#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 13, 2024; 9:16 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hackett J., Maranda L., Yoon H., & Bhattacharya D. 2003. Phylogenetic evidence for the cryptophyte origin of the plastid of Dinophysis (Dinophysiales, Dinophyceae. Journal of Phycology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S963] BEGIN TAXA; TITLE ME_GTR_I_G_psbA_tree_of_algal_plastids; DIMENSIONS NTAX=51; TAXLABELS Antithamnion_sp. Bangia_atropurpurea Bangia_fuscopurpurea Bangiopsis_subsimplex Chilomonas_paramecium_NIES_715 Chilomonas_paramecium_SAG_977.2A Chondrus_crispus Chroomonas_placoidea Chroomonas_sp. Compsopogon_coeruleus Cryptomonas_ovata Cyanophora_paradoxa Dinophysis_fortii Dinophysis_norvegica Dixoniella_grisea Emiliania_huxleyi Erythrotrichia_carnea Flintiella_sanguinaria Geminigera_cryophila Glaucosphaera_vacuolata Guillardia_theta Hemiselmis_virescens Heterosigma_akashiwo Isochrysis_sp. Mesostigma_viride Nemalionopsis_tortuosa Nephroselmis_olivacea OCS20 OM283 Odontella_sinensis Palmaria_palmata Pavlova_gyrans Pavlova_lutherii Porphyra_purpurea Porphyridium_aerugineum Proteomonas_salina Pylaiella_littoralis Pyrenomonas_helgolandii Rhodella_violacea Rhodochaete_parvula Rhodosorus_marinus Skeletonema_costatum Stylonema_alsidii Thorea_violacea acumGC06_red acumGC08 acumGC08_red acumGC09 acumWH10_3B acumWH10_3D acutNP09 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M484] TITLE dino_16S_rDNA; LINK TAXA = ME_GTR_I_G_psbA_tree_of_algal_plastids; DIMENSIONS NCHAR=1223; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Antithamnion_sp. 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Bangia_atropurpurea 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Chilomonas_paramecium_SAG_977.2A 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Chondrus_crispus 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Chroomonas_placoidea 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Chroomonas_sp. 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Compsopogon_coeruleus 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Cryptomonas_ovata 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Cyanophora_paradoxa 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Dinophysis_fortii 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Dinophysis_norvegica 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Dixoniella_grisea 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Emiliania_huxleyi 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Flintiella_sanguinaria 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OCS20 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OM283 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Odontella_sinensis 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Palmaria_palmata 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Pavlova_gyrans 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Pavlova_lutherii 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Porphyra_purpurea ACGTGAGAATCTACCTTTAGGAAAGGCATAACAGTTGGAAACGACTGCTAAAGCCTCATATTGCCTAAAGATGAGCTCGCGCCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACTGCTTACCAAGGCAACGATCAGTAGCTGGTTTGAGAGGACGACCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATACCGCGTGAGGGATGAAGGCTCGTGGGTTGTAAACCTCTTTTCTTAGGGAAGAAGATCTGACGGTACCTAAAGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGTCTGTAGGTTGCTTAATAAGTCTGCTGTTAAAGATTGGGGCTTAACCCCAAAGCAGCAGTGGAAACTGTTAAGCTAGAGTATGGTAAGGGTAAAGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAAGAACACCAGAGGCGAAAGCGCTTTACTAGACCATTGCTGACACTCAGAGACGAAAGCTAGGGGAGCGAATGGGATTAGATACCCCAGTAGTCCTAGCCGTAAACGATGGATACTAGATGTTGCGCGTGCAGTATCGTAGCTAACGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGACTTGACATGTCGCAAATAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTCTAAAGAGACTGCCGGTGACAAGCCGGAGGAAGGTGAGGATGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTATGTCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGCGACAAAGAGTTGCAAACTTGCAAAAGCTAGCTAATCTCGTAAACGCGGCCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGGTGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGCTACACGGCGGTGAATCCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGCTGGCCACGCCCGAAGTCGTTACCCTAA Porphyridium_aerugineum 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Proteomonas_salina ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGTTGGTAGGGTAATGGCCTACCAAGGCAACGATCAGTAGCTGGTTTGAGAGGACGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAATACCGCGTGAGGGATGACGGCCCGTGGGTTGTAAACCTCTTTTCTCAAGGAAGAAGTTCTGACGGTACTTGAGGAATAAGCATCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGATGCAAGCGTTATCCGGAATCACTGGGCATAAAGCGTCTGTAGGTTGTTTGGTAAGTCTGCTGTTAAAGACTAGGGCCTAACCCTAGGAAAGCAGTGGAAACTGCCAGACTTGAGTGTGGTAGAGGTAGAGGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAATGGCGAAAGCACTCTACTGGGCCATAACTGACACTGAGAGACGACAGCTAGGGGAGCAAATGGGATTAGATACCCCAGTAGTCCTAGCCGTAAACTATGGATACTAGATGTTGCACGTGCAGTATCGTAGCTAAGGCGTTAAGTATCCCGCCTGGGAAGTACGCTCGCAAGAGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATGTCACGAAGAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGTAACCCTTGTTTTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTTTAAAAAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGAGGACGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACGCCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGTCGAGACAAAGAGTCGCTAGTCTGCAAAGGCACGCTAATCTCATAAACTCGATCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGGTGGAATCGCTAGTAATCGCCGGTCAGC-ATACGGCGGTGAATCCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAGCTTACCACACCCAAAGTCGTTACCCTAA Pylaiella_littoralis 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Pyrenomonas_helgolandii 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Rhodella_violacea 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Rhodochaete_parvula 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Rhodosorus_marinus 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Skeletonema_costatum 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Stylonema_alsidii 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Thorea_violacea 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