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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Martin F., & Tooley P. 2003. Phylogenetic relationships among Phytophthora species
inferred from sequence analysis of the mitochondrially-encoded cytochrome oxidase
I and II gene. Mycologia, 95(2): 269-284.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1039]

BEGIN TAXA;
        TITLE  cox_I;
        DIMENSIONS NTAX=15;
        TAXLABELS
            'Phytophthora cactorum -New York'
            'Phytophthora capsici -Florida'
            'Phytophthora colocasiae -China'
            'Phytophthora fragariae -Maryland'
            'Phytophthora gonapodyides -New York'
            'Phytophthora hibernalis -Australia'
            'Phytophthora ilicis -Canada'
            'Phytophthora infestans -Mexico'
            'Phytophthora infestans -West Virginia'
            'Phytophthora megasperma -California 1'
            'Phytophthora mirabilis -Mexico 1'
            'Phytophthora nicotianae -Australia'
            'Phytophthora phaseoli -Maryland'
            'Phytophthora pseudotsugae -Oregon'
            'Pythium aphanidermatum -Mexico'
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M382]

	TITLE Figure_4;
	LINK TAXA = cox_I;
	DIMENSIONS NCHAR=1299;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                                 10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       630       640       650       660       670       680       690       700       710       720       730       740       750       760       770       780       790       800       810       820       830       840       850       860       870       880       890       900       910       920       930       940       950       960       970       980       990       1000       1010       1020       1030       1040       1050       1060       1070       1080       1090       1100       1110       1120       1130       1140       1150       1160       1170       1180       1190       1200       1210       1220       1230       1240       1250       1260       1270       1280       1290         ]
[                                                  .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         ]
'Phytophthora cactorum -New York'         ATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGGCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCGGGTAATCAAATTTTCATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACAGCACATGCTTTTATTATGGTGTTTTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGTGGTTTTGGTAACTGGTTTGTTCCTTTAATGATTGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCAGGTACAGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCGCACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCTTTATTAGGTGCTATTAATTTTATTTCAACTATATATAATATGAGAGCTCCTGGATTAAGTTTCCATAGATTACCTTTATTTGTATGGTCTATATTAATTACTGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGAGCCATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGAGGGGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCACCCAGAAGTTTATGTTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTATTAGTCAAGTTTCTGCAGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGAATGGTTTATGCAATGTTATCTATAGGTTTATTAGGTTCAATTGTATGGGCACATCATATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACAAGAGCTTATTTTTCAGCTGCTACTATGATTATTGCTGTACCTACAGGTATTAAAATATTTAGTTGGTTAGCAACTTTATGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCATTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTCGTTATGGGTGGAGTAACTGGTGTAGTTATGTCAAATTCAGGTTTAGATATTGCAATACATGATACTTATTATATTGTTGGACATTTCCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTATTTGGTATATTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCTGGTCGTAGATATCCTGAAGTTTTAGGTCAAATACATTTTTGGTTATTCTTTATTGGAGTAAATGTTACTTTC
'Phytophthora capsici -Florida'           ATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGTCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCGGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATCTTTATGGGAAATCATCAATTATATAACGTTATTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGTGGTTTTGGTAACTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTAGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACTGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACATTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATCTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACCATTTATAATATGAGAGCTCCAGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCTGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCACCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCTGGATTTGGTATTATTAGTCAAGTTTCTGCAGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCAATGTTATCTATTGGATTATTAGGTTCAATTGTTTGGGCACACCACATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACTAGAGCTTATTTCTCAGCAGCTACTATGATTATTGCAGTACCTACTGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACTCCTTTATTATTTACTTTAGGATTTATTTTATTATTCGTTATGGGTGGTGTAACTGGTGTAGCTATGTCAAACTCAGGTTTAGATATTGCAATACATGATACATATTATATTGTAGGACATTTCCATTATGTTTTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATATTTACTGGTTTCTATTTTTGGATTGGTAAAATTTCAGGACGTAGATATCCTGAAATTTTAGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTTTTTATCGGAGTAAATGTAACTTTC
