#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 29, 2024; 9:56 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Brown R., & Yang Z. 2010. Bayesian Dating of Shallow Phylogenies with a Relaxed Clock. Systematic Biology, 59(2): 119-131. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10165] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=16; TAXLABELS Chalcides_coeruleopunctatus_E2806.20 Chalcides_coeruleopunctatus_E2806.22 Chalcides_manueli_E2506.1 Chalcides_mionecton_mionecton_E2506.10 Chalcides_mionecton_mionecton_E2506.12 Chalcides_mionecton_trifasciatus_E2506.18 Chalcides_polylepis_E14124.1 Chalcides_polylepis_E14124.2 Chalcides_polylepis_E2506.21 Chalcides_sexlineatus_bistriatus_E2806.6 Chalcides_sexlineatus_sexlineatus_E2806.8 Chalcides_simonyi_E3007.2 Chalcides_sphenopsiformis_E8121.26 Chalcides_sphenopsiformis_E8121.27 Chalcides_viridanus_E2806.10 Chalcides_viridanus_E2806.14 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=25; TAXLABELS Ammotragus_lervia Budorcas_taxicolor Capra_aegagrus Capra_caucasica Capra_cylindricornis Capra_falconeri Capra_hircus Capra_ibex Capra_nubiana Capra_sibirica Capric_crispus Capricornis_sumatrensis Hemitragus_jemlahicus Myotragus_balearicus Naemorhedus_caudatus Oreamnos_americanus Ovibos_moschatus Ovis_ammon Ovis_aries Ovis_dalli Pantholops_hodgsoni Pseudois_nayaur Pseudois_schaeferi Rupicapr_pyrenaica Rupicapr_rupicapra ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=10; TAXLABELS Laudakia_caucasia_AF028681 Laudakia_caucasia_AF028682 Laudakia_caucasia_AF028683 Laudakia_caucasia_AF028684 Laudakia_caucasia_AF028685 Laudakia_caucasia_AF028686 Laudakia_caucasia_AF028687 Laudakia_erythrogastra_AF028679 Laudakia_erythrogastra_AF028680 Laudakia_microlepis_AF028678 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4259] TITLE 'Lalueza-Fox 2005 Caprinae'; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1128; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Ammotragus_lervia 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Budorcas_taxicolor 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Capra_aegagrus 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Capra_caucasica 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Capra_cylindricornis 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Capra_falconeri 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Capra_hircus 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Capra_ibex 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Capra_nubiana 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Capra_sibirica 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Capric_crispus 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Capricornis_sumatrensis 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Hemitragus_jemlahicus 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Myotragus_balearicus 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Naemorhedus_caudatus 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Oreamnos_americanus 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Ovibos_moschatus 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Ovis_ammon 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Ovis_aries 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Ovis_dalli 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Pantholops_hodgsoni 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Pseudois_nayaur 