#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 17, 2024; 11:04 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Launis M.A., Malíček J., Svensson M., Tsurykau A., Sérusiaux E., & Myllys L. 2019. Sharpening species boundaries in the Micarea prasina group with notes on the type species M. prasina. Mycologia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S24165] BEGIN TAXA; TITLE taxalabels; DIMENSIONS NTAX=83; TAXLABELS Micarea_adnata_AY567751 'Micarea byssacea 289101_A96' 'Micarea byssacea 289102_A97' 'Micarea byssacea 289103_A98' 'Micarea czarnotae 1010133_A455' 'Micarea czarnotae 109111_A604' Micarea_czarnotae_EF453663 Micarea_czarnotae_EF453674 'Micarea elachista 67113_A340' Micarea_fallax_A397 Micarea_fallax_A440 Micarea_fallax_A453 Micarea_fallax_A461 Micarea_fallax_A559 Micarea_fallax_A605 Micarea_fallax_A608 Micarea_fallax_A646 Micarea_fallax_A718 Micarea_fallax_MSv2398 Micarea_flavoleprosa_3841 Micarea_flavoleprosa_A614 Micarea_flavoleprosa_A616 'Micarea globulosella 67112_A240' 'Micarea globulosella 67114_A243' 'Micarea hedlundii 67119_A254' Micarea_herbarum_52575 Micarea_herbarum_KX459350 'Micarea laeta 1010134_A478' 'Micarea laeta 49151_A819' 'Micarea laeta 59153_A825' 'Micarea laeta 59154_A824' Micarea_melanobola_A424 Micarea_melanobola_A437 Micarea_melanobola_A633 Micarea_melanobola_A788 Micarea_melanobola_A791 Micarea_melanobola_A808 Micarea_melanobola_A809 Micarea_melanobola_A813 Micarea_melanobola_A817 Micarea_melanobola_A818 Micarea_meridionalis_4279 Micarea_meridionalis_4281 'Micarea microareolata 148132_A394' 'Micarea microareolata 47787_A797' 'Micarea microareolata 59133_A565' 'Micarea microareolata 59152_A826' 'Micarea microareolata 89133_A629' 'Micarea micrococca 146127_A320' 'Micarea micrococca 299101_A100' 'Micarea misella 108111_A264' 'Micarea nowakii 245131_A684' Micarea_nowakii_EF453688 'Micarea peliocarpa 66123_A324' 'Micarea prasina 199105_A93' 'Micarea prasina 265101_A92' Micarea_prasina_A327 'Micarea prasina A644_Edinburgh' Micarea_prasina_AY756452 'Micarea prasina EF453675_GPN_3913' 'Micarea prasina EF453678_GPN_4489' 'Micarea prasina EF453679_GPN_4319' 'Micarea prasina KX459362_LG_3437' 'Micarea prasina KX459363_LG_3609' 'Micarea pseudomicrococca 171141_A645' 'Micarea pseudomicrococca 258131_A603' 'Micarea pseudomicrococca 59151_A811' 'Micarea pseudomicrococca 89132_A599' Micarea_pusilla_A460 Micarea_pusilla_A464 Micarea_pusilla_A470 Micarea_pycnidiophora_AY567754 Micarea_soralifera_13001 'Micarea soralifera 1710131_A714' 'Micarea sp lineage_A_171142_A648' Micarea_stipitata_AY567753 Micarea_subviridescens_EF453666 Micarea_synotheoides_AY567756 'Micarea tomentosa 11013_A773' Micarea_tomentosa_EF453686 Micarea_viridileprosa_EF453671 Micarea_viridileprosa_EF453673 Micarea_xanthonica_AY756454 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M49848] TITLE Micarea_DNA; LINK TAXA = taxalabels; DIMENSIONS NCHAR=1728; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Micarea_fallax_A646 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Micarea_flavoleprosa_3841 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Micarea_flavoleprosa_A616 