#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Light J., Toups M., & Reed D. 2008. What's in a name: the taxonomic status of human
head and body lice. Molecular Phylogenetics and Evolution, null.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2036]

BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxonLabelSet13633;
        DIMENSIONS NTAX=13;
        TAXLABELS
            Pediculus_humanus_capitis_AY316851_KittlerTaiwan
            Pediculus_humanus_capitis_AY316854_KittlerPNG
            Pediculus_humanus_capitis_AY316859_KittlerGermany
            Pediculus_humanus_capitis_AY316863_KittlerEthiopia
            Pediculus_humanus_capitis_AY316864_KittlerEthiopia
            Pediculus_humanus_capitis_AY316869_KittlerNepal
            Pediculus_humanus_capitis_AY316870_KittlerEthiopia
            Pediculus_humanus_capitis_AY316871_KittlerEthiopia
            Pediculus_humanus_capitis_AY316872_KittlerEthiopia
            Pediculus_humanus_capitis_AY316875_KittlerUK
            Pediculus_humanus_humanus_AY316840_KittlerEthiopia
            Pediculus_humanus_humanus_AY316847_KittlerGermany
            Pediculus_schaeffi
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3149]

	TITLE ND4_ML_unique_haplotypes;
	LINK TAXA = TaxonLabelSet13633;
	DIMENSIONS NCHAR=579;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                                              10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570         ]
[                                                               .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         ]
Pediculus_humanus_capitis_AY316851_KittlerTaiwan       ATTGTTGTGCTTTTGACTTCTTGTTTTATGTCTCTTGTTATAAGGTTTTTATTTAAGAATTTCCTTATTTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATCTTTCTTTTAGCTCTTCATTCGTCTCCTTTTGGCGGGTGACCTGGATGTATGGGCTCTTATTTCGGTTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATACTTCAAATCAGGGTATTACTTATAGAGATTTTATTAATAAAATTAAATCTTTCAATTAAAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGAAGCTCGATTTTTTATTTGACTGATAGGTGATTAATATTTTTTATTTCTTTTGAATTTACACTTCTTCCAATTTTTTATATAGTTTATGCTTACAGAACAACGCCTGAACGTCTTCGTGCTAGATGGTTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGTTCTTTGCCTCTTTTTGTGGTTATTTTTTGTGTTGGAAAACTGTCGTTTTGAATGTTTCCTTCTTGTGTTGGATTAGAAATATTTAACCCTGTTTTTATCTCCATGGCATTTTTAATTAAATTACCTTTATATTTTATA
Pediculus_humanus_capitis_AY316854_KittlerPNG          ATTGTTGTGCTTTTGATTTCTTGTTTTATGTCTCTTGTTATAAGGTTTTTATTTAAGAATTTCCTTATTTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATCTTTCTTTTAGCTCTTCATTCGTCTCCTTTTGGCGGGTGACCTGGATGTACGGGCTCTTATTTCGGTTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATACTTCAAATCAGGGTATTACTTATAGAGATTTTATTAATAAAATTAAATCTTTCAATTAAAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGAAGCTCGATTTTTTATTTGACTGATAGGTGATTAATATTTTTTATTTCTTTTGAATTTACACTTCTTCCAATTTTTTATATAGTTTATGCTTACAGAACAACGCCTGAACGTCTTCGTGCTAGATGGTTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGTTCTTTGCCTCTTTTTGTGGTTATTTTTTGTGTTGGAAAACTGTCGTTTTGAATGTTTCCTTCTTGTGTTGGATTAGAAATATTTAACCCTGTTTTTATCTCCATGGCATTTTTAATTAAATTACCTTTATATTTTATA
