#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 23, 2024; 7:06 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Huang C., Sun R., Hu Y., Zeng L., Zhang N., Cai L., Zhang Q., Koch M.A., Al-shehbaz I.A., Edger P.P., Pires J.C., Tan D., Zhong Y., & Ma H. 2015. Resolution of Brassicaceae phylogeny using nuclear genes uncovers nested radiations and supports convergent morphological evolution. Molecular Biology and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18202] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=45; TAXLABELS Aethionema_grandiflorum Aethionema_subulatum Alliaria_petiolata Alyssopsis_mollis Arabidopsis_lyrata Arabidopsis_thaliana Barbarea_vulgaris Berteroa_incana Boechera_canadensis Bunias_orientalis Cakile_maritima Calepina_irregularis Camelina_sativa Capsella_rubella Cardamine_pensylvanica Catolobus_pendulus Chorispora_bungeana Cleome_serrulata Coincya_monensis Erysimum_cheiranthoides Erysimum_cheiri Eutrema_salsugineum Hesperis_matronalis Iberis_sempervirens Kernera_saxatilis Lepidium_campestre Lepidium_didymum Lunaria_annua Macropodium_nivale Murbeckiella_pinnatifida Noccaea_caerulescens Pachycladon_fastigiatum Parrya_nudicaulis Physaria_newberryi Raphanus_raphanistrum Rorippa_globosa Rorippa_indica Rorippa_sylvestris Schrenkiella_parvula Sinapis_alba Sisymbrium_officinale Smelowskia_tibetica Thlaspi_alliaceum Thlaspi_arvense Turritis_glabra ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M33327] TITLE Brassicaceae_434366_alignment; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=861; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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AAGCGGACGATGTACGCATGGGGAAGCGCGATTGTAATCTTCATAGTTCTGATGATCGTCACTCCCACGATCCCTCAGTCTCAGGCTTACCACGATTTCGCCGATCAACGCTCCTTCTTCGGGATTCCGAATGCTCTGAACGTCGTTTCAAACTTCCCTTTCCTCATCATCGGCCTTATTGGTCTTATCCTCTGCTATTACCCACAAGATTACTTCAGATTTAGTTTGCGAGGTGAGAAAATAGGATGGACTTGCTTTTACGTTGGTGTGGCTGCTGTTGCTTTTGGATCTTCTTACTATCATCTTCACCCAAACGATGCAACTCTCCTCTGGGATCGTCTTCCCATGACTATTGCCTTCACATCGATCATGGCTATATTTGTAATCGAAAGGATTGATGAACACAAGGGTACTTACTCCATTTTACCTTTGCTTCTCGCTGGCCTTGTTAGCATTTTGTATTGGAGGTTTTTCGATGACCTTAGACCATATGCTTTAGTCCAGTTTGTTCCTTGCATTGTCATTCCGTTGATGGCTATTCTATTGCCTCCAATGTATACTCATTCTACGTATTGGCTCTGGGCTGCAGGATTCTATCTCTTAGCCAAGGTGGAAGAAGCTGCAGATAAGCCTATATATAGCTGGACTCAACATATTATTAGTGGGCATTCTTTGAAGCATTTGTGCGCAGCTATGGTCCCCGTCTTTCTTACCCTCATGCTTGCAAAAAGAACCGTTCAAACAGAGAGGATTAGCTTGTATAAGACATGGAAGATATCATGGGCATATAGTAGAGAGAAGGGATCCGAGGAAGAGAGGCGCGAGTGCAGCTATTCCCAAGTTGCAGTCAACGACTCG--- Erysimum_cheiri