#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 11, 2024; 15:38 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Donoghue M.J., & Mathews S. 1998. Duplicate genes and the root of the angiosperms, with an example using phytochrome sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution, 9(3): 489-500. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S275] BEGIN TAXA; TITLE TaxonLabelSet9660; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS Annona_PHYA Annona_PHYC Aquilegia_PHYA Aquilegia_PHYC Arabidopsis_thaliana_PHYA Arabidopsis_thaliana_PHYC Austrobaileya_scandens_PHYA Austrobaileya_scandens_PHYC Calycanthus_florida_PHYA Calycanthus_florida_PHYC Canella_winterana_PHYA Canella_winterana_PHYC Chloranthus_spicatus_PHYA Chloranthus_spicatus_PHYC Cycas_revoluta Ephedra_major Ginkgo_biloba Hernandia_PHYA Hernandia_PHYC Magnolia_PHYA Magnolia_PHYC Nelumbo_PHYA Nelumbo_PHYC Picea_abies Pseudotsuga_menziesii Sagittaria_PHYA Sagittaria_PHYC Sorghum_bicolor_PHYA Sorghum_bicolor_PHYC ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2498] TITLE 'Phytochrome A, C'; LINK TAXA = TaxonLabelSet9660; DIMENSIONS NCHAR=1008; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Austrobaileya_scandens_PHYC 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Canella_winterana_PHYA 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Cycas_revoluta 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Ephedra_major ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GATGACCATGGAGAAGTTATCTCGGAGATCAGGAGATCTGACCTCGAGCCTTATCTCGGCCTTCATTATCCTGCTACTGATGTCCCTCAGGCGTCGCGGTTTTTGTTTATGAAAAACAGGGTGAGAATGATTTGTGATTGTTACTCTCCACCGGTGAGAGTCATTCAGGACAAGAGACTGAAAAAAGAGCTGAGTTTCTGCGGTTCTACTCTGAGGGCACCTCATGGATGTCATGCTCAATACATGGCTAATATGGGTTCCGTTGCCTCACTTGTTATGGCCGTCATCGTGAATGAGAAGGAAGATGAGGAAGCAAAGGGGAGGAAGCTTTGGGGACTCGTCGTTTGTCATCATACAGGTCCTAGATTTGTGCCATTTCCATTGAGATATGCTTGTGAATTCATGATGCAGGTTTTCAGCATTCAGCTCAACAAGGAAGTTGAATTGGCCTGCCAGATGAGAGAGAAACAAATCCTCAGAACCCAAACACTTCTTTGCGATATGCTTCTCAGGGATACCCCTTTAGGAATCATCTCACAAAAACCAAGTATA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Ginkgo_biloba 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Hernandia_PHYC 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Magnolia_PHYA 