#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 22:06 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Callejas R., Davidson C., Jaramillo M., Smith J., Stevens A., & Tepe E. 2008. A phylogeny of the tropical genus Piper using ITS and the chloroplast intron psbJ-petA. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2181] BEGIN TAXA; TITLE TaxonLabelSet13956; DIMENSIONS NTAX=575; TAXLABELS Piper_abalienatum Piper_abbreviatum Piper_adenandrum Piper_aduncum_1 Piper_aduncum_2 Piper_aduncum_3 Piper_aduncum_4 Piper_aduncum_5 Piper_aequale_1 Piper_aequale_2 Piper_aequale_3 Piper_aereum Piper_aff_anonifolium_1 Piper_aff_anonifolium_2 Piper_aff_anonifolium_3 Piper_albispicum Piper_albozonatum Piper_amalago_1 Piper_amalago_10 Piper_amalago_2 Piper_amalago_3 Piper_amalago_4 Piper_amalago_5 Piper_amalago_6 Piper_amalago_7 Piper_amalago_8 Piper_amalago_9 Piper_amoenum Piper_amplum_1 Piper_amplum_2 Piper_anisum_1 Piper_anisum_2 Piper_anisum_3 Piper_anonifolium_1 Piper_anonifolium_2 Piper_appendiculatum Piper_arboreum_1 Piper_arboreum_10 Piper_arboreum_2 Piper_arboreum_3 Piper_arboreum_4 Piper_arboreum_5 Piper_arboreum_6 Piper_arboreum_7 Piper_arboreum_8 Piper_arboreum_9 Piper_arboricola Piper_argyrophyllum Piper_arieianum_1 Piper_arieianum_2 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???----?????????----?????AA-?AA---GAC-AGACCAAAGAG--AACTCGTAAACCC--TC--GTTATTG-GCCCGC----ACG{CT}-CTGGGCGACGC--TGCGCGC--GTCGGGCAA-CAACGAA-CCAAATCTC--GGCGCAG-ACGCG--CCAAGGAAC-TT-AGAAA--GTTTT-GATCGC--AGCCTCC--TCCT--CCCCATCGGG--ATGGAGTGG-----ACG--CATC-GAA-CAGTT---AC-AAGTCA-----ATACGACTCTCGG-CAACGGATAT------CTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAA{CT}GCGATAC-----------TTGGTGTGAATTGCAGAAT------------------CCCGTGA{AC}CCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCAAGGCC---TTTCGGTCG----AGGGCACATCT--GCTTGGGCGTTAAACAA-CTC-GTCGCCCCCC-------ACCTTCTCTCC---CCA-CACTC---CGACC-------AAGGAGAG--CCCGGCGGAGACG---AGG---GTAGG-GCG-GG-CGGAGTCTGGTTGTCCGTGTGCCTGCAG--CGCA-CGCGGTT-GGCTGAAAAT---CTAGGG-CCATGGGCTGTGTGCG--GCTCAACAAGTGGTGGTTGTGCGCCCTTA------AAG----GC-CACGATTGTC-AGCA-TGTTGCGCCCAT---CACTTCTC---GATTG-CCCTGCAAGG-----ACCC-AACACAATCGAAA-CATCC--AA-TCCA----------------CGGATCGGTTCG-AATTGCA- Piper_friedrichsthalii_2 