AAGCGGACGATGTACGCATGGGGAAGCGCGATTGTAATCTTCATAGTTCTGATGATCGTCACTCCCACGATCCCTCAATCTCAGGCTTACCACGATTTCGCCGATCAACGCTCCTTCTTCGGGATTCCGAATGCTCTGAACGTCGTTTCAAACTTCCCTTTCCTCATCATCGGCCTTATTGGTCTTATCCTCTGCTATTACCCACAAGATTACTTCAGATTTAGTTTGCGAGGTGAGAAAATAGGATGGACTTGCTTTTACGCTGGTGTGGCTGCTGTTGCTTTTGGATCTTCTTACTATCATCTTCGTCCAAACGATGCAACTCTCCTCTGGGATCGTCTTCCCATGACTATTGCCTTCACATCGATCATGGCTATATTTGTAATCGAAAGGATTGATGAACACAAGGGTACTTACTCCATTGTACCTTTGCTTCTCGCTGGCCTTGTTAGCATTTTGTATTGGAGGTTTTTCGATGACCTTAGACCATATGCTTTAGTCCAGTTTGTTCCTTGCATTGTCATTCCGTTGATGGCTATTCTATTGCCTCCCATGTATACGCATTCTACGTATTGGCTCTGGGCTGCAGGATTCTATCTCTTAGCCAAGGTGGAAGAAGCTGCAGATAAGCCTATATATAGCTGGACTCATCATATTATTAGTGGGCATTCTTTGAAGCATTTGTGCGCCGCTATGGTCCCCGTCTTTCTTACCCTCATGCTTGCAAAAAGAACCGTTCAAACAGAGAGGATTAGCTTGTATAAGACATGGAAGGTATCATGGACGTTGAGTAGAGGGAAGGGATCCGAGGAAGAGAGGAGCGAGTGCAGCTATTCCAGAGTTGCAGTCAACGAC------ Eutrema_salsugineum AAGCGAGTGATTACCGCGTGGGGAGCGGCGATTGTAATCTTCCTGGTTCTAATGATCGTCACTCCGACAATCCCTCAATCTCAGGCCTACCACGATTTCGCCGATCAACGCTCCTTCTTCGGGATCCCGAATGCTCTGAACGTCGTTTCCAACTTCCCTTTCCTCATCATCGGCCTTGTCGGTCTCGTCCTCTGCTATTACCCAGATGATTACTTCAGACTTAGTTTGCGAGGTGAGAAATTGGGATGGACTTGCTTTTTCGTCGGTGTGGCGGCTGTTGCTTTCGGATCTTCTTACTATCATCTCCACCCAGACGATGCTCGTCTTGTCTGGGATCGTCTTCCTATGACTATTGCCTTCACATCAATCATGGCTATATTTGTAATCGAGAGGATCGATGAGCACAAGGGTACTTACTCCATTGTTCCTCTGCTTCTCGCTGGCCTTGTTAGCATTTTGTATTGGAGGTTTTTCGATGATCTTCGTCCTTATGCTCTAGTCCAGTTTGTTCCCTGCATTGTCATTCCACTTATGGCTATTCTATTACCTCCAATGTATACACATTCCACGTATTGGCTCTGGGCTGCAGGATTCTATCTCCTAGCAAAAGTGGAAGAAGCTGCAGATAAGCCGATATATAGCTGGACGCATCATATTCTCAGTGGCCACTCTTTAAAGCATTTGTGCGCCGCTATGGTCCCTGTCTTCCTTACCCTCATGCTTGCAAAAAGAACTGTTCAAACCGAGAGGATTAGCCTGTATAAGACATGGAAGATATCATGGAAA---------------GGATCCGAGGAAGAGAGCTTGGAGTGTACCTACTCCAACGTAGCAGTCGAAGAGACTCGG Hesperis_matronalis