Pediculus_humanus_capitis_AY316859_KittlerGermany      ATTGTTGTGCTTTTGACTTCTTGTTTTATGTCTCTTGTTATAAGGTTTTTATTTAAGAATTTCCTTATTTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATCTTTCTTTTAGCTCTTCATTCGTCTCCTTTTGGCGGGTGACCTGGATGTACGGGCTCTTATTTCGGTTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATACTTCAAATCAGGGTATTACTTATAGAGATTTTATTAATAAAATCAAATCTTTCAATTAAAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGAAGCTCGATTTTTTATTTGACTGATAGGTGATTAATATTTTTTATTTCTTTTGAATTTACACTTCTTCCAATTTTTTATATAGTTTATGCTTACAGAACAACGCCTGAACGTCTTCGTGCTAGATGGTTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGTTCTTTGCCTCTTTTTGTGGTTATTTTTTGTGTTGGAAAACTGTCGTTTTGAATGTTTCCTTCTTGTGTTGGATTAGAAATATTTAACCCTGTTTTTATCTCCATGGCATTTTTAATTAAATTACCTTTATATTTTATA
Pediculus_humanus_capitis_AY316863_KittlerEthiopia     ATTGTTGTGCTTTTGACTTCTTGTTTTATGTCTCTTATTATAAGGTTTATATTTAAGAATTTCCTTACGTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATCTTTCTCTTAGCTCTTCATTCATCCCCTTTTGGAGGATGGTCTGGTTGTATAGGTTCTTATCTCGGCTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATACTTCAAGTCAGGGTGTTACTTATAGAGATTTTGTTAATAAAATTAAATCTCTCGATCAGAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGAAGCTCGGTTTTTTATTTGACTGACAGATGGTTAATATTTTTTATTTCTTTTGAGTTTACACTTCTTCCAATTTTTTATATAGTCTATGCTTACAGAACAACGCCTGAACGTCTTCGTGCTAGATGGTTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGCTCTTTGCCTCTTTTTGTAATTATTTTTTGTGTTGGGAAACTGTCGTTTTGAATGTTTCCTTCTTGTGTTGGATTAGAAATATTTAACCCTGTTTTTATTTCCATGGCATTTTTAATTAAATTACCTTTATATTTTTCA
Pediculus_humanus_capitis_AY316864_KittlerEthiopia     ATTGTTGTGCTTTTGACTTCTTGTTTTATGTCTCTTATTGTAAGGTTTATATTTAAGAATTTCCTTACGTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATTTTTCTCTTAGCTCTTCATTCATCCCCTTTTGGAGGATGGTCTGGTTGTATAGGTTCTTATCTCGGCTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATACTTCAAGTCAGGGTGTTACTTATAGAGATTTTGTTAATAAAATTAAATCTCTCGATCAGAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGAAGCTCGGTTTTTTATTTGACTGACAGATGGCTAATATTTTTTATTTCTTTTGAGTTTACACTTCTTCCAATTTTTTATATAGTCTATGCTTACAGAACAACGCCTGAACGTCTTCGTGCTAGATGGTTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGCTCTTTGCCTCTTTTTGTAATTATTTTTTGTGTTGGGAAACTGTCGTTTTGAATGTTTCCTTCTTGTGTTGGATTAGAAATATTTAACCCTGTTTTTATTTCCATGGCATTTTTAATTAAATTACCTTTATATTTTTCA
