#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 15, 2024; 20:59 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Simmons M.P., Bacon C.D., Cappa J., & Mckenna M.J. 2011. Phylogeny of Celastraceae subfamilies Cassinoideae and Tripterygioideae Inferred from Morphological Characters and Nuclear and Plastid Loci. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11387] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=246; TAXLABELS Acanthothamnus_aphyllus Allocassine_laurifolia Apatophyllum_flavovirens Apatophyllum_teretifolium Astrocassine_fusiformis_2917 Astrocassine_fusiformis_2918 Astrocassine_mastophorus Astrocassine_pleurostyloides Brassiantha_hedraiantheroides Brassiantha_pentamera Brexia_madagascariensis Canotia_holacantha Canotia_wendtii Cassine_peragua Cassine_schinoides Catha_edulis_1490_90 Catha_edulis_3016 Celastrus_angulatus Celastrus_flagellaris Celastrus_hindsii Celastrus_hypoleucus Celastrus_orbiculatus Celastrus_rosthornianus Celastrus_scandens Celastrus_strigillosus Celastrus_vulcanicolus Crossopetalum_decussatum Crossopetalum_eucymosum Crossopetalum_gaumeri Crossopetalum_ilicifolium Crossopetalum_managuatillo Crossopetalum_parviflorum Crossopetalum_rhacoma Crossopetalum_riparium Crossopetalum_uragoga Denhamia_bilocularis Denhamia_celastroides Denhamia_cunninghamii Denhamia_disperma Denhamia_fournieri Denhamia_obscura Denhamia_oleaster Denhamia_pittosporoides Denhamia_silvestris Denhamia_viridissima Dicarpellum_baillonianum Dicarpellum_pancheri Dinghoua_globularis_2628 Dinghoua_globularis_4739 Elaeodendron_australe_var._angustifolia Elaeodendron_australe_var._integrifolium Elaeodendron_cunninghamii Elaeodendron_curtipendulum Elaeodendron_matabelicum Elaeodendron_melanocarpum Elaeodendron_orientale Elaeodendron_pininsulare Elaeodendron_vitiense Elaeodendron_xylocarpum Empleuridium_juniperinum Euonymus_aff_carnosus Euonymus_aff_hamiltonianus Euonymus_alatus Euonymus_americanus Euonymus_australianus Euonymus_europaeus Euonymus_fimbriatus Euonymus_fortunei Euonymus_grandiflorus Euonymus_hamiltonianus_1791 Euonymus_hamiltonianus_1792 Euonymus_japonicus Euonymus_lanceolatus Euonymus_latifolius Euonymus_macropterus Euonymus_melananthus Euonymus_myrianthus Euonymus_nanus Euonymus_nitidus Euonymus_oxyphyllus Euonymus_phellomanus Euonymus_semenovii Euonymus_sp Euonymus_sp_sect_Euonymus Euonymus_tingens Euonymus_vagans Euonymus_verrucosus Fraunhofera_multiflora Glyptopetalum_palawanense Glyptopetalum_rhytidophyllum Gyminda_latifolia Gyminda_tonduzii Gymnosporia_arbutifolia Gymnosporia_cassinoides_2201 Gymnosporia_cassinoides_3525 Gymnosporia_crenata Gymnosporia_divaricata Gymnosporia_diversifolia Gymnosporia_engleriana Gymnosporia_harveyana Gymnosporia_inermis Gymnosporia_linearis Gymnosporia_littoralis Gymnosporia_mossambicensis Gymnosporia_palauica Gymnosporia_pertinax Gymnosporia_polyacantha Gymnosporia_pyracantha Gymnosporia_pyria Gymnosporia_royleana Gymnosporia_senegalensis_3030 Gymnosporia_senegalensis_4_93 Gymnosporia_verrucosa Gymnosporia_wallichiana Hartogiopsis_trilobocarpa_1259 Hartogiopsis_trilobocarpa_1278 Haydenia_gentryi_1866 Haydenia_gentryi_2267 Haydenia_haberiana Haydenia_urbaniana_3269 Haydenia_urbaniana_9169 Hedraianthera_porphyropetala_4370 Hedraianthera_porphyropetala_4544 Hexaspora_pubescens 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8619] TITLE DNA; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=11867; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Allocassine_laurifolia 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Brexia_madagascariensis 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Canotia_wendtii 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Cassine_peragua 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Celastrus_hindsii 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Celastrus_hypoleucus 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Celastrus_orbiculatus 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Celastrus_rosthornianus 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Celastrus_scandens 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Crossopetalum_ilicifolium 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Crossopetalum_managuatillo 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Crossopetalum_parviflorum 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Denhamia_obscura 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Denhamia_silvestris 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Denhamia_viridissima 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Elaeodendron_curtipendulum ---------------------AAGGATCATTGTCG-AAA-CCCAC-AA---GGC--AGAACGACCCGTGAATTGG-T-AA-C---AACTAAA--GC-G--GGAG--GC-AGG-CCCTAGGGT-------ATGTCGA-C---CG-AG---T---T-CTG------A---G-GC-G-AGG-G-GCTGT--GGGT--AAAC--TC----CCCA---A-CCC--C-TGCTGCGGGC--AA-CAAC----AAC-AAA--C-CCCGGCGCGGATTGCGCCAAGGA-AG---CAAG--------------A-CA---A--AGAT--GC--GTG---C-C----C--AC---------------C-TA--?