#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 6:12 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Chapple D., Ritchie P., & Daugherty C. 2009. Origin, diversification and systematics of the New Zealand skink fauna (Reptilia: Scincidae). Molecular Phylogenetics and Evolution, 52(2): 470-487. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10001] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=92; TAXLABELS Caledoniscincus_austrocaledonicus_EUG3 Cyclodina_aenea_CAE1 Cyclodina_aenea_CAE2 Cyclodina_alani_CAL1 Cyclodina_alani_CAL2 Cyclodina_hardyi_PKS1 Cyclodina_hardyi_PKS2 Cyclodina_macgregori_CMA1 Cyclodina_macgregori_CMA2 Cyclodina_oliveri_COL1 Cyclodina_oliveri_COL2 Cyclodina_oliveri_COL3 Cyclodina_oliveri_COL4 Cyclodina_ornata_COR1 Cyclodina_ornata_COR2 Cyclodina_townsi_COL14 Cyclodina_townsi_COL15 Cyclodina_townsi_MOS1 Cyclodina_townsi_MOS2 Cyclodina_whitakeri_CWH1 Cyclodina_whitakeri_CWH2 Lampropholis_guichenoti_EUG7 Lioscincus_tilleri_EUG5 Marmorosphax_tricolor_EUG2 Morethia_adelaidensis_EUG10 Nannoscincus_mariei_EUG1 Niveoscincus_pretiosus_EUG9 Oligosoma_Rangitata_RAN1 Oligosoma_Rangitata_RAN2 Oligosoma_acrinasum_OAC1 Oligosoma_acrinasum_OAC3 Oligosoma_chloronoton_OCH1 Oligosoma_chloronoton_OCH2 Oligosoma_fallai_OFA1 Oligosoma_fallai_OFA2 Oligosoma_grande_OGR1 Oligosoma_grande_OGR2 Oligosoma_homalonotum_OHO1 Oligosoma_homalonotum_OHO2 Oligosoma_inconspicuum_BBS1 Oligosoma_inconspicuum_BBS17 Oligosoma_inconspicuum_BBS2 Oligosoma_inconspicuum_OIN1 Oligosoma_inconspicuum_OIN2 Oligosoma_infrapunctatum_OIF1 Oligosoma_infrapunctatum_OIF2 Oligosoma_infrapunctatum_OIF3 Oligosoma_infrapunctatum_OIF4 Oligosoma_infrapunctatum_OIF5 Oligosoma_infrapunctatum_OIF6 Oligosoma_infrapunctatum_PAP1 Oligosoma_lichenigera_LIC1 Oligosoma_lichenigera_LIC2 Oligosoma_lineoocellatum_OLI1 Oligosoma_lineoocellatum_OLI2 Oligosoma_longipes_OLO1 Oligosoma_longipes_OLO2 Oligosoma_maccanni_OMA1 Oligosoma_maccanni_OMA2 Oligosoma_maccanni_OMA3 Oligosoma_maccanni_OMA4 Oligosoma_microlepis_OMI1 Oligosoma_microlepis_OMI2 Oligosoma_moco_OMO1 Oligosoma_moco_OMO2 Oligosoma_nigriplantare_nigriplantare_ONN1 Oligosoma_nigriplantare_nigriplantare_ONN2 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_GVS1 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_GVS2 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_ONP1 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_ONP2 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_ONP4 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_ONP5 Oligosoma_notosaurus_ONT1 Oligosoma_notosaurus_ONT2 Oligosoma_otagense_OOT1 Oligosoma_otagense_OOT2 Oligosoma_pikitanga_SVS1 Oligosoma_smithi_OSM1 Oligosoma_smithi_OSM2 Oligosoma_stenotis_OST1 Oligosoma_stenotis_OST2 Oligosoma_striatum_OSR1 Oligosoma_striatum_OSR2 Oligosoma_suteri_OSU1 Oligosoma_suteri_OSU2 Oligosoma_taumakae_OBI2 Oligosoma_taumakae_OBI3 Oligosoma_waimatense_OWA1 Oligosoma_waimatense_OWA2 Oligosoma_zelandicum_OZE2 Oligosoma_zelandicum_OZE3 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4161] TITLE 'Skinks, ND2 ND4 Cytb 12SrRNA 16SrRNA Rag-1'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=4062; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Cyclodina_aenea_CAE2 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Cyclodina_oliveri_COL1 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Cyclodina_oliveri_COL3 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Cyclodina_ornata_COR2 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Cyclodina_townsi_MOS1 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Cyclodina_whitakeri_CWH2 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Niveoscincus_pretiosus_EUG9 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Oligosoma_acrinasum_OAC1 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Oligosoma_chloronoton_OCH2 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Oligosoma_grande_OGR1 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Oligosoma_grande_OGR2 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Oligosoma_homalonotum_OHO1 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Oligosoma_homalonotum_OHO2 