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Pseudois_schaeferi 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Rupicapr_pyrenaica 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AACAACCAAAAAAGATAGCCACTAATGTTATGTCCGTTCAGCACAGTTCGACTAGGATTGTTTGGCATCGGCTGTTACACCGAGGTATTATATCCAGCGCTTGTTCCAGATAAGGCCCCCGAGAGTGGTGCCATGACACTTATTAACTTATCCCCATCCGGATGCTTGTGTTTATTCGTTTCTAACCATCCCTCCTCATGGATAAGGTTGATACAGCCTTTTGTATATGGGTAAGCATAAACGATGTTTTTTTTCCCTTGATTCCAAATCATTATCTCATTCAACAATCATAATTAAAAAACATAACCACATACACCAACTACCCAACATCCACCACGAACACTCCCGCAACTTCTCCCTAACCCCAACTCAACACCTTAAATTTAAACCACCAAGGCTTGGCCCTAAACATAGACAACAAAATACAATGTTGTCCGCCAGAGAACTACAAGCGAAAAACTCAAAACTCTAAGGACTTGGCGGTGCTCCACACCAGCCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATACCCCACGTTAAACCTTACCACCTTTGGCCCTCAGCCTATATACCGCCGTCGCCAGCATACCTTGTGAAAGAAACAGCAGTATGCACAATAGTTATTAACTAACACGTCAGGTCAAGGTGTAGCACATGAGGTGGAAGAGATGGGCTACATTTTCTACCACAGAACAGACGAAAGACGCAATGAAACATGCACCTGAAGGCGGATTTAGCAGTAAGACAAACAAGAAATGCTATCTTAAACTCGCTCTGGAGCGCGCAGCCTTTAGCAAAACAAGTATTAAAGGTCCCGCCTGCCCAGTGATATATTAAACGGCCGCGGTATTCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTCTAAATAAAGACTAGTATGAACGGCTAAATGAGGACAAACCTGTCTCTTATAACTAATCAGTGAAACTGATCTCCCAGTCCAAAAGCTGGGATACCCCCATAAGACGAGAAGACCCTGTGGAGCTTCAAACTAATCACTAACAAGCACATCAAGCTGTTAATAGTGTACAGTTTTGAGTTGGGGCGACTTCGGAACAAAACAAAACTTCCAAGCATAGAACCACAAGTTCCAACCAAGGCCTACAAGCCAAAGTCCATAAAACTGACCCAGTAATACTGATCAACGAACCAAGTTACCCCAGGGATAACAGCGCTATCTTCTTCAAGAGTCCATATCGACAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAG Chalcides_viridanus_E2806.10 ACCAACCAAAAAAGATGGCCGCTAATGTTATGTCCGATCAGCACAGCTCGACTAGGATTGTTTGGCATCGGCTGTCACAACGAGGTATTATATCCAGCGCTTGTTCTAGATAAGGACCCCGAGAGTGGTGCCATGACACTTATTAACTTATCCCCATCCGGATGCTTGTGTTTATTCGTTTCTAACCATCCCTCCTCATGGATAAGGTTGATACAGCCTTTTGTATATGGGTAAGCATAAACGATGTTTTTTTTCCCTTGATTCCAAAACCCTACCTCATTCAACAATCCCAACTAAATAGCATAACCAAACACGCCAACTCCATAACACCCATCATCGACACTTCTGAAATCCTCCGCTAGATCCCACTCAACATCCATTAAATAAACTTCCTAAGCTTAGCCCTAAACACAGACAATAAAACACAATATTGTCCGCCAGAGAACTACAAGCGAAAAGCTCAAAACTCCAAGGACTTGGCGGTGCTCCACATCACCCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATACTCCACGTTAGACCTTACCATCCTTAGCCCTCAGCCTATATACCGCCGTCGCCAGCATACCTTGTGAAAGGCACAACAGTATGCACAACAGTTACCAACTAATACGTCAGGTCAAGGTGTAGCACATAAGATGGAAGAGATGGGCTACATTTTCTGCCACAGAACAAACGAAAGGCGCAATGAAACATGCACCCGAAGGCGGATTTAGCAGTAAGACAGACAAGAAATGCTATCTTAAAACCGCTCTGGAGCGCGCAGCCTTTAGCCCAGCAAGTATTAAAGGTCCCGCCTGCCCAGTGATATATTAAACGGCCGCGGTATTCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCCTCTAAATAAGGACTAGTATGAATGGCTAAATGAGGACAAACCTGTCTCCTATAACTAATCAGTGAAACTGATCTCCCAGTCCAAAAGCTGGGATATTACCATAAGACGAGAAGACCCTGTGGAGCTTCAAACTAAACACTAATAAACACATCCAAGCGTCAATAGTGTACAGTTTTAAGTTGGGGCGACTTCGGAACAAAACAAAACTTCCAAGCACGGAACCACAAATTCCAACGGAGGCCCACGAGCCAAGGTTTATAAAACTGACCCAGTAGTACTGATCAACGAACCAAGTTACCCCAGGGATAACAGCGCTATCTTCTTCAAGAGTCCATATCGACAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCACTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAG Chalcides_viridanus_E2806.14 