCGTAGTTCGATTTC-GGGCGGCCGC-TC-TGGTCCGCC-TTCGGGTGTGCACTGGCG--GCGGGCGCT-TTGCTGCCGGGGACGGGCGCCTGGGCTTCACT-GTCCGGGCCTCG-GAGTCGGCGAGGTTACTTTGAGTAAATTGGAGTGTTCAAAGCAGGCCTACGCCCTGAACACGTTAGCATGGAATAACACGATAGGACTCTGG-CCTATCCTGTTGGCCTGTGGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCCTAGTCTCA-ACCA-TAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGGTGTTC-ATCGATGACCCCGCCAGCACCTTGTGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA--CCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATA-GTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCAC-GATCGGCTCG-CCCGGTCG--GC---CGGCTTCTTAGAGGGACTATCGGCGACT-AGCCGACGGAAGTGTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCATGCATCGAGCCTAG--CCTTGGCCGAGAGGCCCGGGTAATCTTCGAAACTGCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTCTTGGTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGC{CG}?TGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTA-CCGATTGGATATGCTGGTGAAGCGCTAGGATCGGTGGCA-GTC-GGTGGTCCG-CCATCTG-TTGCCGCTGAGAATTCCGTTGAACCCTCCTATCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAG------------------------------------- Dunaliella_salina ------------------------TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTT-ATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGG-TACCT--TTACTCGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGT-AAATCCAGACTTCT-GGAAGGGACGTATTTATTAGATAA-AAGGCCAG-CCGGGCT--TGCCCGACTCTTGGCGAATCATGATAACTTCACGAATCGCACGGCTTT-ATGC-CGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCAACACGGGGAGGTAGTGACA-----------ATAAATAACAATACCGGGCATTTT--TGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAAT-CCCTTAACGAGTATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTC-GGGTGGGTTGTAG-CGGTCAGCC-TTT-GGTTAGTACTGCTA--CGGCCTACC-TTTCTGCCGGGGACGAGCTCCTGGGCTTAACT-GTCCGGGACTCG-GAATCGGCGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACACGATAGGACTCTGG-CTTATCTTGTTGGTCTGTAAGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCA-ACCA-TAAACGATGCCGACTAGGGATTGCCAGGTGTTTCGTTGATGACCCTGCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA--CCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACACG-GGGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCAC-GTCTACCTC--GGTAGGCG--CC---TGACTTCTTAGAGGGACTATTGGCGTTT-AGCCAATGGAAGTGTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGCCTAT--CCTTGGCCGAGAGGTCCGGGTAATCTTTGAAACTGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTATTAGTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTA-CCGATTGGGTGTGCTGGTGAAGTGTTTGGATCGGTACCA-ATG-GGGGGAAA---CCTCTG-TTGGTACTGAGAAGAACATTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTT-CCG-TAG------------------------- Ettlia_minuta TACCTGGTTGATCCTG-CCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTT-ATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGG-TACCT-ATTACTCGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGT-AAATCCCGACTTCT-GGAAGGGACGTATTTATTAGATAA-AAGGCCAG-CCGGGCT--TGCCCGACCTATGGCGAATCATGATAACTTCACGGACCGCATGGCCTT-GTCG-CGGCGGCGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACA-----------ATAAATAACAATGCGGGGCCTAT---GGTCTTGCAATTGGAATGAGAACAATGTAAAT-ATCTTAACGAGTATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTC-GGGTGGGACCACG-CGGTCTGCC-TCT-GGTACGTACTGCGCCTGGGCCCACC-TTTCTGCTGGGGACG-CCTCCTGGGCTTCACT-GTCTGGGGGGTGGGAGTCAGCGAAGTGACCTTGAGCAAACAAGAGAGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATTTTTTAGCATGGAATCACACGATAGGACTGTGG-CCTATCTTGTTGGTCTGTGGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAACACGAACATCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCA-ACCA-TAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGGCGTCCTTTTGATGACCCCGCCGGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA--CCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACACG-GGGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCAC-AGCCACCTCCTGGTGGCTGC-GC---TGACTTCTTAGAGGGACTATTGGCGTTT-AGCCAGTGGAAGTGTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGCCTAT--CCTTGGCCGAGAGGCCCGGGTAATCTTTGAAACTGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTATTAGTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACAC-GCCCGTCGCTCCTA-CCGATTGAGTGTGCTGGTGAAGTGTTCGGACTTGCACAG-ATT-CTGGGCAA---CCAGAG-CCTGAGCGGGGAAGAACATTAAACCCTCCCACTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTT-CCG-TAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTG-- Floydiella_terrestris ------------------------TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTT-ATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGG-TACC----TACTCGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGT-AAATCCCGACTTCT-GGAAGGGACGTATTTATTAGATTCCAAGGCCGA-CCGGGCT--TGCCCGAACAGCGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTT-GCGC-CGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACA-----------ATAAATAACAATGCCGGGCTCTT-AGAGTCTGGCAATTGGAATGAGTACAATCTAAAT-CCCTTAACGAGTATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTC-GGTGGGCTTCTGC-CGGTCCGCC-ACT-GGTGAGTACTGGTA--GGGGCCTAC-TTTCTGTCGGGGACGGGCTCTTGGGCTTCATT-GTCCGGGACTCG-GAGTCGACGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCTTACGCTCTGAATATGTTAGCATGGGATAACACGATAGGACTCTGG-CCTATCTTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTGCGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACGCAAGACGAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCA-ACCA-TAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGATGTTTCTTCGATGACTCCGCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA--CCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATG-GGGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCAC-TGTCGCCTT--GGCGGCTG--GC---AGACTTCTTAGAGGGACTATTGACGTTTCAGTCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGCCTAT--CCTGTACCGAGAGGTCCGGGTAATCTTTGAAACTGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTATTAGTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTA-CCGATTGGGTGTGCTGGTGAAATGTTCGGATCTTGGGAG-GTC--TTGTTCT----TCAAG--TCCT--AGAGAAGTTCATTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTT-CC------------------------------ Fusochloris_perforata TACCTGGTTGATCCTG-CCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTT-ATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGG-TACCT-ACTACTCGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGT-AAATCCCGACTTCT-GGAAGGGACGTATTTATTAGATAA-AAGGCCGA-CCGGGCT--TGCCCGACTCGCGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCACAGCCTT-GTGC-TGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAACGTAGTGGGTTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATACTGACACAGTGAGGTAGTGACA-----------AAAAATATCGATGGTGGGCTCTTTCGAGTTTGCCAATTGGAATGAGTACAATCTAAAT-CCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTC-GGGTGGGCGGAGC-CGATCTGCCCTTTGGGTATGCATTGGCT--TTGCCTATC-TTGCTGCCGGGGAGGCGCTCCTGGGCTTCATT-GCTCGGGACGTT-TAGTCGGCGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTACGCTTTGCATACATCAGCATGGAATATCACGAGAGGACTCTGG-CCTATCTTGTTGGTCTGTGGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCCTAGTCTCA-ACCA-TAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGACGTTCATTCGATGACTCCGCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA--CCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATA-GTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTC?C-GCCTGGTTCT-TCCAGGCG--GC---CGACTTCTTAGAGGGACTTTCGGCGTTCTAGCCGAAGGAAGTGTGAGGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGACGCATTCAACGAGTCTAT--CCTTGGCCGAGAGGTCCGGGTAATCTGAGAAACTGCGTCGTGACGGGGCTAGATTATTGCAATTATTAATCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTA-CCGATTGGGTGTGCTGGTGAAGTGTTCGGATCGGCAGTA-GTT-GGCGGTTCG-CCGCCGG-CTGCCACTGAGAAGTTCATTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTT-CCG-TAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTG-- Gloeotilopsis_planctonica ----TGGTTGATCCTG-CCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTT-ATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGG-TACCTTGCTACTCGG-ATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGT-AAATCCCGACTCAC--GAAGGGACGTATTTATTAGATCC-AAGACCGA-CCGTGCT--TGCACG-CTCTTGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTC-GTGC-CGGCGATGTTTCATTCAACTTTCTGCCCTATCAACTATCGACGGTAGTATAGAGGACTACCGTGGTTTTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACA-----------ATAAATATCAATACTGGGCCTT--CGGGTCCGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAAT-CCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTC-GGGTGGGTACCGC-CGGTCTCCC-ATTGGGTATGTACTGGCG--TGGCCCGCC-TTGCTGTCGGGGACGGTCTCCTGGGCTTTACT-GTCCGGGAATCG-GAATCGACGATGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATATAATAGCATGGGATAACACGACAGGACTCTGG-CCTATCGTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTCCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGGAAGACGAACATCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCA-ACCA-TAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGTTGTTTGTTTGATGACTCCGCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA--CCACCAGGCGTGGAGCGTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATA-GGAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGCAAC-ATCTGCTTC--GGCAGTTG--GC---ATGCTTCTTAGAGGGACTGTTGGCGTCT-AGCCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATACGTTCAACAAGTT-----CCTTGGTCGAAAGGTCCGGGTAATCTTTGAAACCGTATCGTGATGGGGATAGAACATTGCAATTATTGTTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGTGAGTCATCATCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTA-CCGATTGAATGTGCTGGTGAAGATTTCGGACTGGCTGCT-TAG-TTAGGTTT--CCTAACT-TTGCAGCTGGGAAGTTATTTAAACCCTCCCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTT-CCG-TAGGTGAACCTGCAGAAGGATCATTG-- Hydrodictyon_reticulatum ------------------------TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTT-ATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGG-TACCTT-CTACTCGG-ATACCCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGT-AAAACCCGACTTCT-GGAAGGGTCGTATATATTAGATAA-AAGGCCGA-CCGGACT-TTGTCCGACCCGCGGTGAATCATGATATCTTCACGAATCGCATGGCCTT-GCGC-CGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGATTCGGGGAGGTAGTGACA-----------ATAAATAACAATACTGGGCACTT-CGTGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAAT-CCCTTAACGAGTATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTC-GGGTGGGTTCTAG-CGGTCCGCC-TAT-GGTGAGTACTGCTA--TGGCCCTCC-TTTCTGCCGGGGACGAGTTGCTGGGCTTCACT-GTCCGGTGCTTG-GAGTCGGCGTTGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCATACGCCCTGAATACTTTAGCATGGAATAACACGATAGGACTCTGG-CCTATCTTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCA-ACCA-TAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGATGTTTTTTTGATGACTCCGCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAA-GGGCA--CCACCAGGCGTGGAGC?TGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATA-GTGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTT-GATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCAC-GGTCGCTTTT-TGCGGCCG--GT---TGACTTCTTAGAGGGACTATTGGCGTTT-AGTCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGCCTAT--CCTTGACCGAGAGGTCCGGGTAATCTTTGAAACTGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTATTAGTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTA-CCGATTGGGTGTGCTGGTGAAGTGTTCGGATTGGCAGAA-GCG-GGTGGCAA---CACCTA-CTACTGCCGAGAAGTTCATTAAACCCTCCCACCTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTT-CCG-TAG------------------------- Microthamnion_kuetzingianum 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Myrmecia_biatorellae 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Nephroselmis_olivacea 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Parietochloris_pseudoalveolaris 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Protosiphon_botryoides 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Prototheca_wickerhamii 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Pseudoscourfieldia_marina 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Scherffelia_dubia 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Spermatozopsis_similis 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Tetraselmis_striata 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Trebouxia_impressa 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Trebouxia_magna 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Trebouxia_usneae 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Ulothrix_zonata 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Ulva_rigida 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