#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 5:20 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Townsend T., Vieites D., Glaw F., & Vences M. 2009. Testing Species-Level Diversification Hypotheses in Madagascar: The Case of Microendemic Brookesia Leaf Chameleons. Systematic Biology, 58(6): 641-656. 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Brookesia_antakarana439 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Brookesia_nasus14 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Brookesia_ramanantsoai 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Calumma_brevicornis 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Calumma_gastrotaenia 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Calumma_parsonii 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Chamaeleo_chamaeleon 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Chamaeleo_jacksonii 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Furcifer_campani 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Lacertidae 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Shinisaurus_crocodilurus 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Teiidae 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Xantusia_vigilis ?????????????????????????????????????????????????????????????????????AGCCCTATCATTCAATCCCTTATTCTATCAAGCCTAGCAACAGGCACAATCATCACAATAACAAGTCAAAGCTGAATCCTAGCCTGAGTCGGCCTGGAAATTAACACACTAGCCATCCTCCCAATCATTTCAAAACCCCACCACCCTCGAGCAACAGAAGCCATAACAAAATACTTCTTAACCCAAACAGCAGCCTCAACTATAATTTTATTTGCAAGTACACTAAATGCATGACACTCAGGACAATGAAACATTATACAACTAACAACGGAACCCGCTTCCACTGTACTAACCCTAGCCCTAACCATAAAACTAGGATTAGCCCCAGTACACTTTTGACTACCAGAAGTAATACAAGGTTCAACTATTATAACAGCCATAATCCTTACTACATGACAAAAACTTGCACCAATAACAATCCTAATCATAACCCACCAAAACTTACCTACAACAATTCTACTAACAATCGGCATCATCTCCTCATTATGAGGAGGATGAGCAGGACTAAACCAAACACAGCTCCGTAAAATCCTAGCATATTCTTCAATTGCACACCTAGGATGAATCTATGTAGCTATTTCAATGGACGAAACAATCACAATTTTAACCCTGCTCATTTACATTTTACTCACCTCTCTAATCTTTTTATCCATAAACACTAGCCACTCAAAGACAATAAAAGACATAGCTACAACATGAACACTTTCCCCCACCCTCACTACCTTTATACTATTAACATTATTGTCTCTAGGAGGCCTACCACCATTAACAGGATTTCTACCAAAATGATTAATTTTACAAGAACTTACAACCCACCACTTAACACCTATCGCCACCCTCCTCGCTTTCTCAACCCTGCTAAGCCTCTTTTTTTACCTACGACTTTCTTATACTACAACAATCACACTACACCCCAACCCAACCACAATATCAAACAAATGGCGA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCTTATTCTTCAGTCAGCCACATAGGACTAGTAATTGCCGCCACCATAATCCAAACCCCATGAAGTGTCACAGGAGCCCTAATTATAATAATTGCCCACGGGCTCACATCATCAATACTATTCTGCTTGGCAAACACTAACTACGAACGCATACACACCCGAACCCTACTACTAACCCGAGGCCTACAACTTCTACTACCACTAATAACAACTTGATGACTACTAGCAAACCTAATAAACATAGCATTACCACCAACTACCAATTTACTAGCAGAACTAACAATTTTAACTTCAATATTCAACTGATCCAACCCAACCATCTTCCTCTTAGGAATTGGAACAGTACTAACAGCCCTATACTCTCTAACATTATTCCTAATAATTCAACAAGGA---------------------------CCCACAAATACACGAGAACATATTCTAATAAACTTACACACTATACCAATACTTCTACTTCTACTAAAACCAGAAATCTTAGTC------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGCAGTAAGAACCGCCTGGCATCACGACAGAGTTTCTGGGCAGAACTAAATGTGGCTCTTCTTACCCATGACAATGTGGTGCGTGTAATAGCTGCTAGTACATGTGCCCCTGCTAGTCAAAACAGTTTGGGTACCATCATAATGGAGTATGTTGGTAGTGGCACTCTGCATGATGCTATCTATGGGACCAGCAGTATGATAGCAAAAAGAAGGGATGATGGGCTTGGCTGTGGCCAAGAGTCTTTGAGCATAACTCAGTCTCTTAAGTACTCGTGTGACATTGGGGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAGTTGATTGTGCATCTGGATTTAAAACCTGCCAATGTATTTATCACTGAACAAAATGTTTGCAAG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAAGTGAGATCTCTTGAAAAGCCACTTCCTGAACACAGTCATCTGGCTAACAACGATAATGTGAAAATAGCAGCCTCTGTGGACAAAGTCACTGAGGAGCGGAGAGATGCTGTGGATTTAATGTCA---CAAGATCCCCTTCAAACAGATCCAGAATTGCAGAATACTATGAGGACAATAGACAAAGGTGCCTTTCATGTGAACCAAAGAGAGACTGAAGTTCACCAAGCAAATCTTCAGCACCTCTGTCGCATCTGTGGAGGATCCCTTAAAACGGACTCTTATAAGAGGAGCCATCCAGTGCATGGGCCAGTAGATGATGAGACACTAGCCCTTTTGAGAAAGAAAGAGAAAAGGGCTACATCCTGGCCAGATCTTCTTGCCAAGGTTTTTAAGACTGACGTGAGAGGAGACATTGACACAGTCCATCCTACCAATTTTTGTCACAACTGCTGGGATTTTATTCAAAGGAAATCAAGCAATGCCCCATGTGAAGTGTATTTTTCAAGGAAAAGCACCATGGAGTGGCATCCCCATTCATCAAGCTGTGATGTTTGTGGTACTTCGCCCCGTGGGGTCAAGAGAAAGAAGCAAGCCCTGAATCCACAGGTGAGCAAAAAGCTCAGGATTGTTGCTGGACGTGTTCGACAAATAAAGCATGTAAGGACC------ACCAAACAATTGAGCAACAAGAGTCTCATGAAAAAGATTGCCAACTGCAAGAAGATACATCTCAGTACGAAGATCCTTGCAGTAGACTATCCTGCAGACTTCGTAAAATCAATCTCTTGCCAGGTTTGTGAGCACATACTGGCAGACCCAGTAGAAACAACATGTAAGCACTTATTCTGCAGAGTCTGCATCCTGAAGTGCCTCAGGGTAATGGGAAGCTATTGCCCATCCTGTCGCTATCCTTGCTTTCCAACCGATCTGAAGAAGCCTGTGAAATCCTTCCTGAGCATCCTCAATAGCTTGGTTGTGAGATGTCCAGTGAAAGATTGTCATGAGGAAGTCTGTCTGGGAAAATACAGCCGCCATCTTTCCAGTCACAAAGAGGCAAAAGACAAAGAAGGTTATGTGCATGTAAACAAAGGTGGCCGGCCAAGACAACACTTACTTTCATTGACCCGGAGAGCTCAAAAGCACCGCCTAAGAGAACTCAAGCTTCAGGTCAAGGCCTTTGCTGAGAAAGAGGAAGGGGGAGATGTAAAGTCTGTGTGTCTGACTTTGTTCTTACTGGCTTTGAGAGCTAGAAATGAACACAGGCAAGCTGATGAGCTGGAAGCTATAATGCAAGGGAAGGGATCAGGACTTCATCCAGCTGTTTGCTTGGCAATCAGAGTCAACACTTTTCTCAGTTGCAGCCAGTACCATAAAATGTACAGGACTGTAAAAGCAATAACAGGACGGCAGATTTTCCAGCCATTGCATGCTCTCCGAACTGCTGAAAAAGCCCTTCTGCCAGGCTACCATCCATTTGAATGGAAACCACCCTTGAAAAACGTGTCCAGTAACACG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'ND1/ND2/ND4/CMOS/RAG1combo') = N: 1-4098; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'ND1/ND2/ND4/CMOS/RAG1combo') = N: 1-4098; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10520; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Sphenodon_punctatus, 2 Dibamus, 3 Gekko_gecko, 4 Mabuya, 5 Xantusia_vigilis, 6 Cordylus, 7 Trogonophidae, 8 Lacertidae, 9 Teiidae, 10 Shinisaurus_crocodilurus, 11 DINODON, 