#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 14:07 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ross K., Gotzek D., Ascunce M., & Shoemaker D. 2010. Species delimitation: A case study in a problematic ant taxon. Systematic Biology, 59(2): 162-184. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10178] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=88; TAXLABELS Solenopsis_geminata_gem02M1 Solenopsis_geminata_gem02M2 Solenopsis_invicta_14H Solenopsis_invicta_14N Solenopsis_invicta_14d Solenopsis_invicta_14r Solenopsis_invicta_14t Solenopsis_invicta_14u Solenopsis_invicta_B21 Solenopsis_invicta_B25 Solenopsis_invicta_B30 Solenopsis_invicta_B5 Solenopsis_invicta_Pu49 Solenopsis_invicta_Pu50 Solenopsis_richteri_Pu11k Solenopsis_richteri_Pu11n Solenopsis_richteri_Pu12a Solenopsis_richteri_Pu13b Solenopsis_richteri_Pu13d Solenopsis_richteri_Pu13k Solenopsis_richteri_Pu77 Solenopsis_richteri_Pu82 Solenopsis_richteri_Pu91 Solenopsis_richteri_Pu94 Solenopsis_richteri_R19R Solenopsis_richteri_R40R Solenopsis_saevissima_G82 Solenopsis_saevissima_O1 Solenopsis_saevissima_O10 Solenopsis_saevissima_O11 Solenopsis_saevissima_O12 Solenopsis_saevissima_O13 Solenopsis_saevissima_O14 Solenopsis_saevissima_O2 Solenopsis_saevissima_O3 Solenopsis_saevissima_O4 Solenopsis_saevissima_O5 Solenopsis_saevissima_O6 Solenopsis_saevissima_O7 Solenopsis_saevissima_O8 Solenopsis_saevissima_O9 Solenopsis_saevissima_Pi87 Solenopsis_saevissima_W1 Solenopsis_saevissima_W11 Solenopsis_saevissima_W14 Solenopsis_saevissima_W16 Solenopsis_saevissima_W17 Solenopsis_saevissima_W18 Solenopsis_saevissima_W2 Solenopsis_saevissima_W22 Solenopsis_saevissima_W3 Solenopsis_saevissima_W31 Solenopsis_saevissima_W32 Solenopsis_saevissima_W36 Solenopsis_saevissima_W37 Solenopsis_saevissima_W39 Solenopsis_saevissima_W4 Solenopsis_saevissima_W40 Solenopsis_saevissima_W42 Solenopsis_saevissima_W43 Solenopsis_saevissima_W44 Solenopsis_saevissima_W46 Solenopsis_saevissima_W47 Solenopsis_saevissima_W48 Solenopsis_saevissima_W49 Solenopsis_saevissima_W5 Solenopsis_saevissima_W50 Solenopsis_saevissima_W51 Solenopsis_saevissima_W53 Solenopsis_saevissima_W54 Solenopsis_saevissima_W56 Solenopsis_saevissima_W57 Solenopsis_saevissima_W58 Solenopsis_saevissima_W60 Solenopsis_saevissima_W67 Solenopsis_saevissima_W68 Solenopsis_saevissima_W70 Solenopsis_saevissima_W72 Solenopsis_saevissima_W73 Solenopsis_saevissima_W74 Solenopsis_saevissima_W75 Solenopsis_saevissima_W84 Solenopsis_saevissima_W85 Solenopsis_saevissima_W86 Solenopsis_saevissima_W9 Solenopsis_saevissima_WL16 