#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 12, 2024; 21:18 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Choi Y., Shin H., Ploch S., & Thines M. 2010. Three new cryptic species are the closest relatives of the widespread species Albugo candida. Fungal Diversity, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10924] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=51; TAXLABELS Albugo_candida_ex._Arabidopsis_halleri_DQ418513 Albugo_candida_ex._Arabidopsis_halleri_DQ418513a Albugo_candida_ex._Arabidopsis_thaliana_FJ468361 Albugo_candida_ex._Arabidopsis_thaliana_FJ468361b Albugo_candida_ex._Arabis_turrita_AY913803 Albugo_candida_ex._Aubrietia_deltoidea_DQ418500 Albugo_candida_ex._Berteroa_incana_DQ418508 Albugo_candida_ex._Biscutella_laevigata_DQ418506 Albugo_candida_ex._Capparis_spinosa_EF655654 Albugo_candida_ex._Cleome_anomala_AY913799 Albugo_candida_ex._Diplotaxis_erucoides_DQ418517 Albugo_candida_ex._Draba_verna_EU340140 Albugo_candida_ex._Eruca_sativa_DQ418514 Albugo_candida_ex._Erysimum_cuspidatum_DQ418519 Albugo_candida_ex._Heliophila_meyeri_DQ418515 Albugo_candida_ex._Iberis_amara_DQ418522 Albugo_candida_ex._Lunaria_sp._AY913797 Albugo_candida_ex._Raphanus_sativus_AY927059 Albugo_candida_ex._Sisymbrium_luteum_AY913808 Albugo_candida_ex._Thlaspi_arvense_AY913809 Albugo_candida_s.l._ex._Armoracia_rusticana_GU292084 Albugo_candida_s.l._ex._Armoracia_rusticana_GU292087 Albugo_candida_s.l._ex._Descurainia_sophia_AY927051 Albugo_candida_s.l._ex._Diptychocarpus_strictus_AY927052 Albugo_candida_s.l._ex._Rapistrum_rugosum_GU292101 Albugo_hesleri_ex._Cardamine_diphylla_GU292091 Albugo_hesleri_ex._Cardamine_diphylla_GU292107 Albugo_hohenheimia_ex._Cardamine_hirsuta_GU292114 Albugo_hohenheimia_ex._Cardamine_hirsuta_GU292118 'Albugo ipomoeae-panduratae AY913804' 'Albugo koreana ex. Capsella bursa-pastoris AY927049' 'Albugo koreana ex. Capsella bursa-pastoris DQ643944' Albugo_laibachii_ex._Arabidopsis_thaliana_FJ468371 Albugo_leimonios_ex._Cardamine_pratensis_GU292121 Albugo_leimonios_ex._Cardamine_pratensis_GU292124 Albugo_lepidii_ex._Lepidium_campestre_AY927054 Albugo_lepidii_ex._Lepidium_virginicum_AY927057 Albugo_resedae_ex._ResedaAlba_GU945758 Albugo_resedae_ex._ResedaAlba_GU945759 Albugo_sp._ex._Alyssum_caliacrae_CA68 Albugo_sp._ex._Alyssum_montanum_CA295 Albugo_sp._ex._Barbarea_vulgaris_CA75 Albugo_sp._ex._Barbarea_vulgaris_CA78 Albugo_sp._ex._Barbarea_vulgaris_CA79 Albugo_sp._ex._Rorippa_amphibia_BP75207 Albugo_sp._ex._Rorippa_palustris_CA297 Albugo_sp._ex._Rorippa_palustris_DAR72185 Albugo_sp._ex._Rorippa_silvestris_CA276 Albugo_sp._ex._Rorippa_sp._CA380 Albugo_voglmayrii_ex._Draba_nemorosa_EU240588 Albugo_voglmayrii_ex._Draba_nemorosa_EU240590 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M6907] TITLE COX2_mtDNA; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=566; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Albugo_candida_ex._Arabidopsis_halleri_DQ418513 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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GCAACTCCTGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGTTGGTTTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAATGAAAATAAAAATCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGAGCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCTGCGTTAATTTTATTAATTATTGCGATACCTTCTTTCGCATTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCTTTAATTACTATAAAAGTAATAGGTAGTCAGTGGTATTGGACTTATGAATATTCGGATTTTTTTACATTTGAAAATCAAAATACAAATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGATTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTATTAGAAGTAGATAATAGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCGGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAATTAGACGCATGTCCAGGAAGATTAAATCAAACTTCAATGTTTATAAA 'Albugo ipomoeae-panduratae AY913804' GCTACACCAGTTATGGAAGGAATTATTACTTTTCATAATGATTTAATGTATTTTTTAATAATAATTGTTATTTTTGTTGTTTGGATTTTATTTAGAATAATTTTTTTGTTTGATGAAAAAAAAAATCCAATTCCTGAAACTTTTGTACATGGATCAACAATAGAAATTATATGGACAACAATTCCTGCATTATTATTATTAATAATAGCTATCCCTTCATTTGCTCTTTTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCAGTTATGACAATAAAAGTAATAGGTAACCAATGGTATTGGACTTATGAATATTCAGAC-ATTTTAAATT-----ATTTAGATTCAGATGAAAGTTTAATTTTTGAAAGTTATATGATTCAAGAATCAGATTTAGATATAGGTCAATTTAGATTACTAGAAGTAGATAATCGTGTAATAGTACCAACATTAACTCATATAAGAGTTTTAATAACTGCATCGGATGTATTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGAATAAAATTAGATGCTTGTCCTGGAAGATTAAATCAAACATCAATGTTTATAAA 