Pediculus_humanus_capitis_AY316869_KittlerNepal        ATTGTTGTGCTTTTGACTTCTTGTTTTATGTCTCTTGTTATAAGGTTTTTATTTAAGAATTTCCTTATTTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATCTTTCTTTTAGCTCTTCATTCGTCTCCTTTTGGCGGGTGACCTGGATGTGCGGGCTCTTATTTCGGTTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATACTTCAAATCAGGGTATTACTTATAGAGATTTTATTAATAAAATTAAATCTTTCAATTAAAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGAAGCTCGATTTTTTATTTGACTGATAGGTGATTAATATTTTTTATTTCTTTTGAATTTACACTTCTTCCAATTTTTTATATAGTTTATGTTTACAGAACAACGCCTGAACGTCTTCGTGCTAGATGGTTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGTTCTTTGCCTCTTTTTGTGGTTATTTTTTGTGTTGGAAAACTGTCGTTTTGAATGTTTCCTTCTTGTGTTGGATTAGAAATATTTAACCCTGTTTTTATCTCCATGGCATTTTTAATTAAATTACCTTTATATTTTATA
Pediculus_humanus_capitis_AY316870_KittlerEthiopia     ATTGTTGTGCTTTTGACTTCTTGTTTTATGTCTCTTGTTATAAGGTTTTTATTTAAGAATTTCCTTATTTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATCTTTCTTTTAGCTCTTCATTCGTCTCCTTTTGGCGGGTGACCTGGATGTACGGGCTCTTATTTCGGTTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATACTTCAAATCAGGGTATTACTTATAGTGATTTTATTAATAAAATTAAATCTTTCAATTAAAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGAAGCTCGATTTTTTATTTGACTGATAGGTGATTAATATTTTTTATTTCTTTTGAATTTACACTTCTTCCAATTTTTTATATAGTTTATGCTTACAGAACAACGCCTGAACGTCTTCGTGCTAGATGGTTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGTTCTTTGCCTCTTTTTGTGGTTATTTTTTGTGTTGGAAAACTGGCGTTTTGAATGTTTCCTTCTTGTGTTGGATTAGAAATATTTAACCCTGTTTTTATCTCCATGGCATTTTTAATTAAATTACCTTTATATTTTATA
Pediculus_humanus_capitis_AY316871_KittlerEthiopia     ATTGTTGTGCTTTTGATTTCTTGTTTTATGTCCCTTGCTATAAGGTTTTTATTTAAGAATTTCCTTATGTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATCTTTCTTTTAGCTCTTCATTCGTCTCCTTTTGGCGGTTGGCCTGGTTGTGCGGGCTCTTATTTCGGTTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATGCTTCAAATCAGGGTACTACTTATAGAGATCTTATTAATAAAATTAAATCTCTCAATTAGAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGAAGCTCAATTTTTTATTTGACTGATAGGTGATTAATATTTTTTATTTCTTTTGAATTTACACTTCTTCCAATTTTTTACATAGTTTATGTTTACAGAACAACGCCTGAGCGTCTTCGTGCTAGATGGTTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGTTCTTTGCCTCTTTTTGTAGTTATTTTTTGTGTTGGAAAACTGTCATTTTGAATGTTTCCTTCTTGTGTTGGGTTAGAAATATTTAGCCCTGTTTTTATTTCCATGGCATTTTTAATTAAATTACCTTTATATTATATA
Pediculus_humanus_capitis_AY316872_KittlerEthiopia     ATTGTTGTGCTTTTGACTTCTTGTTTTATGTCTCTTGTTATAAGGTTTTTATTTAAGAATTTCCTTATTTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATCTTTCTTTTAGCTCTTCATTCGTCTCCTTTTGGCGGGTGACCTGGATGTACGGGCTCTTATTTCGGTTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATACTTCAAATCAGGGTATTACTTATAGAGATTTTATTAATAAAATTAAATCTTTCAATTAAAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGAAGCTCGATTTTTTATTTGACTGATAGGTGATTAATATTTTTTATTTCTTTTGAATTTACACTTCTTCCAATTTTTTATATAGTTTATGCTTACAGAACAACGCCTGAACGTCTTCGTGCTAGATGGTTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGTTCTTTGCCTCTTTTTGTGGTTATTTTTTGTGTTGGAAAACTGTCGTTTTGAATGTTTCCTTCTTGTGTTGGATTAGAAATATTTAACCCTGTTTTTATCTCCATGGCATTTTTAATTAAATTACCTTTATATTTTATA