Solenopsis_saevissima_WL29 Solenopsis_saevissima_WL39 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=94; TAXLABELS Solenopsis_geminata_gemM1 Solenopsis_geminata_gemM2 Solenopsis_invicta_B21 Solenopsis_invicta_B25 Solenopsis_invicta_B30 Solenopsis_invicta_B5 Solenopsis_invicta_Pu14H Solenopsis_invicta_Pu14N Solenopsis_invicta_Pu14d Solenopsis_invicta_Pu14r Solenopsis_invicta_Pu14t Solenopsis_invicta_Pu14u Solenopsis_invicta_Pu49 Solenopsis_invicta_Pu50 Solenopsis_richteri_Pu11k Solenopsis_richteri_Pu11n Solenopsis_richteri_Pu12a Solenopsis_richteri_Pu13b Solenopsis_richteri_Pu13d Solenopsis_richteri_Pu13k Solenopsis_richteri_Pu77 Solenopsis_richteri_Pu82 Solenopsis_richteri_Pu91 Solenopsis_richteri_Pu94 Solenopsis_richteri_R19R Solenopsis_richteri_R40R Solenopsis_saevissima_G82 Solenopsis_saevissima_O1 Solenopsis_saevissima_O10 Solenopsis_saevissima_O11 Solenopsis_saevissima_O12 Solenopsis_saevissima_O13 Solenopsis_saevissima_O14 Solenopsis_saevissima_O2 Solenopsis_saevissima_O3 Solenopsis_saevissima_O4 Solenopsis_saevissima_O5 Solenopsis_saevissima_O6 Solenopsis_saevissima_O7 Solenopsis_saevissima_O8 Solenopsis_saevissima_O9 Solenopsis_saevissima_Pi87 Solenopsis_saevissima_W1 Solenopsis_saevissima_W11 Solenopsis_saevissima_W14 Solenopsis_saevissima_W16 Solenopsis_saevissima_W17 Solenopsis_saevissima_W18 Solenopsis_saevissima_W2 Solenopsis_saevissima_W22 Solenopsis_saevissima_W3 Solenopsis_saevissima_W31 Solenopsis_saevissima_W32 Solenopsis_saevissima_W36 Solenopsis_saevissima_W37 Solenopsis_saevissima_W39 Solenopsis_saevissima_W4 Solenopsis_saevissima_W40 Solenopsis_saevissima_W42 Solenopsis_saevissima_W43 Solenopsis_saevissima_W44 Solenopsis_saevissima_W46 Solenopsis_saevissima_W47 Solenopsis_saevissima_W48 Solenopsis_saevissima_W49 Solenopsis_saevissima_W5 Solenopsis_saevissima_W50 Solenopsis_saevissima_W51 Solenopsis_saevissima_W53 Solenopsis_saevissima_W54 Solenopsis_saevissima_W56 Solenopsis_saevissima_W57 Solenopsis_saevissima_W58 Solenopsis_saevissima_W60 Solenopsis_saevissima_W67 Solenopsis_saevissima_W68 Solenopsis_saevissima_W70 Solenopsis_saevissima_W72 Solenopsis_saevissima_W73 Solenopsis_saevissima_W74 Solenopsis_saevissima_W75 Solenopsis_saevissima_W84 Solenopsis_saevissima_W85 Solenopsis_saevissima_W86 Solenopsis_saevissima_W9 Solenopsis_saevissima_WL11 Solenopsis_saevissima_WL12 Solenopsis_saevissima_WL15 Solenopsis_saevissima_WL16 Solenopsis_saevissima_WL20 Solenopsis_saevissima_WL27 Solenopsis_saevissima_WL29 Solenopsis_saevissima_WL36 Solenopsis_saevissima_WL4 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4523] TITLE