#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 7:31 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kellogg E., Aliscioni S., Morrone O., Pensiero J., & Zuloaga F. 2009. A phylogeny of Setaria (Poaceae, Panicoideae, Paniceae) and related genera based on the chloroplast gene ndhF. International Journal of Plant Sciences, 170(1): 117-131. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10018] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=112; TAXLABELS Brachiaria_eruciformis_AY188452 Cenchrus_caliculatus_EF189886 Cenchrus_ciliaris_AF029625 Cenchrus_ciliaris_EU741937 Cenchrus_echinatus_AF499151 Cenchrus_myosuroides_AF499152 Cenchrus_pilosus_Ef189887 Cenchrus_setigerus_AF499153 Eriochloa_punctata_AY029634 Ixophorus_unisetus_AY623749 Ixophorus_unisetus_EU741940 Odontelytrum_abyssinicum_EU741938 Panicum_miliaceum_AY188472 Paspalidium_albovillosum_EU741984 Paspalidium_basicladum_EU741978 Paspalidium_constrictum_EU741979 Paspalidium_flavidum_1_EF189889 Paspalidium_flavidum_2_EF189890 Paspalidium_flavidum_3_EU741980 Paspalidium_geminatum_AY029662 Paspalidium_globoideum_EU741981 Paspalidium_rarum_EU741982 Paspalidium_retiglume_EU741983 Paspidium_jubiflorum_EF189891 Pennisetum_alopecuroides_AY029672 Pennisetum_flaccidum_AF499150 Pennisetum_glaucum_AF499149 Pennisetum_montanum_AY188498 Pennisetum_setaceum_AY029673 Pennisetum_sphacelatum_EU741936 Pennisetum_villosum_EF189888 Plagiosetum_refractum_SJ9600 Pseudraphis_paradoxa_EF189892 Setaria_acromelaena_EU741941 Setaria_adaherens_EU741942 Setaria_alonsoi_EU741943 Setaria_barbata_AF499145 Setaria_barbata_EU741944 Setaria_cernua_EU741945 Setaria_faberi_EU741946 Setaria_fiebrigii_1_EU741947 Setaria_fiebrigii_2_EU741948 Setaria_globulifera_EU741949 Setaria_grisebachii_AF499141 Setaria_hassleri_EU741950 Setaria_homonyma_EU741988 Setaria_italica_AF499140 Setaria_kagerensis_EU741951 Setaria_lachnea_1_EU741952 Setaria_lachnea_2_EU741953 Setaria_leucopila_EU741954 Setaria_lindenbergiana_EU741994 Setaria_longiseta_EU741955 Setaria_macrostachya_1_EU747691 Setaria_macrostachya_2_EU741956 Setaria_magna_EU741957 Setaria_mendocina_EU741958 Setaria_nigrirostris_1_EU741991 Setaria_nigrirostris_2_EU741992 Setaria_nigrirostris_3_EU742004 Setaria_nigrirostris_4_EU741989 Setaria_nigrirostris_5_EU741990 Setaria_oblongata_EU741959 Setaria_palmifolia_AF499144 Setaria_pampeana_1_EU741961 Setaria_pampeana_2_EU741960 Setaria_parviflora_2_AF499142 Setaria_parviflora_3_AY029678 Setaria_parviflora_4_EU742003 Setaria_parviflora_5_EU742000 Setaria_parviflora_AF499143 Setaria_paucifolia_EU741962 Setaria_petiolata_EU741963 Setaria_pflanzii_EU741964 Setaria_plicata_EU741965 Setaria_poiretiana_A_AF499146 Setaria_poiretiana_B_AF499147 Setaria_pumila_EF189894 Setaria_restioidea_EU741967 Setaria_rosengurtii_EU741968 Setaria_scabrifolia_EU741969 Setaria_scandens_EU741970 Setaria_seriata_EU741971 