#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 13:48 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Tanaka K., Hirayama K., Yonezawa H., Hatakeyama S., Harada Y., Sano T., Shirouzu T., & Hosoya T. 2009. Molecular taxonomy of bambusicolous fungi: Tetraplosphaeriaceae, a new pleosporalean family with Tetraploa-like anamorphs. Studies in Mycology, 64: 175-209. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10161] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=92; TAXLABELS Arthopyrenia_salicis Astrosphaeriella_aggregata_KT767 Astrosphaeriella_aggregata_KT984 Astrosphaeriella_stellata_KT998 Bimuria_novae_zelandiae Botryosphaeria_dothidea Byssothecium_circinans Cochliobolus_heterostrophus Cucurbitaria_elongata Curreya_pityophila Delitschia_didyma Delitschia_winteri Didymella_cucurbitacearum Didymella_exigua Dothidea_insculpta Herpotrichia_juniperi Kalmusia_scabrispora_KT1023 Kalmusia_scabrispora_KT2202 Katumotoa_bambisicola_KT1517 Lepidosphaeria_nicotiae Leptosphaeria_maculans Letendraea_helminthicola Lophiostoma_macrostomum_KT635 Lophiostoma_macrostomum_KT709 Lophostoma_heterosporum Massaria_platani Massarina_arundinariae_KT1034 Massarina_arundinariae_KT2200 Massarina_arundinariae_KT856 Massarina_eburnea_HC3953 Montagnula_opulenta Neotestudina_rosatii Neottiosporina_paspali Ophiosphaerella_herpotricha Ophiosphaerella_sasicola_KT1706 Phaeodothis_winteri Phaeosphaeria_avenaria Phaeosphaeria_brevispora_KT1466 Phaeosphaeria_brevispora_KT2313 Phaeosphaeria_sp_KT2564 Phoma_herbarum Pleomassaria_siparia Pleospora_herbarum Polyplosphaeria_fusca_KT1043 Polyplosphaeria_fusca_KT1616 Polyplosphaeria_fusca_KT1640 Polyplosphaeria_fusca_KT1686 Polyplosphaeria_fusca_KT2124 Preussia_terricola Pseudotetraploa_curvi_HC4930 Pseudotetraploa_curvi_HC4932 Pseudotetraploa_curvi_KT2558 Pseudotetraploa_javanica_HC4934 Pseudotetraploa_longi_HC4933 Quadricrura_bicornis_yone153 Quadricrura_meridionalis_KT2607 Quadricrura_septentrio_HC4983 Quadricrura_septentrio_HC4984 Quadricrura_septentrio_KT920 Quadricrura_septentrio_yone176 Quadricrura_septentrio_yone179 Quadricrura_septentrio_yone44 Roussoella_hysterioides_HH26988 Roussoella_hysterioides_KT1651 Roussoella_pustulans_KT1709 Roussoella_sp_KT2303 Roussoellopsis_sp_KT1710 Roussoellopsis_tosaensis_KT1659 Setomelanomma_holmii Setosphaeria_monoceras Spencermartinsia_viticola Sporornia_lignicola Tetraploa_aristata_CBS996_70 Tetraploa_sp_KT1684 Tetraploa_sp_KT2578 Tetraplosphaeria_nagasaki_KT1682 Tetraplosphaeria_sasicola_KT563 Tetraplosphaeria_yakushi_KT1906 Trematosphaeria_pertusa Triplosphaeria_acuta_KT1170 Triplosphaeria_cylindrica_KT1256 Triplosphaeria_cylindrica_KT1800 Triplosphaeria_cylindrica_KT2550 Triplosphaeria_maxima_KT870 Triplosphaeria_sp_HC4665 Triplosphaeria_sp_KT2546 Triplosphaeria_yezoensis_KT1715 Triplosphaeria_yezoensis_KT1732 Ulospora_bilgramii Verruculina_enalia Versicolorisporium_trisept_SH130 Zopfia_rhizophila ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Massarina_arundinariae_KT2200 Massarina_arundinariae_KT856 Polyplosphaeria_fusca_KT1043 Polyplosphaeria_fusca_KT1616 Polyplosphaeria_fusca_KT1640 Polyplosphaeria_fusca_KT2124 Pseudotetraploa_curvi_HC4930 Pseudotetraploa_curvi_HC4932 Pseudotetraploa_curvi_KT2558 Pseudotetraploa_javanica_HC4934 Pseudotetraploa_longi_HC4933 Quadricrura_bicornis_yone153 Quadricrura_meridionalis_KT2607 Quadricrura_septentrio_HC4983 Quadricrura_septentrio_HC4984 Quadricrura_septentrio_KT920 Quadricrura_septentrio_yone176 Quadricrura_septentrio_yone179 Quadricrura_septentrio_yone44 Tetraploa_aristata_CBS996_70 Tetraplosphaeria_nagasaki_KT1682 Tetraplosphaeria_sasicola_KT563 Tetraplosphaeria_yakushi_KT1906 Triplosphaeria_acuta_KT1170 Triplosphaeria_cylindrica_KT1800 Triplosphaeria_cylindrica_KT2550 Triplosphaeria_maxima_KT870 Triplosphaeria_sp_HC4665 Triplosphaeria_sp_KT2546 Triplosphaeria_yezoensis_KT1715 Triplosphaeria_yezoensis_KT1732 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4492] TITLE family; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1293; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Pseudotetraploa_longi_HC4933 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Bimuria_novae_zelandiae 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Botryosphaeria_dothidea 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Byssothecium_circinans 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Cochliobolus_heterostrophus 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Cucurbitaria_elongata 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Curreya_pityophila 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Delitschia_didyma 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Delitschia_winteri 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Didymella_cucurbitacearum GATAGTACCTTACTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTGAAAACCCCGACTTCGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAACGCCCTTCGGGCTTCTTGGTGATTCATGATAACTTCACGGATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGGCAAATTACCCAATCCGACAGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATCAGGGTTTTTGGGTCTGTAATTGAATGAGTACAATTTAAACCTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAGCTCGTAGTTGACTTGGGCCTGGTGCGTCCGCCTCACCGCGTGTACTTGTCCGGCCGGGCCTTCCTTCTGGAGAACCTCATGCCCTTCACTGGGTGTGTTGGGGACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGCACAGCTCAAATTGAAATCTGGGGCGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGGCGCTTTGGCATTGGCAGCGGTCCAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTACGTGGTCGCTAGCCTTTACCGTGTAAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGCCTGTAGTTGCTCATCCGGGTTTCTACCCGGTGCACTCTTCTATAGGCAGGCCAGCATCAGTTTGGGCGGTTGGATAAAGGTCTCTGTCATGTACCTCCTTTCGGGAGATTTATAGGGGAGACACATGCAACCAGCCTGGACTGAGGTCCGCGCATTGCTAGGATGCTGGCGTAATGGCTGTAGCGGCCGTCTTGAAACACGGACCGTTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAGCCCGAACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCTGGGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTAGCTGGTTCCCGAAGTTTCCCTCAGGATGCAGTACGTTTTCAGTTTTATGAGGAAAGCGAATGATAGAGGCCGGGGGTTGAAACAACCTTCACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTTGTTACTTGATTGAACGTGGCAGTTGAATGTATCGTTCTAGTGGGCCATTTTTGGT Didymella_exigua 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Dothidea_insculpta 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Herpotrichia_juniperi GATAGTACCTTACCACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTCGGAAGGGGTGTGTTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGCTCTTTGGTGATTCATGATAACCTAACGGATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGGCAAATTACCCAATCCGACAGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATTAGGGTTTTTGGGTCTGTAATTGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAGCTCGTAGTTGACTTGGGTCTGGTGCGTCCGCCTCACCGCGTGCACTTGTCCGGCTGGACCTTCCTTCTGGAGAACCTCATGCCCTTCACTGGGTGTGTTGGGGACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGATCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGCATAGCTCAAATTGAAATCTGGCGGGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGGCGCTTTGGTGTCGGCAGCAGCCTAAGTTCCTTGGAACAGGTCATCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGTGGCTGCTTGTCTTCACCGTGTAAAGCCCCTTCGATGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTCAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACGTGCCCGTAGTTGCTCATCTGGGGTTTTCCCCAGTGCACTCTTCTATAGGCAGGCCAGCATCAGTTCGGGCGGTTGGAGAAAGACCTGTGTCACGTAGCTCTCTTCGGGAGTGTTATAGGGCAGGTGAATGCAACCAGCCTGAACTGAGGTCCGCGCATTGCTAGGATGCTGGCGTAATGGCTGTAGCGGCCGTCTTGAAACACGGACCGTTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAGCCCGAGCGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCCGGGCGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTAGCTGGTTCCCGAAGTTTCCCTCAGGATGCAGTACGTTTTCAGTTTTATGAGGAAAGCGAATGATAGAGGCCGGGGGTTGAAACAACCTTCACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTTGTTTCTTAATTGAACGTGGCATTTGAATGTATCGTTCTAGTGGGCCATTTTTGGT Kalmusia_scabrispora_KT1023 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Kalmusia_scabrispora_KT2202 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Katumotoa_bambisicola_KT1517 