#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 4:51 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Samain M., Wanke S., & Goetghebeur P. 2010. Unraveling extensive paraphyly in the genus Hydrangea s.l. with implications for the systematics of tribe Hydrangeeae. Systematic Botany, 35(3): 593-600. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10194] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=72; TAXLABELS Broussaisa_arguta_257 Cardiandra_moellendorffii_227 Carpenteria_californica_268 Decumaria_barbara_169 Decumaria_barbara_90 Deinanthe_bifida_12 Deinanthe_caerulea_225 Deinanthe_caerulea_226 Deinanthe_caerulea_230 Dichroa_febrifuga_37 Dichroa_hirsuta_138 Dichroa_hirsuta_171 Dichroa_versicolor_180 Dichroa_yunnanensis_181 Hydrangea_angustipetala_141 Hydrangea_angustipetala_203 Hydrangea_angustipetala_214 Hydrangea_anomala_191 Hydrangea_anomala_20 Hydrangea_anomala_44 Hydrangea_anomala_petiolaris_143 Hydrangea_anomala_petiolaris_145 Hydrangea_arborescens_186 Hydrangea_arborescens_187 Hydrangea_arborescens_189 Hydrangea_arborescens_84 Hydrangea_arborescens_radiata_231 Hydrangea_aspera_204 Hydrangea_aspera_40 Hydrangea_chinensis_formosana_148 Hydrangea_chinensis_formosana_149 Hydrangea_chungii_248 Hydrangea_glabripes_194 Hydrangea_heteromalla_87 Hydrangea_hirta_26 Hydrangea_hirta_x_scandens_201 Hydrangea_indochinensis_207 Hydrangea_integrifolia_212 Hydrangea_integrifolia_213 Hydrangea_involucrata_39 Hydrangea_lobbii_132 Hydrangea_longipes_75 Hydrangea_luteovenosa_196 Hydrangea_macrophylla_210 Hydrangea_macrophylla_93 Hydrangea_macrophylla_Ayesha_232 Hydrangea_macrophylla_Cv_xxx_233 Hydrangea_macrophylla_Izu_no_hana_234 Hydrangea_macrophylla_stylosa_237 Hydrangea_paniculata_129 Hydrangea_petiolaris_45 Hydrangea_quelpaertensis_199 Hydrangea_quercifolia_185 Hydrangea_quercifolia_98 Hydrangea_sargentiana_81 Hydrangea_scandens_202 Hydrangea_scandens_chinensis_angustipetala_21 Hydrangea_seemannii_168 Hydrangea_seemannii_74 Hydrangea_serrata_126 Hydrangea_serrata_184 Hydrangea_serrata_acuminata_18 Hydrangea_serratifolia_125 Hydrangea_sikokiana_25 Loasa_tricolor Philadelphus_pekinensis_108 Pileostegia_viburnoides_158 Platycrater_arguta_249 Schizophragma_hydrangeoides_Moonlight_43 Schizophragma_integrifolium_192 Schizophragma_molle_206 Xylopodia_klaprothioides ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Decumaria_barbara_90 