Setaria_sp_nov1_EU741998 Setaria_sp_nov2_EU741999 Setaria_sphacelata_2_EU741986 Setaria_sphacelata_3_EU742002 Setaria_sphacelata_EF189893 Setaria_sphacelata_ser2EU741997 Setaria_sphacelata_torta_EU742001 Setaria_sphacelatasericea_1_EU741972 Setaria_sulcata_2_EU741987 Setaria_sulcata_3_EU741995 Setaria_sulcata_6_EU741966 Setaria_tenassicima_EU741973 Setaria_vaginata_EU741974 Setaria_verticillata_AEF189900 Setaria_verticillata_BAF499139 Setaria_verticillata_EU741985 Setaria_verticilliformis_EU741975 Setaria_viridis_U21976 Setaria_vulpiseta_EU741977 Setaria_vulpiseta_var_EU741976 Spinifex_littoreus_EU741993 Spinifex_sericeus_EF189895 Stenotaphrum_secundatum_AY029684 Uranthoecium_truncatum_SJ9599 Urochloa_acuminata_AY029692 Zuloagaea_bulbosa_AY029648 Zuloagaea_bulbosa_AY864833 Zygochloa_paradoxa_female_EF189897 Zygochloa_paradoxa_male_EF189896 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4284] TITLE Kellogg_Setaria_fig.1; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2043; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Brachiaria_eruciformis_AY188452 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Cenchrus_caliculatus_EF189886 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Zuloagaea_bulbosa_AY864833 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Kellogg_Setaria_fig.1) = N: 1-2043; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Kellogg_Setaria_fig.1) = N: 1-2043; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10467; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Panicum_miliaceum_AY188472, 2 Urochloa_acuminata_AY029692, 3 Eriochloa_punctata_AY029634, 4 Brachiaria_eruciformis_AY188452, 5 Cenchrus_caliculatus_EF189886, 6 Cenchrus_ciliaris_AF029625, 7 Cenchrus_echinatus_AF499151, 8 Cenchrus_myosuroides_AF499152, 9 Cenchrus_pilosus_Ef189887, 10 Cenchrus_setigerus_AF499153, 11 Pennisetum_setaceum_AY029673, 12 Pennisetum_montanum_AY188498, 13 Pennisetum_alopecuroides_AY029672, 14 Pennisetum_flaccidum_AF499150, 15 Pennisetum_glaucum_AF499149, 16 Pennisetum_villosum_EF189888, 17 Pennisetum_sphacelatum_EU741936, 18 Cenchrus_ciliaris_EU741937, 19 Odontelytrum_abyssinicum_EU741938, 20 Ixophorus_unisetus_AY623749, 21 Ixophorus_unisetus_EU741940, 22 Zuloagaea_bulbosa_AY864833, 23 Zuloagaea_bulbosa_AY029648, 24 Paspalidium_flavidum_2_EF189890, 25 Paspalidium_flavidum_1_EF189889, 26 Paspidium_jubiflorum_EF189891, 27 Pseudraphis_paradoxa_EF189892, 28 Setaria_barbata_AF499145, 29 Setaria_parviflora_AF499143, 30 Setaria_grisebachii_AF499141, 31 Setaria_italica_AF499140, 32 Setaria_palmifolia_AF499144, 33 Setaria_poiretiana_A_AF499146, 34 Setaria_poiretiana_B_AF499147, 35 Setaria_pumila_EF189894, 36 Setaria_sphacelata_EF189893, 37 Setaria_verticillata_AEF189900, 38 Setaria_verticillata_BAF499139, 39 Setaria_viridis_U21976, 40 Spinifex_sericeus_EF189895, 41 Stenotaphrum_secundatum_AY029684, 