#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 16, 2024; 2:24 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Spatafora J., Johnson D., Sung G., Hosaka K., O'rourke B., Serdani M., Spotts R., Lutzoni F., Hofstetter V., Fraker E., Gueidan C., Miadlikowska J.M., Reeb V., Lumbsch T., Lücking R., Schmitt I., Aptroot A., Roux C., Miller A.N., Geiser D., Hestmark G., Arnold A., Büdel B., Rauhut A., Hewitt D., Untereiner W., Cole M., Scheidegger C., Schultz M., Sipman H., & Schoch C.L. 2006. A five-gene phylogenetic analysis of the Pezizomycotina. Mycologia, 98: 1018-1028. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1983] BEGIN TAXA; TITLE TaxonLabelSet13505; DIMENSIONS NTAX=191; TAXLABELS Acarosporina_microspora Agaricostilbum_hyphaenes Agonimia_sp Aleuria_aurantia Ambrosiella_xylebori Amphisphaeria_umbrina Anaptychia_palmulata Aniptodera_chesapeakensis Apiospora_montagnei Armillaria_mellea Ascobolus_crenulatus Ashbya_gossypii Aspergillus_fumigatus Aspergillus_nidulans Aureobasidium_pullulans Bacidia_schweinitzii Bimuria_novae_zelandiae Bionectria_ochroleuca Bombardia_bombarda Botryotinia_fuckeliana Buellia_frigida Bulgaria_inquinans Caliciopsis_orientalis Calocera_cornea Caloscypha_fulgens Calostoma_cinnabarinum Camarops_microspora Camarops_ustulinoides Candida_albicans Candida_glabrata Candida_guilliermondii Candida_lusitaniae Candida_tropicalis Canoparmelia_caroliniana Capnodium_coffeae Capronia_pilosella Chaetomium_globosum Cheilymenia_stercorea Chlorociboria_aeruginosa Cladonia_caroliniana Claviceps_purpurea Coccidioides_immitis Coccocarpia_sp Coccomyces_strobi Coltricia_perennis Coniochaetidium_ostreuma Cordyceps_capitata Cordyceps_cardinalis Cordyceps_ophioglossoides Cotylidia_sp Crocynia_pyxinoides Cryptococcus_neoformans Cudoniella_clavus Debaryomyces_hansenii Delphinella_strobiligena Dendryphiella_arenaria Dermatocarpon_miniatum Dermea_acerina Diaporthe_eres Diatrype_disciformis Dibaeis_baeomyces Diploschistes_cinereocaesius Diploschistes_ocellatus Disciotis_venosa Dothidea_insculpta Dothiora_cannabinae Eleutherascus_lectardii Endothia_gyrosa Exophiala_dermatitidis Exophiala_pisciphila Flavoparmelia_caperata Flavotraria_nivalis Fomitopsis_pinicola Fusarium_graminearum Gelasinospora_tetrasperma Geoglossum_nigritum Glomerella_cingulata_FAU553 Glomerella_cingulata_G32 Gnomonia_gnomon Graphium_penicillioides Grifola_frondosa Gyromitra_californica Heterodermia_vulgaris Histoplasma_capsulatum Hydropisphaera_erubescens Hygrocybe_conica Hypocenomyce_scalaris Hypocrea_lutea Icmadophila_ericetorum Kirschsteiniothelia_aethiops Kluyveromyces_lactis Kluyveromyces_waltii Lachnum_virgineum Lambertella_subrenispora Lanspora_coronata Lasallia_papulosa Lasallia_pustulata Lecanora_hybocarpa Leotia_lubrica Leptosphaeria_maculans Letrouitia_domingensis Lindra_thalassiae Lobaria_scrobiculata Lobariella_palliola_310 Lobariella_palliola_314 Loramyces_macrosporus Magnaporthe_grisea Marcelleina_persoonii Megalospora_tuberculosa Meria_laricis Microascus_longirostris Microascus_trigonosporus Microglossum_rufum Mollisia_cinerea Monilinia_laxa Morchella_esculenta Mycosphaerella_punctiformis Nectria_cinnabarina Nectria_haematococca Neofabrea_malicorticis Neolecta_irregularis Neolecta_vitellina Neurospora_crassa Opegrapha_dolomitica Ophionectria_trichospora Ophiostoma_piliferum Orbilia_auricolor Orbilia_vinosa Papulosa_amerospora Peltigera_degenii Peltula_umbilicata Pertusaria_dactylina Pertusaria_hemisphaerica Petriella_setifera Pezicula_carpinea Peziza_vesiculosa Phacidiopycnis_pyri Phacidium_lacerum Phanerochaete_chrysosporium Physcia_aipolia Pleopsidium_chlorophanum Pleopsidium_gobiense Pleospora_herbarum Plicaria_leiocarpa Pneumocystis_carinii Preussia_terricola Protomyces_inouyei Pseudeurotium_zonatum Pseudocyphellaria_anomala Pseudonectria_rousseliana Pyronema_domesticum Pyxine_subcinerea Ramalina_complanata Ramichloridium_anceps Rhizina_undulata Rhizopus_oryzae Rocellographa_cretacea