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Magnolia_PHYC 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Nelumbo_PHYA 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Nelumbo_PHYC 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Picea_abies 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Pseudotsuga_menziesii 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Sagittaria_PHYA ????????????CCTTACGAGGTGCCTATGACAGCCGCCGGGGCTCTTCAGTCTTATAAACTTGCTGCCAAGGCCATATCCCGGCTTCAGTCACTGCCGGGTGGAAGCATGCAGAAGCTGTGTGATACAGTAGTCCAAGAGGTCTTTGAACTCACAGGATATGATAGGGTGATGGCTTATAAGTTCCATGAGGATGACCATGGAGAAGTAGTGTCGGAGGTCACAAAGCCTGGCCTGGACCCTTACCTGGGATTGCATTATCCTGCCACAGACATTCCCCAGGCGGCTAGATTTTTGTTTATGAAGAACAAGGTCCGCATGATCTGTGATTGCCGTGCAAAACCTGTGAAGGTGTATCAAGATGAGAAACTGGCCTTTGATCTAACATTTTGTGGATCCACACTGAGAGCCCCACACAGTTGCCACCTGCAGTATATGGAGAATATGGATTCGATTGCATCTCTAGTGATGGCGGTTATAGTTAACGAGGGGGATGAAGAAGATGAAAGGAGGAAGAGGCTCTGGGGCCTTGTTGTCTGCCACAACAGGACCCCACGGTTCATCCCTTTCCCTTTGAGATATGCATGTGAGTTCCTTATGCAGGTCTTTGCTATCCATGTTAACAAGGAATTTGAGTTAGAAAACCAGATGCGAGAGAAAAACATATTAAGAACCCAGACACTGCTGTGCGACATGCTGTTTAGGGATGCTCTTCTTGGTATCATATCACAGAATCCCAATATTATGGATCTGGTAAGATGTGATGGTGCTGCACTTGTATACCAAAGTAAGATTTGGAGGCTTGGCATGGCTCCAACTGAATCCCAGATATGTGACATTGCGGCTTGGCTTTCGGAGTATCACATGGACTCTACTGGCTTGAGTACGGACAGTTTACATGATGCTGGATATCCAGGTGTTCTAGCACTTGGTGATTCAGTCTGTGGGATGGCTGCTGCCAGGATAACATCCAAAGACATTCTTTTCTGGTTCAGGTCTCATACTGCT Sagittaria_PHYC GAGCCAGTTAACCTGTCAGATGTGCCGGTGACGGCAGCCGGAGCACTCAAATCCTACAAACTGGCAGCAAAAGCCATATCCAGGTTGCAGTCCTTGTCAAGCGGGAACATCTCCCTCTTATGCGACGTCCTGGTCCGGGAAGTGAGGGATCTTACTGGTTATGGCAGGGTGATGGCCTACAAATTCCATGAGGATGAGCATGGTGAAGTCATCTCCGAGTCTCGGAGGTCCGATCTGGAGCCTTACCTCGGCTTGCACTAACCTGCTACCGATATTCCTCAAGCTTCGAGGTTTATATTTATGAAGAACAAGCTTAGGATGATCTGCGACTGCACTGCCCAACCAGTGAAGGTGATCCAGGACAAGAAGTTCACACAGCCATTGAGTTTGTGTGGATCTACCTTAAGAGCACCTCATGGCTGCCATGCCCAGTACATGGCCAACATGGGTTCCATTGCCTCCCTCGTGATGTCTGCCACAATAAGTGACGAAGATGAAGATGATGCCAAAAGGAGGAAGCTCTGGGGATTGGTGGTGTGCCATCTCACCAGTCCTAGATTTGTTCCATTCCCAATCAGATATGCTTGTGAGTTTTTTATGCAAGTTTTTGCCATCCAATTGAATAAGGAAGTGGAATTGGCTGCCCAGACAATGGAGAAGTATATCTTCAGGACACAGACGTTTCTTTGTGATATGTTACTTAGGGATGCACCTGTAGGCATCTTCACACAATCACCAAATGCCATGGATATTGTGAAATGTGATGATGCAGCCCTTTATTACAAGAACCAATTCTGGTTGCTTGGAATAACACCTGCAGAGGGTCAAATAAGAGGTATTGCTGGGTGGCTTAGAGATTGCCACAATACTACCACAGGCTTAAGTACTGACAGTCTGACAGAGGCAGGTTATCGCGGTGCTTCAACTCTAGGCGATGCTGTTTGTGGAATGACTGCTATAAAATTCACTAGCAGAGATTTCATTTTTTGGTTCCGATCGCACACAGCA