#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 19, 2024; 5:12 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ishengoma E., & Agaba M. 2017. Evolution of Toll-like receptors in the context of terrestrial ungulates and cetaceans diversification. BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S20429] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=13; TAXLABELS Bos_taurus Bubalus_bubalis Camelus_bactrianus Camelus_dromedarius Camelus_ferus Capra_hircus Equus_caballus Equus_przewalskii Giraffa_camelopardalis Okapia_johnstonii Ovis_aries Sus_scrofa Tursiops_truncatus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M39697] TITLE 'Toll-like receptors in ungulates and cetaceans TLR9'; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=3072; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Bubalus_bubalis 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Camelus_ferus CGCGGCACCCTGCACCCTCTTTCTCTCCTGGTGCAGACGGCGGCACTGGCTGCAGCCCTGGCCCAGGGCACCCTGCCTGCCTTCCTTCCCTGTGAGCTCCAGCCCCACGGCCTGGTGAACTGTAACTGGCTGTTCCTGAAGTCCGTGCCCCACTTCTCGGCGGCGGCGCCCCGGGCCAACATCACCAGCCTCTCCTTGCTCTCCAATCGCATCCACCACCTGCACAACTCCGACTTTGCCCACCTGTCCAGCCTGCGGAGTCTCAACCTCAAGTGGAACTGCCCGCCGGCTGGCCTCAGCCCCATGCACTTCCCCTGCCACATGACCATCGAACCCAACACCTTCCTGGCCGTGCCTACCCTGGAGGAGCTGAACCTGAGCTACAACAGCATCACGACCGTGCCCGCCCTGCCCAGTTCCCTCGTGTCCCTGTCGCTGAGCCGCACTAGTATCCTGGTGCTAGACCCCACCCACCTCGCCGGCCTGCATGCCCTGCGCTTCCTCTACATGGATGGCAACTGCTACTACAAGAACCCCTGCCCGCGGGCGCTGGAGGTGGCCCCGGGCGCCCTCCTGGGCCTGGGCAACCTCACACACTTGTCACTCAAGTACAACAACCTAACGGAAGTGCCCCGCCGCCTGCCTCCAAGCCTGGAATCCCTGCTGTTGTCCTACAACCACATTGTCACCCTGGCACCCGAGGACCTGGCCAATCTGACTGCCCTGCGTGTGCTTGACGTGGGTGGGAACTGCCGACGCTGTGACCACGCCCGCAACCCCTGCATAGAGTGCCCCAAGGGCTTCCCCAAGCTGCACCCCGACACCTTCAGCCACCTGAGCCGCCTCGAAGGCTTGGTGTTGAAGGACAGTTCTCTCTACAGACTGGACACCAGATGGTTCCGTGGCCTAGGCAGCCTCCGAGTTTTGGACTTGAGTGAGAACTTCCTCTACACGTGCATCACCAAAACCACGGCCTTCCAGGGCCTGGCCCGGCTGACCAAGCTCAACCTGTCCTTCAATTACCACAAGAAGGTGTCATTTGCCCACCTGCACCTGGCATCCTCCTTCAGGGGCCTGCTGTCCCTGAAGGAGCTGGACATGCACGGCATCTTCTTCCGCTCACTCAGTGAGACCACGCTCCAGCCGCTGGCCCACCTGCCCAAGCTCCAGACTCTGCACCTGCAGATGAACTTCATCAACCAGGCCCAGCTCAGCATCTTTGAGGCCTTCCCTGGCCTGCTTTACGTGGACCTGTCAGACAACCGCATCAGCGGAGCTATGAGGCCAGCGGCCACCACAGGCAAGGCAGATGGCCGAGGGAAGCTCCGGCTGCCAACCAGGAACCTCGCTCAAGGCCCACTGAACACCCTCGGCTCAGAGGACTTCATGCCAAACTGCCCCTTCAGCTTCACCTTGGACCTCTCGCGGAACAACCTGGTGACAGTCCAGCCAGAGATGTTTGCCCATCTCTCGCGCCTCCAGTGCCTGCGCCTGAGCCACAACAGCATCTCCCAGGCAGTCAATGGCTCCCAGTTTGTGCCGCTGACTAGCCTGCGGGTGCTGGACCTGTCCCACAACAAGTTGGACCTGTACCACGGGCGCTCGTTCACGGAGCTGCCGCGGCTGGAGGCGCTGGACCTCAGTTACAACCAGCCCTTCAGCATGCAGGGCGTGGGCCACAACCTCAGCTTTGTGGCCCAGCTGCCTGCCCTGCGCTACCTCAGCCTAGCGCACAACGGCATCCATAGCCGCGTGTCCCAGCAGCTCTGCAGCGCCTCAGTGCGGGCCCTGGACTTTAGCGGCAATGCCCTGAGCCAGATGTGGGCTGAGGGAGACCTCTATCTGCACTTCTTCCAAGGCCTGAGAAGCCTGGTCCTGCTGGACCTGTCCCAGAACCACCTGCACACCCTCCTGCCACGCAACCTGGACAACCTCCCCAAGAGCCTGCGGCTGCTGCGTCTCCGTGATAATAAGCTGGCCTTCTTCAACTGGAGCAGCCTGGCCCTCCTACCTGAGCTGGAAGCTCTGGACTTGGCGGGAAACCAGCTGAAGGCCCTGAGCAATGGCAGCCTGCCATCTAGCACCCAGCTCCGGAGGCTGGACCTTAGTGGCAACAGCATCACCTTTGTGGCCCCTGGCTTCTTTGCTCTGGCCAAGGTGCTGCAGGAGCTCAACCTCAGCGCCAATGCTCTCAGGACGGTGGAACCCTCCTGGTTTGGCTCCCTAGTGGGCACCCTGAAAATTCTCGATGTGAGCGCCAACCCTCTGCACTGCGCCTGTGGGGCAGTCTTCGTGGACTTCCTGCTGGAGGTGCAGGCTGCTGTGCCTGGTCTGCCCAGCCGCGTCAAGTGTGGCAGCCCCGGCCAGCTCCGGGGCCGCAGCATCTTTGCGCAGGACCTGCGCCTCTGTCTGGACGAGGCCCTCTCCTGGGGCTGTTTTGGCCTCTCGCTGCTGACCGTGGCCCTGGGCCTGGCTGTGCCCATGCTGTACCACCTCTGTGGCTGGGACCTCTGGTACTGCTTCCACCTGTGTCTGGCCTGGCTGCCCCGGCGGGGACAGCGGCGGGGTGCAGATACCCTGCTCTATGATGCCTTTGTGGTCTTCGACAAGGCGCAGAGCGCAGTGGCCGACTGGGTGTACAACGAGCTGCGAGTGCAGCTGGAGGAGCGCCGTGGGCGCCGGGCGCTCCGCCTGTGCCTGGAGGAGCGTGACTGGCTACCTGGCAAGACGCTCTTTGAGAACCTGTGGGCCTCCATTTACAGCAGCCGCAAGACCCTGTTTGTGCTGGCCCACACGGACCGGGTCAGTGGCCTCTTGCGTGCCAGCTTCCTGCTGGCCCAGCAGCGCCTGCTGGAGGACCGCAAGGACGTTGTGGTGCTGGTGATCCTGCGCCCCGACGCCTACCGCTCCCGCTATGTGCGGCTGCGCCAGCACCTCTGCCGCCAGAGTGTCCTCCTCTGGCCCCAGCAGCCCAGTGGCCAGGGCAGCTTCTGGGCCCAGCTGGGCATGACCCTGACCAGGGACAACCGCCACTTCTATAACCAGAACTTCTGCCGGGGCCCCACGACCGCT Capra_hircus 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Equus_caballus AAGGGCCGGGGCCACCTCATCCGTGGCCCGGTGCAGGCGGCCATGCTGGCCGTGGCTCTGGCCCAAGGCACCCTGCCTCCCTTCCTGCCCTGTGAGCTCCAGCCCCACGGCCTGGTGAACTGCAACTGGCTGTTCCTGAAGTCCGTGCCCCACTTCTCAGCAGCAGCACCCCGGGACAATGTCACCAGCCTTTCCTTGCTCTCCAACCGCATCCACCACCTCCACGACTCCGACTTTGCCCAACTGTCCAACCTGCAGAAACTCAACCTCAAATGGAACTGCCCGCCAGCCGGCCTCAGCCCCATGCACTTCCCCTGCCACATGACCATCGAGCCCAACACTTTCCTGGCTGTACCCACCCTGGAGGAGCTGAACCTGAGCTACAACGGCATCACGACTGTGCCTGCCCTGCCCAGCTCCCTCGTGTCCCTGATCCTGAGCCGCACCAACATCCTGCAGCTAGACCCCACCAGCCTCACGGGCCTGCATGCCCTGCGCTTCCTATACATGGATGGCAACTGCTACTACAAGAACCCCTGCGGGCGGGCCCTGGAGGTGGCCCCAGGCGCCCTCCTTGGCCTGGGCAACCTCACCCACCTGTCACTCAAGTACAACAACCTCACAACGGTGCCCCGCAGCCTGCCCCCTAGCCTGGAGTACCTGCTGTTGTCCTACAACCACATTGTCACCCTGGCACCTGAGGACCTGGCCAATCTGACTGCCCTGCGTGTGCTCGATGTGGGTGGAAACTGCCGCCGCTGTGACCATGCACGCAACCCCTGCGTGGAGTGCCCACATAAATTCCCCCAGCTGCACTCCGACACCTTCAGCCACCTAAGCCGCCTAGAAGGCCTCGTGTTGAAGGATAGTTCTCTCTACCAGCTGAACCCCAGATGGTTCCGTGGCCTGGGCAACCTCACAGTGCTCGACCTGAGTGAGAACTTCCTCTACGACTGCATCACCAAAACCAAGGCATTCCAGGGCCTGGCCCAGCTGCGAAGACTCAACTTGTCCTTCAATTACCATAAGAAGGTGTCCTTCGCCCACCTGACGCTGGCACCCTCCTTCGGGAGCCTGCTCTCCCTGCAGGAACTGGACATGCATGGCATCTTCTTCCGCTCACTCAGCCAGAAGACGCTCCAGCCACTGGCCCGCCTGCCCATGCTCCAGCGTCTGTATCTGCAGATGAACTTCATCAACCAGGCCCAGCTCGGCATCTTCAAGGACTTCCCTGGTCTGCGCTACATAGACCTGTCAGACAACCGCATCAGTGGAGCTGTGGAGCCGGTGGCCACCACAGGGGAGGTGGATGGTGGGAAGAAGGTCTGGCTGACATCCAGGGACCTCACTCCAGGCCCACTGGACACCCCCAGCTCTGAGGACTTCATGCCAAGCTGCAACCTCAGCTTCACCTTGGACCTGTCACGGAACAACCTGGTAACAGTCCAGCCAGAGATGTTTGCCCAGCTCTCGCGCCTCCAGTGCCTGCGCCTGAGCCACAACAGCATCTCGCAGGCGGTCAATGGCTCACAGTTCGTGCCACTGACCAGCCTGCAGGTGCTGGACTTGTCCCATAACAAACTGGACCTGTACCATGGGCGCTCGTTTACGGAGCTGCCGCGACTGGAGGCCCTGGACCTCAGCTACAACCAGCCCTTCAGCATGCGGGGTGTGGGCCACAACCTCAGCTTTGTGGCCCAGCTGCCCACCCTGCGCTACCTCAGCCTGGCACACAATGGCATCCACAGCCGTGTGTCCCAGCAGCTCTGCAGCACCTCGCTGTGGGCCCTGGACTTCAGCGGCAATTCCCTGAGCCAGATGTGGGCTGAGGGAGACCTCTATCTCCGCTTCTTCCAAGGCCTGAGAAGCCTAATCCGGCTAGACCTGTCCCAGAATCGTCTGCATACCCTCCTGCCATGCACCCTGGGCAACCTCCCCAAGAGCTTGCAGCTGCTGCGTCTCCGTAACAATTACCTGGCCTTCTTCAATTGGAGCAGCCTGACCCTCCTGCCCAACCTGGAAACCCTGGACCTGGCTGGAAACCAGCTGAAGGCTCTGAGCAATGGCAGCCTGCCTTCTGGCACCCAGCTCCAGAGGCTGGACGTCAGCAGGAACAGCATCATCTTCGTGGTCCCTGGCTTCTTTGCTCTGGCCACGAGGCTGCGAGAGCTCAACCTCAGTGCCAACGCCCTCAGGACAGTGGAGCCCTCCTGGTTTGGTTTCCTAGCAGGCTCCCTTGAAGTCCTAGATGTGAGCGCCAACCCTCTGCACTGCGCCTGTGGGGCAGCCTTTGTGGACTTCCTGCTGCAGGTTCAGGCTGCCGTGCCTGGTCTGCCCAGCCGCGTCAAGTGTGGCAGTCCGGGCCAGCTCCAGGGCCGCAGCATCTTCGCACAAGACCTGCGCCTCTGCCTGGACGAGTCCCTCTCCTGGGACTGTTTTGGTCTCTCATTGCTGGTTGTGGCCCTGGGCCTGGCCATGCCTATGTTGCACCACCTCTGCGGCTGGGACCTCTGGTACTGCTTCCACCTGGGCCTGGCCTGGCTGCCCCGGCGGGGGTGGCAGCGGGGCGCGGATGCCCTGAGCTATGATGCCTTTGTGGTCTTCGACAAGGCACAGAGCGCAGTGGCCGACTGGGTGTACAATGAACTGCGGGTGCGGCTAGAGGAGCGCCGTGGGCGCCGGGCGCTCCGCCTGTGTCTGGAGGAGCGTGACTGGCTACCTGGCAAGACGCTGTTCGAAAACCTGTGGGCCTCAGTCTACAGCAGCCGCAAGATGCTGTTTGTGCTGGCCCACACGGACCAGGTCAGTGGCCTCTTGCGTGCCAGCTTCCTGCTGGCCCAGCAGCGTCTGCTGGAGGACCGCAAGGACGTTGTGGTGCTGGTAATCCTGAGCCCTGACGCCCGCCGTTCCCGTTACGTGCGGCTGCGCCAGCGCCTCTGCCGCCAGAGTGTCCTCTTCTGGCCCCACCAGCCTAGTGGCCAGCGCAGCTTCTGGGCCCAGCTAGGCATGGCCCTGACCAGGGACAACCGCCACTTCTATAACCAGAACTTCTGCCGGGGCCCGACGATGGCT Equus_przewalskii 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