#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 18, 2024; 20:31 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Coetzee M., Wingfield B.D., Bloomer P., Ridley G., & Wingfield M.J. 2003. Molecular identification and phylogeny of Armillaria isolates from South America and Indo-Malaysia. Mycologia, 95(2): 285-293. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S899] BEGIN TAXA; TITLE 'IGS-1'; DIMENSIONS NTAX=14; TAXLABELS Armillaria_South_America_Isolate_CMW5446 Armillaria_South_America_Isolate_CMW8876 Armillaria_South_America_Isolate_CMW8877 Armillaria_South_America_Isolate_CMW8879 Armillaria_hinnulea_CMW4980 Armillaria_hinnulea_CMW4990 Armillaria_limonea_CMW4680 Armillaria_limonea_CMW4681 Armillaria_limonea_CMW4991 Armillaria_limonea_CMW4992 Armillaria_luteobubalina_CMW4974 Armillaria_luteobubalina_CMW4976 Armillaria_luteobubalina_CMW4977 Armillaria_luteobubalina_CMW5704 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M375] TITLE IGS; LINK TAXA = 'IGS-1'; DIMENSIONS NCHAR=559; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Armillaria_South_America_Isolate_CMW5446 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTTCTCCTTTCTTTT-TACATGCTGTA-CGCTGTGAGGGCCGGGATAGTCTTCCTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTTGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCCTGGGTTAGCG----------AGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGCTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATAGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGG-------------CTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATGTCGTATATGGTATAGCCTAAGGTTAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGTTT--------GAGTT-GTAGAGG Armillaria_South_America_Isolate_CMW8876 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTTCTCCTTTCTTTT-TACATGCTGTA-CGCTGTGAGGGCCGGGATAGTCTTCCTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTTGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCCTGGGTTAGCG----------AGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGCTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATAGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGG-------------CTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATGTCGTATATGGCATAGCCTAAGGTTAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGTTT--------GAGTT-GTAGAGG Armillaria_South_America_Isolate_CMW8877 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTTTTGGACTTTCTCTTCTCTTCTCCTTTCTTTT-TACATGCTGTA-CGCTGTGAGGGCCGGGATAGTCTTCCTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTTGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCCTGGGTTAGCG----------AGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGCTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATAGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGG-------------CTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATGTCGTATATGGCATAGCCTAAGGTTAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGTTT--------GAGTT-GTAGAGG Armillaria_South_America_Isolate_CMW8879 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTTCTCCTTTCTTTT-TACATGCTGTA-CGCTGTGAGGGCCGGGATAGTCTTCCTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTTGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCCTGGGTTAGCG----------AGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGCTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATAGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGG-------------CTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATGTCGTATATGGCATAGCCTAAGGTTAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGTTT--------GAGTT-GTAGAGG Armillaria_hinnulea_CMW4980 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCT---CTTTTT------CTT---TACATGCTGAAACCTTG--AGGGCCGGGATAATATCCTTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTTGGTTCGAATGAGTAAGCTAACATTGCCTTAGTGTTT-----TTGTTACCTTTCTAGTTCGAATCATGAGTTATTATGAGCCTTGAAGGCTTAGGAGGGACTTGGTTAGCAAGCTGTAAAGGCGTGCTGACTTGGAACGACGGTTTTACCTTGTACTTGATATCGACCTTATGGCCGATATCCCATATATGGTATAGCCAAAGATCCCCTAAAA-AGGCAATTCA--------GCGACTGATTTGCTAGAT---GAGCTTGAAATGATAAGTAAGCTAAG--CTATGGTT-ACTTTGTTGTGACCGTTTAC-TTAGCTTTCGAGGGCTAT-----------CTGGTGCTGAATCGAAAGGTTTCCTAAGGAAACCGAC-GGTTGGCAACGGTTTTAGTGGCTGGTAGGGC--------GAGTTTTTATTGA Armillaria_hinnulea_CMW4990 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCT---CTTTTT------CTT---TACATGCTGAAACCTTG--AGGGCCGGGATAATATCCTTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTAGGTTCGAACGAGTAAGCTAACATTGCCTTAGTGTTT-----TTGTTACCTTTCTAGTTCGAATCATGAGTTATTATGAGCCTTGAAGGCTTAGGAGGGACTTGGTTAGCAAGCTGTAAAGGCGTGCTGACTTGGAACGACGGTTTTACCTTGTACTTGATATCGACCTTATGGCCGATATCCCATATATGGTATAGCCAAAGATCCC-TAAAA-AGGCAATTCA--------GCGACTGATTTGCTGGAT---GAGCTTGAAATGATAAGTAAGCTAAG--CTATGGTT-ACTTTGTTATGACCGTTTAC-TTAGCTTTCGAGGGCTAT-----------CTGGTGCTGAATCGAAAGGTTTCCTAAGGAAACCGTT-GGTTGGCAACGGTTTTAGTGGCTGGTAGGGC--------GAGTTTTCATTGA Armillaria_limonea_CMW4680 