#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 15, 2024; 20:03 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Jacobs B., Pyck N., & Smets E. 2010. What we did not know about Abelia and Zabelia, and how it affects Dipsacales phylogeny. Molecular Phylogenetics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10259] BEGIN TAXA; TITLE M5011; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Abelia_biflora Abelia_chinensis Abelia_engleriana Abelia_floribunda Abelia_graebneriana Abelia_mexicana Abelia_occidentalis Abelia_schumanii Abelia_spathulata Acanthocalyx_albus Adoxa_moschatellina Centranthus_ruber Cryptothladia_chinensis Diervilla_sessilifolia Dipelta_floribunda Dipelta_yunnanensis Fedia_cornucopiae Heptacodium_miconioides Kolkwitzia_amabilis Leycesteria_crocothyrsos Leycesteria_formosa Linnaea_borealis Lonicera_dioica Lonicera_involucrata Lonicera_maackii Lonicera_maximowiczii Morina_longifolia Patrinia_triloba Sambucus_ebulus Scabiosa_columbaria Succisa_pratensis Succisella_inflexa Symphoricarpos_albus Symphoricarpos_occidentalis Symphoricarpos_orbiculatus Triosteum_aurantiacum Triosteum_himalayanum Triosteum_perfoliatum Triplostegia_glandulifera Valeriana_officinalis Valerianella_locusta Viburnum_acerifolium Weigela_florida Weigela_subsessilis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4915] TITLE linn_nuc_nozabelia; LINK TAXA = M5011; DIMENSIONS NCHAR=795; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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-TCGAAACCTGCACA--AGCAGAACGACC-CGCGAACACG------TTCGT----ACA------CG--GGG---AC-GCCGGT-CGGTGCGCGTCAG--GCCCGG--CCGGTGTTCCCATGTACGCGG--AG----CAGTCCGGC----TCC--TCGGCCGTA----AACCGAACCCCGGCG-CGATCCGCGCCAAGGAA----------CAAGA--AAACAGA---AGGA---GGCGCG-CGCC-CCCCC-G---C-CGCCCCG-TCCGCGGCG-----CGGGC--GG--------------GG-GGA-CAGC-GGCC----CTCT---------AGAAAA-------CAC-AAACGACTCTCGGC-ACGGATATCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGGAACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCG-CGTCGCCCCC---CCGA------CCCCGCG-TCCCGC-------AC---------------------AGGGTCGCGCGCGGC------------------GGGGGGCGCGGACAATGGCCTCCCGTGCCCC---A----------GG-GCGCGGCTGGCCCAAAA---TCGAGT---CCCCGGCGGCGGACGTCACGACGAGTGGTGGTCGAAACA-GCCCTCTTATCGCGTCGTGCGGTTCCCCGTCGCCCG-GGCGGCAT----CGCGACCC Lonicera_dioica -TCGAAACCTGCAC---AGCAGAACGACC-CGCGAACACG------TTCGT----ACA------CC--GGG---AC-GCCGGCGGGGGGCGCGTCAGCCCCCCCG--TCGGCGCTCCCATGGTC-GGG--GG----CTCACCGGC----TCC--CCGGCCGA-----AACCGAACCCCGGCG-CGATCCGCGCCAAGGAA----------CAACA--AA-C------A-GA---AGGGCG-TGCC-CCCCC-G---A-TGCCCCG-TTCGCGGTG-----CGCGC--GG--------------GG-GTG-CCTC-GCCT----CTTTC-G--------AAA--------CAC-AAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCG-CGTCGCCCCC---CCA-------CCCCGCG-TCCCAC------------------------------AGGGTCGCGAGCGGC------------------GGGGGGAGCGGACAATGGCCTCCCGTGCCCC---C----------GG-GCGCGGCTGGCCCAAAA---TCGAGT---CCCCGGCGGCGGACGTCACGACGAGTGGTGGTCGAAACA-TTCCTCTTATCACGTCGTGCGGTTCCCCGTCGCTCG-GGCGGCC{AG}----AGTGACCC