#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 7:50 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Meyers S., Liston A., & Meinke R. 2010. A Molecular Phylogeny of Limnanthes (Limnanthaceae) and Investigation of an Anomalous Limnanthes Population from California, USA. Systematic Botany, 35(3): 552-558. 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Floerkea_proserpinacoides 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Limnanthes_floccosa_pumila_2 ATACGAGCGTTAACGAGAAACGCTAATAGGTCTATGAGT-TTATGCAC-AAACGAACGCACGACAAGAGCAAGAGGTATCTCAACCACCGCTTGTCGTGGCATTCGTAGCCAGTAATTCAAATTTAGGCCAACCGATTACATAAG-AACCGGGAGACCAACATCCGTCCCCAAAATACTCTCATTCAATTTTTCAAGAGATG--AGTTAAGGGGCGACAATGCGTGACACCCAGGCAGACGTGCCCTCAGCC-TAACGGCTTAGGGCGCAACTTGCGTTCAAAAACTCGATGGTTCACGGGATTCTGCAATTCACACCAAGTATCGCATTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCAAGATATCCGTTGCCGAGAGTCGTTATAGACTT-CATAAACAGCAAGCTTACATCGAAATCTGTTTCCAGATCGACAAAAACTTACAATTTTGATTAGTTTCCTTGGCGCATTCCGCG-CCGGGGTTCGTTGTTTGCATCGACAACACGGAAACAACCAGACTACATACAAAAAAC-TAGATGTCCAAGTTATCGCTGCTTAGGAAGACGGAAAACCAAAGCCTACCGGCTTCCCATGTTGTTTTAAAAGTTCTCTAGTCGTTCTGTTTGACAGGTTTCGACAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTTTT--GCGAAAAAAACAAGGGTTCA----------GAAAAGGGAGAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAACAA-AAAAAAGTTATAAAAAAA------TAATAATAATAAATAACATAAAACATAATCAATTTGAAAATCAATT------------ATTGTAGTTGTGAAACAATCTAAGGAATAGTCAGTGATCAACCTATTTATTCCATATTTT-TC-GATTTTTTTAATAACTTTTTTAT-CTATTTTTAATTGTTTAATTGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCATTCTACATGTCAATACTGTGACAACAATGAAATTTCTAGTAAGATGAAAATCCGTCGAATTTTTAACGTCTCTAATTCAAAACCGAACATGAAACTTTGGTTTCATTCGGCTCCTTTATGGAAGC--TATATAAATTATTATA--CCTACTAAAACGGGAGCGAAATACAAATTCGACCCATAACATCTATGTTGGCTTTTCT--GTCTGAATGTATTG----AGAGGAATTTGCTTTCTAGATGATCCTTCTAGAAGAGGGA--------GTTACAACAATCTTTCTAGTTTCTTCGTTCTCTATTTTTATTTCATTTCTATTTAAGAAAA-TCCTTAGGAAAAAATATTTGGTTTCTACCGAGCTAAAACAA------TATGTCGCTTCCTC-TAGTAAACCAAAGGTTATCCTTTAATAGCTATTTTGCTTCAATTTATTCTAATTATCTAATATATATATATAT--TTATTCTATAATAAAAAGAAAATACTGAATTGAAGATTTAGTTACGATTAGAAAGATCCTTTTTTGATCTTTATCCATGGATCCTTTTTGCATACTTATTCAATTGGAAATAGTGATCCAATTTTCAAATTATGTTTCGTGATTTGAAAATCAAATTTTT-CAATTTTGAATTGCTTCTTTTCTTTGAAACTCTTTGATACAAATTATGAGAATGTATATTCTTCCTTGAATCTTTGATTGAAAAGGGAAAGGGTTAAATCCTTTTTATTTTTAAAAATAAAGTTTTTGATCGGAAGATTAATTAAACCGAAGGACCCCTTAACTATTAAGGGGATTAATAGAACGAATCACACTTTTA Limnanthes_macounii 