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Lepidosphaeria_nicotiae 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Leptosphaeria_maculans 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Letendraea_helminthicola 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Lophiostoma_macrostomum_KT709 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Lophostoma_heterosporum 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Massaria_platani 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Massarina_arundinariae_KT1034 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Massarina_arundinariae_KT2200 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Massarina_arundinariae_KT856 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Massarina_eburnea_HC3953 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Sporornia_lignicola 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Triplosphaeria_yezoensis_KT1732 GATAGTACCTAACTACTTGGATATCCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTCGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCCTCGGGCTCCTTGGTGATTCATGATAACTTAACGGATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGGCAAATTACCCAATCCGACAGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATCAGGGTTTTTGGGTCTGTAATCGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAGCTCGTAGTTGACTTGGGCCTGGTGCGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTCCTTCTGGAGAGCCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTCGGGGACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGCACAGCTCAAATTGAAATCTGGTGGGCCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGGTGCTTTGGCGTTGGCCCCGGCCTAAGTCCCTTGGAACAGGGCGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTACGTGGCCGACCGCCTTCGCCGTGTAAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTCAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGCCTGTAGTTGCTCATCCGGGCTCCTGCCCGGTGCACTCTTCTGCTGGCAGGCCAGCATCAGTTTGGGCGGCCGGATAAAGGCCTCGGGAACGTAGCTCCCCTCGGGAGTGTATAGCCCGGGGCTCATGCGGCCAGCCTGGACTGAGGTCCGCGCATTGCTAGGATGCTGGCGTAATGGCTGTAGCGGCCGTCTTGAAACACGGACCGTTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAGCCCGGGCGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCCGGGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTAGCTGGTTCCCGAAGTTTCCCTCAGGATGCAGTACGTTTTCAGTTTTATGAGGAAAGCGAATGATAGAGGCCGGGGGTTGAAACAACCTTCACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTTGTTACTTAATTGAACGTGGCATTTGAATGCACCGTTCTAGTGGGCCATTTTTGGT Ulospora_bilgramii 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Verruculina_enalia GATAGTACCTTACTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTCGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGCTCTTTGGTGATTCATGATAACTTAACGGATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGGCAAATTACCCAATCCGACAGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATCAGGGTTTTTGGGTCTGTAATCGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAGCTCGTAGTTGACTTGGGCCTGGTGCGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGTCCGGCCGGGCCTTCCTTCTGGAGAGCCTCATGCCCTTTACTGGGTGTGTAGGGGACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGCACAGCTCAAATTGAAATCTGGCGGGCCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGGCGCTTTGGTGTTGGCCCCGGCCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAACCCCGTACGTGGCCGGCGGCCTTCGCTGTGTAAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTCAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGCCTGTAGTTGCTCACCTGGGCTCTTGCCCAGCGCACTCTTCTGCGGGCAGGCCAGCATCAGTTCAAGCGGTCGGACAAAAGCCCTAGGAATGTGGCTCCTTCCGGGAGTGTATAGCCTAGGGCTAATGCGGCCAGCTTGGACTGAGGTCCGCGCATTGCTAGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAGCGGCCGTCTTGAAACACGGACCGTTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAGCCCGAGCGCGAAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCCGGGCGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTAGCTGGTTCCCGAAGTTTCCCTCAGGATGCAGTACGTTTTCAGTTTTATGAGGAAAGCGAATGATAGAGGCAGGGGGTTGAAACAACCTTCACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTTGTTACTTGATTGAACGTGGCATTTGAATGTACCGTTCTAGTGGGCCATTTTTGGT