Roumeguieriella_rufula Rutstroemia_firma Saccharomyces_castellii Saccharomyces_cerevisiae Saitoella_complicata Schismatomma_decolorans Schizosaccharomyces_pombe Sclerotinia_sclerotiorum Scutellinia_scutellata Simonyella_variegata Sphaerostilbella_berkeleyana Stagonospora_nodorum Strobilomyces_floccopus Taphrina_deformans Taphrina_wiesneri Teloschistes_exilis Thyridium_vestitum Togninia_minima Torpedospora_radiata Trapelia_placodioides Trichoglossum_hirsutum Tryblidiopsis_pinastri Trypethelium_unknown Tubeufia_cerea Tyrannosorus_pinicola Umbilicaria_mammulata Usnea_antarctica Usnea_sphacelata Ustilago_maydis Verticillium_dahliae Westerdykella_cylindrica Xylaria_acuta Xylaria_hypoxylon Yarrowia_lipolytica ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3029] TITLE EFC_RPB1_RPB2; LINK TAXA = TaxonLabelSet13505; DIMENSIONS NCHAR=8419; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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AAGAACATGATCACTGGTACCTCGCAGGCTGATTGCGCTATCCTCATCATCGCTGGTGGTACCGGTGAGTTCGAGGCTGGTATCTCCAAGGATGGTCAGACCCGTGAGCACGCTCTGCTC---GCCTACACCCTGGGTGTCAAGCAGCTCATCGTTGCTGTCAACAAGATGGACACCACC------AAGTGGTCTGAGGACCGTTTCAACGAAATCGTCAAGGAAGTCTCCAACTTCATCAAGAAGGTC------------------------------------------------------------GGATTCAACCCCAAGACCGTTCCTTTCGTTCCCATCTCC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGCTTCAACGGTGACAACATGATCGAG---------CCCTCGTCC---------------AACTGCCCCTGGTACAAAGGTTGG---------------------------------------------------------------------------------------GAGAAG---------------------------------------------------------------GAGACC---AAG---------------------------------------------------------------------ACC---------AAGTCCAGT---------GGCAAGACCCTCCTTGAGGCTATTGACAGCATC------------------------------------------------------GACCCCCCTAGCCGTCCCACCGACAAGCCTCTTCGTCTTCCCCTCCAGGATGTTTACAAGAGCGGTGGTATTGACACA---------------------------------------------------GTTCCCGTCGGCCGTGTTGAGACTGGTATCATCAAGTCCGGCATGGTC---------------------------------------------------------GTA--CTTCGCTCCCTCCAAC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTCGGTGAGTGATGAATTGCGACCAATAAGTCTTAGGAACTGCCGCTCACTATGCATTTAGGC---------TTCATGACTAAGATAAAAAAGTTGCTGGAGACCGTTTGCCACAATTGTGGTAAAGTTTTGGTTGATGAAGTTAGACCCACGAATGACCGCTGACACGAAAATGGTGCTAATTACCTCACCTGCAG-------------------------------------------------------------------------AGCAATCCCGACTTCGTCAATGCCCTCCGCTAC------CGGGACTCCAAAGCTCGATTTGATGCAATATGGAGATTGTGTAAACCCAAAATGGTGTGTGAGAGTTCC---------------CCGATAGGCGAAGATGAGGACGAG---------------------------------------------------CTCGACAAGTCC---AAGGAATCCCGTCATGACCATGGTGGTTGCGGAAACCTTCAGCCT---GAAGTACGCAAAGAAGGTCTCAAATTGACCGGGACGTGGAAGGCTCAAAAG-------------------------------------------------------------------------------GGGATGACGAGAATGAGGCACAACAACCAGAGAAGAAGCCTATCACACCGGCCATGGCGCTTAATATTTTCCGCCATATTTCTAACGAGGATATCAAGAAGATTGGTCTCAGTAATGACTACGCTAGGCCCGAATGGATGGTCATTACAGTACTCCCCGTTCCACCGCCCCCTGTGCGGCCCAGT---------ATTTCGATGGACGGTACA---GGTACAGGA---ATGAGAAGCGAGGATGATTTGACATACAAGCTAGGTGATATCATCCGTGCGAATGGCAATGTCAGGAGGTGCGAGACCGACGGCTCGCCAGCCCACGTGGTCGCCGAGTACGAGCAACTGTTGCAA---TTTCACGTTGCTACCTATATGGATAATGATATTGCTGGTCAG---CCTCAAGCGCTTCAAAAG---TCGGGAAGACCCGTCAAATCCATTCGTGCCCGTCTGAAGGGCAAAGAGGGTCGACTTCGAGGGAATCTCATGGGCAAACGAGTCGACTTTTCAGCCCGAACGGTCATTACAGGCGACCCAAATTTGTCTTTGGATGAAGTCGGTGTACCGCGGAGCATCGCAAGGACTTTGACCTATCCTGAAACTGTAACCCCTTACAATATTCACAAGCTCCACCAACTGGTCAAGAACGGCCCGAACATGCACCCAGGAGCGAAATATGTCATACGGGACAAGGGCGAG---------AGGGTA---GATTTGCGCCAT---CATAAACGGGCAGGT---GAAATTTCACTGCAGTACGGCTGGAAGGTCGAGCGACACATCGTTGATGGCGACTTCAT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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Aniptodera_chesapeakensis 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Bombardia_bombarda 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Botryotinia_fuckeliana 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Buellia_frigida 