#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 16, 2024; 0:16 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Belfiore N., Liu L., & Moritz C. 2008. Multilocus Phylogenetics of a Rapid Radiation in the Genus Thomomys (Rodentia: Geomyidae). Systematic Biology, 57(2): 294-310. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2005] BEGIN TAXA; TITLE Importance_sampled_tree_9_taxa; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Geomys_breviceps Orthogeomys_heterodus Thomomys_bottae_albatus Thomomys_bottae_alpinus Thomomys_bottae_awahnee_a Thomomys_bottae_awahnee_b Thomomys_bottae_bottae Thomomys_bottae_cactophilus Thomomys_bottae_laticeps Thomomys_bottae_mewa Thomomys_bottae_riparius Thomomys_bottae_ruidosae Thomomys_bottae_saxatilis Thomomys_bottae_xerophilus Thomomys_bulbivorus Thomomys_idahoensis_pygmaeus_a Thomomys_idahoensis_pygmaeus_b Thomomys_mazama_mazama Thomomys_mazama_nasicus Thomomys_monticola_a Thomomys_monticola_b Thomomys_talpoides_bridgeri Thomomys_talpoides_ocius Thomomys_talpoides_yakimensis Thomomys_townsendii_relictus Thomomys_townsendii_townsendii Thomomys_umbrinus_atroavarius Thomomys_umbrinus_chihuahuae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3082] TITLE TBO53; LINK TAXA = Importance_sampled_tree_9_taxa; DIMENSIONS NCHAR=621; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Orthogeomys_heterodus ?????????????????????????????AAAAAACCAAAAACCAAAACC-TAAACAAAACCCTGGCATTTGAGTTCTAAGGGTT-TCTAAGAGAACTCAGACACAAGGGAAAAAAATGG-CTGTTTGAAAATGGGCTGCTACCCCTAGTAGGTAGGTACTACCTACTGCCTCAAGGTTTCTAA-TGGTTAATTGAAATACAAATAAAAATTAACCGTAAAATGCTAGGGGAAAGGTCATTAAAAAGGTTT-GGGAAAAA--CATCAGGAATTAGTTCCTGGAAATAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAAAGGACTACCAAAATGATTGTTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGAGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATATAACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAAGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCCTTGGAGTAAAGTGGCTTTTTG----GACTCATTGGTCTGAGAACTGCTGTTCAAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTCATCTCTATATGGACAGCAGAATA--CTGA Thomomys_bottae_albatus CCCTAGGACTGGAAAAAAAA--TTAAAGTTAAAAACCAAAAACCAAAACA-AAAACAAAACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TCTAAGAGAACTCAGACTCAAGGGAAAAAA-TGG-CTGTTTTAAAATGGGCTGC-----CTTG-AGGCAC-TAGTACCTAGTGCTTCAAGGTTTCTTA-TGGTTAACTGAAATACAAATGAAAATTAAACGTAAAATGCTAGGGGAAAGGTTATTAAAAAGGTTTTGGGGAAAA-CCATCAGGAATTGGTTCCTGGAAATAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAAAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGGGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGCCTGAGAACTGCTGTTCAAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTCATCTCTATATGGACAGCAGAATA--CTGA Thomomys_bottae_alpinus CCCCAGGACTGGAAAAAAAAA-TTAAAGTT-------AAAAACCAAAACC-AAAACAAAACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TCTAAGAGAACTCAGACTCAAGGGAAAAAA-TGG-CTGATTTAAAATGGGCCGC-----CTTG-AGGCAC-TAGTACCTAGTGCTTCAAGGTTTCTTA-TGGTTAACTGAAATACAAATGAAAATTAAATGTAAAATGCTAGGGGAAAGGTTATTAAAAAGGTTTTGGGGGAAA-CCATCAGGAATTGGTTCCTGGAAATAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAAAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGAGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGTCTGAGAACTGCTGTTCAAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTCATCTCTATATAGACAGCAGAATA--CTGA Thomomys_bottae_awahnee_a