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Hydrangea_macrophylla_Ayesha_232 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Hydrangea_macrophylla_stylosa_237 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Xylopodia_klaprothioides ??????????????????????????????????????????TGGTGACTCATATATAGCTTTGTATAAGCTTTCTC-----TACTCTTTTTTT-TTTT-ATTTCCCCTTTCTCTT-----GCCCTATTCGTACCTATTTATCATTGCTCCCATAGAATCCCATGTTCTATAAACGACAAAACCCT---------------ATTTT------TTGATCCTAGAAAGAAAAAATT------------------------CGGGCATTCCCTTCAATCGCT{GT}GGTTTTCGTTGGAAC{AC}CTACTAACAAATAAAATAACAAAAAAAGAATCAAGTTTGCTTATTTCACTTATCTTGATTGAATAAATCCAACCAAGATTTTTTCTATCTCTTCCTTAATTTCTTCCCTCATCTTATACTGTATCTATGTAGATTATCTATGTAGTGCCAATGAAAC-------------------ACAAGTCCTTTTCAATAGTATTTAAATTTCATTTGAATTTCTTTTGTTTTT-CCATTGTATT--------CTTTTCTCAAGATTTATATTGACAACAGTGTATCGAACAAATATAATTCATCGTGATAAGTCTAAGTGGATCTATTTATCC--------CCGTCCCCTAGGTTTGGTTTTTTCCTTCATTCAAATGAACTGAGGGGTTCGTTGGATTTGCTTTGATACAAGAAGTCTTTT------TTGAAA-----CAA--TAAGTAACCTAAAAGATGGTCGATAAATTTGGACATTTATG-----------------TATATTTATCTTTTATCTGATAATTTCTTGTATTTTCATCTGATCTATTCATT-TTTTTGTTTAGA---ATCA--------ATTATAA------------------------------------TTTTAGATTTTTTGCTTTGCTGGTTCAATGCTTCGATTTCCTCGTATAATCTCTTTATTTTGATTCTGATT--GTATCTACACAC--TCTTTTATTCGGGTTGCTAACTCAACGGTAGAGTACTCGGCTTTTAAGTGCGGCTAGGATCTTTTACACATTTGGATGAAGCGAGGGATTCGTCCATACCATCGGTAAAGTTTGGAAGACCGCGACTGATCCTGAAAGGGAATGGGTGGAAAAAACAGCATGTCGTATCAATGGAAAATTCTAAGA-ATA-----TTTCATTCTTACCGGATCGGTACAAAACCGTCTTTGAATTCTTGGAATGGAACAAAACGAGT-----------TT--------GGGTCGAGTGAGTAAATGGATAGAGTCCTA-TGGCTTCAATTAATTATAGGGAAAGAAAAAGTAACGAGCTTCTGTTCTTAATTTGAATGATTAACCGATCTAATTAGATGTTAAAAATAGATTAGTGCCTGATGCGGG-AAAGGCTTCTCCCATGAGTGGATTATCGATTTTTTTAATGAATCCTAACTATTGTCATTCTCCATTATGTAATGGAGACGGGTGTGTAGAAGAAGCAGTATATTGATAAAGAAAATTTTT-CCAAAATCAAAAGAGCGATTGGGTTGAAAAAATAAAGGATTTCTAATCATCTT-GTTATCTTATAACGAACATAAACCAATTCCATTAACTAAA------AA--GAGAGGATAGAGAATCTGTTAATAAGTTTATCTGTCTATTGAGGTATCTATTCTTTTCTGACTATAATACCTTGTTTTGACTGTATCGCACTATGTATCATTTGATAATCCTCTAC-----CTTTGGTTCAAAT----CAA---ATTTCAAATGGAGGAATTCCAAAGATATTTCGAACTAAATAGATATCAGCAACACAACTTCCTATATCCACTTATCTTTCAGGAGTATATTGCCGCACTCGCTCATGATCA---------TAGATCTATTTGGTTGGAAAATGCCGGTTATGACAAGAAATTCAGCTTACTAAGTGTAAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGAATCATTTGATTATTTACG------CTAATTATTCTAAC---CAAAATCCATTTTGGGGGCACAACAAAAATTTGTATTCTCAAATGATATCAGAGGGATTTGCAGTCATTGTGGAAATTCCGGTTTCGTTACGATTAAGATCTTCCCTAGAAGGGAAAGAGATAGTCAAATCTCAGAATTTACAATCAATTCATTCAATATTTCCTTTTTTAGAGGACCAATTCTTCCATTTAAATTATGTGTTAGATATACTAATACCCTATCCCATCCATCTGGAAATCTTGGTTCAAACTCTTCGTCACTGGTTAAAAGATGCCTCTTCTTTGCATTTATTACGGTTCTTTCTACACGAGTATCGTAATTGGAATACTCTTATTACTCCCAAAAAAACCAGTTCCTCTTTTTCAAAAAGAAATCAAAGATTATTCTTGTTCCTATATAATTCTCATGTATGTGAATACGAATCCATCTTCATCTTTCTACTTAGCCAATCTTCTCATTTACGATCAACATCTTCTGGAGCCCTTCTTGAACGA???