-CCCGGA-AACGGTGCCT-CGT--G-GG-------GTGCG-TCG-T---CGTTATC--AA---ATTTGAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCG-AAGTCGTCA--GGCCG-AGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACAACAA--CG-TCGCC-A-AA----------TC-C-CC-T-C-TC---TCACACCCC-----------ATT-------C---AA--T--GG---G-AA-T----G--AC---GA-GGG----CTGGCGGAC--ACTGGCTTCCCGCGAGCT-CGTATGATTGCGGTTGGCCCAAAAGAG----A-G---TCCCTGGTGA----GG-CGG-CCACGACACGCGGTGGTTGGAA--GCAGAT---GCT--CC-T----CG-AACCCC-----GTCGCG-GT-----------GCC-T-CGCCGA--T-CGTGAGTCA--AG----AGA-CCCTGAC----GC---ATAAAG-CG-TC---CTT--CACATAGCGACCCCA-GGT--CAGGCGGG--AACACCCGCTGAG-TTTTA------------------------------------------------CTTACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGCGAACCGGGAAGAGCCCAGCTTGAGAATCGGGCG-CCCACGGCG-TCTGAATTGTAGTCTGGAGAAGCGTCCTCAGCGGCGGACCGGGCCCAAGTCCCCTGGAAGGGGGCGCCGGAGAGGGTGAGAGCCCCGTTGTGCCCGGACCCTGTCGCACCACGAGGCGCTGTCTGCGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAATCGGGCGGTAAATTCCGTCCAAGGCTAAATACGGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAA--AGGACTTTGAAAAGAGAGTCAAAGAGTGCTTGAAATTGTCGGGAGGGAAGCGGATGGGGGCTGGCGATGCGCCCCGGTCGGATGTGGAACGGCGC-GAGCTGGTCCGCCGATCGGCTCGGGGCGTGGACCGACGAGGATCGCAACGGCGTCCCAAGCCCGGGCCTTCGATACGCCCGTGGAAATGTCGTCTTTGGGATTGTGGATAAGCGCGAGCCG--?-GC??GGC-GTGC--CTCA-GGCACTTGCGCGCTCCTGTCGTCGGCCTGCGAGCTCCCCATTCGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAGTCTGACATGTGTGCGAGCCAACGGGCAGG-AAAACCCGTG-AGACGCAAGGAAGCTAA-TTGGTGGGAT-------CCC-C-C---TA---------GGGG-GTGCACCGCCGACCGACCTAGATCTTCTGAGAAGGG-TTCGAGTGTGAGCATACCTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCGGGGCGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCCCGAAGCGATACTGACGTGCAAATCGTTCGTCTGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACC---------------------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????----------------------------------CTTACTAAGTG-ATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATT-AAAAATGGGCAATCCTGAG------CCAAATCCTA-------TTGTCC-----G-----------AAAACAAAG------AAAGATTCAGAAAGC--AAGAA----------TAACACAA------------------------GGATAGGTGCAGAGACTC-AATGGAAGCTG-TTC-------TAACAAA-------TGGAG--TTGGGTTGACCGAGTTG--------CA-TT-----AGTAAAAGAATCCTTCCG-------------------TCACAAC---------TTTCGAAATCCTAAAGT---------AAAG----------------------------------GATAAAC-------------------------CT----------AT-ATAC--AT--------------------------------AGAT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Elaeodendron_melanocarpum 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Elaeodendron_orientale 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Elaeodendron_pininsulare 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Elaeodendron_vitiense 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Elaeodendron_xylocarpum 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Empleuridium_juniperinum 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Euonymus_australianus 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Euonymus_europaeus 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Euonymus_fimbriatus 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Euonymus_fortunei 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Euonymus_grandiflorus 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Euonymus_hamiltonianus_1791 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Euonymus_hamiltonianus_1792 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Euonymus_japonicus 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Euonymus_lanceolatus 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Euonymus_latifolius TTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCG-AAA-CCTGC-GA---AGC--AGAACGACCCGCGAACAAG-T-GA-A---AAACATC--GC-G--GGCG--GC-GGG-CCTCCGGGC-------TTGTCGC-T---CG-TG---G---C-TCA------G---G-TG-T-A-G-G-GCTGT--GGG---AAAC--CG----CAGC---C-TCT--G-TGCCTTGGGC--AC-AAAC----AAC-GAA--C-CCCGGCGCAAACCGCGCCAAGGA-AC---C--A--A-----------AAGA---A--AGAT--GT--GCG---C-T----C--CC---------------C-TC--GTCCCGGA-AACGGTGCTG-CGG--G-GG--GA-TGCGTCG-TCG-T---TGATATC--AT---ACATTAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGACACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGCGAATCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCG-AAGCCGTCA--GGCCG-AGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCAC-GCAA--TG-TCGCC-A-C--------------C-CC-A-C------CC----CCC---------------------C---TG--T--GG---G-AA-C----G--GT---TT-GGG----ATGGCGGAT--ATTGGCCTCCCGTGCGCT-C--CCGCTCACGGTTGGCCTAAAACAC----A-GC--CCCTTGGCGAT---GG-CAG-CCACGGCACGCGGTGGTCGAAA--GCGCTA---GCT--CC-T----CG-GAAACC-----GCCGTG-GC---------GAGCC-T-CGTCGA--C-GTGGAG-CC--AC----AGA-CCCCGAC----GC----G--AG-CG-TC---AT---CACACAGCGACCCCA-GGT--CAGGCGGG--AACACCCGCTGAG-TTTAAGGGACACCCCGCTGAGTTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTTACAAGGATTCCCCTAGTAACGGCGAGCGAACCGGGAAGAGCCCAGCTTGAGAATCGGTCG-CCCCCGGCG-TCCGAATTGTAGTCTGGAGAAGCGTCCTCAGCGGCGGACCGGGCCCAAGTCCCCTGGAAGGGGGCGCCGGAGAGGGTGAGAGCCCCGTCGTGCCCGGACCCTGTCGCACCACGAGGCGCTGTCGGCGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAATCGGGCGGTAAATTCCGTCCAAGGCTAAATACGGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAA--AGGACTTTGAAAAGAGAGTCAAAGAGTTCTTGAAATTGTCGGGAGGGAAGCGGATGGGGGCCGGCGATGCGCCCCGGTCGGATGTGGAACGGCGA-GAGCCGGTCCGCCGATCGGCTCGGGGCGTGGACCGACGAGGATTGCCGTGGCGTCCCAAGCACGGGCCTTTGATACGCCCGTGG-AATGTCGTCATGGCGATCGTGGATGAGCGCGCGCCG-TC-GCACGGC-GTGC---CCC-GGCACTTGCGCGCTCCCGTCGTCGGCCTGCGGGCTCCCCATTCGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAGTCTGACATGTGTGCGAGTCAACGGGCGAG-AAAACCCGTA-AGGCGCAAGGAAGCTAA-TTGGCGGGAT-------CCC-C-C---CC--------GGGGG-CTGCACCGCCGACCGACCTTGATCTTCTGAGAAGGG-TTCGAGTGTGAGCATACCTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCGGGGCGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCCCGAAGCGATACTGACGTGCAAATCGTTCGTCTGACTTGGGTATAGGGGCGAA-----------------------------------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GACTT---AATTGGATTGAGCCTTGGTACGGAAACTTACTAAGTG-ATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATT-AAAAATGGGCAATCCTGAG------CCAAATCCTA-------TTGTCC-----G-----------AAAACAAAG------AAAGATTCAGAAAGC--AAGAA----------TAACACAA------------------------GGATAGGTGCAGAGACTC-AATGGAAGCTG-TTC-------TAACAAA-------TGGAG--TTGGGTTGACCGCGTTG--------CG-TT-----AGGAAAGGAATCCTTACG-------------------TCACAAC---------TTTCGAAAGGCTAAAGT---------AAAG----------------------------------GATAAAC-------------------------CT----------AT-ATACATAT--------------------------------ATAT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Euonymus_macropterus 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Euonymus_melananthus 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Euonymus_myrianthus 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Euonymus_nanus 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Euonymus_nitidus 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Euonymus_oxyphyllus 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Euonymus_phellomanus 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Euonymus_semenovii 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Euonymus_sp 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Euonymus_sp_sect_Euonymus 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Euonymus_tingens 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Euonymus_vagans 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Euonymus_verrucosus 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Fraunhofera_multiflora 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Glyptopetalum_palawanense 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Glyptopetalum_rhytidophyllum 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Gyminda_latifolia 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Gymnosporia_arbutifolia 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Gymnosporia_cassinoides_2201 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Gymnosporia_harveyana 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Gymnosporia_inermis 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Gymnosporia_linearis 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Gymnosporia_littoralis 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Gymnosporia_pertinax 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Gymnosporia_senegalensis_4_93 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Gymnosporia_verrucosa 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Hartogiopsis_trilobocarpa_1278 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Hypsophila_halleyana 