Pediculus_humanus_capitis_AY316875_KittlerUK           ATTGTTGTACTTTTGACTTCTTGTCTTATGTCTCTTGTTATAAGGTTTATATTTAGAAATTTCCTTATGTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATCTTTCTTTTAGCTCTTCATTCATCTCCTTTTGGTGGATGGCCTGGCTGTGCGGGTTCTTATTTCGGTTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATACTTCAAATCAGGGTATTACTTATAGAAATTTTATTAATAAAATTAAATCTCTCAATTAGAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGGAGCTCGATTTTTTATTTGACTGATAGATGATTAATATTTTTTATTTCTTTTGAGTTTACACTTCTTCCAATTTTTTATATAGTTTATGCTTACAGAACAACGCCTGAACGTCTTCGTGCTAGATGATTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGCTCTTTGCCTCTTTTTGTAGTTATTTTTTGTGTTGGAAAACTATCGTTTTGAATATTTCCTTCTTGTGTTGGATTAGAAATATTTAACCCTATTTTTATCTCCATGGCATTTTTAATTAAATTGCCTTTATATTTTACG
Pediculus_humanus_humanus_AY316840_KittlerEthiopia     ATTGTTGTGCTTTTGACTTCTTGTTTTATGTCTCTTGTTATAAGGTTTTTATTTAAGAATTTCCTTATTTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATCTTTCTTTTAGCTCTTCATTCGTCTCCTTTTGGCGGGTGACCTGGATGTACGGGCTCTTATTTCGGTTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATACTTCAAATCAGGGTATTACTTATAGTGATTTTATTAATAAAATTAAATCTTTCAATTAAAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGAAGCTCGATTTTTTATTTGACTGATAGGTGATTAATATTTTTTATTTCTTTTGAATTTACACTTCTTCCAATTTTTTATATAGTTTATGCTTACAGAACAACGCCTGAACGTCTTCGTGCTAGATGGTTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGTTCTTTGCCTCTTTTTGTGGTTATTTTTTGTGTTGGAAAACTGTCGTTTTGAATGTTTCCTTCTTGTGTTGGATTAGAAATATTTAACCCTGTTTTTATCTCCATGGCATTTTTAATTAAATTACCTTTATATTTTATA
Pediculus_humanus_humanus_AY316847_KittlerGermany      ATTGTTGTGCTTTTGACTTCTTGTTTTATGTCTCTTGTTATAAGGTTTTTATTTAAGAATTTCCTTATTTGTTTAGCTTTTTCTCCTTCTATCTTTCTTTTAGCTCTTCATTCGTCTCCTTTTGGCGGGTGACTTGGATGTACGGGCTCTTATTTCGGTTTAATTCAAAGATTTTCTAGTTGAAATATAAGAGTTTCTTTAATACTTCAAATCAGGGTATTACTTATAGAGATTTTATTAATAAAATTAAATCTTTCAATTAAAAGTTGTATTTTGATTTTGGCAGGAAGCTCGATTTTTTATTTGACTGATAGGTGATTAATATTTTTTATTTCTTTTGAATTTACACTTCTTCCAATTTTTTATATAGTTTATGCTTACAGAACAACGCCTGAACGTCTTCGTGCTAGATGGTTTTTGTTTATTTATACTCTTATTGGTTCTTTGCCTCTATTTGTGGTTATTTTTTGTGTTGGAAAACTGTCGTTTTGAATGTTTCCTTCTTGTGTTGGATTAGAAATATTTAACCCTGTTTTTATCTCCATGGCATTTTTAATTAAATTACCTTTATATTTTATA
Pediculus_schaeffi                                     ATTATTATATTTACGTGTGTAAGTTTTATTTATTTAATTGTAAAATTATTTTATAATAAAGTTAACTTTGCTGTATCTTTTATTCCTTCTTTTCTTTTACTAAGGTTACATCCTTCCCCCTTAGGAGGTTGGGTAAGTTGTGCTAGTTCGTTTTTTAGTTTTATACAGAGATTTTCTAGTTTTAGCTCGAGAACTTCATTAATATTTCAAATTAGCATTTTATTGGTCATAATTTTATCTTTTAAGGATTTTTCACAAAGTTATCTTTTTATT------CTTATGGGTAGATTAGTTTTTTATATGACTGACAGTTGGTTGCTTTTTTTTATCTCTTTTGAGTTTACTCTTATTCCTGTGTTTTATATAGTCTATGTGTGGAGATCCGCTCCGGAACGTCTTCGAGCAAGCTGGTTTTTATTTATTTATACTCTCATAGGGTCTCTACCTTTATTCTTTGTTATTTTCACAATTGGAAAGAGTTCATTTTGAATATTTCCTAACTGTGTTAGTTTGAGTTTGTTTAGGCCTTTTCTTATCTCAATGGCATTTCTGGTCAAAATACCGCTTTATCTTACT
;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = ND4_ML_unique_haplotypes) = 
		N: 1-579;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = ND4_ML_unique_haplotypes) = 
		N: 1-579;
END;