Versicolorisporium_trisept_SH130 GATAGTACCTTACTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTCGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGCTCTTTGGTGATTCATGATAACTTAACGGATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGAGATTAGGGTTTGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGGCAAATTACCCAATCCGACAGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATCAGGGTTTTTGGGTCTGTAATCGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAGCTCGTAGTTGACTTGGGCCTGGTGCGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTCCTTCTGGTGAGCCTCATGCCCTTCACTGGGTGTGTTGGGGACCAGGACTTTTACTGTGAACAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGCACAGCTCAAATTGAAATCTGGCGGGCCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGGTGCTTTGGCGTTGGCAGCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTACGTGGCCGCCGGACTCCGCCGTGTAAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTCAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGCCCGCAGTTGCTCACCCTAGCCACGGCTCGGGGCACTCTTCTGCGGGCAGGCCAGCATCAGTTCAGGCGGCCGGACAAAGACCTCTATCACGTATCTTCCTTCGGGTGACTTATAGGGGAGGTTAATGCGGCCAGCCTGGATTGAGGTCCGCGCATAGCTAGGATGCTGGCGTAATGGCTGTAGCGGCCGTCTTGAAACACGGACCGTTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAGCCCGGGCGCGCAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCCGGGCGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGTTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTAGCTGGTTCCCGAAGTTTCCCTCAGGATGCAGTACGTTTTCAGTTTTATGAGGAAAGCGAATGATAGAGGCCGGGGGTTGAAACAACCTTCACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTTGTTACTTAATTGAACGTGGCATTTGAATGTACCGTTCTAGTGGGCCATTTTTGGT Zopfia_rhizophila GATAGTACCTTACTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTTGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGCTCTTTGGTGATTCATGATAACTTAACGGATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGGCAAATTACCCAATCCGACAGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATCAGGGTTTTTGGGTCTGTAATTGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAGCTCGTAGTTGACTTGGGCCTGGTGCGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTCCTTCTGGAGAGCCGCATGCCCTTTACTGGGCGTGTTGGGGACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTTGCTCGAATACGTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTCGGTCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGCACAGCTCAAATTGAAATCTGGCGGGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGGAGCTTCGGCGTCGGCGTCGGCCTAAGTTCTTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAACCCCGTACGTGGCCGTCAGCCTTTGCCGTGTGAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATAGCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTCAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGTCTGCGGTTGTTCATCCGGGCCCACGCCCGGTGCACTCGTCCGCAGGCAGGCCAGCATCAGTTCGGGCGGTCGGATAAAGGCCCCGGGAATGTAGCTCTCTTCGGGAGTGTATAGCCCGGGGTCAATGCGGCCAGCCTGGACTGAGGTCCGCGCTTGGCTAGGATGCTGGCGTAATGGCCGCAGCGGCCGTCTTGAAACACGGACCGTTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAACCCGGACGCGCAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCCGGGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTAGCTGGTTCCCGAAGTTTCCCTCAGGATGCAGTACGTATTCAGTTTTATGAGGAAAGCGAATGATAGAGGCCGGGGGTTGAAACAACCTTCACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTTGTTACTTTGTTGAACGTGGCATTTGAATGTACCGTTCTAGTGGGCCATTTTTGGT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Order) = N: 1-1878; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Order) = N: 1-1878; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10782; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Massarina_arundinariae_KT856, 2 Massarina_arundinariae_KT2200, 3 Polyplosphaeria_fusca_KT1043, 4 Polyplosphaeria_fusca_KT1640, 5 Polyplosphaeria_fusca_KT1616, 6 Polyplosphaeria_fusca_KT2124, 7 Quadricrura_bicornis_yone153, 8 Quadricrura_meridionalis_KT2607, 9 Quadricrura_septentrio_HC4983, 10 Quadricrura_septentrio_HC4984, 11 Quadricrura_septentrio_KT920, 12 Quadricrura_septentrio_yone176, 13 Quadricrura_septentrio_yone179, 14 Quadricrura_septentrio_yone44, 15 Triplosphaeria_acuta_KT1170, 16 Triplosphaeria_yezoensis_KT1715, 17 