CCCCAGGACTGGAAAAAAAAA-TTAAAGTT-------AAAAACCAAAACC-AAAACAAAACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TCTAAGAGAACTCAGACTCAAGGGAAAAAA-TGG-CTGATTTAAAATGGGCCGC-----CTTG-AGGCAC-TAGTACCTAGTGCTTCAAGGTTTCTAA-TGGTTAATTGAAATACAAATGAAAATTAAATGTAAAATGCTAGGGGAAAGGTTATTAAAAAGGTTTTGGGGAAAA-CCATCAGGAATTGGTTCCTGGAAATAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAAAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGGGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGTCTGAGAACTGTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Thomomys_mazama_nasicus CCCCAGGACTGGAAAAAAA---TTAAAGTTAAAAACCAAAAACCAAAACC-AAAACAAAACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TTTAAGAGAACTCAGACTCAAGGGAAAATA-TGG-CTGTTTGAAAAAGGGGCGC-----CTTG-AGGCAA-TAATA----GTGCCTCAAGGTTTCTAA-TGGTTAATTGAAATTCAAATGAAAATTAAACATAAAATGCTAGGGGAAAGGTCATTAAAAAGGTTTTGGGAAAAA-CCATCAGGAATTGGTTCCTGGAATTAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAGAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGAGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGTCTGAGAACTGCTGTTCGAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTCATCTCTAT????????????????????? Thomomys_monticola_a CCCGAGGACTGGAAAAAAAA--TTAAAGTTAAAAACCAAAAACCAAAACC-AAAACCAAACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TTTAAGAGAACTCAGA---------AAATA-TGG-CTGTTTGAAAAAGGGGCGC-----CTTG-AGGCAA-TAATA----GTGCCTCAAGGTTTCTAA-TGGTTAATTGAAATTCAAATGAAAATTAAACATAAAATGCTAGGGGAAAGGTCATTAAAAAGGTTTT{AG}GGAAAAA-CCATCAGGAATTGGTTCCTGGAATTAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAGAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGAGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGTCTGAGAACTGCTGTTCGAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTCATCTCTATATGGACAGCAGAATA--CTGG Thomomys_monticola_b CCCGAGGACTGGAAAAAAAA--TTAAAGTTAAAAACCAAAAACCAAAACC-AAAACAAAACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TTTAAGAGAACTCAGACTCAAGGGAAAATA-TGG-CTGTTTGAAAAAGGGGCGC-----CTTG-AGGCAA-TAATA----GTGCCTCAAGGTTTCTAA-TGGTTAATTGAAATTCAAATGAAAATTAAACATAAAATGCTAGGGGAAAGGTCATTAAAAAGGTTTTGGGAAAAA-CCATCAGGAATTGGTTCCTGGAATTAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAGAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGAGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGTCTGAGAACTGCTGTTCGAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTC-----TATATGGACAGCAGAATA--CTGG Thomomys_talpoides_bridgeri ?????????????????????????????????????AAAAACCAAAACC-AAAACAAAACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TTTAAGAGAACTCAGACTCAAGGGAAAATA-TGG-CTGTTTGAAAAAGGGGCGC-----CTTG-AGGCAA-TAATA----GTGCCTCAAGGTTTCTAA-TGGTTAATTGAAATTCAAATGAAAATTAAACATAAAATGCTAGGGGAAAGGTCATTTAAAAGGTTTTGGGAAAAA-CCATCAGGAATTGGTTCCTGGAATTAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAGAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGAGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGTCTGAGAACTGCTGTTCGAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTCATCTCTATATGGACAGCAGAATA--CTGG Thomomys_talpoides_ocius CCCCAGGACTGGAAAAAAAAA-TTAAAGTTAAAAACCAAAAACCAGAACC-AAAACAAAACCCTGTCATTTGATTTCTAA{AG}GGTT-TTTAAGAGAACTCAGACTCAAGGGAAAATA-TGG-CTGTTTGAAAAAGGGGCGC-----CTTG-AGGCAA-TAATA----GTGCCTCAAGGTTTCTAA-TGGTTAATTGAAATTCAAATGAAAATTAAACATAAAATGCTAGGGGAAAGGTCATTAAAAAGGTTTTGG{AG}AAAAA-CCATCAGGAATTGGTTCCTGGAATTAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAGAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGAGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGTCTGAGAACTGCTGTTCCAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTCATCTCTATATGGACAGCAGAATA--CTGG Thomomys_talpoides_yakimensis