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Oligosoma_inconspicuum_BBS1 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Oligosoma_inconspicuum_BBS17 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Oligosoma_inconspicuum_BBS2 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Oligosoma_infrapunctatum_OIF1 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Oligosoma_infrapunctatum_OIF4 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Oligosoma_infrapunctatum_PAP1 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Oligosoma_lineoocellatum_OLI1 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Oligosoma_longipes_OLO2 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Oligosoma_maccanni_OMA3 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Oligosoma_maccanni_OMA4 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Oligosoma_microlepis_OMI2 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Oligosoma_nigriplantare_nigriplantare_ONN1 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Oligosoma_nigriplantare_polychroma_GVS2 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Oligosoma_nigriplantare_polychroma_ONP4 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Oligosoma_stenotis_OST2 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Oligosoma_taumakae_OBI3 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Oligosoma_waimatense_OWA1 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Oligosoma_zelandicum_OZE2 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Skinks, ND2 ND4 Cytb 12SrRNA 16SrRNA Rag-1') = N: 1-4062; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Skinks, ND2 ND4 Cytb 12SrRNA 16SrRNA Rag-1') = N: 1-4062; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10438; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Cyclodina_aenea_CAE1, 2 Cyclodina_aenea_CAE2, 3 Cyclodina_hardyi_PKS1, 4 Cyclodina_hardyi_PKS2, 5 Oligosoma_lichenigera_LIC1, 6 Oligosoma_lichenigera_LIC2, 7 Oligosoma_inconspicuum_BBS1, 8 Oligosoma_inconspicuum_BBS2, 9 Oligosoma_inconspicuum_BBS17, 10 Oligosoma_inconspicuum_OIN1, 11 Oligosoma_inconspicuum_OIN2, 12 Oligosoma_notosaurus_ONT1, 13 Oligosoma_notosaurus_ONT2, 14 Oligosoma_microlepis_OMI1, 15 Oligosoma_microlepis_OMI2, 16 Oligosoma_smithi_OSM1, 17 Oligosoma_smithi_OSM2, 18 Oligosoma_acrinasum_OAC1, 19 Oligosoma_acrinasum_OAC3, 20 Oligosoma_taumakae_OBI2, 21 Oligosoma_taumakae_OBI3, 22 Oligosoma_infrapunctatum_OIF2, 23 Oligosoma_infrapunctatum_PAP1, 24 Oligosoma_infrapunctatum_OIF1, 25 Oligosoma_infrapunctatum_OIF5, 26 Oligosoma_infrapunctatum_OIF6, 27 Oligosoma_infrapunctatum_OIF3, 28 Oligosoma_infrapunctatum_OIF4, 29 Oligosoma_otagense_OOT1, 30 Oligosoma_otagense_OOT2, 31 Oligosoma_waimatense_OWA1, 32 Oligosoma_waimatense_OWA2, 33 Oligosoma_moco_OMO1, 34 Oligosoma_moco_OMO2, 35 Oligosoma_pikitanga_SVS1, 36 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_GVS1, 37 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_GVS2, 38 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_ONP1, 39 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_ONP4, 40 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_ONP5, 41 Oligosoma_nigriplantare_polychroma_ONP2, 42 Oligosoma_nigriplantare_nigriplantare_ONN1, 43 Oligosoma_nigriplantare_nigriplantare_ONN2, 44 Oligosoma_Rangitata_RAN1, 45 Oligosoma_Rangitata_RAN2, 46 Oligosoma_longipes_OLO2, 47 Oligosoma_longipes_OLO1, 48 Oligosoma_maccanni_OMA1, 49 Oligosoma_maccanni_OMA3, 50 Oligosoma_maccanni_OMA4, 51 Oligosoma_maccanni_OMA2, 52 Oligosoma_stenotis_OST1, 53 Oligosoma_stenotis_OST2, 54 Oligosoma_lineoocellatum_OLI1, 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90 Lampropholis_guichenoti_EUG7, 91 Lioscincus_tilleri_EUG5, 92 Marmorosphax_tricolor_EUG2; TREE NZ_Skink = [&R] ((((((((1,2),(3,4)),(((60,61),((62,63),((((((64,65),67),66),(68,69)),(((70,71),72),73)),(74,75)))),(76,77))),(33,34)),((((((((((7,8),9),11),10),(12,13)),(((48,49),50),51)),(((52,53),(58,59)),((54,55),(56,57)))),(((((36,37),38),((39,40),41)),(42,43)),(((44,45),46),47))),(((((18,19),(20,21)),(((29,30),31),32)),(((((22,23),24),25),(27,28)),26)),35)),(((14,15),(16,17)),(((78,79),(80,81)),(82,83))))),(84,85)),(5,6)),((86,90),88),(87,((89,91),92))); END;