AGGACGACGGTGTACGCATGGGGAGCAGCGATTGTAATCTTCCTGGTTCTGATGATCGTCACTCCCACGATCCCTCAATCTCAGGCCTACCACGATTTCGCCGATCAACGCTCCTTCTTCGGGATTCCGAATGCTTTGAACGTCATCTCCAACTTCCCTTTCCTCATTATCGGCCTTATCGGTCTCGTTCTCTGCTATTACCCCACAGATTACTTCAGATTGAGTTTGCGAGGTGAGAAATTGGGATGGACTTGCTTTTTCGTCGGTGTGGCGGCTGTTGCTTTCGGATCTTCTTACTATCATCTCCACCCAGACGATGCACGCCTCGTCTGGGATCGCCTTCCCATGACTATTGCCTTCACATCCATCATGGCTATATTTGTAATCGAAAGGATTGATGAGCATAAGGGTACTTACTCCATTGTCCCTTTGCTTCTCGCTGGCCTTGTTAGCATTTTGTATTGGAGGTTTTTCGATGATCTTCGTCCATATGCTGTAGTCCAGTTTGTTCCCTGCATTGTTATTCCACTGATGGCTATTATATTACCTCCGATGTATACACATTCCACGTATTGGCTATGGGCTGCAGGATTCTATCTCTTAGCCAAAGTGGAAGAAGCTGCAGATAAGCCCATATACAGTTGGACGCATCATATTGTGAGTGGGCATTCTGTGAAGCATTTGTGCGCTGCTATGGTCCCTGTCTTCCTTACCCTCATGCTTGCAAAAAGAACCGTTCAAACCGAGAGGATTAGCCTGTATGAGACATGGAAGATATCATGGAAGAGGAGTAGAGGGAAAGGATCCGAGGAAGAGAGCTTCGAGTGTACCTACTCTAACGTAGCAGTCGAAGAGACTCGG Iberis_sempervirens AACCTGACGGTGTACGCATGGGGAGCGGCTACTCTAATCTTCCTTGTTCTGATGATCGTCACTCCCACGATCCCTCAATCTCAAGCCTACCACGATTTCGCCGATCAACGCACCTTCTTCGGGATTCCGAATGCTCTGAACGTTGTTTCCAACTTCCCTTTCCTCATCATAGGCCTTGTCGGTCTCGTGCTCTGCTATTAT---CAAGATTACTTCAGATTTAGTCTGCGAGGTGAGAAAGTGGGATGGACTTGCTTTTACGTCGGTGTGGCGGCTGTTGCTTTCGGATCTTCTTACTATCATCTCCACCCAGACGATGCAACTCTCGTCTGGGATCGCCTTCCCATGACTATAGCTTTCACATCCATCATGGCTATATTTGTAATCGAAAGGATTGATGAGCACAAGGGTACTTACTCCATTGTCCCTTTGCTTCTCGCTGGCCTTGTTAGCATTCTGTATTGGAGGTTTTTCGATGATCTTAGGCCATATGCTCTAGTCCAGTTTGTTCCCTGCATTGTCATTCCATTGATGGCTATTCTATTACCTCCAATGTATACACATTCCACTTATTGGCTATGGGCTGCAGGATTCTATCTCTTAGCAAAGGTAGAAGAAGCTGCAGATAAGCCCATCTACGGCTGGACGCAACATATTATTAGTGGGCATTCTCTGAAGCATTTGTGTGCTGCTATGGTCCCTGTTTTCCTTACCCTCATGCTTGCAAAAAGAACAGTTCAAACCGAGAGGATAAGCTTGTATAAGACATGGAAGATATCATGGACGAGGAGTAAGGGAAAGGGATCCGAGGAAGAGAGCTTTGAGTGTAGCTACTCCAATGTAGCAGTCGAAGAGACTCGG Kernera_saxatilis AAGCGGACGGTTTACTCATGGGGAGCGGCGATTGTAATCTTCCTGGTTCTGATGATCGTGACGCCCACGATCCCTCAATCTCAGGCCTATCACGATTTCGCCGATCAACGCTCCTTCTTCGGGATTCCGAATGCTCTGAACGTCATATCCAACTTCCCTTTCCTCATCATCGGCCTCATCGGTCTCGTTCTCTGCTATTACCCAGATGATTACTTCAGATTCAGTTTGCGAGGTGAGAAATTGGGATGGACTTGCTTTTTCGTCGGTGTGGCGGCTGTTGCTTTCGGATCTTCTTACTATCATCTCCACCCAGACGATGCACGTCTCGTCTGGGATCGCCTTCCCATGACTATTGCTTTCACATCCATCATGGCTATATTTGTAATCGAGAGGATTGATGAGCACAAGGGTACTTACTCCATTGTGCCATTGCTGCTCGCTGGCCTTGTTAGCATTTTGTATTGGAGGTTTTTCGATGACCTTCGGCCATATGCTGTAGTCCAGTTTGTTCCTTGCATTGTCATTCCACTGATGGCTATTCTATTGCCTCCAATGTATACACATTCCACCTATTGGCTATGGGCTGCAGGATTCTATCTCTTAGCCAAGGTGGAAGAAGCTGCAGATAAGCCAATATATAGCTGGACGCATCAAATTCTTAGTGGGCATTCTCTAAAGCATTTGTGCGCCGCTATGGTCCCTGTCTTCCTTACCCTCATGCTTGCTAAAAGAACTGTTCAAACAGAGAGGATTAGCTTGTATAAGACATGGAAGATATCATGGATGAGGAGTCGAGGGAAAGGATCCGAGGAAGAGAGCTTCGAGTGTACCTACTCCAACGTAGCAGTCGAAGAGACTCGG