#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 19, 2024; 4:48 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kiontke K., Gavin N., Raynes Y., Roehrig C., Piano F., & Fitch D. 2004. Caenorhabditis phylogeny predicts convergence of hermaphroditism and extensive intron loss. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1185] BEGIN TAXA; TITLE combined; DIMENSIONS NTAX=14; TAXLABELS Caenorhabditis_briggsae Caenorhabditis_drosophilae Caenorhabditis_elegans Caenorhabditis_japonica Caenorhabditis_plicata Caenorhabditis_remanei Caenorhabditis_sp_CB5161 Caenorhabditis_sp_DF5070 Caenorhabditis_sp_PS1010 Caenorhabditis_sp_SB341 Oscheius_myriophila Prodontorhabditis_wirthi Protorhabditis_sp_DF5055 Rhabditella_axei ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2506] TITLE Five_Genes; LINK TAXA = combined; DIMENSIONS NCHAR=7989; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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ATTCCATTCGGTTTCCGTCACCGCACGCTTCCGCACTTCATCAAAGACGACTACGGACCAGAATCGAAAGGATTCGTCGAGAATTCCTATCTCGCCGGCCTAACGCCTTCTGAATTCTTCTTCCACGCGATGGGAGGACGTGAAGGTTTGATTGATACGGCTGTGAAGACTGCCGAGACTGGATACATCCAGCGTCGTCTCATCAAAGCCATGGAGAGTGTCATGGTCAATTACGATGGTACAGTAAGAAACTCGTTGGCTCAAATGGTCCAGCTGAGATATGGAGAGGATGGTTTGGATGGAATGTGGGTCGAGAATCAGAATATGCCGACGATGAAGCCGAATAATGCCGTGTTTGAGAGGGATTTTAGAATGGACCTAACCGACAACAAGTTCCTGCGCAAAAACTACTCTGAAGACGTCGTTCGCGAGATCCAAGAGGCCCAG-??GACGGCATCTCGCTCGTCGAGTCCGAATGGTCGCAACTCGAAGAGGATCGACGTCTCCTGCGAAAGATCTTCCCTCGCGGTGAC-??GCCAAAATCGTGCTCCCCTGTAACCTGCAACGTCTCATCTGGAACGCTCAGAAGATCTTCAAAGTGGACCTTCGGAAGCCAGTGAACCTCTCGCCCCTCCACGTCATCAACGGCGTTCGGGAGCTGTCGAAGAAGCTGATCATCGTGAGTGGCAACGATGAGATCTCGAAGCAGGCGCAGTACAACGCCACATTGCTCATGAATATCCTCCTACGATCCACGCTCTGCACGAAGAAGATGTGCACCAGTGCGAAGCTCAACACGGAGGCGTTCGATTGGCTGTTAGGAGAAATCGAGACTCGCTTCCAACAGGCTATTGCCCAGCCCGGAGAGATGGTCGGAGCACTGGCAGCGCAGTCTCTGGGAGAACCGGCCACTCAGATGACGTTGAACACCTTCCATTATGCTGGAGTGTCTGCCAAGAACGTTACGTTGGGAGTCCCAAGATTAAAGGAGATTATCAATGTATCCAAACAGCTCAAGACCCCATCCCTTACCGTATTCCTCACTGGAGCCGCTGCCAAGGATCCTGAGAAGGCGAAGGATGTGCTCTGTAAGCTGGAGCACACAACTCTGAAGAAAGTCACTTGCAACACTGCGATCTACTACGATCCGGATCCGAAGAACACGGTGATTGCTGAGGATGAGGAGTGGGTATCGATTTTCTACGAGATGCCGGATCACGATCTGACGAGAACGTCGCCATGGTTGCTCAGAATCGAGCTGGATCGGAAGAGAATGGTTGATAAGAAGCTGACGATGGAAATGATTGCGGATAGAATCCACGGAGGATTTGGACAGGATGTGCACACGATTTATACAGATGACAACGCTGAGAAACTAGTTTTCCGGCTTCGAATCGCTGGA-?????GAGGACAAGGGAGCCGAGGGACAGGAGGAGCAGGTTGATAAGATGGAGGATGACGTCTTCTTGAGATGCATTGAAGCCAACATGCTCTCAGATCTCACTCTCCAGGGTATTCCAGCAATCTCAAAGGTCTACATGAATCAGCCTAACACTGATGATAAGAAACGAATCATCATCACGCCGGAGGGAGGATTCAAGGCGGTGGCCGATTGGATTCTGGAGACTGATGGAACTGCGCTGCTCAGAGTTCTTTCCGAGAGACAGATCGATCCGGTTCGAACGACGTCTAACGATATCTGCGAGATCTTTGAGGTGCTGGGAATTGAAGCTGTGCGAAAGTCGATTGAGAAGGAAATGGACAACGTCATCTCGTTCGACGGATCCTATGTGAACTATCGGCACTTGGCGCTTCTTTGTGATGTGATGACGGCGAAGGGACACTTGATGGCTATC?????????????????????GATTAAGCCATGCAT-?GCTTTG-ATTCAT-????????????????????CAATGAAATTGCGTACGGCTCATTAG-AGCAGATATCACCTT-GTTCG-???????GAATCCTAATATGGATAA-?CTGCGGAAATACTGGAGCTAATACATGCA-????ACTAAACCCCAAC-GTAA-??GGCGGGGTGCAATTATTAGA-ACA-GACCAAACGTTTT-???????????????CGGACG-TTG-TTTGTTGACTCTGAATAAAGCA-??GTTTACTGT-????????CAGTTTC-??GACTGACTCTATCCGAAAA-GGGTGTCTGCCCTTTCA-?????ACTA-?GATGGTAGTTTATTGGACTACCATGGTTGTTACGGGTAACG-GAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTTAGAAACGGCTACCACGTCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGAAACTTATCCACTGTT?????????GAGTATGAGATAGTGACTAAAAATATAAAG-?ACTCATCC-TTT-TGGATGAGTTATT-TCAATGAGTTGAATACAAATGATTCTTCGAGTATCTAGTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCCCTAGTGTATCTCGTTATTG-CTGCGGTTAAAAAACTCGTAGTTGGATCTAGGTTACGT-GCTGCAGTTCGCAA???