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'Micarea globulosella 67112_A240' CATTAAAGAGAAGGGAGTCTCTTGCTCTCGGGGTTTCGGC--CTCACCTCTTCACCCTT-TGTATAC-----CTATCTTTGTTGCTTTGGCGGGCCATGGTTT---TCTATCATGTTGACTCTCCGAGTCGGCAAGTGCCTGCCAAAGACCCTTTAAATTCTTGT--TTTCAATGCAGTCTGAGCAACCAAAAATA--AAATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCG-AAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTGCACCCTTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGACTC-------TCGTCTTCACAGACGTGTCCGAAAAAGAGTGGCGGTTCA-----GTTGAACTTCAAGCGTAGTAAAACAAATTTCGCTTCGGAAGCATCTGCTTGGACTTGCCAAAACCCTCTAATT-ATTTTCCAATGATTGACCACGCCTATGACAGAATGCCCATCCGTGGAATGCAAGCAGAACAACTCCAAAGGCCAACTCTTCC-TATCTACACGAGCATCAAAATTCCTACCTTTTCAAGAAA----TTAAGATTCAGGA----AATGGCGGATCAAGTACCCGTGGGTCACATCCCTAGGATGTTGACCGTGCATGCCCATGGGACGTTGACCAGGCAAGTCAACCCGG-GCGATGTCATTGACGTCGCTGGGATATTTCTTCCGACGCCATACACGGGCTTCAAAGCTATTCGCGCAGGGCTTCTGACAGACACTTACCTCGAGGCAATGCATGTAAATCAACATAAGAAAGCTTATGATGACCTACTTTTTGACGCGAAAGCCCTTCG-AAAGATTGAGCAGTACAAGCATTCCGGCCACATGTATGAGTATCTCTC-AAAGTCAATAGCGCC-TGAGATCTATGGACATCTCGATGTCAAGAAAGCGCTTCTTCTGGATTGGTACAATATCGACT-TAGTCGAATAAAATTCT---GGGTAAAA-CTATGATAATGACATTATTTA-CTTATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTT-AAAGGGTACCTAGACGGTAAATAAAGCCTTAGCT--------------------------GGGACTGATTTGCTAGAGTTAAATGTGAGGGAGTTTTAATGTACTAGAGGTGAAGAGATGAAATTCTGTCATACC-TTTTTTCTTTAGAAAAAACTT--GGCACAGGTATAGGTGAAAACATCTCCTTATGTAATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTTTTATCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCAAAGCAGAAAATGATGAGTGTCATAGATTAGAT-AACTATTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTATTTAATTTGATAA-TCCGCAAAGAACCTTACCACAACTTGAATGTTTATGTGTAGATA-CAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTT-AATGTCGTGAGACTATGGTTAGCTCC-ATTAAATTAACGTAAACCC-TTGCTT-TATTTTTAAAT--AAAGTAG 'Micarea globulosella 67114_A243' CATTAAAGAGAAGGGAGTCTCTTGCTCTCGGGGTTTCGGC--CTCACCTCTTCACCCTT-TGTATAC-----CTATCTTTGTTGCTTTGGCGGGCCATGGTTT---TCTATCATGTTGACTCTCCGAGTCGGCAAGTGCCTGCCAAAGACCCTTTAAATTCTTGT--TTTCAATGCAGTCTGAGCAACCAAAAATA--AAATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCG-AAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTGCACCCTTCAAGCGT-AGCTTGGTATTGGACTC-------TCGTCTTCACAGACGTGTCCGAAAAAGAGTGGCGGTTCA-----GTTGAACTTCAAGCGTAGTAAAACAAATTTCGCTTCGGAAGCATCTGCTTGGACTTGCCAAAACCCTCTAATT-ATTTTCCAATGATTGACCACGCCTATGACAGAATGCCCATCCGTGGAATGCAAGCAGAACAACTCCAAAGGCCAACTCTTCC-TATCTACACGAGCATCAAAATTCCTACCTTTTCAAGAAA----TTAAGATTCAGGA----AATGGCGGATCAAGTACCCGTGGGTCACATCCCTAGGATGTTGACCGTGCATGCCCATGGGACGTTGACCAGGCAAGTCAACCCGG-GCGATGTCATTGACGCCGCTGGGATATTTCTTCCGACGCCATACACGGGCTTCAAAGCTATTCGCGCAGGGCTTCTGACAGACACTTACCTCGAGGCAATGCATGTAAATCAACATAAGAAAGCTTATGATGACCTACTTTTTGACGCGAAAGCCCTTCG-AAAGATTGAGCAGTACAAGCATTCCGGCCACATGTATGAGTATCTCTC-AAAGTCAATAGCGCC-TGAGATCTATGGACATCTCGATGTCAAGAAAGCGCTTCTTCTGGATTGGTACAATATCGACT-TAGTCGAATAAAATTCT---GGGTAAAA-CTATGATAATGACATTATTTA-CTTATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTT-AAAGGGTACCTAGACGGTAAATAAAGCCTTAGCT--------------------------GGGACTGATTTGCTAGAGTTAAATGTGAGGGAGTTTTAATGTACTAGAGGTGAAGAGATGAAATTCTGTCATACC-TTTTTTCTTTAAAAAAAACTT--GGCACAGGTATAGGTGAAAACATCTCCTTATGTAATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTTTTATCGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCAAAGCAGAAAATGATGAGTGTCATAGATTAGAT-AACTATTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTATTTAATTTGATAA-TCCGCAAAGAACCTTACCACAACTTGAATGTTTATGTGTAGATA-CAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTT-AATGTCGTGAGACTATGGTTAGCTCC-ATTAAATTAACGTAAACCC-TTGCTT-TATTTTTAAAT--AAAGTAG 