Sorghum_bicolor_PHYA GAGCCTGTGAAGCCTACAGAATTTCCTGCCACTGCTGCTGGGGCTTTGCAGTCTTACAAGCTTGCTGCCAAGGCAATCTCCAAGATCCAGTCACTGCCAGGTGGAAGCATGGAGGCCTTATGCAATACCGTGGTTAAGGAAGTCTTTGAGCTTACAGGTTATGACAGGGTTATGGCTTACAAGTTCCATGAAGATGAGCATGGGGAGGTCTTTGCTGAGATCACCAAACCTGGTATTGAACCTTATCTAGGCCTGCACTATCCAGCCACTGATATCCCTCAAGCTGCCAGGTTTCTCTTCATGAAGAACAAAGTCAGAATGATCTGTGATTGCCGTGCAAAATCTGTGAAGATTATTGAAGATGAGGCACTCTCCATTGATATTAGCTTGTGTGGTTCAACTCTTAGAGCACCACATAGCTGTCACCTTCAGTATATGGAGAACATGAACTCGATTGCATCCCTTGTCATGGCTGTTGTGGTTAATGAAAATGAAGAGGATGATGAAAAGAAGAAGAGACTGTGGGGTCTCATTGTTTGCCACCATGAAAGCCCCAGATATGTCCCGTTTCCACTGCGGTATGCCTGTGAATTCTTGGCCCAAGTGTTTGCTGTCCATGTAAACAAGGAGTTTGAATTGGAGAAGCAGATACGAGAGAAAAGCATTCTGCGAATGCAAACAATGCTCTCTGACATGCTGTTCAAGGAAGCACCCTTGAGTATCGTATCTGGGAGTCCAAATATCATGGACCTAGTTAAGTGTGATGGTGCTGCTCTTTTGTATGGGGACAAAGTCTGGCGGCTTCAAACGGCTCCAACCGAGTCTCAGATACGTGATATTGCCTTCTGGCTTTCAGAAGTTCATGGGGATTCCACTGGCTTGAGTACTGATAGCCTCCAGGATGCTGGATATCCAGGAGCTGCTTCCCTTGGTGACATGATTTGTGGAATGGCAGTGGCTAAGATCACGTCCAAGGACATTCTTTTCTGGTTCAGGTCACATACAGCT Sorghum_bicolor_PHYC GAGCCGGTCAACCCAGTTGACGTGCCAGTCACTGCTGCGGGTGCGCTTAAGTCGTACAAGCTCGCCGCCAAGGCCATCTCCAGGCTGCAGTCGCTGCCCAGCGGGAACCTGTCGCTGCTGTGCGATGTGCTTGTCCGTGAGGTGAGCGAGCTCACGGGCTATGACCGGGTCATGGCGTACAAGTTCCATGAGGATGAGCATGGTGAGGTCATTTCCGAGTGCAGGAGGTCTGATCTGGAGCCGTATCTTGGCCTGCACTACCCAGCCACCGACATCCCGCAGGCGTCCAGGTTCTTGTTTATGAAGAACAAAGTGAGGATGATATGTGATTGCTCTGCCACTCTGGTGAAGATCATTCAGGATGATAGCCTAGCACAGCCTCTCAGCCTCTGTGGTTCCACCCTCAGGGCTTCCCATGGTTGCCATGCACAGTACATGGCAAACATGGGTTCTGTTGCATCGCTTGTGATGTCAGTGACTATAAGCAATGATGAGGAGGAAGATGTTAAAGGCAGGAAACTGTGGGGGCTGGTCGTCTGCCATCATACAAGCCCGAGGTTCGTCCCTTTCCCACTAAGGTACGCTTGCGAGTTTCTCTTGCAAGTATTTGGCATACAGCTAAACAAGGAGGTGGAATTGGCTGCTCAGGCAAAGGAGAGGCACATCCTCAGAACGCAAACCCTTCTTTGGGATATGCTCCTGCGGGATGCTCCTGTTGGGATATTTACCCAGTCACCTAATGTGATGGATCTAGTAAAGTGCGATGGAGTTGCATTGTATTACCAGAACCAGCTTTTGTTGCTCGGATCAACACCCTCCGAGTCAGAGATAAAGAGCATTGCCACATGGCTGCAGGAGAACCATGATGGTTCAACTGGGCTGAGTACTGACAGCTTAGTGGAAGCAGGTTATCCTGGTGCTGCTGCACTTCGTGAAGTTGTGTGTGGCATGGCGGCTATAAAGATCTCTTCCAAAGATTTTATCTTCTGGTTCCGATCGCACACAACA ; END;