-TTTGCG-TCAACTG??TAGTCGTGACTTCTAA-????????TTTGCTGG???-TTTGAGGTTGGG-???TCCG???????-CCCTTCAAC-TGCCAGCAGGT-TTACCTTGAATAAATCAGAGTGCTCAAAACAAGTGTT-??TGCTTGAATAGCTCA-TCATGGAATAATGAAACAGGACTTCGG-?????TTCTTT-TT-GTTGGTTCT-AGAACTGATTTAATGGTTAAGAGGGACAAAC-CGGGGGCATTCGTATCATTACGCGAGAGGTGAAATTCGTGGACCGTAGTGAGACGCCCAACAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTCTTCATTAATCAA-GAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGGCGATTAGATACCGCCCTAGTTCTGACCGTAAACGATGCCATCTCGCGATTCGG-AG-GGTTT-???????TTGCCCTGCCG-AGGAGCTATCC-GGAAACGA-??AAGTCTTTCGGTTCCGG-GGGTAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCTTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACT-CACCCGGTCCGGACACCATTAGGACTGACAGATTGAA-????AGCTCTTTCT-CGATTTGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTT-GGTGGAG-TGATTTGTCTGGTTTATT-CCGAT-AACGAGCGAGACTCTAG-CCTGCTAAATAG??TTGG-CGAATC-?????????????TTCG-????????GGTTCGTA-TAA-CTT-CTTAGAGGGAT-AAGCGGTGTT-???TA-GCCGCAC-GAGATT-GAGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGG-CT-GCACGCGTGCTACACTGGTGGACTCAGCGGGTTTTT-????CCTATGCCG-?AAAGGTA-?TCGGTAAACCGTT-GAAA-TTCTTCC-ATGT-CCGGGATAGGGTATTG-?TAATT-????????????ATTGCCCTTAAAC-GAGGAATGCCTAGTAAGTGT-?GAGTCATCAGCTCACGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTATCCGGGA-?CTGAACTGATTCGAGAAGAGTGGGGACTGTCGCTTCGAGGTT-??????TAAC-?????????????GACTTCGTTGTTGCGGA-AACCATT-TTTATC-G-CATTGGTTTGAACCGGGTAAAAGTCGTAACAAGGTAGCT????????TGAGCCCAGCGC-GAATCGATCAGCCTAT?-GGTTGCTTCGAAATGTGGCGTATAGGTGTAGTCTTCCAGCAGTGTCGTGAGTCCGAAGTCCTTACGATTGAGGCCATAGACCAGAGAGGGTGCGAGTCCCGTCCTGGATTGCGATGCTGTTGG-TTCGATTGCTCCTTGGAGTCGGGTTGCTTGAAAGTGCAGCCTAAAGTGGGTGATAAACTTCATCTAAGGCTAAATATTGACTCGATTGCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGCAAAGGACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGAACGTGAAATCGCTGGAGTGGAACCGGAGACAGTTGATGTTGCTTGGAGAC-AAGTTTGGTGG-???CTGGTCGCTTAGTTGTGATCGTCGCCGGATGT-CGTTTCCTAT-GCTACGCCGACGGCGTTGGTCGCTCGTTCTGGCCCGATA-GTGTTGCCCAGCTCGCAAG-????AGTCGGTGTCTTGTTATCGGTCGTTGGTTCGTGGT-GGCTAGCGTTTAGTTACGCTAGTGTGTGTG-ACGTCGGTGTGAAAGTCGACGACGTTTCCGACCCGTCTTGAAACACGGATTGCGGAGTGCTTGTCTACTGCGAGTCAAAGGGTGTTAAAACCTTGCGGCGAAATGAAAGTGAAGGTCAGTCTTGAATTGGCCGACGTGGGATCG-GTGC-TCCTCGGA-??GTGCTGCGCACCACGGCCCTGTGCGTGTCACTTGTGACTGTGCAGAGGTTGAGCAGTTGGCAAACGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCAGGATGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGTCCGTATCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGATAGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGATCTCCG-?GCAGTTATATTCGGTAAAGCTAATGATTAGAGGCCTTGGGGACGTAATGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTCAATGGATATGAAG-TTGCAGTTTCTTTAGTGAACTGTCAACGT-?GAATGCGAGGTCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTGGAGTTAA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Caenorhabditis_drosophilae 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Caenorhabditis_elegans 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Caenorhabditis_japonica 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Caenorhabditis_plicata 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Caenorhabditis_sp_SB341 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Rhabditella_axei 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