#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 14:36 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Nekoduka S., Tanaka K., Harada Y., & Sano T. 2010. Phylogenetic affinity of Mycochaetophora gentianae, the causal fungus of brown leaf spot on gentian (Gentiana triflora), to Pseudocercosporella-like hyphomycetes in Helotiales. Mycoscience, 51(2): 123-133. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10142] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=58; TAXLABELS Ascocoryne_calichnium Ascocoryne_sarcoides Ascocoryne_turficola Botryosphaeria_ribis Bryoglossum_gracile Bulgaria_inquinans Candida_albicans Cudonia_sp. Cudoniella_clavus_AFTOL Cudoniella_clavus_G68 Dermea_acerina Dothidea_sambuci Dothidea_sp. Fabrella_tsugae Geoglossum_glabrum Geoglossum_umbratile Gremmeniella_abietina Hemiphacidium_longisporum Heyderia_abietis_G10 Heyderia_abietis_Geo13 Holwaya_mucida Hydrocina_chaetocladia Hymenoscyphus_scutula Lachnum_bicolor Lachnum_virgineum Leotia_lubrica Lophodermium_pinastri Loramyces_juncicola Meria_laricis Microglossum_olivaceum Microglossum_rufum Microglossum_sp._NZG100 Mitrula_borealis Mitrula_paludosa Mollisia_cinerea Monilinia_fructicola Monilinia_laxa Mycochaetophora_gentianae_K18 Mycochaetophora_gentianae_MAFF_239231 Neobulgaria_pura Neofabraea_alba Neofabraea_malicorticis Neolecta_irregularis Ombrophila_violacea Orbilia_auricolor Orbilia_delicatula Peziza_phyllogena Peziza_varia Phialocephala_fortinii Rhexocercosporidium_carotae.AF487897 Rhytisma_sp. Saccharomyces_cerevisiae Scleromitrula_shiraiana Sclerotinia_sclerotiorum Spathularia_flavida Trichoglossum_hirsutum Vibrissea_flavovirens Vibrissea_truncorum ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Helgardia_aestiva_AY266145 Helgardia_anguioides_AY266144 Hydrocina_chaetocladia_AY789413 Mollisia_cinerea_AY259135 Mycochaetophora_sp._MAFF_239231 Mycochaetophora_sp._MAFF_239284 Mycochaetophora_sp._MAFF_239285 Mycochaetophora_sp._MAFF_241067_J4 Mycochaetophora_sp._MAFF_241068_K18 Oculimacula_acuformis_AY266146 Oculimacula_yallundae_AY266169 Pyrenopeziza_brassicae_AJ305235 Pyrenopeziza_brassicae_AJ305236 Rhexo_carotae_AF487894 Rhexo_carotae_AF487895 Rhexo_carotae_DQ526377 Rhexo_carotae_DQ526378 Rhexo_panacis_DQ249992 Rhexo_panacis_DQ249993 Rhexo_panacis_DQ249994 Rhexo_panacis_DQ249995 Rhexo_panacis_DQ275614 Rhyncho_orthosporum_AY140669 Rhyncho_secalis_AF384677 Rhyncho_secalis_AF384678 Rhyncho_secalis_AF384679 Rhyncho_secalis_AF384681 Rhyncho_secalis_AF384682 Scleromitrula_shiraiana_AY789408 Sclerotinia_sclerotiorum_AF455526 Thedgonia_ligustrina_EU040242 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4633] TITLE 'ITS+5.8SrDNA'; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=520; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Helgardia_aestiva_AY266145 AATCCTGGGGG-CCACCCTACTTCGGTAAGG--TTTAGAGTCGTCGGGCCTCTCGGAGAAGCCTGGTCCAGACC-TCCACCCTTGAATAAATTACCTTTGTTGCTTTGGCAGGGCGCCTC---GCGCCAGCGGCTTCG-GCTGTTGAGTACCTGCCAGAGGACC--ACAACTCTTGTTTTTAGTGATGTCTGAGTACTATATAATAGTTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTATAACCACTCAAGCTCTC-GCTTGGTATTGGGGTT-CGCGTCTTCG----CGGCCTCTAAAATCAGTGGCGGTGCCTGTCGGCTCTACGCGTAGTAATACTC-CTCGCGATTGAGTCCGGTAGGTTTACTTGCCAGCAACCCCCAATTTTTTA Helgardia_anguioides_AY266144 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Candida_albicans