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Kokoona_sp 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Lauridia_reticulata 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Lauridia_tetragona 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Lepidobotrys_staudtii 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Lepuropetalon_spathulatum 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Lydenburgia_cassinoides 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Macgregoria_racemigera 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Maytenus_aff_obtusifolia 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Maytenus_boaria 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Maytenus_buxifolia 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Maytenus_distichophylla 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Maytenus_woodsonii 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Microtropis_fokienensis_37 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Microtropis_japonica 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Microtropis_sp 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Microtropis_tetragona 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Microtropis_triflora 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Mortonia_greggii 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Orthosphenia_mexicana_19104 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Parnassia_palustris_2600 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Parnassia_trinervis 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Paxistima_canbyi 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Peripterygia_marginata 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Plenckia_populnea_21279 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Plenckia_populnea_8611 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Pleurostylia_leucocarpa 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Pleurostylia_opposita 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Polycardia_libera 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Polycardia_phyllanthoides 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Pottingeria_acuminata 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Pseudocatha_mandenensis_2996 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Pterocelastrus_echinatus 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Robsonodendron_eucleiforme 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Ruptiliocarpon_caracolito 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Salaciopsis_glomerata 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Salaciopsis_sparsiflora 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Schaefferia_angustifolia 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Schaefferia_argentinensis 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Schaefferia_cuneifolia 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Schaefferia_frutescens 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Schaefferia_shrevei 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Schaefferia_stenophylla 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Siphonodon_australis 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Siphonodon_celastrineus 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Siphonodon_pendulus 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Torralbasia_cuneifolia 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Tripterococcus_brunonis 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Tripterygium_regelii 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Wimmeria_bartletti 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Zinowiewia_concinna 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Zinowiewia_matudai 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Zinowiewia_rubra 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; END; BEGIN SETS; CHARSET 18S (CHARACTERS = DNA) = 1992-4472; CHARSET ITS (CHARACTERS = DNA) = 1-1009; CHARSET EF (CHARACTERS = DNA) = 5537-6401; CHARSET CD (CHARACTERS = DNA) = 4473-5536; CHARSET matK (CHARACTERS = DNA) = 6402-7810; CHARSET eliminate (CHARACTERS = DNA) = 36-40 46-51 76-85 97-113 144-222 280-362 382-412 612-717 775-784 795-801 846-854 875-912 930-958 1748-1775 4961-5043 5537-5552 5774-5776 5797-5850 5949-5969 6138-6215 6278-6336; CHARSET 26S (CHARACTERS = DNA) = 1010-1991; END;