Lepidium_campestre AAGCGGACGCTGTTCGCGTTTGGGTCGGCGACTGTAATCTTCATAGTTCTGATGATTGTCACTCCCGCGATCCCTCAATCTCAGGGCTACCATAATTTCGCCGATCAACGCTCGTTTTTGGGGATTCCGAATACTCTTAACGTCATTTCCAACTTCCCTTTCCTCATCATCGGCCTTATTGGTCTTGTCCTCTGCTATTTCCCAAAAGATTACTTCAGATTTAGCTTGCGAGGTGAGAAAATAGGATGGACTATCTTTTACCTCGGTGTGACTGCTGTTGCTTTTGGATCTTCTTACTATCATCTTCACCCAAACGATGCTACGCTCGTCTGGGATCGTCTTCCAATGACTATTGCCTTCACATCAATCGTAGCTGTATTTATAATTGAAAGGATTGATGAGCATAAGGGTACTTACTCAATTGCTCCTTTGATTCTCAGTGGACTTGTAAGCATTATGTATTGGAGGTTTTTCAATGATCTTAGGCCATATGCTATAGTCCAATTTGTTCCCTGCATTGGCATTCCTTTGATGGCTATTCTATTGCCTCCAATGTATACACATTCAAGTTATTGGCTGTGGGCTGCAGCATTCTATCTCCTAGCCAAGGTGGAAGAAGCTGCAGATAAGCCTATATACAGCTTGACGTTTCATATTGTGAGTGGGCATTCTCTGAAGCATTTGTGCGCCGCTATGGTCCCCGTCTTCCTAACGCTCATGCTTGCAAAAAGAACCACTCAGACCGAAAGGATTAGCTTGTATGAGACATGGAAAATATCATGGACGAGGAGTAGAAGGAAGGGATCTGAGGAAGAGAGGTTCGAGTATAGCTATTCCAACGTTGCAGTCGAAGAGCCTCGG Lepidium_didymum 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AAGCGAACGATGTACGCATGGGGATCAGCGATTATAATCTTCATAGTTCTAATGATCGTCACTCCCACGATCCCTCAATCTCAAGCTTACCACGATTTCGCCGATCAACGCTCCTTCTTCGGAATTCCAAATGCTCTCAACGTCGTTTCCAACTTCCCTTTCCTTATCATCGGCCTTATCGGTCTTATCCTCTGCTATTACCCACAAGATTACTTCAGATTTAGTTTGCGAGGTGAGAAAATAGGATGGACTTGCTTTTACGTTGGTGTGGCTGCTGTTGCTTTTGGATCTTCTTACTATCATCTTCACCCTAACGATGCCACTCTCCTCTGGGATCGTCTTCCTATGACTATTGCCTTTACATCCATCATGGCTATATTTGTTATCGAAAGGATTGATGAGCATAAGGGTACTTACTCCATTGTTCCTTTGCTTCTTGCTGGCCTTGTTAGCATTTTGTATTGGAGGTTTTTTGATGACCTTAGACCATATGCTTTAGTCCAGTTTGTTCCTTGCATTGTCATTCCGTTGATGGCTATTCTATTGCCTCCAATGTATACACATTCTACGTATTGGCTTTGGGCTGCAGGATTCTATCTCTTAGCCAAGGTGGAAGAAGCTGCGGATAAGCCTATATATAGCTGGACTCATCATATTATTAGTGGGCATTCTCTGAAGCATTTATGCGCCGCTATGGTCCCTGTCTTCCTTACCCTCATGCTTGCAAAAAGAACCGTTCAAACCGAGAGGATTAGCTTGTATAAAACATGGAAGGTATCATGGACGAGGAGTAGAGGGAAGGGATCCGAGGAAGAGAGGTTCGATTATAGCTACTCCAACGTTGCAGTCGAAGAGACTCGA Noccaea_caerulescens 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AAGCGGACTATATCCGCATGGGGATCGGCGATTGTAATCTTCATAGTTCTTATGATCGTTACTCCTACGATTCCTCAATCTCAGGCTTACCACGATTTCGCCGATCAACGCTCCTTCTTCGGAATTCCGAATTGTCTCAACGTCATTTCCAACTTCCCTTTCCTCATTATCGGCCTTATTGGTCTTATCCTTTGCTATTACCCAGAAGATTACTTCAGATTTAGTTTGCGAGGTGAGAAAATAGGATGGACTTGCTTTTACGTTGGTGTGGCTGCTGTTGCTTTTGGATCTTCTTACTACCATCTTCACCCAGATGATGCAACTCTCCTCTGGGATCGTCTTCCTATGACTATTGCCTTTACATCCATCATGGCTATATTTGTAATCGAAAGGATTGATGAACATAAGGGTACTTACTCCATTGTTCCTTTGCTTCTTGCTGGCCTTGTTAGCATTTTGTATTGGAGGTTTTTCGATGACCTTAGACCATATGCTTTAGTCCAGTTTGTTCCTTGCATTGTGATTCCATTGATGGCTATTCTATTGCCTCCAATGTATACACATTCTACATATTGGCTCTGGGCTGCAGGATTCTATCTCTTAGCCAAGGTGGAAGAAGCTGCGGATAAACCTATATATAGCTGGACTCATCATATTATTAGTGGGCACTCTCTGAAGCATCTGTGCGCTGCTATGGTTCCCGTCTTCCTTACTCTCATGCTTGCAAAAAGAACAGTTCAAACCGAGAGGATTAGCTTATATAAGACATGGAAGATATCATGGAAGAGGAGTACAGGGAAGGGATCCGACGAAGAGAGGTTCGAGTATAGCTACTCCAACGTTGCAGTTGAAGAGACTCGG Raphanus_raphanistrum AAGAGGACGATATACTCATGGGGAGCATCGATCGTAATCTTCCTCGTTCTCATGATCGTCACTCCAACCATCCCTCAATCTCAAGCCTATCACGATTTCGCCGATCAACGCTCCTTCTTCGGGATTCCGAATGCTCTCAACGTCATCTCCAACTTCCCTTTCCTCATCATCGGCCTCCTCGGTCTCGTCCTCTGCTTTTACCCCGATGATTACTTCAGATTCAGTTTGCGAGGTGAGAAGTTGGGATGGACTTGCTTTTTCGTCGGTGTGGCGGCTGTTGCTTTCGGATCTTCTTACTATCATCTCCACCCTGACGATGCTCGCCTCGTCTGGGATCGCCTTCCTATGACTATCGCATTCACATCCATCATGGCTATATTTGTGATCGAGAGGATTGATGAGCACAAGGGTACTTACTCCATCCTCCCTTTGCTTCTCGTTGGCCTTGTTAGCATTCTCTACTGGAGGTTTTTCGATGATCTTCGTCCATATGCTTTAGTCCAGTTTGTTCCCTGCATTGTCATTCCACTTATGGCTATCCTCTTACCTCCAATGTATACACATTCCACGTATTGGCTCTGGGCTGCAGGATTCTACCTCTTAGCCAAAGTGGAAGAGGCTGCAGATAAGCCGATATATAGCTGGACGCATCATATTCTTAGTGGCCATTCTATAAAGCATTTGTGTGCTGCTATGGTCCCTGTCTTCCTTACCCTCATGCTCGCCAAAAGAAGCGTTCAAACCGAGAGGATTAGCTTGTATACGACATGGAAGATATCATGGAAGAGGAGTAGAGGGAAAGGATCAGAGGAAGAGAGCTTCGAGTGTACTTACTCCAACGTAGCAGTCGAAGAGTCTCGA Rorippa_globosa 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AAGCGGACCATTTACTCATGGGGTGCAGCGATTGTAATCTTCCTTGTTCTGATGGTCGTCACTCCCACGATCCCTCAATCTCAGGCCTATCACGATTTCGCCGATCAACGCTCCTTCTTCGGGATTCCGAATGCTCTCAACGTCATCTCCAACTTCCCTTTCCTCATCATCGGCCTTATCGGTCTCATCCTCTGCTATTACCCAGATGATTACTTCAGATTCAGG---------CGCAAATTGGGATGGACCTGCTTTTTCGTCGGTGTGGCGGCTGTTGCTTTCGGATCTTCTTACTATCATCTCCACCCAGACGATGCACGTCTCGTCTGGGATCGCCTTCCCATGACTATTGCCTTCACATCCATCATGGCTATATTTGTAATCGAGAGGATTGATGAGCACAAGGGTACTTACTCCATTGTTCCTTTGCTTCTCGCTGGCCTTGTTAGTATTCTGTATTGGAGGTTTTTCGATGATCTTCGTCCATATGCTTTAGTCCAGTTTGTTCCCTGCATTGTCATTCCATTGATGGCTATTCTATTACCTCCAATGTATACACATTCCACCTATTGGCTATGGGCTGCAGGATTCTATCTCTTAGCCAAAGTGGAAGAAGCTGCAGATAAGCCCATATATAGCTGGACGCATCATATTCTTAGTGGGCATTCTATAAAGCATTTGTGCGCTGCTATGGTCCCCCTCTTCCTTACCCTCATGCTCGCAAAAAGAACCGTTCAAACCGAGAGGATTAGCTTGTATAACACATGGAAGATATCATGGAAGAGGAGTAGAGGGAAGGGATCCGAGGAAGAGAGCTTCGAGTGTACTTACTCCAACGTAGCAGTGGAAGAGACTCGG Sinapis_alba 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