'Micarea hedlundii 67119_A254' CATTAAAGAGAA--GGGAGTTCGCTCCCGGGGCTTCGG----CTCTACTCTTCACCCTT-TGTATACAAT------CTTTGTTGCTTTGGCGGGCCCTGACTG----------TGTCATGTCGAGTCATCGGCAAGCGCCCGCCAAAGGATTTTAATTCTA------TTTTTTTGCTGTCTGAAAACAAACAAAT---AAACAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCG-AAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCACTCCTTGGTATTCCGGGGAGTATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCACCTCTCAAGCTT-TGCTTGGTATTGGATCT--------CATCCGAGAGGATGTATCCGAAAGAAAGTGGCAGTTTG------TAAAACTTCAAGCGCAGTGAAAATTT-------TCGTATTGAACTTTGCAGGCTTGCCAAAAC----------ACAATCAAAACTTTGACC--------------------------GGAATGCAAGCAGAATAATTCCAAGGGGCAACTCTTCC-TATCAACACGTGCATCTAAATTCCTACCCTTTCAAGAAA----TCAAGATTCAGGA----GATGGCAGATCAAGTACCCGTCGGTCATATTCCTA?AATGTTGACTGTGCATGCCCACGGAACATTGACAAGACAGGTAAACCCA?-GGGACGTAATCGACGTTGCTGGGATCTTTCTTCCAACGCCGTATAC?GGGTTTAAAGCCATTCGAG?TGGTCTTCTAACAGATACGTATCTCGAGGCCATGCATGTAAATCAACACAAAAAAGCGTATGATGATCTCCTGTTTGATGCAAAAGCCTTGCG-GAAGATTGAGCAATACAAGCATTCTGG?CACATGTATGAGTACCTTTC-AAAATCAATCGCGCC-AGAAATTTACGGTCACCTCGATGTCAAGAAAGCGCTTCTTTTGAAATGAAGCAATCTCGATA-TGATCGAATAAAATTCT---GGGTAAAA-TTATGATAATGACATTGTTTA-CTTATGAGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTT-AAAGGGTACCTAGACGGCATATTAAACCTTATGT--------------------------GGAACTGGTATGCTAGAGTTACTTATGAGGAAGTTTTAAAGTACTAGAGGTGTAGAGATAAAATTCAGTTATACC-TTTTTTCTAACGAAAAA-CATC-GGCACAGATATAGGTGAAAACATCTTCTTATGGGATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTTTTATAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCAGAGCAGAAAACGATGAGTGTCATAGATTAGAT-AAGTATTTATTCTATAAATGAAAATGTAAACACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTGTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAA-TCCGCAAAAAACCTTACCACAGCTTGAATATCTATTTATAGGTA-CAAGTGTTGCACGGCTGTCTTAAGTT-AATGTCGTAAGACTTTGGTTAGCTCC-AGTAAATTAACGCAAACCC-TTGCTC-TAGTTTTAAGT--AGAGTAG Micarea_herbarum_52575 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Micarea_herbarum_KX459350 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'Micarea laeta 1010134_A478' CATTAAAGAGAA--GGGGGTTTGCCCCCGGAGCCTTCGGG--CTCTACTCTTCACCCTA-TGTCAACTAT------CTCTGTTGCTTTGGCGAGCCTTTGGTT--------TACCAATGCTGATACGGTCAGCAAGTGCTCGCCAAAGAATTTACAACTCAT-----TTTTTTTGCAGTCTGAAATCAATTTAATA--AATTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCG-AAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCACTCCTCGGTATTCCGTGGAGTATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCACCCTTCAAGCTA-TGCTTGGTATTGGATCTCATTCATGTATC---ATGGATGTTTCCGAAAATCAGTGGCAGTCGA------TAGAACTTCAAGCGGTTTGATATTTT-----CACGCAATGAACGTTCTGTCGGCTTGCCAGAATA--------TTTTACAAATCTTTGACCACACCTATGACGGAGTGTCCTTCATTGGAGTGCAAACAGAATAATTCCAAGGGGCAACTTTTCC-TATCTACTCGAGCCTCCAAATTCTTACCCTTTCAAGAAA----TCAAGATCCAGGA----AATGGCAGACCAAGTACCTGTCGGTCATATCCCTAGAATGTTGACTGTGCATGCCCACGGAACGTTAACCAGACAGGTCAACCCAG-GGGACGTCATTGACATTGCTGGAATCTTTCTTCCAACGCCATATACTGGTTTCAAAGCTATCCGTGCAGGTCTTTTGACAGACACTTATCTTGAAGCGATGCATGTAAATCAACACAAAAAGGCTTATGATGATCTCCTTTTCGACGCAAAAGCCTTACG-AAAGATTGAACAGTACAAGCATTCCGGCCATATGTACGAGTATCTTTC-AAAATCAATCGCGCC-GGAGATTTACGGTCACCTCGAT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATGGGTTT-AAAGGGTACCTAGACGGCATATTAAGCCTTAACT--------------------------GGTACTGATATGCTAGAGTTACTTATGAGGAAGCTCTAAAGTACTAGAGGAGTAGAGATAAAATTCAATCATACC-TTTTTTCTTTCGAAAAA-CTTC-GGCACAGGTATAGGTGAAAACATCTTCTTATGAGATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTTTTATAATGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCAAAGCAGAAAACGCTGAGTGTCATAGATTAGAT-ATAAATTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTATCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTATTTAATTTGATAA-TCCGCAAAAAACCTTACCACAACTTGAATATTTATATGTAAATA-CAAGTGTTGCACGGCTGTCTAAAGTT-AATGTCGTAAGATTATGGTTAGCTCC-GTTAAATTAACGTAAACCC-TTACTT-TATTTTTAAAT--AAAGTAG 'Micarea laeta 49151_A819' 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'Micarea laeta 59153_A825' CATTAAAGAGAAGGGGGTTCGTCCTCCGGAGCCTTCGGG---CTCTACTCTTCACCCTG-TGTCAACTAT------CTATGTTGCTTTGGCGAGCCTTTGATT------CACGTCATTGTTGATTCTGTCAGCAAGCGCTCGCCAAAGAAATTATAAATCT-----ATTTTTTTACAGTCTGAAATCAATCTAATA--AATTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCG-AAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCACTCCTCGGTATTCCGTGGAGTATGCCTGTTCGAGCGTCATCACACCGTTCAAGCTAATGTTTGGTGTTGGATCTCATTCATTCATC---ATGGATGTTTCCGAAAATCAGTGGCAGTCGA--TTGAGATAGTTTCATGCGGTTTGATTTTTC------ACGCGATGAATGTTCTCTTGACCCGCCAGAAAT--------TCTACAAATCTTTTGACC--------------------CTTTAAGCATAAAAAACAGAACAACTCCAAGGGACAGCTCTTCC-TATCTACTCGAGCCTCCAAATTCTTACCTTTTCAAGAAA----TCAAGATCCAGGA----GATGGCAGATCAAGTACCTGTCGGTCATATTCCTAGAATGTTGACTGTGCACGCCCACGGAACGTTGACCAGACAGGTCAACCCAG-GGGACGTCATCGACGTTGCTGGAATCTTTCTTCCAACGCCGTATACTGGTTTCAAAGCTATCCGAGCAGGTCTTTTGACAGACACTTACCTGGAAGCGATGCACGTAAATCAACACAAAAAGGCTTATGATGATCTTCTTTTCGACGCAAAAGCCCTACG-GAAGATTGAACAGTACAAACATTCTGGCCATATGTACGAGTACCTTTC-AAAGTCAATCGCGCC-AGAGATTTACGGCCATCTCGACGTAAAGAAGGCGCTTCTTCTGCCTTGAAGCAATATCGATT-TGATCGAATAAAATTCT---GGATAAAG-TAATGATAATGACATTGTTTA-TCCATGAGTCTTGACCAAGTTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTA?AA?ACTAGTGTTATTCATCTTTAATGGGTTT-AAAGGGTACCTAGACGGCATACTAAGCCTTAACT--------------------------GGAACTGGTATGCTAGAGTTACTTGTAAGGAAGTTTTAAAGTACTAGAGGAGTAGAGATAAAATTCAATCATACC-TTTTTTCTTAGGAAAAA-CTTC-GGCACAGGTATAGGTGAAAACATCTTCTTATGGGATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTTTTATAATGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCGAAGCAGTAAACGCTGAGTGTCATAGATTAGAT-TTAAATTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTATCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTATTTAATTTGATAA-TCCGCAAAAAACCTTACCACAACTTGAATACTTACAT--------C-----TTACGCAGCTAC-----------------------ATGTGCAGTTTC---------------------TTGCTTCC------------------- 'Micarea laeta 59154_A824' 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Micarea_melanobola_A424 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Micarea_prasina_A327 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