Solenopsis_Dps_nrDNA_distances; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1; FORMAT DATATYPE=Standard SYMBOLS= "0 1" MISSING=? GAP= -; MATRIX Solenopsis_geminata_gemM1 ? Solenopsis_geminata_gemM2 ? Solenopsis_invicta_B21 ? Solenopsis_invicta_B25 ? Solenopsis_invicta_B30 ? Solenopsis_invicta_B5 ? Solenopsis_invicta_Pu14H ? Solenopsis_invicta_Pu14N ? Solenopsis_invicta_Pu14d ? Solenopsis_invicta_Pu14r ? Solenopsis_invicta_Pu14t ? Solenopsis_invicta_Pu14u ? Solenopsis_invicta_Pu49 ? Solenopsis_invicta_Pu50 ? Solenopsis_richteri_Pu11k ? Solenopsis_richteri_Pu11n ? Solenopsis_richteri_Pu12a ? Solenopsis_richteri_Pu13b ? Solenopsis_richteri_Pu13d ? Solenopsis_richteri_Pu13k ? Solenopsis_richteri_Pu77 ? Solenopsis_richteri_Pu82 ? Solenopsis_richteri_Pu91 ? Solenopsis_richteri_Pu94 ? Solenopsis_richteri_R19R ? Solenopsis_richteri_R40R ? Solenopsis_saevissima_G82 ? Solenopsis_saevissima_O1 ? 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4273] TITLE Solenopsis_mtDNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=910; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Solenopsis_geminata_gem02M1 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------------------TTATTATAAATGAAAGGGGGAAAAAAGAAACCTTCGGGTCTTTAGGGATAATTTATGCCATAATTGCTATTGGATTTTTAGGATTTATTGTTTGAGCTCATCACATATTTACTATTGGCCTTGACGTTGATACACGAGCCTACTTTACTTCAGCAACTATAATTATTGCTATTCCTACAGGAATCAAAATCTTTAGATGAATTTCCACCCTCCACGGCATAAAAATCAACGATAACCCCACTCTCTGATGATCTATAGGATTTATTTTTTTATTCACTATAGGAGGATTAACGGGAATTATACTTTCTAACTCATCTATTGATATCATCCTTCACGATACATACTATGTTGTAGCTCACTTTCATTATGTTTTATCAATAGGAGCAGTATTCGCCATTATCGCTAGATTTATCCATTGATTTCCATTAATCTCAGGTTACTCTATAAATAATTTTTATTTAAATATTCAATTTTTATCTATATTTATTGGCGTAAATTTAACATTCTTCCCCCAACATTTCTTAGGTCTTAGAGGCATGCCACGACGTTATTCAGATTATCCCGATACATTCTTAGGATGAAATATTATCTCATCAATTGGATCCCTAATCTCTATTTTAAGACTCACAATTATAATATTTATTATTTGAGAAGCACTCTCCTCTAAACGAAAAATTATTAATATATTTTTCGTAAATTCTTCCGTAGAATGACAAAATTCTTATCCCCCCCTAAATCATAGATATAATGGAATTCCATCAATTTATTTAATATGGCAGATTAGTGCAATGGATTTAAATTCCTTATATAAAGAAATCAACTCTTTTATTAAAAATTAATACATGATTAATCA--------------------------------------- Solenopsis_saevissima_WL29 TCGGCCTAATCTCTCATATTATTATAAATGAAAGGGGGAAAAAAGAAACCTTCGGGTCTTTAGGGATAATTTATGCCATAATTGCTATTGGATTTTTAGGATTTATTGTTTGAGCTCATCACATATTTACTATTGGCCTTGACGTTGATACACGAGCCTACTTTACTTCAGCAACTATAATTATTGCTATTCCTACAGGAATCAAAATCTTTAGATGAATTTCCACCCTCCACGGCATAAAAATCAACGATAACCCCACTCTCTGATGATCTATAGGATTTATTTTTTTATTCACTATAGGAGGATTAACGGGAATTATACTTTCTAACTCATCTATTGATATCATCCTTCACGATACATACTATGTTGTAGCTCACTTTCATTATGTTTTATCAATAGGAGCGGTATTCGCCATTATCGCTAGATTTATCCATTGATTTCCATTAACCTCAGGTTACTCTATAAATAATTTTTATTTAAATATTCAATTTTTATCTATATTTATTGGCGTAAATTTAACATTCTTCCCCCAACATTTCTTAGGTCTTAGAGGCATGCCACGACGTTATTCAGATTATCCCGATACATTCTTAGGATGAAATATTATCTCATCAATTGGATCCCTAATCTCTATTTTAAGACTCACAATTATAATATTTATTATTTGAGAAGCACTCTCCTCTAAACGAAAAATTATTAATATATTTTTCCTAAATTCTTCCCTAGAATGACAAAATTCTTATCCCCCCCTAGATCATAGATATAATGAAATTCCATCAATTTATTTAATATGGCAGATTAGTGCAATGGATTTAAATTCCTTATATAAAGAAATCAACTCTTTTATTAAAAATTAATACATGATTAATCA--------------------------------------- Solenopsis_saevissima_WL39 TCGGCCTAATCTCTCATATTATTATAAATGAAAGGGGGAAAAAAGAAACCTTCGGGTCTTTAGGGATAATTTATGCCATAATTGCTATTGGATTTTTAGGATTTATTGTTTGAGCTCATCACATATTTACTATTGGCCTTGACGTTGATACACGAGCCTACTTTACTTCAGCAACTATAATTATTGCTATTCCTACAGGAATCAAAATCTTTAGATGAATTTCCACCCTCCACGGCATAAAAATCAACGATAACCCCACTCTCTGATGATCTATAGGATTTATTTTTTTATTCACTATAGGAGGATTAACGGGAATTATACTTTCTAACTCATCTATTGATATCATCCTTCACGATACATACTATGTTGTAGCTCACTTTCATTATGTTTTATCAATAGGAGCAGTATTCGCCATTATCGCTAGATTTATCCATTGATTTCCATTAATCTCAGGTTACTCTATAAATAATTTTTATTTAAATATTCAATTTTTATCTATATTTATTGGCGTAAATTTAACATTCTTCCCCCAACATTTCTTAGGTCTTAGAGGCATGCCACGACGTTATTCAGATTATCCCGATACATTCTTAGGATGAAATATTATCTCATCAATTGGATCCCTAATCTCTATTTTAAGACTCACAATTATAATATTTATTATTTGAGAAGCACTCTCCTCTAAACGAAAAATTATTAATATATTTTTCCTAAATTCTTCCCTAGAATGACAAAATTCTTATCCCCCCCTAAATCATAGATATAATGAAATTCCATCAATTTATTTAATATGGCAGATTAGTGCAATGGATTTAAATTCCTTATATAAAGAAATCAACTCTTTTATTAAAAATTAATACATGATTAATCA--------------------------------------- ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Solenopsis_mtDNA) = N: 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31 Solenopsis_saevissima_Pi87, 32 Solenopsis_saevissima_G82, 33 Solenopsis_saevissima_W16, 34 Solenopsis_saevissima_W14, 35 Solenopsis_saevissima_W9, 36 Solenopsis_saevissima_W11, 37 Solenopsis_saevissima_W18, 38 Solenopsis_saevissima_W17, 39 Solenopsis_saevissima_WL20, 40 Solenopsis_saevissima_WL27, 41 Solenopsis_saevissima_WL16, 42 Solenopsis_saevissima_WL29, 43 Solenopsis_saevissima_WL4, 44 Solenopsis_saevissima_WL11, 45 Solenopsis_saevissima_WL15, 46 Solenopsis_saevissima_WL12, 47 Solenopsis_saevissima_WL36, 48 Solenopsis_saevissima_W47, 49 Solenopsis_saevissima_W46, 50 Solenopsis_saevissima_W48, 51 Solenopsis_saevissima_W50, 52 Solenopsis_saevissima_W49, 53 Solenopsis_saevissima_W44, 54 Solenopsis_saevissima_W67, 55 Solenopsis_saevissima_W68, 56 Solenopsis_saevissima_W56, 57 Solenopsis_saevissima_W54, 58 Solenopsis_saevissima_W58, 59 Solenopsis_saevissima_W57, 60 Solenopsis_saevissima_W70, 61 Solenopsis_saevissima_W72, 62 Solenopsis_saevissima_W53, 63 Solenopsis_saevissima_W36, 64 Solenopsis_saevissima_W37, 