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTTTTTT-----CTTTT-TACATGCTGAA-TGCTG--AGGGCCGGGATAGTATCCCTCGTGCACTCGCAACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTG-----------------------------------------CTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTG--------------------TATATGGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATATGGTTACTTTGTGACCGTTGAGTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGGAACGATGGTTTACCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAAGTTGTATATGGTATAGCCAAAGCTAAGACTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTT--------GAGTT-GTAGAGG Armillaria_limonea_CMW4681 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTTTTTT-----CTTTT-TACATGCTGAA-TGCTG--AGGGCCGGGATAGTATCCCTCGTGCACTCGCAACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTG-----------------------------------------CTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTG--------------------TATATGGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATATGGTTACTTTGTGACCGTTGAGTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGGAACGATGGTTTACCTTGTATGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATGGTATAGCCAAAGCTAAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTT--------GAGTT-GTAGAGG Armillaria_limonea_CMW4991 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTTTTTT-----CTTTT-TACATGCTGAA-TGCTG--AGGGCCGGGATAGTATCCCTCGTGCACTCGCAACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTG-----------------------------------------CTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTG--------------------TATATGGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATATGGTTACTTTGTGACCGTTGAGTTTGGTTAACAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGGAACGATGGTTTACCTTGTATGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATGGTATAGCCAAAGCTAAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTT--------GAGTT-GTAGAGG Armillaria_limonea_CMW4992 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTTTTTT-----CTTTT-TACATGCTGAA-TGCTG--AGGGCCGGGATAGTATCCCTCGTGCACTCGCAACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTG-----------------------------------------CTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTG--------------------TATATGGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATATGGTTACTTTGTGACCGTTGAGTTTGGTTAACAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGGAACGATGGTTTACCTTGTATGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATGGTATAGCCAAAGCTAAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTT--------GAGTT-GTAGAGG Armillaria_luteobubalina_CMW4974 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTT---CTTTCTTATCTACATGCTGTT-CGCTGTGAGGGCCGGGATAATCATCCTTGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTTGTAAGCTAAC-----------GCTCAACGCTCGTTACCTTGCTGGAACGGATCTTGGGTTA----------------------------TTAGCTTTGTCGCTGACTTGCTTACCT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTAGGGATGAGAACTTGTATATAGTATGGCCAACGTTTCAGTAAGCCAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTG-------------CCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATCTCGTATATGGTATAGCCTAAGCTTAG-CTACGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTTCGCTTGTTGACTT-GTAGAGG Armillaria_luteobubalina_CMW4976 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTT---CTTTCTTATCTACATGCTGTT-CGCTGTGAGGGCCGGGATAATCATCCTTGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTTGTAAGCTAAC-----------GCTC-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTGGGTTA----------------------------TTAGCTTGCTTACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTAGGGATGAGAACTTGTATATAGTATGGCCAACGTTTCAGTAAGCCAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTG-------------CCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATCTCGTATATGGTATAGCCTAAGCTTAG-CTACGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTTGGCTTGTTGACTT-GTAGAGG Armillaria_luteobubalina_CMW4977 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTT---CTTTCTTATCTACATGCTGTT-CGCTGTGAGGGCCGGGATAATCATCCTTGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTTGTAAGCTAAC-----------GCTC-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTGGGTTA----------------------------TTAGCTTGCTTACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTAGGGATGAGAACTTGTATATAGTATGGCCAACGTTTCAGTAAGCCAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTG-------------CCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATCTCGTATATGGTATAGCCTAAGCTTAG-CTACGG--TTACTTTGTGAGCCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTTGGCTTGTTGACTT-GTAGAGG Armillaria_luteobubalina_CMW5704 AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTT---CTTTCTTATCTACATGCTGTT-CGCTGTGAGGGCCGGGATAATCATCCTTGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTTGTAAGCTAAC-----------GCTC-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTGGGTTA----------------------------TTAGCTTTGTCGCTGACTTGCTTACCT------------------TACCTTGTACAAAATCTTGACCTTAGGGATGAGAACTTGTATATAGTATGGCCAACGTTTCAGTAAGCCAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATAGCTTGCTGACTTG-------------CCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATCTCGTATATGGTATAGCCTAAGCTTAG-CTACGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTTGGCTTGTTCACTT-GTAGAGG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = IGS) = N: 1-559; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = IGS) = N: 1-559; END;