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Limnanthes_montana ATACGAGCGTTAACGAGAAACGCTAATAGGTCTATGAGT-TTATGCAC-AAACGAACGGACAACAAGAGCAAGAGGTATCTCAACCACCGCTTGTCGTGGCATTCGTAGCCAGGAACTCAAATTTAGGCCAACCGATTACATAAGCAACCGGGAGACCAACATCCGTCCCCAAAATACTCTCATTCTATTTTTCAAGAAATG--AATTAGGGGACGACGATGCGTGACACCCAGGCAGACGTGCCCTCAGCC-TAACGGCTTGGGGCGCAACTTGCGTTCAAAAACTCGATGGTTCACGGGATTCTGCAATTCACACCAAGTATCGCATTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCAAGATATCCGTTGCCGAGAGTCGTTATAGACTT-CATAAACAGCAAGCTTACATCGAAAGCTGTTTCCAGATCGACGAAAACTTACAATTTTGATTAATTTCCTTGGCGCATTCCGCG-CCGGGGTTCGTTGTTTGCATCGACTACACGGAGACAACTAGTCTACATATGAAGAAC-TAGATGTCCGCGTGATCGCTGCTTAGGAAGTCAGAAAACCAAGGCCTGCCGGCTTCCCATGTTGTTTTACAAGTTCTCTAGTCGTTCTGTTTGACAGGTTTCGACAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTTTT--GCGAAAAAA-CAAGGGTTCA----------GAAAAGGGAGAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAACAAAAAAAAAGTTATAAAAAAA------TAATAATAATAAATAACATAAAACATAATCAATTTGAAAATCAATT------------ATTGTAGTTGTGAAACAATCTAAGGAATAGTCAGTGATCAACCTATTTATTCCATATTTTTTC-GATTTTTTTAATAACTTTTTTAT-CTATTTTTAATTGTTTAATTGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCATTCTACATGTCAATACTGTGACAACAATGAAATTTCTAGTAAGATGAAAATCCGTCGAATTTTTAACGTCTCTAATTCAAAACCGAACATGAAACTTTGGTTTCATTCGGCTCCTTTATGGAAGC--TATATAAATTATTATA--CCTACTAAAACGGGAGCGAAATACAAATTCGACCCATAACATCTATGTTAGCTTTTCT--GTCTGAATGTATTG----AGAGGAATTTGCTTTCTAGATGATCCTTCTAGAAGAGGGA--------GTTACAACAATCTTTCTAGTTTCTTCGTTCTCTATTTTTATTTCATTTCTATTTAAGAAAA-TCCTTAGGAAAAAATATTTGGTTTCTACCGAGCTAAAACAA------TATGTCGCTTCCTC-TAGTAAACCAAAGGTTATCCTTTAATAGCTATTTTGCTTCAATTTATTCTAATTATCTAATATATATATATAT--T----CTATAATAAAAAGAAAAGACTGAATTGAAGATTTAGTTACGATTAGAAATATCCTTTTTTGATCTTTATCCATGGATCCTTTTTGCATACTTATTCAATTGGAAATAGTGATCCAATTTTCAAATTATGTTTCATGATTTGAAAATCAAATTTTT-CAATTTTGAATTGCTTCTTTTCTTTGAAACTCTTTGATACAAATTATGAGAATGTATATTCTTCCTTGAATCTTTGATTGAAAAGGGAAAGGGTTAAATCCTTTTTATTTTTAAAAATAAAGTTTTTGATCGGAAGATTAATTAAACCGAAGGACCCCTTAACTATTAAGGGGATTAATAGAACGAATCACACTTTTA Limnanthes_vinculans ATACGAGCGTTAACGAGAAACGCTAATAGGTCTATGAGT-TTATGCAC-TTACGAACGCACGACAAGAGCAAGAGGTATCTCAACCACCGCTTGTCGAGGCACTCGTAGCCAGGAACTCAAATTTAGGCCAACCGATAACATAAGCAACCGGGAGGCCAACATCCGTCTCCAAAATACTC--ATTCTATTTTTCAAGAGATGATATATAGGGAGCGACGATGCGTGACACCCAGGCAGACGTGCCCTCAGCC-TAACGGCTTGGGGCGCAACTTGCGTTCAAAAACTCGATGGTTCACGGGATTCTGCAATTCACACCAAGTATCGCATTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCAAGATATCCGTTGCCGAGAGTCGTTATAGACTT-CATAAACAGCAAGCTTACATCGAAATCTGTTTCCAGATCGACGAAAACTTACAATTTTGATTAATTTCCTTGGCGCATTCCGCG-CCGGGGTTCGTTGTTTGCATCGATAACACGAACA-AACCAGCCTACATATGCAGAAC-TAGATGTACGCGGTATCGCTGCTTAGGAAGACGGAAAACCAAGGCCTACCGACTTCCCGTGTTGTTTTAAAAGTTCTCTAGTCGTTCTGTTTGACAGGTTTCGACAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTTTT--GCGAAAAAA-CAAGGGTTCA----------GAAAAGGGAGAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAACAA-AAAAAAGTTATAAAAAAAGAATTTTAATAATAATAAATAACATAAAACATAATCAATTTGAAAATCAATTTCAATTATTGTAATTGTAGTTGTGAAACAATCTAAGGAATAGTCAGTGATCAACCTATTTATTCCATATTTT-TCT-ATTTTTTTAATAACTTTTTTAT-ATATTTTTAATTGTTTAATTGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCATTCTACATGTCAATACTGTGACAACAATGAAATTTCTAGTAAGATGAAAATCCGTCGAATTTTTAACGTCTCTAATTCAAAACCGAACATGAAACTTTGGTTTCATTCGGCTCCTTTATGGAAGC--TATATAAATTATTATA--CCTACTAAAACGGGAGCGAAATACAAATTCGACCCATAACATCTATGTTAGCTTTTCT--GTCTGAATGTATTT----AGAGGAATTTGCTTTCTAGATGATCCTTCTAGAAGAGGGA--------GTTACAACAATCTTTCTAGTTTCTTCGTTCTCTATTTTTATTTCATTTCTATTTAAGAAAA-TCCTTAGGAAAAA-TCTTTTGTTTCTACCGAGCTAAAACAA------TATGTCGCTTCCTC-TAGTAAACCAAAGGTTATCCTTTAATAGCTATTTTGCTTCAATTTATTCTAATTATCTAATCTATATATATAT--TTATTCTATAATAAAAAGAAAAGACTGAATTGAAGATTTAGTTACGATTAGAAAGATCCTTTTTTGATCTTTATCCATGGATCCTTTTTGCATACTTATTCAATTGGAAATAGTGATCCAATTTTCAAATTATGTTTCGTGATTTGAAAATCAAATTTTT-CAATTTTGAATTGCTTCTTTTCTTTGAAACTCTTTGATACAAATTATGAGAATGTATATTCTTCCTTGAATCTTTGATTGAAAAGGGAAAGGGTTAAATCCTTTTTATTTTTAAAAATAAAGTTTTTGATCGGAAGATTAATTAAACCGAAGGACCCCTTAACTATTAAGGGGATTAATAGAACGAATCACACTTTTA Limnathes_douglasii_sulphurea ATACGAGCGTTAACGAGCAACGCTAATAGGTCTATGAGT-TTATGCAC-TTACGAACGCACGACAAGAGCAAGAGGTATCTCAACCACCGCTTGTCGAGGCACTCGTAGCCAGGAACTCAAATTTAGGCCAACCGATAACATAAGCAACCGGGAGGCCAACATCCGTCTCCAAAATACTC--ATTCTATTTTTCAAGAGATGGTATATAGGGAGCGACGATGCGTGACACCCAGGCAGACGTGCCCTCAGCC-TAACGGCTTGGGGCGCAACTTGCGTTCAAAAACTCGATGGTTCACGGGATTCTGCAATTCACACCAAGTATCGCATTTCGCTACGTTCTTCATCGATGCGAGAGCCAAGATATCCGTTGCCGAGAGTCGTTATAGACTT-CATAAACAGCAAGCTTACATCGAAATCTGTTTCCAGATCGACGAAAACTTACAATTTTAATTAATTTCCTTGGCGCATTCCGCG-CCGGGGTTCGTTGTTTGCATCGATAACACGAACA-AACCAGCCTACATATGCAGAAC-TAGATGTACGCGGTATCGCTGCTTAGGAAGACGGAAAACCAAGGCCTACCGACTTCCCGTGTTGTTTTAAAAGTTCTCTAGTCGTTCTGTTTGACAGGTTTCGACAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTTTT--GCGAAAAAA-CAAGGGTTCA----------GAAAAGGGAGAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAACAA-AAAAAAGTTATAAAAAAAGAATTTTAATAATAATAAATAACATAAAACATAATCAATTTGAAAATCAATTTCAATTATTGTAATTGTAGTTGTGAAACAATCTAAGGAATAGTCAGTGATCAACCTATTTATTCCATATTTT-TCT-ATTTTTTTAATAACTTTTTTAT------TTTAATTGTTTAATTGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCATTCTACATGTCAATACTGTGACAACAATGAAATTTCTAGTAAGATGAAAATCCGTCGAATTTTTAACGTCTCTAATTCAAAACCGAACATGAAACTTTGGTTTCATTCGGCTCCTTTATGGAAGC--TATATAAATTATTATA--CCTACTAAAACGGGAGCGAAATACAAATTCGACCCATAACATCTATGTTAGCTTTTCT--GTCTGAATGTATTT----AGAGGAATTTGCTTTCTAGATGATCCTTCTAGAAGAGGGA--------GTTACAACAATCTTTCTAGTTTCTTCGTTCTCTATTTTTATTTCATTTCTATTTAAGAAAA-TCCTTAGGAAAAA-TATTTTGTTTCTACCGAGCTAAAACAA------TATGTCGCTTCCTC-TAGTAAACCAAAGGTTATCCTTTAATAGCTATTTTGCTTCAATTTATTCTAATTATCTAATCTATATATATAT--TTATTCTATAATAAAAAGAAAAGACTGAATTGAAGATTTAGTTACGATTAGAAAGATCCTTTTTTGATCTTTATCCATGGATCCTTTTTGCATACTTATTCAATTGGAAATAGTGATCCAATTTTCAAATTATGTTTCGTGATTTGAAAATCAAATTTTT-CAATTTTGAATTGCTTCTTTTCTTTGAAACTCTTTGATACAAATTATGAGAATGTATATTCTTCCTTGAATCTTTGATTGAAAAGGGAAAGGGTTAAATCCTTTTTATTTTTAAAAATAAAGTTTTTGATCGGAAGATTAATTAAACCGAAGGACCCCTTAACTATTAAGGGGATTAATAGAACGAATCACACTTTTA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Limnanthes nrITS trnL trnS-G') = N: 1-1863; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Limnanthes nrITS trnL trnS-G') = N: 1-1863; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10710; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Floerkea_proserpinacoides, 2 Limnanthes_alba_1, 3 Limnanthes_alba_2, 4 Limnanthes_alba_gracilis, 5 Limnanthes_alba_parishii, 6 Limnanthes_alba_versicolor_1, 7 Limnanthes_alba_versicolor_2, 8 Limnanthes_bakeri, 9 Limnanthes_douglasii_CA, 10 Limnanthes_douglasii_Half_Moon_Bay, 11 Limnanthes_douglasii_nivea_1, 12 Limnanthes_douglasii_nivea_2, 13 Limnanthes_douglasii_OR, 14 Limnanthes_douglasii_rosea_1, 15 Limnanthes_douglasii_rosea_2, 16 Limnanthes_douglasii_striata_1, 17 Limnanthes_douglasii_striata_2, 18 Limnanthes_floccosa_bellingeriana_1, 19 Limnanthes_floccosa_bellingeriana_2, 20 Limnanthes_floccosa_californica, 21 Limnanthes_floccosa_floccosa_1, 22 Limnanthes_floccosa_floccosa_2, 23 Limnanthes_floccosa_floccosa_CA, 24 Limnanthes_floccosa_grandiflora_1, 25 Limnanthes_floccosa_grandiflora_2, 26 Limnanthes_floccosa_pumila_1, 27 Limnanthes_floccosa_pumila_2, 28 Limnanthes_macounii, 29 Limnanthes_montana, 30 Limnanthes_vinculans, 31 Limnathes_douglasii_sulphurea; TREE Fig._2 = [&R] ((((((2,7),3,4,5,6),29),((18,19,20,21,22,(24,27),25,26),23)),(8,((9,10,16,31),13,28,((11,12,14,15),17),30))),1); END;