Triplosphaeria_yezoensis_KT1732, 18 Triplosphaeria_cylindrica_KT1800, 19 Triplosphaeria_cylindrica_KT2550, 20 Triplosphaeria_maxima_KT870, 21 Triplosphaeria_sp_HC4665, 22 Triplosphaeria_sp_KT2546, 23 Pseudotetraploa_curvi_HC4930, 24 Pseudotetraploa_curvi_HC4932, 25 Pseudotetraploa_curvi_KT2558, 26 Pseudotetraploa_javanica_HC4934, 27 Pseudotetraploa_longi_HC4933, 28 Tetraploa_aristata_CBS996_70, 29 Tetraplosphaeria_yakushi_KT1906, 30 Tetraplosphaeria_sasicola_KT563, 31 Tetraplosphaeria_nagasaki_KT1682; TREE maj_rule = [&R] ((1,2),((((((3,4),(5,6)),((7,8),(9,11,(12,13,14),10))),((((15,(16,17)),(18,19)),(21,22)),20)),(((23,(24,25)),26),27)),(((28,29),30),31))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb10783; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Curreya_pityophila, 2 Delitschia_didyma, 3 Delitschia_winteri, 4 Didymella_cucurbitacearum, 5 Didymella_exigua, 6 Herpotrichia_juniperi, 7 Lepidosphaeria_nicotiae, 8 Leptosphaeria_maculans, 9 Letendraea_helminthicola, 10 Lophostoma_heterosporum, 11 Massaria_platani, 12 Montagnula_opulenta, 13 Neotestudina_rosatii, 14 Neottiosporina_paspali, 15 Ophiosphaerella_herpotricha, 16 Phaeodothis_winteri, 17 Phaeosphaeria_avenaria, 18 Phoma_herbarum, 19 Pleomassaria_siparia, 20 Pleospora_herbarum, 21 Preussia_terricola, 22 Setomelanomma_holmii, 23 Setosphaeria_monoceras, 24 Sporornia_lignicola, 25 Trematosphaeria_pertusa, 26 Ulospora_bilgramii, 27 Verruculina_enalia, 28 Zopfia_rhizophila, 29 Botryosphaeria_dothidea, 30 Spencermartinsia_viticola, 31 Dothidea_insculpta, 32 Astrosphaeriella_aggregata_KT767, 33 Astrosphaeriella_aggregata_KT984, 34 Astrosphaeriella_stellata_KT998, 35 Kalmusia_scabrispora_KT1023, 36 Kalmusia_scabrispora_KT2202, 37 Katumotoa_bambisicola_KT1517, 38 Massarina_arundinariae_KT856, 39 Massarina_arundinariae_KT2200, 40 Massarina_arundinariae_KT1034, 41 Ophiosphaerella_sasicola_KT1706, 42 Phaeosphaeria_brevispora_KT1466, 43 Phaeosphaeria_brevispora_KT2313, 44 Phaeosphaeria_sp_KT2564, 45 Polyplosphaeria_fusca_KT1043, 46 Polyplosphaeria_fusca_KT1616, 47 Polyplosphaeria_fusca_KT1640, 48 Polyplosphaeria_fusca_KT1686, 49 Polyplosphaeria_fusca_KT2124, 50 Pseudotetraploa_curvi_HC4930, 51 Pseudotetraploa_curvi_HC4932, 52 Pseudotetraploa_curvi_KT2558, 53 Pseudotetraploa_javanica_HC4934, 54 Pseudotetraploa_longi_HC4933, 55 Quadricrura_bicornis_yone153, 56 Quadricrura_meridionalis_KT2607, 57 Quadricrura_septentrio_HC4983, 58 Quadricrura_septentrio_HC4984, 59 Quadricrura_septentrio_KT920, 60 Quadricrura_septentrio_yone44, 61 Quadricrura_septentrio_yone176, 62 Quadricrura_septentrio_yone179, 63 Roussoella_hysterioides_KT1651, 64 Roussoella_hysterioides_HH26988, 65 Roussoella_pustulans_KT1709, 66 Roussoella_sp_KT2303, 67 Roussoellopsis_tosaensis_KT1659, 68 Roussoellopsis_sp_KT1710, 69 Tetraploa_aristata_CBS996_70, 70 Tetraploa_sp_KT1684, 71 Tetraploa_sp_KT2578, 72 Tetraplosphaeria_nagasaki_KT1682, 73 Tetraplosphaeria_sasicola_KT563, 74 Tetraplosphaeria_yakushi_KT1906, 75 Triplosphaeria_acuta_KT1170, 76 Triplosphaeria_cylindrica_KT1256, 77 Triplosphaeria_cylindrica_KT1800, 78 Triplosphaeria_cylindrica_KT2550, 79 Triplosphaeria_maxima_KT870, 80 Triplosphaeria_yezoensis_KT1715, 81 Triplosphaeria_yezoensis_KT1732, 82 Triplosphaeria_sp_HC4665, 83 Triplosphaeria_sp_KT2546, 84 Versicolorisporium_trisept_SH130, 85 Massarina_eburnea_HC3953, 86 Lophiostoma_macrostomum_KT635, 87 Lophiostoma_macrostomum_KT709, 88 Arthopyrenia_salicis, 89 Bimuria_novae_zelandiae, 90 Byssothecium_circinans, 91 Cochliobolus_heterostrophus, 92 Cucurbitaria_elongata; TREE strict = [&R] (31,(((((((90,(((1,(9,(12,(16,((42,43),(89,(35,36))))))),(85,14)),(11,(37,41)))),((44,(8,((5,(4,18)),(92,(22,(15,17)))))),(20,(91,23)))),((21,24),(10,(86,87)))),(19,(6,25))),(84,(88,(68,((65,(66,67)),(63,64)))))),(((34,(33,32)),(39,(40,38))),((27,(7,(26,13))),((((54,(53,(52,(51,50)))),(72,71)),((73,70),(74,69))),((46,(49,(48,(47,45)))),(((58,(57,(61,(62,(60,59))))),(56,55)),((83,82),(79,(78,(81,(77,(80,(76,75))))))))))))),(28,(2,3))),(29,30)); END;