12 Liolaemus_pictus, 13 Uromastyx, 14 Leiolepis_belliana, 15 Rhampholeon_spectrum, 16 Rieppeleon_brevicaudatus, 17 Chamaeleo_chamaeleon, 18 Chamaeleo_namaquensis, 19 Kinyongia_adolfifriderici, 20 Chamaeleo_jacksonii, 21 Chamaeleo_quadricornis, 22 Bradypodion_occidentale, 23 Calumma_brevicornis, 24 Calumma_parsonii, 25 Calumma_gastrotaenia, 26 Furcifer_balteatus, 27 Furcifer_labordi, 28 Furcifer_cephalolepis, 29 Furcifer_polleni, 30 Furcifer_verrucosus, 31 Furcifer_pardalis, 32 Furcifer_campani, 33 Furcifer_belalandaensis, 34 Furcifer_oustaleti, 35 Furcifer_lateralis, 36 Brookesia_nasus44, 37 Brookesia_nasus14, 38 Brookesia_nasusTO, 39 Brookesia_nasus23, 40 Brookesia_lolontany, 41 Brookesia_sp_Betam11, 42 Brookesia_sp_Betam130, 43 Brookesia_minimaR, 44 Brookesia_minima786, 45 Brookesia_minima787, 46 Brookesia_tuberculata, 47 Brookesia_sp_MdeFranc477, 48 Brookesia_sp_MdeFranc478, 49 Brookesia_karchei8, 50 Brookesia_karchei2, 51 Brookesia_peyrierasiMV12, 52 Brookesia_peyrierasi2191, 53 Brookesia_peyrierasi2192, 54 Brookesia_ramanantsoai, 55 Brookesia_dentata, 56 Brookesia_exarmata816, 57 Brookesia_exarmata965, 58 Brookesia_thieli1, 59 Brookesia_thieli9, 60 Brookesia_thieli3, 61 Brookesia_thieli7, 62 Brookesia_thieliR, 63 Brookesia_betschi2015, 64 Brookesia_betschi2050, 65 Brookesia_betschiKARC, 66 Brookesia_vadoni2, 67 Brookesia_ebenaui458, 68 Brookesia_ebenauiG36, 69 Brookesia_ebenaui484, 70 Brookesia_therezieni1107, 71 Brookesia_therezieniZAH2, 72 Brookesia_superciliarisA, 73 Brookesia_superciliarisB, 74 Brookesia_superciliaris6, 75 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Chamaeleo_quadricornis, 22 Bradypodion_occidentale, 23 Calumma_brevicornis, 24 Calumma_parsonii, 25 Calumma_gastrotaenia, 26 Furcifer_balteatus, 27 Furcifer_labordi, 28 Furcifer_cephalolepis, 29 Furcifer_polleni, 30 Furcifer_verrucosus, 31 Furcifer_pardalis, 32 Furcifer_campani, 33 Furcifer_belalandaensis, 34 Furcifer_oustaleti, 35 Furcifer_lateralis, 36 Brookesia_nasus44, 37 Brookesia_nasus14, 38 Brookesia_nasusTO, 39 Brookesia_nasus23, 40 Brookesia_lolontany, 41 Brookesia_sp_Betam11, 42 Brookesia_sp_Betam130, 43 Brookesia_minimaR, 44 Brookesia_minima786, 45 Brookesia_minima787, 46 Brookesia_tuberculata, 47 Brookesia_sp_MdeFranc477, 48 Brookesia_sp_MdeFranc478, 49 Brookesia_karchei8, 50 Brookesia_karchei2, 51 Brookesia_peyrierasiMV12, 52 Brookesia_peyrierasi2191, 53 Brookesia_peyrierasi2192, 54 Brookesia_ramanantsoai, 55 Brookesia_dentata, 56 Brookesia_exarmata816, 57 Brookesia_exarmata965, 58 Brookesia_thieli1, 59 Brookesia_thieli9, 60 Brookesia_thieli3, 61 Brookesia_thieli7, 62 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