CCCCAGGACTGGAAAAAAA---TTAAAGTTAAAAACCAAAAACCAA------------AACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TTTAAGAGAACTCAGACTCAAGGGAAAATA-TGG-CTGTTTGAAAAAGGGGTGC-----CTTG-AGGCAA-TAATA----GTGCCTCAAGGTTTCTAA-TGGTTAATTGAAATTCAAATGAAAATTAAACATAAAATGCTAGGGGAAAGGTCATTAAAAAGGTTTTGGGAAAAA-CCATCAGGAATTGGTTCCTGGAATTAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCGAAGTAGAGAGAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTGCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGAGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACGGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGTCTGAGAACTGCTGTTCGAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAG-CTCTC--G?????????????????????????? Thomomys_townsendii_relictus CCCCAGGACTGGAAAAAAAAA-TTAAAGTT-------AAAAACCAAAACC-AAAACAAAACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TCTAAGAGAACTCAGACTCAAGGGAAAAAA-TGG-CTGATTTAAAATGGGCCGC-----CTTG-AGGCAC-TAGTACCTAGTGCTTCAAGGTTTCTTA-TGGTTAACTGAAATACAAATGAAAATTAAACGTAAAATGCTAGGGGAAAGGTTATTAAAAAGGTTTTGGGGGAAA-CTATCAGGAATTGGTTCCTGGAAATAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAAAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGAGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGTCTGAGAACTGCTGTTCAAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTCATCTCTATATAGACAGCAGAATA--CTGA Thomomys_townsendii_townsendii CCCCAGGACTGGAAAAAAAAA-TTAAAGTT-------AAAAACCAAAACC-AAAACAAAACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TCTAAGAGAACTCAGACTCAAGGGAAAAAA-TGG-CTGATTTAAAATGGGCCGC-----CTTG-AGGCAC-TAGTACCTAGTGCTTCAAGGTTTCTTA-TGGTTAACTGAAATACAAATGAAAATTAAACGTAAAATGCTAGGGGAAAGGTTATTAAAAAGGTTTTGGGGGAAA-CTATCAGGAATTGGTTCCTGGAAATAGAATTTGGAAGTAAAAATTGCCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAAAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAG----------------ATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGTCTGAGAACTGCTGTTCAAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTCATCTCTATATAGACAGCAGAATA--CTGA Thomomys_umbrinus_atroavarius CCCTAGGACTGGAAAAAAAA--TTAAAGTTCAAAACCAAAAACCAAAACC-AAAATCAAACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TCTAAGAGAACTCAGA{CT}TCAAGGGAAAAAA-TGG-CTGATTTAAAATGGGCCGC-----CTTG-AGGCAC-TAGTACCTAGTGTTTCAAGGTTTCTAA-TGGTTAATTGAAATACAAATGAAAATTAAACGTAA{AC}ATGCTAGGGGAAAGGTTATTAAAAAGGTTTTGGGGAAAA-CCATCAGGAATTGGTTCCTGGAAATAGAATTTGGAAGTAAAAATTGTCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAAAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGGGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGACTTTTTGTAAAGACTCATTGGACTGAGAACTGCTGTTCAAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTCATCTCTATATAGACAGCAGAATA--CTGA Thomomys_umbrinus_chihuahuae CCCTAGGACTGGAAAAAAAA--TTAAAGTTAAAAACCAAAAACCAAAACC-AAAACCAAACCCTGTCATTTGATTTCTAAGGGTT-TCTAAGAGAACTCAGACTCAAGGGAAAAAA-TGG-CTGATTTAAAATGGGCCGC-----CTTG-AGGCAC-TAGTACCTAGTGCTTCAAGGTTTCTAA-TGGTTAATTGAAATACA{AC}ATGAAAATTAAACGTAAAATGCTAGGGGAAAGGTTATTAAAAAGGTTTTGGGGAAAA-CCATCAGGAATTGGTTCCTGGAAATAGAATTTGGAAGTAAAAATTGTCCTAAATGTTTATTTCAAAGTAGAGAAAGGACTACCAAAATGATTGCTTAATTGCTATTCCAGTTTGTCTGTAGCAATTACAGGCAGGCCCACAGAGGGACAGATGATTCTTATAAGTTTGTCAGATGTTACTTTGTCCCTTAATAAGCTCCATGCTTAGGAACTATTTCTACTGACCTCCTTGTTGCTTCATTGGAGTAAAGTGGCTTTTTGTAAAGACTCATTGGTCTGAGAACTGCTGTTCAAAGCCAGCCTGGGAAGAAAAAGATTCCTGTGAGACTCTCATCTCTATACAGACAGCAGAATAACCTGA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = TBO53) = N: 1-621; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = TBO53) = N: 1-621; END;