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Bulgaria_inquinans 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Caliciopsis_orientalis 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Calocera_cornea 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Caloscypha_fulgens 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Calostoma_cinnabarinum 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Camarops_microspora 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Camarops_ustulinoides 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Candida_albicans 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Cladonia_caroliniana 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Coccidioides_immitis 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Coltricia_perennis 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Coniochaetidium_ostreuma 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Cordyceps_cardinalis 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Debaryomyces_hansenii 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Delphinella_strobiligena 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Dibaeis_baeomyces 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Diploschistes_cinereocaesius 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Dothidea_insculpta 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Dothiora_cannabinae 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Exophiala_dermatitidis 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Graphium_penicillioides 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Grifola_frondosa 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Histoplasma_capsulatum 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Hydropisphaera_erubescens 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Kluyveromyces_lactis 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Lasallia_pustulata 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Lecanora_hybocarpa 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Leotia_lubrica 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Leptosphaeria_maculans 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Microascus_trigonosporus 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Morchella_esculenta 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Neolecta_vitellina 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Orbilia_vinosa 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Papulosa_amerospora 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Pertusaria_dactylina 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Pertusaria_hemisphaerica 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Pleospora_herbarum 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Plicaria_leiocarpa 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Protomyces_inouyei 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Pyronema_domesticum 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Rhizina_undulata 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Rutstroemia_firma 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Schismatomma_decolorans 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Sclerotinia_sclerotiorum 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Scutellinia_scutellata 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Simonyella_variegata 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Strobilomyces_floccopus 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Teloschistes_exilis 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Thyridium_vestitum 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Togninia_minima 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Torpedospora_radiata 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Umbilicaria_mammulata 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Yarrowia_lipolytica 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