Lonicera_involucrata -TCGAAACCTGCAC---AGCAGAACGACC-CGCGAACACG------TTCGT----ACA------CC--GGG---AC-GCCGGCGGGGGGCGCGTCAGCCCCCCCG--TCGGCGCTCCCATGGTCGGGG--GG----CTCGCCGGC----TCC--TCGGCCCAA----AACCGAACCCCGGCG-CGATCCGCGCCAAGGAA----------CAACA--AA-C------A-GA---AGGGCG-TGCC--CCCC-G---C-TGCCCCG-TCCGCGGCG-----CGCGC--GG--------------GG-GTG-CCTC-GCCT----CTTTC-G--------AAA--------CAC-AAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCG-CGTCGCCCCC---CCG-------CCCCGCG-TCCCGC-------A----------------------CGGGTCGCGGGCGGC------------------GGGGGGCGCGGACAATGGCCTCCCGTGCCCC---C----------GG-GCGCGGCTGGCCCAAAA---TCGAGT---CCCCGGCGGCGGACGTCACGACGAGTGGTGGTCGAAACA-TTCCTCTTATCACGTCGTGCGGTTCCCCGTCGCCCG-GGCGGCCG----AGCGACCC Lonicera_maackii 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------------------------------------------------------------------------------------CTAGGTGCGCAAG-CGC-TCG--GTCGGCGGACTTCGGTCAGGG--CG----CCCTC-GGC----GTG--CTGACCAAA----CAACGAACCCCGGCG-CGATCTGCGCCAAGGAATTTTT-A---CT-AA------------A-GA------GCG-TGTC--TATC-G---T-TGCCCCG-TTCGCGGTG-----TGCAC--GG--------------TA-GGC-CTGC-GCCT------TT--G--------AAA--------CAC-AAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACACATTGCCGTCGCCCCC-TTCCAA-----------TT-TCCCAT-TCTCT----------------------------------------GGGAACGTTGG------TAGTCGGGCGGATACTGGCCTCCCGTGCTCC---C----------GA-GCGCGGTTGGCCCAAAA---GCGAGT----CCCGACAACGGACGTCACGACAAGTGGTGGTTGAAA-A-GCCTTCTAATCCTGTCGTGCACCAATTCGTCGTCGC-GGGCATCG---AGTTGACCC Scabiosa_columbaria 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-TCGAAACCTGCCT---ACCTTAACGACC-CGCGAACACG------TTTGT----ACA------CG--GGG---AACCCCGGT-TCGGGCGCTTCGA-TGCTCGG-ATCGGGGAACCCATGGGAGCGG-GTG----CCGCAGGGC-----CCC-GCGA-CGCT----GACCGAACCCCGGCG-CGATCTGCGCCAAGGAA----------CATAA--AAAC---GCGAGGC---GGCGT-TCTCC--CCTT-GG--T-CGGTCCG-TTCGCGG----TTT-CGG-------------------AG-TTG-CGAC-TTCC-T----CTAAGTAAT----AAAAA------CAC-AAACGACTCTC-GCAACGGATAT-TCGGCTCTCGCATCGAT-AAAAACGTAACGAA-TGCAATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAATCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTTTGCCTGGGCGTCACGCATCG-GGTTGCCCCC---CC-A------CCGCGCGCTCCCCC------------------------------GGGA-CGCGCG-GAC------------------AGGGGGCGCGGAAAATGGCCTCCCGTTCCCC--------------GGCGTGCGGTTGGTCCAAAA---TCGAGT-C-CCCGGACGGCGGACGTCACGACGAGTGGTGGTTGAA-CAAGCCTTCTTATCGCGTCGTGCGCCTCCCCGTCGCCAG-GGAGACTTG---TTCGACCC Succisella_inflexa -----------CCC---AGCAGAACGACC-CGCGAACACG------TTCG----AACA------CG--GGG---AACCCCGGT-CCGGCCGCCTCGG-CGACCGG-ATCGGAGAGCCCATGGGAGCGG-AGG----CCGCGAGGCG---TCC--GCGACCGCA----AACCGAACCCCGGCG-CGATCTGCGCCAAGGAA----------CAACG-AAAAC---GTGAGGC---GTCGC-TCCCC--CCTTCG---C-CGGTCCG-TCCGCGGCC-----CCGGC--GT--------------CC-GGG-GGAC-GTCCCT----CTA-C--------AAAAAA-----CAC-AAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAATCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCG-CGTCGCCCCC---CC-A------CACCGCG-T--------------------------------------GTTTCGCGCGGC------------AC----GGGGGGTGCGGAAAATGGCCTCCCGTTCCCC--------------GGCGTGCGGCTGGCCCAAAA---TCGAGT-C-CCCGGGCGGTGGACGTCACGACGAGTGGTGGTTGAA-CAAGCCTTCTTATCGAGTCGTGCGCTTCCCCGTCGCCAG-GGAGACTG----TTCGACCC Symphoricarpos_albus 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-TCGAAACCTGCCT---AGCAGAACGACC-CGCGAACACG------TTT--------A-ATTA-C-TAGGGT--GC-ACCGGT-CGGGGCGCGTCAG-CCCCCGG--CCGGTGCCCCCTCGGTCGGGA--CG----CTCTCCGGC----GGC--CCGGCCCAA----CAACGAACCCCGGCG-CGATCTGCGCCAAGGAAATTTA-A---CT-GA------------A-GA------GCA-CGCC--CCCC-G---T-TGCCCCG-TTCGCGGCG-----TGCGC--GG--------------GG-TGC-TTGC-GCTT-------TC-G--------AAT--------CAC-AAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCAAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATTG-CGTCGCCCCC---ACA-------CCCTGTG-TCCCCG-AAA--------------------------GGCGAGGCACCGGGC------------------GA-GGGGGCGGATATTGGCCTCCCGTGCTTC---C----------GG-GTGCGGTTGGCCCAAAA---GCGAGT---CCCCGGCAGCGGACGTCACGACAAGTGGTGGTTGAAA-A-GCCTTCTTATCCTGTCGTGCGGTCCTCCGTTGCCATCGGGCACTC---CCTTGACCC Weigela_florida -TCGAAACCTGCAC---AGCAGAACGACC-CGCGAACACG------TTCGT----ACA------CC--GGG---AC-GCCGGT-CCGGGCGCGTCAG-CCCCAGG--CCGGTGCTCCCATGGTCGGGG--AG----CCCCT-GGC----TCC--TCGATCGA-----AACCGAACCCCGGCG-CGATCCGCGCCAAGGAA----------TTACA--AA-C------A-GA---AGGGCT-TGCC--TCCC-G---T-TGCCCCG-TCCGCGGTG-----CGCGC--GG--------------GA-GTA-GCTC-GCCT----CTTTC-G--------AAA--------CAC-AAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCACTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCG-CGTCGCCCCC----CAA------CCCCGCG-TCCCAC------------------------------AGGGTCGCGCGCGGC------------------GGGGGGAGCGGAGAATGACCTCCCGTGCCCC---C----------GG-GCGCGGCTGGCCCAAAA---TCTAGT---CCCCGGCGACGGACGTCACGACAAGTGGTGGTCGAAAGA-GCCCTCTCATAACGTCGTGCGGTTCCCCGTCGCTCG-GGCGGCCA----AGTGACCC Weigela_subsessilis -TCGAAACCTGCAC---AGCAGAACGACC-CGCGAACACG------TTCGT----ACA------CC--GGG---AT-GCCGGT-CCGGGCGCGTCAG-CCCCAGG--CCGGTGCTCCCATGGTCGGGG--AG----CCCCT-GGC----TCC--TCGATCGA-----AACCGAACCCCGGCG-CGATCCGCGCCAAGGAA----------TTACA--AA-C------A-GA---AGGGCT-TGCC--TCCC-G---T-TGCCCCG-TCCGCGGTG-----CGCGC--GG--------------GA-GTA-GCTC-GCCT----CTTTC-G--------AAA--------CAC-AAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCACTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCG-CGTCGCCCCC----CAA------CCCCGCG-TCCCAC------------------------------AGGGTCGCGCGCGGC------------------GGGGGGAGCGGAGAATGGCCTCCCGTGCCCC---C----------GG-GCGCGGCTGGCCCAAAA---TCGAGT---CCCCGGCGACGGACGTCACGACAAGTGGTGGTCGAAAGA-GCCCTCTCATAACGTCGTGCGGTTCCCCGTCGCTCG-GGCGGCCA----AGTGACCC ; END;