65 Solenopsis_saevissima_W32, 66 Solenopsis_saevissima_W31, 67 Solenopsis_saevissima_W60, 68 Solenopsis_saevissima_W39, 69 Solenopsis_saevissima_W43, 70 Solenopsis_saevissima_W42, 71 Solenopsis_saevissima_W40, 72 Solenopsis_saevissima_W51, 73 Solenopsis_saevissima_W86, 74 Solenopsis_saevissima_W74, 75 Solenopsis_saevissima_W75, 76 Solenopsis_saevissima_O11, 77 Solenopsis_saevissima_W84, 78 Solenopsis_saevissima_O13, 79 Solenopsis_saevissima_O14, 80 Solenopsis_saevissima_O12, 81 Solenopsis_saevissima_W85, 82 Solenopsis_saevissima_O10, 83 Solenopsis_saevissima_O5, 84 Solenopsis_saevissima_O4, 85 Solenopsis_saevissima_O3, 86 Solenopsis_saevissima_O6, 87 Solenopsis_saevissima_O8, 88 Solenopsis_saevissima_O7, 89 Solenopsis_saevissima_O1, 90 Solenopsis_saevissima_O2, 91 Solenopsis_saevissima_O9, 92 Solenopsis_saevissima_W73, 93 Solenopsis_geminata_gemM2, 94 Solenopsis_geminata_gemM1; TREE Fig._3 = [&R] ((1,(((((2,3),4),5),6),(((((((7,8),((9,10),11)),12),((((((13,14),15),16),17),(18,19)),((20,((21,22),23)),24))),(25,((((26,27),28),29),30))),(31,32)),((((33,34),(35,36)),(37,38)),((((((((39,40),41),42),43),((44,45),(46,47))),(48,49)),((50,(51,52)),53)),(((((54,55),(((56,57),58),59)),(60,61)),(62,((((63,(64,(65,66))),67),(68,((69,70),71))),72))),((((((((73,74),75),76),77),((78,79),80)),81),82),(((((83,84),85),(86,((87,88),(89,90)))),91),92)))))))),93,94); END; BEGIN TREES; TITLE Tb10829; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Solenopsis_saevissima_O1, 2 Solenopsis_saevissima_O2, 3 Solenopsis_saevissima_O3, 4 Solenopsis_saevissima_O4, 5 Solenopsis_saevissima_O5, 6 Solenopsis_saevissima_O6, 7 Solenopsis_saevissima_O7, 8 Solenopsis_saevissima_O8, 9 Solenopsis_saevissima_O9, 10 Solenopsis_saevissima_O10, 11 Solenopsis_saevissima_O11, 12 Solenopsis_saevissima_O12, 13 Solenopsis_saevissima_O13, 14 Solenopsis_saevissima_O14, 15 Solenopsis_saevissima_G82, 16 Solenopsis_saevissima_Pi87, 17 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Solenopsis_richteri_Pu13k, 85 Solenopsis_richteri_R19R, 86 Solenopsis_richteri_R40R, 87 Solenopsis_geminata_gem02M1, 88 Solenopsis_geminata_gem02M2; TREE Fig._5 = [&R] ((87,88),(28,(((((66,(80,((79,83),(84,(81,82))))),(78,((76,((75,85),(77,86))),((71,(69,70)),(73,(72,74)))))),((((65,(63,64)),(67,68)),((17,(18,25)),(21,(19,20)))),((7,8),((43,54),(50,52))))),(((22,23),(24,(((9,(55,(13,14))),(57,(10,11))),(58,(12,(56,59)))))),((15,16),(((38,39),(61,(60,62))),(((36,(37,40)),(41,42)),((47,48),((45,(44,46)),(53,(51,(((29,31),(30,49)),(32,(35,(33,34))))))))))))),(26,(27,((4,5),((2,6),(1,3)))))))); END;