#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 24, 2024; 23:35 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Cui Y., Yan C., Li J., Sun T., Yue B., Zhang X., & Li J. 2016. Identification of CR1 Retroposons in Arborophila rufipectus and their application to Phasianidae Phylogeny. Molecular Ecology Resources, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18808] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=13; TAXLABELS Anas_platyrhynchos Arborophila_ardens Arborophila_brunneopectus Arborophila_rufipectus Chrysolophus_amherstiae Gallus_gallus Lophophorus_lhuysii Meleagris_gallopavo Phasianus_colchicus Pucrasia_macrolopha Syrmaticus_reevesii Tetraophasis_szechenyii Tragopan_temminckii ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M35053] TITLE Phasianidae_intron_sequences; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=4532; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Anas_platyrhynchos 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Arborophila_ardens 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Arborophila_brunneopectus 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Gallus_gallus 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Phasianus_colchicus 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Pucrasia_macrolopha 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Syrmaticus_reevesii 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Tetraophasis_szechenyii GTAAGATTCCTTATTCTCTCCTTGCCCTCACAAATCACTAGTTATTCTTATGCAGAGTTTGTTTTCCTCTCAAGGATTTTTAAACAATTAGTTCCTTCAAAACTGCACCACATGAATTCACAGTCAAATAATTAGCAAAAAGCAAACTTGCTAGTAGAATCCATGATTTTGGATTTCTATTCAAACTCTCAATATAAACATTCTTGACCT-AAAAAAATACATTGCAGATAAAGACCTTTACTCTTTGTTTAGTACCTCAGTTGCAGGGACAACCCTTGCCAAAATGAAAAGTAGTATTCTGGTATTACAAAACTTCGCCAGGGCTCTCTAGGGCTGCACCTCCTGTAATAAATTCTAAGAGAAAGTGAGATGTGATTTCATTTTCTAACGCTCC-AAGGAATAAGTTGTCTTTCCACAGCAGGTTCAGGTAAAGATTTGAGCACAGGTTTGTATTCAATCCTGCTTTTCAATCCTTAGGATGTTCTCAGCCTTTCTAACAGTAACACATTGAAAATGTTGTTGTATATATACATGATCCATGTTATAGGCATATGTTAGACTGCTGACAGCTGATGCCTCAAAAGCAAGCTTTTGACAGCATTGCTGTGTAATCACAATTCCCTTAGTTAAGGCTTTGCACTGCCATGACTTCTGCCAAGATTTTTAGTTGTGCACTGACTTCAGGAATTATGACTTAGAAGTTCTATATTTATCTTAATTGGGTGGATTAAAGTGTCCTTAAAATCCAAATTAAATCTAATCTCTAAGGGGAAATA-GCCCTCTAGGATTACCTTTTTGTTCTTTTCACAGAGGTCCTTCAGTAGTGCATCAAGTTCATTTTCATCTATATATCCATTGCCATCCTGAAAAATAACATTGAAGAGGATGTCAGGCATTTATTCTTCTTTTCAGAGGTTTTCCACAAATTCAGAAAATAAGTGCCATCAAACTAATCAATTAATAAAAAGGTAAGAAGCTTGGATGGCAGGGACACTCAGAGCTCTTCAGGGAGCCGAACCCATTTGTCAGGCATAAAACAGCACTCTGAGCAGCAAGTCCTGGTCAGATCAGCAGAACTTCTTCCCTTGGATGCCGTTCCCTTGGCATACCACAGACAGTCTACAGCTATGAACCACAAGCCCTCACCTCCCCCTTTTTTCTGCTCAGCTGGGCAGTAGCTATGGGTGCACTAGCACCAGAGTTGTTTTTTTAAGTTAGTACCAGAAGTAGCAGCAAGGGGAAAAGCTTCTGGAGAAAGTGAGTTGAAAGGCAGGCACAGCTAGCTGCTACAACCAATGCAATGGTAGCAGTCACTGCTTGTGGCCAGGAAAAAAATGAGGCAGAATGCCTCAACTCCTCTCTTATCCCAGTAAATTTTGCTAACCAGTTTGGAGAAACTAATAGTGCTACCTGCCTGACCAGATGCAATCAGTTGAGCAGCGGGGGAACGTGCTCCTGCTCTGTCTGCCAGCAGCACTCTGTCTTTCTGTCCGGTTTAGGTACGTACAGCCCTGGTTGCATTCACGTTGTCGGCTGCCTCCTACAGGCACCAACTTGCACAGTTCCTGCTTTCATTGCTGATTGCTGACCAGGATTTGGGGGCAGAAAAGAACACCAGGCATCGCGCCAGCCATTCATTTTATTTTTCACCAGAGCATGTCTGGTTTGTTAGGATGGATGTTTTGAACATCATTAACCTTAAGGGAAGTTTTCCTTGCTTGCTGCAAAGAAAATCAAATTTGGTGTTTCATTATAGTTTTCAGAAGGGGTTAAACGATTTCACTCATCTCTTAATAGTCACGTAGGTCAGGAGATGCTGAGTCTGCCAGTTCTCGGGCTCTGGGCAGGATCCCAGCTCTTGCCTTCTCTAGGACAGAGCGCAGCAGGCAGTGCTCTGTGGCTCTGTATCTAACCCACTTCTTTCTCTCCTTGCTTTCAGGTAATGGTTGAGCATCCAGAATAGTACTGGTTTCTGCTGGCTTAAGTTTTGTGCTTGAGGAAAGTTCACTGGATTTCATTAGTGGCAACACTAATCCTGCTGTCCTAACGTAGTACTTCTTAACGTACCTATGAAGAACCTGTACATGGTGTTCTCACTGTACTTGTATGCCAGAAGGTTCTAAAGCTGGGATAGAACTCACAGAGGGGGAGAGGAATAATTGAAGTGATGTCTCTGTGGCTTAATGTTTCTAGTACTTACTTTAATCCCCCCCAGTGATAGGGAAAGTCTCTGTGAAAGGACAGCCTCCAGCAGGGGCCATACCTGGAAATAGGGTAAAAAAGAGTGACTAAGAGCAAAGAGTATTTAGCATGCTAAATTCAGATGAGAGGAAACTGGTTGCAAGGACAAGAATGTCTTAATTCTGTAGGACTGTCCTCTGAACTTAAGTCTAGTATCAGTAGCAATAC-----ATATTTAATAGGCTACTATTGCACGTCTTCTGTCAAAACATCTCCAATGCAGTGTTCAGCCATACTGCTTCTGTCAATTTTTCTGGGTTGGAAAAACATAATGTTGCCATAGTAAGCATTTCTAACTTCAGCTTTCTGGAGGAACTCTTGCCAAGCCACAATAGCAGAACAGAAAACTGAAATGCATCTCTATTTCTGGCAGGTGAGTTATTCTAAGGG{CT}AGAGGTTAGAAGCCATCCAGATTGCCTTAGCTTAGTTGACTT-------------GCACTTCAGCACTTGACATTCAAGAGCTGAAATGCTCCAATACTAACCTAAGCTGTCTACAGTTCACTTCAT-TGTTCTGTCTAATATATTCTCCTGTATACCATCGAGGAGCATCTGCCATACTTTTCCAAC-ACAGACTTGA-CTTGCTGTGGGCACTGACTTCTTTCTAGAAGATCTTTGGTTTAGGTTTGAT-TAAAATCTCCACCCTGGAAGATTAAGAGTAAATTCTTCAGTGTATAGCTGAGCTTAACACCTGCTTTAG--TTTTGGTGGTTGTTGTTGTTGT-----TTTTTCTC-------TAACACTATTCAGCTTCCACAAATTAGATGTTACTTCTCTGTATC-ATGTGCCTCTACAGGTGAGTAACTGTGGCTGTTGGTTCCGATCCCACACCAGTTCTGTGTGCCCCTAACCTGGCAGTGCAGACATTCAGGCTCAGTGAGTTGATCCTTGTGCTAGTTTTTTTTTTCTCTCATGACCTAACCAGGGTAAAAAAAACCACCACACTTTTACACATGAGCTGGACATTGATGCTTATTTGGCTTATTTATTCTGCAGATACTTTGATCCTGCTACCGGCAAGTTCAGCAAATCTGCTACTGGCCCTGATGGAAAGAAACTGCCTAGGACCTTCTGCCAGCTCATCCTTGATCCCATCTTCAAGGTGTGTTCCTTGCTGAT--GCCCT-----AAGCTCTG------TTTGTTGTGCTGCAGTGCATGATGATGGAAAATTTCTTCACTTTGACCTGACTTGTTTGATTGAAGAAATTTGAGTATCTGACACGAGCTGAGCTCGTTGCTCTGTGCAGCAGGGGAGCTGGTGGTGGGTGTGGGAAGGCAGGTGTGTGTCTGGGAGTCCACGTGGATTCAGCTGGTGATGGGCACGGGTTCTACTTAGAGATGC--TGCTGCT--CTCAGGCTGGTTCCTGAAAGGCATTCCTAACTGCTGCTGCTCTCACAGGTGAGTTCTCCAAATTTTCAAAAATCTGACAGAAATTTCCCCAGATTTCAGGAGAGGGCGTGAGAATGCCCAGCTGCTCCTGGAGAGCCGGGCGGTGCGTGCCAGGCGCTGCTGCTGCTGCGGGCTGCGGCCTCTGCAGTGCTACTGGGTGGGAGGTGAAGAAAGTGGCAAATGGCACTTTTTTTTTAAGCCTTATTTTGGTAGCCACCTGTTCCATCTCCTGCGAGCAACAGTGTAGCCATGAAAAGTAACCTACAGCAGATTGTGCAGCTGCTGGATTTGCACATCCTTTTGGCTTGCTTTCTGACAGGAGAGCTGACAGTTTGTTCTGGAGCTCTGGGGCTGAGCGTTACTGCTGTGAGGCAGCGTGCAGTGCAGTGCAGCCCAGCAGAGCTGTCTCCACTGTGCCATCCAGCCGGTGATTAGCAGTGTTAAATTAGGGCAGTGTGTCTGAGAACGGCCTCCCCTGCCCAGCTCAGCTCCCAGCCATACTGCAGGCAG---CTGTTGGCGGGGT-CGGGCCCCCAGGCACAGATGACC--TGAGCAGAACCTGGAGGCAGTGCTGCAGATCAGAGTGGGGCTGTGGACACATGGATGCAGTGCTGTGCG-GGAGGAGGGCAGGATCCAGCAGTGGATCCCAAGGCACAGCAGCACAGCGGTTACTGCTGGGGGTCTGCAGGCATCTTCTGACTCCTTCCCACTGTACTGGTACTCGTCCTCTGTTCTGTTCTGTCTCTGAGCACTGGATGGAGGTTCACTGCTGATGGGGGTCTTCCCCGTGCCAGGAATGGCGTGCCTTTGTCCTCCCATCACTTGAGGTCCC-ATATCTCCATCCCTCTCTCCCTGGTGCAG Tragopan_temminckii AAGAGATTCCTTATTCAATCCTTGCCCTCACAAATCACTAGTTATTCTTATGCAGAGTTTGTATTGCTCTCAAGGATTTTTAAACAATAAGTTCCTTCAAAACTGCACCACATGAATTCACA-TCAAATAATTAGCAAAAAGCAAACTTGC-AGTAGAATCCATGATTTTGGATTTCCACTCAAACTCTCAAAATAAACATTCTTGACCTCAAAAAGATACATTGCAGATAAAGACCTTTACTCTTTGTTCAGAACCTCAGTTGCAGGGACAACCCTTGCCAAAATGAAAAGTGGTATTCTGCTATTGCAAAAGTTCACCAGGGCTCTCTAGGGCTGCACCTCCTGTAATAAATTCAAAGAGAAAGTGAGATATGATTTGATCTTCTCACGCTCCCAAGGAATAAGCTGTCTTTCCACAGCAGGTTGAGGTAAAGATTTGAGCACAGGTTTGTATTCAATCCTCCTTTTCAATCCTTAGGATGTTCTCAGCCTTTCTAACAGTAACACATTGCAAATGTTGTTGTATATTTACATGATCCATGTTATAGGCATATGTTAGACTGCTGCTAGCTGATGCCTCATAAGCAAGCTTTTGACAGTGTTGCTGTGTAATCACAATTCCCTTAGTTAAGGCTTT----------GACTTCTGCCAAGATTTTTAGTTGTGCCTTGACTTCAGGAATTATGACTTAGAAGTTCTATATTTATCTTAATTGGGTGGATTAAAGTGTCCTTAAAATCCAAATTAAATCTAATCTCTAAGGGGAAAAAGGCCCTCTGAGATTACCTTTTTGTTCTTTTCACAGAGATCCTTCAGTAGTGCATCAAGTTCATTTTCATCTATATATCCATTGCCATCCTGAAAAATAGCATTAAAGAGAACATGAAGCATTTATTCTTCTTTTCAGAGGTTTTCCCCAAATTCAGAAAACAAGTGCCATTAAACTAATCAATTAATAAAAAGGTAAGAAGCGTGGATGGCAGGGATGCTCAGAGCTCTTCAGGGAGCCGAACCCATTTGTCAGGCATAAAACAGCACTCTAAGCAGCAAGCCCCAGTCAGATCAGCAGAACTTCTTCCCTTGGATGCTGTTCCCTTGGCATACGACAGACAGCCTATAGCTATGACACACAAGCCCTCACCTCCCCCTTTTTTCTGCCCAGCTGGGCAGTAGCTATGGGTGCACTAGCACCAGAGTTGTTTTTTTAAGTTAGTACCAGAAGTAGCAGCAAGGGGGAAAGCTTCTGGAGAAAGTGAGTTGAAAGGCAGGCACAGCTA----------CCAGTGCAATGGTAGCAGTTACTGCTTGTGGCCAGGAAAAAAACGAGGCAGAATGCCT----------CCCATCCCAGTAAATTTTGCTAACCAGTTCGGAGAAACTAATAGTGCTACCTGTCTGACCAGATGCAATGAGTTGAGCAG----------TGCTCCTGCTCTGTCTGCCAG----------TCTTTCTGTCCGGTTTAGGTACGTACAGCCCTGGTTGCATTCACGTTGTCGGCTGCCTCCTACAGGCACCAGCTTGCACAGTTCCTGCTTTCCTTGCTGATTGCTGGCCAGGATTTGGGGGCAGAAAAGA----------TCGCACCAGCCATTCATTTTATTTTTCACCAGAGCATGTCTTGTTTGTTAGGATGGATGTTTTGAACATCATTAACCTTAAGGGAAGTTTTCCTTGCTTGTTGCAAAGAAAATCAAATTTGGTGTTTCATTATGGTTTTCAGAAGGGGTTAAACGATTTCTCTCATCTCTTAATAATCAGGTAGCTGAGGAGATGCTGAGTCTGCCAGTTCTTGGGCTCTGGGCAGGATCCCATCTCTTGCCTTCTCTAGGACGGAGCGCAGCAGGCAGGGCTCTGTGGCTCTGTGTCTAACCCACTTCTTCCTCTCCTCGCTTTCAGGTAATGGTTGAGCATCCAGAATAGTACTGGTCACTGCTGGCTTAAGTTTTGTGCTTCAGGAAAGTTGGTTGGATTTCATTAGTGGCAAC{AG}CTAATCCTGCTGTCCTAATGTAGTACTTCTTAACATACCTATGAAGAACCTGTACATGGTGTTCTTACAGTACTTGTATGCCAGAAGGTTCTAAAGCTGGGATAGAACTCACAGAGGGAGAGAGGAATAATTGAAGTAATGTCTCTGTGGCTTAATGTTTCTAGTACTTACTTTAATCCCCCCCAGTGATAGGGAAAGTCTCTGTGAAAGGACAGCCTCCAACAGGGGCCATACCTGGAAATAGGGTAAAAAAGAGTGACTAAGAGCAAAGAATATTTAGCACGCTAAACTCAGATGAGAGGAAACTGGTTGCAAGGACAAGGATGTCTTAATTCTGTAGGACTGTCCTCTGAACTTAAGTCTAGTATCAGTAGCAATAC-----ATATTTAATAGGCTATTATTGCACGTCTTCTGTCAAAACATCTCCAATGCAGTGCTCAGCCATACTGCTTCTGACAATTTTTCTGGGTTGGAAAAACATAATGTTGCCATAGTAAGCATTTCTAACTTCAGCTTTCTGGAGGAACTCTTGCCAAGCCACAATAGCAGAACAGAAAACTGAAATGCATCTCTATTTCTGGCAGGTGAGTTATTCTAAGGGTAGAGGTTCGAAGCCATCTAGATTGCCTTAGCTTAGTTGACTT-------------GCATTTCAGCACTTGACATTCAAGAGCTAAAATGCTTCAATACTAACCTGAGCTGTCTGTAGTTCACTTCAT-TGTTCTGTCTAATATATTCTCCTGTATACCGTCGAGGAGCATCTGCCATACTTTTCCAAC-ACAGACTTGA-CTTGCTGTGG-CAATGACTTCTTTCTAGAAGATCTTTGGTTTAAGTTTGAT-TAAAATCTCCACCCTGAAAGATTAAGAGTAAGTTCTTCAGTGTATAGCTGAACTTAACACCTGCTTTGG--TTTTGGTTGTTGTTGTTGTT---------TTTCTT-------TAACACTATCCAGCTTTCACAAATTG--TGTTACTTCTCTGTATC-ATGTGCCTCTACAGGTGAGTAACTGTGGCTCTTGGTTCCA{AG}TCCCACACCAGCTCTGTGCGCC{CT}CTAACCTGGCAGTGCAGACATTCAGGCTCAGTGCGTTGGTCCTTGTGCTAGTTTCTTTTCTCACTCCTGAGCTAACCAGGGTAAAAAAAACCACCACACTTTTACACCTGAGCTGGACATTGATACTTGTT{CT}GGCTTATTTTTTCTGCAGATACTTTGATCCTGCTACCGGCAAGTTCAGCAAATCTGCTACTGGCCCTGATGGAAAGAAACTGCCTAGGACCTTCTGCCAGCTCATCCTCGATCCCATCTTCAAGGTGTGCTCCTTGCTGAT--GCCCT-----AAGCTCTG------TTTGTTCTGCTGCAGTGCATGATGATGGAAAATTTCTTCACTTTGACCTGACTTGTTTGATTGAAGAAATTTGAGTATCTGACCCGAGCTGAGCTCGTTGCTCTGTGCAGCAGGGGAGCTGGTGGTAGGTGTGGGAAGGCAGGTGTGTGTCTGGGAGTCCGCGTGGATTCAGCTGGTGATGGGCACGGGTTCTCCTTAGAGATGT--TGCTGCT--CTCAGACTGGTTCCTGAAAGGCATTCCTAACTGCTGCTGCTCTCGTAGGTGAGTTCTCCAAATTTTCAGAAATCCGACAGAAATTTCCCCAGATTTCAGGAGAGGGCGTGAGAACGCCCAGCTGCTCCTGGAGAGCCGGGCGGTGCGTGCCAGGCCCTGCTGCTGCTGCGGGCTGCGGCGTCTGCAGTGCTGCTGGGTGGGAGGTGAAGAAAGCGGCAAATGGCACTTTTTTTT-AAGCCTTATTTTGGTAGCCACCTGTTCCATCTCCTGCGAGCAACAGTGTAGCCATGAAAAGTAACCTACAGCAGATTGTGCAG{CT}TGCTGGATTTGCACATCCTTTTGGCTTCCTTTCTGACGGGAGAGCTGACAGTTCGTTCTGGAGCTGTGGGGCTGAGCGTTACTGCTGTGAGGCGGCGTGCCGTGCAGTGCAGCCCAGCAAAGCTGCCTCCACTGTGCCATCCAGCCGGTGATTAGCAGTGTTAAATTAGGGCTGTGCGTCTGAGAACGGCCTCCCCCGGCCAGCTCAACTCCCAGCCATACTGCAGGCAG---CTGTTGGCAGGGT-CGGGCCCCCAGGCACAGATGACC--TGAGCAGAACCTGGAGGCAGTGCTGCAGATCAGAGTGGGGCC{AG}TGGGCACGTGGATGCAGAGCTGTGCG-GGAGGAGGGCAGGATCCAGCAGTAGATCCCAAGGCACAGCAGCACAGTGGTTACCGCTGGGGGTCTGCAGGCATCTTCTGACTCCTTCCCCCCGCACTGGTACTTGTTCTCTGTTCCGTTC{CT}GTCTTTGAGCACTGGATGGAGGTTCCCTGCTGATGGGGGTCTTCCCCGTGC{CT}GGGAATGGTGTGCCTTTGTCCTCCCATCACTTGAGGTCCCCATATCTCCATCCCTCTCTCTCTGGTGCAG 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