'Phytophthora colocasiae -China'          ATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGTCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCGGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCTGGTAATCAAATTTTTATGGGTAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCTCATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCAGCTTTAATTGGAGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCTGGTGCTGGTACAGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCTCACTCAGGTCCTTCTGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATCTCTTCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACTCTACCTGTATTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCTTCTGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTCGGTCATCCGGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGGATTTGGTATTATTAGTCAAGTTTCTACGGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGAATGGTTTATGCAATGTTATCTATAGGGTTATTAGGTTCAATTGTTTGGGCGCATCATATGTTTACTGTAGGTTTAGATGTAGATACTAGAGCTTATTTTTCAGCAGCTACTATGATTATTGCCGTACCTACTGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACTCCTTTATTATTTACTTTAGGATTTATATTATTATTTGTTATGGGAGGTGTAACAGGTGTAGCTATGTCAAATTCAGGTTTAGATATTGCAATACATGATACTTACTATATTGTAGGACATTTCCATTATGTTTTATCTATGGGTGCCGTTTTTGGTATTTTTACTGGTTTTTATTTTTGGATTGGTAAAATTTCAGGACGAAGATATCCTGAAATTTTAGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTTTTTATAGGAGTAAATGTAACTTTC
'Phytophthora fragariae -Maryland'        ATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGTCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATCGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCGGGTATTGTTGGTACAACTTTATCACTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCGGGTAATCAGATTTTAATGGGAAATCATCAATTATATAATGTAGTTGTAACTGCACATGCCTTTATAATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCCTTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTACCTTTAATGATTGGTGCTCCAGATATGGCTTTTCCACGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCTGGTGCGGGTACAGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACATTCAGGACCTTCAGTAGATTTGGCAATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCTATAAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCAGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTATTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTACTAACTTTACCGGTATTAGCTGGAGCAATTACAATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCTTCTGGTGGGGGAGATCCAGTACTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCCGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGCATTTGGTATTATTAGTCAAGTTTCATCAGCATTTGCTAAAAAAAATATATTTGGTTATTTAGGAATGGTTTATGCAATGTTATCTATTGGTTTATTAGGTTCAATTGTATGGGCGCATCACATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACTAGGGCATATTTTTCAGCAGCTACTATGATTATTGCTGTACCTACTGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCAACTTTATGGGGAGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTACTTTAGGATTTATCTTATTATTTGTTATGGGTGGTGTAACTGGTGTAGCTATGTCAAATTCTGGTTTAGATATTGCATTACATGATACTTATTATATTGTAGGACATTTTCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGCATTTTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGGAAAATTTCAGGTCGTAGATATCCCGAAATATTGGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGGGTAAATATTACCTTC
'Phytophthora gonapodyides -New York'     ATGAATTTTAAAAATATAAATAAATGGTCAACTCGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGTACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTATTGTTGGTACAACCTTATCACTTTTAATCCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCACCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCACATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCATTAATTGGTGGTTTTGGAAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCTTTCCCACGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTGTCATCAGCTATTGTCGAATCTGGTGCTGGGACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACGGGTATTTCATCATTATTGGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCACAGATTACCCCTATTTGTTTGGTCTGTGTTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCCGTATTAGCTGGTGCCATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCGTTTTACGATCCATCTGGAGGAGGTGATCCGGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTCGGTCATCCTGAAGTTTATATTTTAATTTTACCTGCTTTTGGTATTATTAGTCAAGTTGCCGCAGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTCGGTTATTTAGGAATGGTTTATGCAATGTTATCTATTGGTTTATTAGGTTGTATTGTCTGGGCACATCATATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACTCGAGCTTATTTCTCAGCAGCGACTATGATTATTGCTGTACCTACTGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGTGGTGTAACCGGAGTAGCAATGTCTAATTCAGGTTTAGATATTGCAATTCATGATACATATTATATTGTAGGACATTTCCATTATGTATTATCTATGGGTGCCGTTTTTGGTATATTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCTGGTCGTAGATATCCTGAAGTTTTAGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGTGTAAATATTACCTTT
'Phytophthora hibernalis -Australia'      ATGAATTTTCAAAGTATAAATAAATGGTCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTATTGTTGGTACAACTTTATCTCTTTTAATTCGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGTAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCCCATGCTTTTATTATGGTTTTTTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGTGGGTTTGGTAACTGGTTCGTTCCTTTAATGATAGGGGCTCCAGATATGGCTTTTCCACGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCTCCCGCTTTATTATTATTAGTATCATCAGCTATTGTGGAATCTGGAGCAGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCTTTATCAAGTGTACAAGCACATTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCTTTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCGGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACCTTACCTGTTTTAGCAGGTGCAATTACTATGTTATTAACAGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGACCCCTCTGGAGGTGGTGATCCCGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCACCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGCATTTGGTATTATTAGTCAAGTTTCTGCAGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTTGGTTACTTAGGTATGGTTTATGCTATGTTATCTATAGGTCTATTAGGTTCTATTGTATGGGCACACCATATGTTTACTGTAGGTTTAGATGTAGATACTCGAGCTTATTTTTCTGCAGCTACTATGATTATAGCGGTACCTACCGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGCGGTTCATTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTACTTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGTGGTGTAACTGGTGTGGTTATGTCTAATTCGGGTTTAGATATTGCATTACACGATACTTATTATATTGTAGGACATTTCCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATTTTTACAGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATATCTGGACGTAGATATCCTGAGATTTTAGGCCAAATTCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGAGTAAATGTAACTTTT
'Phytophthora ilicis -Canada'             ATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGTCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGTACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTGTTGTAGGTACAACATTATCACTTTTAATCCGAATGGAATTGGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCGCATGCTTTTATTATGGTTTTTTTTTTAGTTATGCCAGCTTTAATTGGAGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCATTAATGATTGGTGCACCTGATATGGCTTTCCCACGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTAGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCTATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCCCCCGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTATGGTCTGTATTAATTACTGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCCGGTGCAATTACAATGTTGTTAACCGATAGAAATTTAAATACTTCATTTTATGATCCTTCTGGTGGAGGAGATCCTGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCACCCTGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTATTAGTCAAGTTTCAGCAGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCTATGTTATCTATAGGTTTATTAGGTTCAATTGTATGGGCACACCATATGTTTACGGTTGGTTTAGATGTAGATACTCGTGCTTATTTTTCAGCAGCTACTATGATTATTGCAGTACCTACTGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCAACTTTATGGGGAGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGAGGTGTAACTGGAGTAGTAATGTCAAATTCTGGTTTAGATATAGCGATCCACGATACTTATTATATTGTAGGTCATTTTCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATTTTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGGAAAATATCTGGCCGTAGATATCCTGAAATTTTAGGTCAAATCCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGAGTAAATGTAACCTTT
'Phytophthora infestans -Mexico'          ATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGTCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTGTTGTTGGTACAACATTTTCTCTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACCGCACATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATCGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTATTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCTCCTTCTTTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATCGTTGAATCTGGGGCTGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCTAGTGTTCAAGCACATTCAGGACCTTCTGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTATCAGGTATTTCTTCTTTATTAGGTGCTATTAATTTTATTTCAACAATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTATGGTCTATATTAATTACTGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTACTAGCTGGGGCAATTACTATGTTACTAACTGATAGAAATTTAAACACTTCATTTTATGATCCATCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATCTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAGGTTTATGTTTTAATTTTACCAGCATTTGGTATTATCAGTCAAGTTTCTGCATCTTTTGCAAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCTATGTTATCTATAGGTTTACTAGGTTCAATTGTATGGGCGCACCACATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACACGCGCTTACTTTTCAGCAGCTACTATGATTATTGCGGTACCAACGGGTATTAAAATATTTAGTTGGTTAGCAACTTTATGGGGAGGTTCTCTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGCGGAGTAACTGGTGTAGCTATGTCGAATTCGGGTTTAGATATTGCATTACATGATACCTATTATATTGTGGGGCATTTTCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATATTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCTGGTCGTAGATATCCTGAAATTTTAGGACAAATTCATTTTTGGTTATTTTTTATTGGGGTAAATGTTACCTTT