AATTCTAGAGCTAATACATGCTTAAAATCCCGAC-TGTTTGGAAGGGATGTATTTATTAGATAAAAAATCAATGCC-TTCGGG--CTCTTTGATGATTCATAATAACTTTTCGAATCGCATGGCCTTGTGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGATTCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATACAGGGCCCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATGTAAATACCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTTTGGGCTTGGCTGGCCGGTCC-ATCTTTTTCGATGCGTGGA-CCAGCCGAGCCTTTCCTTCTGG-------TA-GCCATT---T-------ATGGCGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATATATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTATGGTTCTATTGTGTTGGTTTCTAGGACCATCGTAATGATTAATAGGGACGGTCGGGGGTATCAGTATTCAGATGTCGAAGGTGAAATTCTTGGATTTACTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTACCAAGGACGTTTTCATTAATCA-AGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGATGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGTTGTTGTTCTTTTATTGACGCAATCGGCACCTTACGAGAAAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCTCAGTAGCGGCGAGTGAAGCGGCAAAAGCTCAAATTTGAAATCTGGC-GTCT-TTGGCGTCCGAGTTGTAATTTGAAGAAGGTATCTTTGGGCCCGGCTCTTGTCTATGTTCCTTGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTGCGATGAGATG-ACCCGGGTCTGTGTAAAGTTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACAGTGATGGAAAGATGAAAAGAACTTTGAAAAGAGAGTGAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGGGCTTGAGATCAGACTTGGTATTTTGCATGCTGCTCTC----TCGGGGGCGGCCGCTGCGGTTT-ACCGGGCCAGCATCGGTTGGAGCGGCAGGATAA-TGGCGGAGGAATGTGGCACGGCTT--CTGCTGTGTGTTATAGCC-TCTGAC-GATGCTGCCAGCCTAGACCGAGGACTGCG--GTTTTTAACCTAGGATGTTGGCATAATGATCTTAAGTCGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACGTCTATGCGAGTGTTTGGGTGTAAAACCCGTACGCGTAATGAAAGTGAACGAAGGTGGGGGCCCATTA--GGGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTGTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAA-CGAACCATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAATATGAATTGCAGATATTCGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCGGAGGGCATGCCTGTTTGAGCGTCG Cudonia_sp. 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Cudoniella_clavus_AFTOL 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Cudoniella_clavus_G68 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Dermea_acerina 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Dothidea_sambuci 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Dothidea_sp. 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Fabrella_tsugae 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Geoglossum_glabrum 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Geoglossum_umbratile 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Gremmeniella_abietina 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Hemiphacidium_longisporum 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Heyderia_abietis_G10 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Hymenoscyphus_scutula 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Lachnum_bicolor 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Lachnum_virgineum AATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGAC--TTC-GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGG-CTCCTTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAAT-AGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT-CCGGCCGGGTCTTTCCTTCTAGGGAACCTCATGCCTTTCATTAGGTGTGCTGGGGAACTAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCTTTTTGACTCGCTCGGCACCTTACGAGAA----------------------------------CC-ACAGGGATTACCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGTAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGC--TCTTTTAGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAAGATG-CTTTGGGTGTGGCCCTGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGTGACTAGGTGCCTTCGCCCGTGTAAAGCTCTTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGACTTAGTTGCTGCCGATCATCCAGGGTTCTC-CCTGGTGCACTCGGTAGTA-TCTAGGCCAGCATCGGTTTGGGTGGTGGGATAAAGGCCTTGGGAATGTAGCTTCTTTC----GGGGAGTGTTATAGCCCTCGGTGCAATGCCGCCTACCCGGACCGAGGACCGCGC--TTC--GGCT-AGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCCACCCGTCTTGAAACACAGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTATTTGGGTGTTAAACCCATATGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGAGAACCCTTAA--GGGTGCATCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTAAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA Leotia_lubrica 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Lophodermium_pinastri 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Loramyces_juncicola 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Meria_laricis AATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGAC--TTC-GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGG-CTCCCTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCGACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGTCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGAT-CCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGGGAGCCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATGAAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGTGTCAGTATTCCCGTGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTTCGGGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCACCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCTTTTTGACTCGCTCGGCACCTCACGAGAA---------------------------------------------------------------------------------------------GGC--CCTTTTAGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAAGATG-TTTCGGGTGTGGCACCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAA?CCCGTATGTGA?TGGCTGCCTACGCCTATGTGAAACTCTTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGACTTGGGCCTAGGCGATCATGTAGGGTTCTC-CCTGCTGCACTCGTCTAGG-CACAGGCCAGCATCGGTTCTGGTGGTGGGATAAAGGCCCTGGGAATGTGGCCCCTCTC----GGGGGGTGTTATAGCCCAGGGTGCAATGCCGCCTACCGGGACCGAGGACCGCGC--TTC--GGCT-AGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAACCCATACGCGTAATGAAAGTGAACGCTGGTGAGAACCCTTAA--GGGTGCATCATCGACCGATCTTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGCGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA Microglossum_olivaceum 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Microglossum_sp._NZG100 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Mitrula_borealis 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Mitrula_paludosa 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Mollisia_cinerea 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Monilinia_fructicola 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Peziza_phyllogena 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Spathularia_flavida AATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGAC--TTT-GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGG-CTCCCTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGTTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT-CCGACCGGGCCTTTCCTTCTAGGGAGCCGCATGCCCTTCATTGGGTGTGTCGGGGAACTAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGTGTCAGTATTGCGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACCGCAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCACCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCAGGCGATGTTATCTTTTTGACTCGCTTGGCACCTTACGAGAAAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCACCAGGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAAGCTGGC--CCTTTCAGGGTCCGCGTTGTAATTTGTAGAGGATG-CTTCGGGCGCGGCGCTGGTCTAAGTTCTTTGGAACAAGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGTGACTAGCTGCCTGTGCCTGTGTGAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTGTACTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGACTTGCGCGGCGTCGATCAGCCTGGGTTCTC-CCTGGTGCACTCGGCGCTG-CTCAGGCCAGCATCAGTTTCAGCGGTTGGATAAAGGCCTAGGGAACGTGGGTTACTTC----GGTGACTGTTATAGCCCTAGGTGCAATGCAGCCTGTTGGGACTGAGGACCGCGC--TTC--GGCT-AGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTTTTTGGGTGTCAAACCCATAAGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGAGAACCCTTAA--GGGTGCATCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGATCTATACTTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTCTGGTATTCCAGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA Trichoglossum_hirsutum AATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAGCCCCGAC--TTC-TGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAGCCAATGCCCTTCGGGG-CTCCTTGGTGATTCATGATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTAGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT-CCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGCTAGCCACATGCCCTTAATTGGGTGTGTTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTAATTTTATGACTCGCTCGGCACCTTACGAGAAAACTTAAGCATATCATTAAGCGGAGGAAAAGAAACCA-CAGGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGTGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTAGT-CTCTTTC-GGGCTCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGTCTTCGGGTTTGGCCCTGGCCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTATGTGGCTGGTGGTCTATACCCATGTGAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAGTTTCATCTAAAGCTAAATACTGGCGGGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCGACCAGACTTGCCCTCAGTTGATCAACCTAGTGTCATCACTGGTGCACTCTGCTGAG-GTCAGGCCAGCATCGGTTTGGGCGGTTGGAGAAAGGCCGTGGGAATGTGACTTCCTTC----GGGGAGTGTTATAGCCCATGGTGTCATGCGACCAGCCTGGACTGAGGACCGCGCCTTTAGTGGCT-AGGATGCTGGCATAATGGTCGTAAGCGACCCGTCTTGAA-CACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCCAGTGTTTGGGTGTCAAACCCACACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCCTCAA--GGGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCCCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGGTATTCCGAGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA Vibrissea_flavovirens AATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGAC--TTC-GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGG-CTCCTTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGTGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATTGTAGAATAGTGGTCTACAATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGTTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT-CCGACCGGGTCTTTCCTTCTGAGGAGCCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTCGGGGAATCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCTTTTTGACTCGCTCGGCACCTTACGAGAAAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAAGCTGCC-----AACAG-G-CCGCATTGTAATTTGTAGAGGATG-CTTTGGGGGTTGGCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGTGACCGGT-GCTAGCACCCGTGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTATATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGACTTGCGGGCGGTTGATCATCCGAGGTTCTC-CCCGGTGCACTCGATCGTC-CTCAGGCCAGCATCGGTTTCGGTGGTGGGATAAAGGCCTTGGGAATGTGGCTCCTT-C-----GGGAGTGTTATAGCCCTCGGTGCAATGCCGCCTACCGGGACCGAGGACCGCGC--TTC--GGCT-AGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCCAGTGTGTGGGTGTCAAACCCATACGCGGAATGAAAGTGAACGGAGGTAAGAACCCTTTA--GGGCGCATTATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGCGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTGTGGTATTCCGCAGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA Vibrissea_truncorum AATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCAAC--TTC-GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGG-CTCCTTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGTGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATTGTAGAATAGTGGTCTACAATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGTTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT-CCGACCGGGTCTTTCCTTCTGAGGAGCCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTCGGGGAATCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCTTTTTGACTCGCTCGGCACCTTACGAGAA-----AAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTACCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGTAACAGCTCAAATTTGAAAGCTGCC-----AACAG-G-CCGCATTGTAATTTGTAGAGGATG-CTTTGGGGGTTGGCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGTGCCCGGT-GCCCGCCCCCGTGTAAAGCTCCTTCAACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTATATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGACTTGCAGGCGGTCGATCATCCGGGGTTCTC-CCCGGTGCACTCGGCCGTC-TTCAGGCCAGCATCAGTTTCGGTGGTGGGATAAAGGCCTTGGGAATGTAGCTTCTT-C-----GGGAGTGTTATAGCCCTCGGTGCAATGCCGCCTACCGGGACTGAGGACCGCGC--TTC--GGCT-AGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAACCCATACGCGGAATGAAAGTGAACGGAGGTAAGAACCCTTTA--GGGCGCATTATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGCGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTCGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGGTGGTATTCCGCCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = '18S+ITS+28SrDNA') = N: 1-2006; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = '18S+ITS+28SrDNA') = N: 1-2006; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10743; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Scleromitrula_shiraiana_AY789408, 2 Sclerotinia_sclerotiorum_AF455526, 3 Thedgonia_ligustrina_EU040242, 4 Hydrocina_chaetocladia_AY789413, 5 Mycochaetophora_sp._MAFF_241067_J4, 6 Mycochaetophora_sp._MAFF_241068_K18, 7 Mycochaetophora_sp._MAFF_239231, 8 Mycochaetophora_sp._MAFF_239284, 9 Mycochaetophora_sp._MAFF_239285, 10 Oculimacula_yallundae_AY266169, 11 Helgardia_aestiva_AY266145, 12 Helgardia_anguioides_AY266144, 13 Oculimacula_acuformis_AY266146, 14 Rhyncho_secalis_AF384677, 15 Rhyncho_secalis_AF384678, 16 Rhyncho_secalis_AF384679, 17 Rhyncho_secalis_AF384681, 18 Rhyncho_secalis_AF384682, 19 Rhyncho_orthosporum_AY140669, 20 Rhexo_carotae_AF487895, 21 Rhexo_carotae_AF487894, 22 Rhexo_panacis_DQ249992, 23 Rhexo_panacis_DQ249993, 24 Rhexo_panacis_DQ249994, 25 Rhexo_panacis_DQ249995, 26 Rhexo_carotae_DQ526377, 27 Rhexo_carotae_DQ526378, 28 Rhexo_panacis_DQ275614, 29 Pyrenopeziza_brassicae_AJ305235, 30 Pyrenopeziza_brassicae_AJ305236, 31 Mollisia_cinerea_AY259135; TREE Fig._5 = [&R] (31,(4,(3,(((((24,(28,(22,(23,25)))),(20,(21,(26,27)))),((5,6),(9,(7,8)))),(29,30)),((19,(12,(11,(10,13)))),(15,(14,(16,(17,18)))))))),(1,2)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb10742; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Neobulgaria_pura, 2 Neofabraea_alba, 3 Neofabraea_malicorticis, 4 Neolecta_irregularis, 5 Ombrophila_violacea, 6 Orbilia_auricolor, 7 Orbilia_delicatula, 8 Peziza_phyllogena, 9 Peziza_varia, 10 Phialocephala_fortinii, 11 Rhexocercosporidium_carotae.AF487897, 12 Rhytisma_sp., 13 Ascocoryne_calichnium, 14 Ascocoryne_sarcoides, 15 Ascocoryne_turficola, 16 Botryosphaeria_ribis, 17 Bryoglossum_gracile, 18 Bulgaria_inquinans, 19 Candida_albicans, 20 Cudonia_sp., 21 Cudoniella_clavus_AFTOL, 22 Cudoniella_clavus_G68, 23 Dermea_acerina, 24 Dothidea_sambuci, 25 Dothidea_sp., 26 Fabrella_tsugae, 27 Geoglossum_glabrum, 28 Geoglossum_umbratile, 29 Gremmeniella_abietina, 30 Hemiphacidium_longisporum, 31 Heyderia_abietis_G10, 32 Heyderia_abietis_Geo13, 33 Holwaya_mucida, 34 Hydrocina_chaetocladia, 35 Hymenoscyphus_scutula, 36 Lachnum_bicolor, 37 Lachnum_virgineum, 38 Leotia_lubrica, 39 Lophodermium_pinastri, 40 Loramyces_juncicola, 41 Meria_laricis, 42 Microglossum_olivaceum, 43 Microglossum_rufum, 44 Microglossum_sp._NZG100, 45 Mitrula_borealis, 46 Mitrula_paludosa, 47 Saccharomyces_cerevisiae, 48 Scleromitrula_shiraiana, 49 Sclerotinia_sclerotiorum, 50 Spathularia_flavida, 51 Trichoglossum_hirsutum, 52 Vibrissea_flavovirens, 53 Vibrissea_truncorum, 54 Mollisia_cinerea, 55 Monilinia_fructicola, 56 Monilinia_laxa, 57 Mycochaetophora_gentianae_K18, 58 Mycochaetophora_gentianae_MAFF_239231; TREE Fig._4 = [&R] (4,((((((18,(((((34,(((((17,(1,(15,(13,14)))),(35,(5,(21,22)))),(36,37)),((40,54),(10,(52,53)))),(29,(45,46)))),(11,(58,57))),(23,(2,3))),((48,(49,(55,56))),((31,32),(30,(26,41))))),(33,(44,(42,(38,43)))))),((20,50),(39,12))),(16,(24,25))),(51,(27,28))),(6,7)),(8,9)),(19,47)); END;