#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 16, 2024; 0:49 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Belfiore N., Liu L., & Moritz C. 2008. Multilocus Phylogenetics of a Rapid Radiation in the Genus Thomomys (Rodentia: Geomyidae). Systematic Biology, 57(2): 294-310. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2005] BEGIN TAXA; TITLE Importance_sampled_tree_9_taxa; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Geomys_breviceps Orthogeomys_heterodus Thomomys_bottae_albatus Thomomys_bottae_alpinus Thomomys_bottae_awahnee_a Thomomys_bottae_awahnee_b Thomomys_bottae_bottae Thomomys_bottae_cactophilus Thomomys_bottae_laticeps Thomomys_bottae_mewa Thomomys_bottae_riparius Thomomys_bottae_ruidosae Thomomys_bottae_saxatilis Thomomys_bottae_xerophilus Thomomys_bulbivorus Thomomys_idahoensis_pygmaeus_a Thomomys_idahoensis_pygmaeus_b Thomomys_mazama_mazama Thomomys_mazama_nasicus Thomomys_monticola_a Thomomys_monticola_b Thomomys_talpoides_bridgeri Thomomys_talpoides_ocius Thomomys_talpoides_yakimensis Thomomys_townsendii_relictus Thomomys_townsendii_townsendii Thomomys_umbrinus_atroavarius Thomomys_umbrinus_chihuahuae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3080] TITLE TBO64; LINK TAXA = Importance_sampled_tree_9_taxa; DIMENSIONS NCHAR=471; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Geomys_breviceps ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Orthogeomys_heterodus ???????????????????????????C-TCATAGGACTTATCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGTTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCC-TTGGTGATTTTCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Thomomys_bottae_albatus CAGGACTGGCATACAATGCACA-AGGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTG-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCCTT-GGTGATTTCCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAA{AG}TTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTT{AT}A{AG}ATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTT{CG}TTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCC{AT}GGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGG{CT}C-TAGCCTCTGGCTTTA Thomomys_bottae_alpinus CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTT-AGATTTCAG{CT}GAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTT{CT}--TGTTTTGTTTTGCCC-TTGGTGATTTACCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCT{AT}GTATACTCTCACTGAAA{AG}TTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTAAGATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTAGTTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_bottae_awahnee_a ??GGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTA-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTT--TGTTTTGTTTTGCCCCTTGGTGATTTTCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAA{AG}TTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTAAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-AT{CT}TGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGTTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTA Thomomys_bottae_awahnee_b CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTA-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCCCTTGGTGATTTTCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTTGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTAAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATTTGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGTTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGG{CT}C-TAGCCTCTGGCTTT? Thomomys_bottae_bottae CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCT{CT}-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTT{CT}--TGTTTTGTTTTGCCCTTGGGGGATTT{AT}CCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCT{AT}GTATACTCTCACTGAAA{AG}TTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTT{AT}A{AG}ATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTT{AT}AACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTT{AG}TTTATTTTCTT--AAGTCTACT{AG}G{GT}TGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGC???? Thomomys_bottae_cactophilus CAGGACTGGCATACAATGCACAGAAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTGGGGGATTTCCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACGGAAA{AG}TTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTT{CG}TTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTT? Thomomys_bottae_laticeps CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTC-AGATTTCAG{CT}GAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCCCTTGGTGATTT{AT}CCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAA{AG}TTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTT{AT}A{AG}ATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-{AC}TCTGAA-GTTTTT{CG}TTTATTTTCTT--AAGTCTACTGG{GT}TGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGG{CT}C-TAGCCTCTGGCTTTA Thomomys_bottae_mewa ???????GGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTA-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCCCTTGGTGATTTTCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAA{AG}TTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTT{AT}AAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTA Thomomys_bottae_riparius CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTATGATCCCC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAAGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGAAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTTATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTGTTTATTTTCTT--AAGTCTCCTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGA-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTC-TGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGACTCTGGCTTTT Thomomys_bottae_ruidosae CAGGACTGGCATACAATGCAGA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCT{AT}-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTT{AT}CCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTT{AT}A{AG}ATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTAGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCC{AT}GGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTA Thomomys_bottae_saxatilis CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTA-AGATTTCAGTGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTT--TGTTTTGTTTTGCCCCTTGGTGATTTACCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCA{CT}TGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTAAGATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGTTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_bottae_xerophilus ???GACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTT-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTCCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCAC{GT}GAAA{AG}TTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTT{AT}A{AG}ATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTT{CG}TTTATTTTCTT--AAGTCTACT{AG}G{GT}TGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_bulbivorus CAGGACTGGCATACAATGCAC{AG}-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATC-TCCTTATTTCA{GT}CGA{GT}CTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAG{GT}TAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGTTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTA{GT}AATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAAAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACTTTGATTGCTCAGGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAAAGTTTTTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGA-CATTGGTTTTATTTTG-C-TTTTC-TGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGG-TCCTAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_idahoensis_pygmaeus_a CAGGACTGGTATACAGTGCACG-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_idahoensis_pygmaeus_b ???????????????????????????????????GCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_mazama_mazama ??????????????????CACG-AAGTCATCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGAGCTGGCTTATAAAGAGTGATCCCC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAG{AT}TAACATTGATTT--{CT}TTTGTTTTGTTTTGCCCGTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAATTTGATCCAAACCTT{AG}ATTACTCATGTTTATTTTTGAAATTTGGGTTGCAGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-CTTTTTCCTGGGCTGGTCCCTACTCCCAT-GAAACTCAGGGCC-TA????????????? Thomomys_mazama_nasicus ??????TGGTATACAGTGCACG-AAGTC-TCAT-GG{CT}CTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCC{GT}TTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTA{AG}AAATTGAGCCAAACCTTAACTACTCATGTTTATTTTTGAAA{AT}TTGGG-GGCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGGGCTTTT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CCATTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGC???? Thomomys_monticola_a CAGGACTGGTATACAGTGCACG-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-AAACCTTGATCCCC-AGATATCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCTCTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_monticola_b CAGGACTGATATACAGTGCATG-AAGTC-TCTT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATAGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTT-CTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_talpoides_bridgeri ?????????????????????G-AAGT{AC}-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGCATG---TACAGACTGTGATCATCCAGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGATAACATTGATTT--{CT}TTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAA{AT}TTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTT{GT}AAATTTGGGTTGCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCTCATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTTCTAAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTCCAAGTTTGGTCTTTGGCTTTTTTTTAACTTTTTCCTGGGCTGGTCC-TTCTTCCAT?????????????????????????????? Thomomys_talpoides_ocius ??????????????????????????????????????????????????????????????GAACTGTGATC-TC-AGATTTCAGC{AG}AGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGAGTGTAGAAATTGAGACAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACA{AT}ATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_talpoides_yakimensis CAGGACTGGTATACAGTGCACG-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTA{AG}GGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTC{CT}-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT Thomomys_townsendii_relictus CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACT{AG}TGATCC{CT}C-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAAGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAG{AC}AGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTTATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTGTTTATTTTCTT--AAGTCTCCTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGA-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-C{CT}-TTG-AACTCAGGG{CT}C-TAG{AC}CTCTGGCATTT Thomomys_townsendii_townsendii CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTGGGTGATTTTCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTTGTATACTCTCACTGAAAATTTTTCCTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATTTGAA-GTTTTTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGG{CT}C-TAGCCTCTGGCTTTA Thomomys_umbrinus_atroavarius CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GG{AC}CTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCC{CT}C-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCC{CT}TTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCA{AG}GGCCTAGTATACTCTCCCTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTAAGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTGTTTATTTT{CT}T{CT}--AAGT{CT}T{AC}CTGGGTG{CG}TATT{AC}C{CT}T{CG}C{AC}AC{AC}TATGTC-AAGTTTGA-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAG{AC}CTCTGGCTTTT Thomomys_umbrinus_chihuahuae CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GG{AC}CTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--{CT}TTTGTTTTGTTTTGCCC{CT}TTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAAGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-AT{CT}TGAA-GTTTATCTTTATTTTCTT--AAGTCTCCTGGGTGCTATTAC{CT}TGCAACATA{AT}GTC-AAGTTTG{AG}-CTTTGGTTTTG{GT}TTTG-C-TTT{CT}C-TGGGCTGGTCC-TACT-C{CT}-TTG-AACTCAGGG{CT}C-TAG{CT}CTCTGGCTTTT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = TBO64) = N: 1-471; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = TBO64) = N: 1-471; END;