ACCAACCAAAAAAGATAGCCGCTAATGTTATGTCCGATCAGCACAGCTCGACTAGGATTGTTTGGCATCGGCTGTCACAACGAGGTATTATATCCAGCGCTTGTTCTAGATAAGGACCCCGAGAGTGGTGCCATGACACTTATTAACTTATCCCCATCCGGATGCTTGTGTTTATTCGTTTCTAACCATCCCTCCTCATGGATAAGGTTGATACAGCCTTTTGTATATGGGTAAGCATAAACGATGTTTTTTTTCCCTTGATTCCAAAACTCTACCTCATTCAACCATTCCAACTAAATAGCATAACCAAACACGCCAACTCCATAACACCCATCACGGACACTTCTGAAATCCTCCGCTAGATCCCACTCAACATCTGTTAAATAAACTTCTTAAGCTTAGCCCTAAACACAGACAATAAAACACAATATTGTCCGCCAGAGAACTACAAGCGAAAAGCTCAAAACTCCAAGGACTTGGCGGTGCTCCACATCAGCCTAGAGGAGCCTGTCCTATAATCGATACTCCACGTTAGACCTTACCATCCTTAGCCCTCAGCCTATATACCGCCGTCGCCAGCATACCTTGTGAAAGGCACAACAGTATGCACAACAGTTACCAACTAATACGTCAGGTCAAGGTGTAGCACATAAGATGGAAGAGATGGGCTACATTTTCTGCCACAGAACAAACGAAAGGCGCAATGAAACATGCACCCGAAGGCGGATTTAGCAGTAAGACAGACAAGAAATGCTATCTTAAAACCGCTCTGGAGCGCGCAGCCTTTAGCCCAGCAAGTATTAAAGGTCCCGCCTGCCCAGTGATATATTAAACGGCCGCGGTATTCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCCTCTAAATAAGGACTAGTATGAATGGCTAAATGAGGACAAACCTGTCTCCTATAACTAATCAGTGAAACTGATCCCCCAGTCCAAAAGCTGGGATATTACCATAAGACGAGAAGACCCTGTGGAGCTTCAAACTAACCACTAATAAACACATCCAAGCGTCAATAGTGTACAGTTTTAAGTTGGGGCGACTTCGGAACAAAACAAAACTTCCAAGCACGGAACCACAAATTCCAACGAAGGCCCACGAGCCAAGGTTTATAAAACTGACCCAGTAGTACTGATCAACGAACCAAGTTACCCCAGGGATAACAGCGCTATCTTCTTCAAGAGTCCATATCGACAAGAAGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACACCCAAATGGTGCAGCCACTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACAG ; END; BEGIN SETS; CHARSET Cytb3 (CHARACTERS = Carranza_2008_Chalcides) = 265-396; CHARSET 12SrRNA (CHARACTERS = Carranza_2008_Chalcides) = 397-780; CHARSET 16SrRNA (CHARACTERS = Carranza_2008_Chalcides) = 781-1305; CHARSET Cytb1 (CHARACTERS = Carranza_2008_Chalcides) = 1-132; CHARSET Cytb2 (CHARACTERS = Carranza_2008_Chalcides) = 133-264; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Carranza_2008_Chalcides) = N: 1-1305; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Carranza_2008_Chalcides) = N: 1-1305; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10792; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Pantholops_hodgsoni, 2 Myotragus_balearicus, 3 Naemorhedus_caudatus, 4 Capra_hircus, 5 Capra_aegagrus, 6 Pseudois_nayaur, 7 Pseudois_schaeferi, 8 Ovis_ammon, 9 Capra_nubiana, 10 Capra_caucasica, 11 Capra_cylindricornis, 12 Capra_falconeri, 13 Capra_ibex, 14 Capra_sibirica, 15 Hemitragus_jemlahicus, 16 Ammotragus_lervia, 17 Ovis_aries, 18 Ovis_dalli, 19 Rupicapr_pyrenaica, 20 Rupicapr_rupicapra, 21 Capric_crispus, 22 Oreamnos_americanus, 23 Ovibos_moschatus, 24 Budorcas_taxicolor, 25 Capricornis_sumatrensis; TREE Fig._3b = [&R] (1,((25,(23,(3,21))),((22,(2,(18,(17,8)))),((16,(19,20)),(24,((7,6),(14,(15,(13,(9,((11,10),(12,(5,4))))))))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb10793; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Chalcides_manueli_E2506.1, 2 Chalcides_polylepis_E14124.1, 3 Chalcides_polylepis_E2506.21, 4 Chalcides_polylepis_E14124.2, 5 Chalcides_mionecton_mionecton_E2506.10, 6 Chalcides_mionecton_mionecton_E2506.12, 7 Chalcides_mionecton_trifasciatus_E2506.18, 8 Chalcides_simonyi_E3007.2, 9 Chalcides_sphenopsiformis_E8121.26, 10 Chalcides_sphenopsiformis_E8121.27, 11 Chalcides_sexlineatus_bistriatus_E2806.6, 12 Chalcides_sexlineatus_sexlineatus_E2806.8, 13 Chalcides_viridanus_E2806.14, 14 Chalcides_viridanus_E2806.10, 15 Chalcides_coeruleopunctatus_E2806.20, 16 Chalcides_coeruleopunctatus_E2806.22; TREE Fig._3c = [&R] ((9,10),(((14,13),((11,12),(16,15))),(8,((7,(6,5)),(1,(2,(4,3))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb10791; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Laudakia_microlepis_AF028678, 2 Laudakia_erythrogastra_AF028679, 3 Laudakia_erythrogastra_AF028680, 4 Laudakia_caucasia_AF028681, 5 Laudakia_caucasia_AF028682, 6 Laudakia_caucasia_AF028683, 7 Laudakia_caucasia_AF028684, 8 Laudakia_caucasia_AF028685, 9 Laudakia_caucasia_AF028686, 10 Laudakia_caucasia_AF028687; TREE Fig._3a = [&R] (1,((2,3),(((4,(5,6)),(7,8)),(9,10)))); END;