'Phytophthora infestans -West Virginia'   ATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGTCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTGTTGTTGGTACAACATTTTCTCTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACCGCACATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATCGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTATTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCTCCTTCTTTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATCGTTGAATCTGGGGCTGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCTAGTGTTCAAGCACATTCAGGACCTTCTGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTATCAGGTATTTCTTCTTTATTAGGTGCTATTAATTTTATTTCAACAATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTATGGTCTATATTAATTACTGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTACTAGCTGGGGCAATTACTATGTTACTAACTGATAGAAATTTAAACACTTCATTTTATGATCCATCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATCTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAGGTTTATGTTTTAATTTTACCAGCATTTGGTATTATCAGTCAAGTTTCTGCATCTTTTGCAAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCTATGTTATCTATAGGTTTACTAGGTTCAATTGTATGGGCGCACCACATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACACGCGCTTACTTTTCAGCAGCTACTATGATTATTGCGGTACCAACGGGTATTAAAATATTTAGTTGGTTAGCAACTTTATGGGGAGGTTCTCTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGCGGAGTAACTGGTGTAGCTATGTCGAATTCGGGTTTAGATATTGCATTACATGATACCTATTATATTGTGGGGCATTTTCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATATTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCTGGTCGTAGATATCCTGAAATTTTAGGACAAATTCATTTTTGGTTATTTTTTATTGGGGTAAATGTTACCTTT
'Phytophthora megasperma -California 1'   ATGAATTTTAAAAATATAAATAAATGTCAACTCGACTGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGTACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTATTGTTGGTACAACCTTATCACTTTTAATCCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCACCAATTATATAATGTTGTTGTTACAGCACATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGAGCACCTGATATGGCTTTCCCACGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCGTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCTGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACGGGTATTTCATCATTATTAGGTGCGATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCCGGTTTAAGTTTCCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACCGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCCGTTTTAGCTGGTGCCATTACCATGTTATTAACAGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGAGGGGATCCCGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTATTAGTCAAGTTGCTGCCGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTCGGTTATTTAGGAATGGTTTATGCAATGTTATCTATTGGTTTATTAGGTTGTATTGTATGGGCACACCATATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACTAGAGCTTATTTTTCAGCCGCTACTATGATTATTGCTGTACCTACTGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCAACTTTATGGGGAGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTGTTGGTGGTGTAACTGGAGTAGCAATGTCTAATTCAGGTTTAGATATTGCAATTCATGATACTTATTATATTGTAGGACATTTTCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATATTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCTGGTCGTAAATATCCTGAAATTTTAGGTCAAATCCATTTTTGGTTATTCTTTATAGGTGTAAATATTACCTTT
'Phytophthora mirabilis -Mexico 1'        ATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGTCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTGTTGTTGGTACAACATTTTCTCTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACCGCACATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATCGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCCCCTTCTTTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATCGTTGAATCTGGGGCTGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCTAGTGTTCAAGCACATTCAGGACCTTCTGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTATCAGGTATTTCTTCTTTATTAGGTGCTATTAATTTTATTTCAACAATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTATGGTCTATATTAATTACTGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTACTGGCTGGGGCAATTACTATGTTACTAACTGATAGAAATTTAAACACTTCATTTTATGATCCATCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAGGTTTATGTTTTAATTTTACCAGCATTTGGTATTATTAGTCAAGTTTCTGCATCTTTTGCAAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCTATGTTATCTATCGGTTTACTAGGTTCAATTGTATGGGCGCACCACATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACACGCGCTTACTTTTCAGCAGCTACTATGATTATTGCGGTACCCACGGGTATTAAAATATTTAGTTGGTTAGCAACTTTATGGGGAGGTTCTCTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGCGGAGTAACTGGTGTAGCTATGTCTAATTCGGGTTTAGATATTGCATTACATGATACCTATTATATTGTGGGGCATTTTCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATATTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCTGGTCGTAGATATCCTGAAATTTTAGGACAAATTCATTTTTGGTTATTTTTTATTGGGGTAAATGTTACTTTT
'Phytophthora nicotianae -Australia'      ATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGTCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTGTTGTAGGTACAACACTATCTCTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCTGGTAATCAAATTTTTATGGGTAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACAGCACATGCTTTTATTATGGTATTTTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGTGGGTTTGGTAACTGGTTTGTACCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTAGAATCTGGTGCTGGTACTGGTTGGACTGTTTATCCCCCATTATCTAGTGTACAAGCACATTCAGGTCCTTCTGTAGATTTAGCGATTTTTAGTTTACATTTATCAGGTATTTCTTCTTTATTAGGTGCTATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTCGTATGGTCTATATTAATTACTGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGAGCAATTACTATGTTATTAACAGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAAGTTTATGTATTAATTTTACCAGCATTTGGTATTATTAGTCAAGTTTCTGCTGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTCGGTTATTTAGGAATGGTTTATGCAATGTTATCTATTGGTTTATTAGGTTCAATTGTATGGGCACATCATATGTTTACAGTTGGTTTAGATGTAGATACAAGAGCTTATTTTTCTGCAGCTACTATGATTATTGCGGTACCAACAGGTATTAAAATATTTAGTTGGTTAGCAACCTTATGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCATTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGTGGAGTAACTGGTGTAGCTATGTCTAATTCAGGTTTAGATATTGCATTACATGATACTTATTATATTGTAGGACACTTCCATTATGTTTTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATATTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCTGGTCGTAGATATCCAGAAGTTTTAGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGAGTAAATGTTACTTTT
'Phytophthora phaseoli -Maryland'         ATGAATTTTCAAAATATAAAACAATGGTCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTGTTGTTGGTACAACATTTTCTCTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACCGCACATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATCGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCGGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTGCCTCCTTCTTTATTATTATTAGTTTCTTCAGCTATCGTTGAATCTGGGGCTGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCTAGTGTTCAAGCACATTCAGGACCTTCTGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTATCAGGTATTTCTTCTTTATTAGGTGCTATTAATTTTATTTCAACAATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTATGGTCTATATTAATTACTGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTACTAGCTGGGGCAATTACTATGTTACTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCATTTTATGATCCATCAGGTGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAGGTTTATGTTTTAATTTTACCGGCATTTGGTATTATTAGTCAAGTTTCTGCATCTTTTGCAAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCTATGTTATCTATAGGTTTATTAGGTTCAATTGTATGGGCGCACCACATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACACGCGCTTACTTTTCAGCAGCTACTATGATTATTGCGGTACCAACGGGTATTAAAATATTTAGTTGGTTAGCAACTTTATGGGGAGGTTCTCTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGCGGAGTAACTGGTGTAGTTATGTCTAATTCGGGTTTAGATATTGCGTTACATGATACTTATTATATTGTGGGGCATTTTCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATATTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCTGGTCGTAGATATCCTGAAATTTTAGGACAAATCCATTTTTGGTTATTTTTTATTGGGGTAAATGTTACTTTT
'Phytophthora pseudotsugae -Oregon'       ATGAATTTTCAAAATATAAATAAATGGGCAACAAGATGGCTTTTTTCAACAAATCATAAAGATATTGGAACTTTATATTTAATTTTTAGTGCTTTTGCTGGTGTTGTTGGTACAACATTATCTCTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTCATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACAGCACATGCTTTTATTATGGTGTTTTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATAGGTGGTTTTGGTAACTGGTTTGTTCCTTTAATGATTGGTGCTCCTGATATGGCATTTCCTCGTATGAATAATATAAGTTTTTGGTTATTACCTCCAGCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCAGGTGCAGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCTAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCTTCTTTATTAGGTGCTATTAATTTTATTTCAACTATATACAATATGAGAGCTCCTGGATTAAGTTTCCATAGATTACCTTTATTTGTATGGTCTATATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGAGCTATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCATCTGGAGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCAGAAGTTTATGTTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTATTAGTCAAGTTTCTGCAGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGAATGGTTTATGCTATGTTATCTATAGGTTTATTAGGTTCAATTGTATGGGCACATCATATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACAAGAGCTTATTTTTCAGCTGCTACTATGATTATTGCCGTACCTACAGGTATTAAAATATTTAGTTGGTTAGCAACTTTATGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCATTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTCGTTATGGGTGGAGTAACTGGTGTAGTTATGTCAAATTCAGGTTTAGATATTGCAATACATGATACTTATTATATTGTTGGACATTTCCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTATTTGGTATATTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCTGGTCGTAGATATCCTGAAGTTTTAGGTCAAATACATTTTTGGTTATTCTTTATTGGAGTAAATGTTACTTTC
'Pythium aphanidermatum -Mexico'          ATGAATTTTCAAACAATATCAAATTGGTCAACTAGATGGCTTTTTTCAACAAATCACAAAGATATCGGTACTTTATATTTAATTTTTGGTGCTTTTTCAGGTGTAGTTGGTACAACTTTATCTGTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCTGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTAACAGCACATGCTTTCATAATGATTTTCTTCATGGTTATGCCTGTATTAATTGGTGGTTTTGGTAACTGGTTTATTCCTTTAATGATTGGTGCTCCAGATATGGCTTTTCCTAGAATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCTCCTTCATTATTATTATTAGTATCATCAGCTATAGTAGAATCAGGTGCTGGTACAGGTTGGACTGTATATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTATCTGGTATTTCTTCATTATTAGGTGCTATTAATTTTTTATCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGATTAAGTTTTCATAGATTACCGTTATTTGTATGGTCTGTTTTTATTACAGCTTTTTTATTATTGTTAACATTACCAGTATTAGCAGGTGCTATTACAATGTTATTAACAGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCTGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGACACCCTGAAGTTTATATTTTAATTTTACCTGCTTTTGGTATTATTAGTCATGTTTCTGCTACATATTCTAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCTATGTTATCTATAGGTTTATTAGGTTCAATTGTTTGGGCTCACCATATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACTAGAGCATATTTCTCAGCAGCTACTATGATTATTGCAGTACCTACAGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTATGTGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCAATGTTATTTACTTTAGGTTTCTTATTATTATTCGTAATAGGTGGGGTAACTGGAGTAATTATGTCTACATCAGGTATTGATATTGCTATTCATGATACATACTATATTGTAGCGCATTTCCATTATGTTTTATCTATGGGTGCTGTTTTCGGTATTTTTGCTGGATTTTATTATTGGATTGGTAAAATAACAGGACGTCAATATCCTGAAGTATTAGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGTGTAAATATTACATTT
;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Figure_4) = 
		N: 1-1299;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = Figure_4) = 
		N: 1-1299;
END;