'Albugo koreana ex. Capsella bursa-pastoris AY927049' GCAACTCCTGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCACGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACGATTTTTGTATGTTGGATTTTATTACGAATTATTTTAATGTTTAGTGAAAATAAAAATCCAGTTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATACCTGCATTGATTTTATTGATTATTGCAATACCTTCGTTTGCATTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCTCTTATTACTATAAAAGTAATAGGTAGTCAATGGTATTGGACTTATGAATATTCTGATTTTTTTTCTTTTGAAAATGAAAATATAGATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGATTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTATTAGAAGTAGATAATAGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTGTTTTAATAACAGCTTCTGACGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCTGGAAGATTAAATCAAACTTCGATGTTTATAAA 'Albugo koreana ex. Capsella bursa-pastoris DQ643944' GCAACTCCTGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCACGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACGATTTTTGTATGTTGGATTTTATTACGAATTATTTTAATGTTTAGTGAAAATAAAAATCCAGTTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATACCTGCATTGATTTTATTGATTATTGCAATACCTTCGTTTGCATTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCTCTTATTACTATAAAAGTAATAGGTAGTCAATGGTATTGGACTTATGAATATTCTGATTTTTTTTCTTTTGAAAATGAAAATATAGATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGATTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTATTAGAAGTAGATAATAGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTGTTTTAATAACAGCTTCTGACGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCTGGAAGATTAAATCAAACTTCGATGTTTATAAA Albugo_laibachii_ex._Arabidopsis_thaliana_FJ468371 ------------------------------------CATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACCGTTTTTGTATGTTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGAGCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCGTTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCTTTTGCATTATTATATTCTATGGATGAGATTATTTATCCTCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACTTATGAATATTCTGATTTTTTTACATTTGAGAATAAACATACCGATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGATTTAAAATTAGGTCAGTTTAGGTTATTAGAAGTAGATAATAGAGTTGTTGTACCCACATATACACATATACGTGTTTTAATAACAGCTTCTGATGTTTTACATTCATGGGCTATTCCATCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCAGGAAGATTAAATCAAACTTCAATGTTTATAAA Albugo_leimonios_ex._Cardamine_pratensis_GU292121 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GCAACTCCAGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGTTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAATGAAAATAAAAATCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGAGCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATACCTGCAATAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCTTTTGCATTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCACTTATTACTATAAAAGTAATAGGTAGTCAATGGTACTGGACTTATGAATATTCGGATGTTTTTACATTTGAAAATAAACATACAGATGAAAGTTTAGTTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGGGGATTTAAAATTAGGTCAATTTCGATTATTAGAAGTTGATAATAGAGTTATTGTACCTATATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCGGATGTTTTACATTCATGGGCAATTCCATCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCTGGAAGATTAAATCAAACTTCAATGTTTATAAA Albugo_resedae_ex._ResedaAlba_GU945758 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-------------------------------------TGGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACCATTTTTGTATGTTGGATTTTATTTAAAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGAGCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATACCAGCGTTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCTTTTGCATTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCACTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTATTGGACTTATGAATATTCGGATTTTTTTACATTTGAAAATAAACATACAGATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAAATGATTTAAAATTAGGTCAATTTCGATTATTAGAAGTAGATAATAGAGTTGTTGTACCTATATATACACATATACGTGTTTTAATAACAGCTTCTGATGTTTTACATTCATGGGCTATTCCGTCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCTGGAAGATTAAATCAAACGTCAATGTTTATAAA Albugo_sp._ex._Alyssum_caliacrae_CA68 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