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TTG----ATGCCT------ACCGAAAAACAA---GAT-AGACCGAAGAG--AACTTGTAAACCC--TC--GTTATTG-GCCCGC----ACGT-CGGGGCGACAC--TCCGTGCGTGTCGGGCAA-CAACGAA-CCAAATCTC--GGCGCAGCACGCG--CCAAGGAAC-TT-TGAAA--GCTTT-GATTGC--AGCCCCC--TCCT--CCCTATCGG---CCGGAGGGG-----ACG--CATC-GAA-CAGTT---AC-AAGTCA-----ATACGACTCTCGG-CAACGGATAT------CTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATAC-----------TTGGTGTGAATTGCAGAAT------------------CCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCAAGGCC---GTTCGGTCG----AGGGCACATCT--GCTTGGGCGTTAAACAA-CTC-GTCGCCGCCC-------ACCTTCTCTCC--CCAA-CACTC---CCACC-------AAGGAGTC---TG-GCGGAGGGG---AGG---GCAGG-GCC-GG-CGGAGTCTGGTCGTCCGTGTGCCTACAG--CGCA-CGCGGTT-GGCTGAAAAA---CGAGGG-CCATGGGCTGTGTGCG--GCTCAACAAGTGGTGGTTGTGCGCCCTG-------AAG----GC-CACGATTGTC-AGCA-TGTTGCACCCAT---CACTTCTC---GATTG-GCCTGCAAGG-----ACCC-AACACAATCGAAA-CATCC--AA-TCCA----------------CGAATCGATTCG-AATTGCAA Piper_melastomoides 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----------------------------------------------------------------------------------------------GGGGCGGCGC--TCTGCACGTGTCGGGCAA-CGACGAA-CCAAATCTC--GGCGCAGGACGCG--CCAAGCAAC-TC-GGGAA--GCTTT-GATTGC--GGCATCC--TCTT--CCCTGTCGGG--CTGGAGGGC-----GCG--CGTC-GAA-CACTTACTTACAAGTCA-----GTACGACTCTCGG-CAACGGATAT------CTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATAC-----------TTGGTGTGAATTGCAGAAT------------------CCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGCC---TTTCGGCCG----AGGGCACATCT--GCTTGGGCGTTAAACAA-CTC-GTCTCCCGCC-------GCCTTCCCCCCT--GCA-GACTC---CGAGC-------GAGGAGCC---TG-TCGGAGATG---AGG---GTAGG-CTG-GG-CGGAGTCTGGCCGTCCGTGTGCCTGCAG--CGCA-TGCGGTT-GGCTGAAAAG---CCCGGG-CCATGGGCTGCGTGCG--GCTCAGCGAGTGGTGGTTGTGCGCCCTC-----GCAAG----GC-CGCGATTGTC-AGCA-CGTTGCGCCGTA---CGCTCCTC---GATTG-CCCGGCAAGT-----ACCC-GACGCGATCGAAA-CGTC----------------------------------------------- Piper_mosenii 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TCG----ATGCCC------ATCGTAA--CAA---GAG-AGACG???GCG--AACTTGTGAACCC--TCGTGTTCTCG-GCCCGC----ACGC-CGGGGCGGCC---TCCGCGT-TGTCGGGCAA-CCACGAA-CCAAATCTC--GGCGCAGGACGCG-CAAAAGCAAC-TC-GGGAA--GCTTT-GATTGC--GGCGTCC--TCTT-TCCCCGTCGGG--CTGGAGGGC-----GCG--CATC-GAA-CACTT---AC-AAGTCA-----GTACGACTCTCGG-CAACGGATAT------CTCGGCTCTCGCATCGAT????????????????????ATAC-----------TTGGTGTGAATTGCAGAAT------------------CCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAA-TTGCGCCCGAGGCC---TTTCGGTCG----AGGGCACATCT--GCTTGGGCGTTAAACAA-CTC-GTCTCCCGCC-------GCCTTCTCCCC---GCA-GAGTC---CGAGC-------GAGGAGCC---TG-TCGGAGATG---AGG---GTAAG-GTC-GGGCGGAGTCTGGTCGTCCGTGTGCCTGCAG--GGCA-TGCGGTC-GGCTGAAAAG---CTTGGG-CAACGGGCTGCGTGCG--GCTCAACGAGTGGTGGTTGTGCGCCCCG-----GCAAG----GC-CGCGATTGTG-GGCA-CGTTGCGC??TT---??CTTCTC---GATTG-CGCCAG???T-----ACCC-AAGACGATAAAAC-A{GT}CCG--A--TCCA----------------CGGATCGATTCG-AATTGGCA Piper_preaesagium_1 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