42 Zygochloa_paradoxa_male_EF189896, 43 Zygochloa_paradoxa_female_EF189897, 44 Setaria_acromelaena_EU741941, 45 Setaria_adaherens_EU741942, 46 Setaria_alonsoi_EU741943, 47 Setaria_barbata_EU741944, 48 Setaria_cernua_EU741945, 49 Setaria_faberi_EU741946, 50 Setaria_fiebrigii_1_EU741947, 51 Setaria_fiebrigii_2_EU741948, 52 Setaria_globulifera_EU741949, 53 Setaria_hassleri_EU741950, 54 Setaria_kagerensis_EU741951, 55 Setaria_lachnea_1_EU741952, 56 Setaria_lachnea_2_EU741953, 57 Setaria_leucopila_EU741954, 58 Setaria_longiseta_EU741955, 59 Setaria_macrostachya_1_EU747691, 60 Setaria_macrostachya_2_EU741956, 61 Setaria_parviflora_3_AY029678, 62 Setaria_magna_EU741957, 63 Setaria_mendocina_EU741958, 64 Setaria_oblongata_EU741959, 65 Setaria_pampeana_2_EU741960, 66 Setaria_pampeana_1_EU741961, 67 Setaria_parviflora_2_AF499142, 68 Setaria_paucifolia_EU741962, 69 Setaria_petiolata_EU741963, 70 Setaria_pflanzii_EU741964, 71 Setaria_plicata_EU741965, 72 Setaria_sulcata_6_EU741966, 73 Setaria_restioidea_EU741967, 74 Setaria_rosengurtii_EU741968, 75 Setaria_scabrifolia_EU741969, 76 Setaria_scandens_EU741970, 77 Setaria_seriata_EU741971, 78 Setaria_sphacelatasericea_1_EU741972, 79 Setaria_tenassicima_EU741973, 80 Setaria_vaginata_EU741974, 81 Setaria_verticilliformis_EU741975, 82 Setaria_vulpiseta_var_EU741976, 83 Setaria_vulpiseta_EU741977, 84 Paspalidium_basicladum_EU741978, 85 Paspalidium_geminatum_AY029662, 86 Paspalidium_constrictum_EU741979, 87 Paspalidium_flavidum_3_EU741980, 88 Paspalidium_globoideum_EU741981, 89 Paspalidium_rarum_EU741982, 90 Paspalidium_retiglume_EU741983, 91 Paspalidium_albovillosum_EU741984, 92 Setaria_verticillata_EU741985, 93 Setaria_sphacelata_2_EU741986, 94 Setaria_sulcata_2_EU741987, 95 Setaria_homonyma_EU741988, 96 Setaria_nigrirostris_4_EU741989, 97 Setaria_nigrirostris_5_EU741990, 98 Setaria_nigrirostris_1_EU741991, 99 Setaria_nigrirostris_2_EU741992, 100 Spinifex_littoreus_EU741993, 101 Setaria_lindenbergiana_EU741994, 102 Setaria_sulcata_3_EU741995, 103 Setaria_sphacelata_ser2EU741997, 104 Setaria_sp_nov1_EU741998, 105 Setaria_sp_nov2_EU741999, 106 Setaria_parviflora_5_EU742000, 107 Setaria_sphacelata_torta_EU742001, 108 Setaria_sphacelata_3_EU742002, 109 Setaria_parviflora_4_EU742003, 110 Setaria_nigrirostris_3_EU742004, 111 Uranthoecium_truncatum_SJ9599, 112 Plagiosetum_refractum_SJ9600; TREE Fig._1 = [&R] (1,((2,3),4),((((((5,((6,10),18),((7,8),9)),14),(11,15),12),(13,17),(16,19)),(27,((48,(53,(76,79))),(68,73))),((((((((28,47),33,94,101,102),95),71),((29,(67,109),106),(((35,(36,61,78,93,103,108)),58),((44,98,99,110),96))),(32,34,72),(54,77),(97,(104,105),107)),69),((40,100),(42,43))),(37,45,81,92))),((((20,21),((22,23),30)),((((31,38),39),49),((((46,57,59,66),70),(55,60,63,64,65),82),(50,51,52,(74,75),80),(56,83)))),((((((24,25,87),91),26,(84,86),88),112),89),62),(41,(85,(90,111)))))); END;