-?TATTTCTATGGAAAAATAGAACATAGTGTAGAAGTCTTTGCTAAGGATTTTCAGTCTATCCTATGTTTGCTCAAGGATCCTTTCATACATTATCTTAGGTATCAAGGAAAATCAATTCTAGCTTCAAAAGGGACGTCCCTTTTGATGACTAAATGGAAATATTACCTTGTCAATTGCTGCCAATGTCATTTTTACGTGTGGTCTCAATCAAGAAGGCTCTCTATAAA---CCAATTATCCAATCATTCCCTCGACTTTCTGGGCTATCTTTCAAGTGTGCGACTAAACCCCTCAATGGTACGGAGTCAAATGCTAGAAAATTCATTTCTAATAGATAATGCTATTAAGAAGTTCGATACTCTAGTTCCAATTATTCCTTTGATTGGATCCTTGGCTAAAGCAAAATTTTGTACCGTATTAGGGCATCCCATTAGTAAGCCGGTCTGGGCTGATTTATCAGACTCTGATATTATTGACCGGTTTGGGCGTATATGCAGAAATCTTTCTCATTATCATAGTGGCTCCTCAAAAAAAAAGAGTTTATATCGAATAAAGTATATACTTCGACTTTCTTGTGCTAGAACTTTAGCTCGTAAACACAAAAGCACTGTACGTGCTTTTTTGAAAATGAAAAGAGTAGGCTCTGAATTATTGGAA------GAATTCTTTACGGAGGAAGAACAAGCTCTTTCTTTGACCTTCCCAAGAGTTTCTTCTACTTCTACTTCGCGGG------GGTTATATAGAAGGCGGATTTGGTATTTGGATATT----ATTTGTATGAATGATCTGACCAATCATGAATAATTCCTTATGAGACCGTGTAAATGTAAA-----TT------ATCCCTAAATAATCTGAATGATGAAG--AT--AAA---TT-CATT-TATTTTTTCGATTTTGAAATGTT-------CATGGAG-------------TAAGGGTTAAATCAAATGAGTAGTCAACTTCTTGTCTAGGGAAGGAACTGAGTTTTCGATGTATACATAGGGAAAGTCGTGTGCAATGAAAAATGCAAGCACGGCTTGGGGAGAGGTTTTTCCTTATTTAACAAGGAAATTATCTACTCCATCCGACTAGTTCCGGGTTCGAATCCCGGGCAACCCATTCTCATATCGAAATC--------ATATGTCTAT-------------------------------AAAT----------------------CCGTATTCTATTTTTGCAGCT--------------AAAA-----------TTATGATAGATCTAGATATCTATTGGTTGACACGGGCATATAAGTCATGTTATACTGTTGAATAAC?????????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'rps16-trnK, trnK, matK, trnK-psbA substitutions') = N: 1-3922; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'rps16-trnK, trnK, matK, trnK-psbA substitutions') = N: 1-3922; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10857; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Loasa_tricolor, 2 Xylopodia_klaprothioides, 3 Philadelphus_pekinensis_108, 4 Carpenteria_californica_268, 5 Cardiandra_moellendorffii_227, 6 Deinanthe_bifida_12, 7 Deinanthe_caerulea_225, 8 Deinanthe_caerulea_226, 9 Deinanthe_caerulea_230, 10 Hydrangea_heteromalla_87, 11 Hydrangea_paniculata_129, 12 Hydrangea_quercifolia_98, 13 Hydrangea_quercifolia_185, 14 Pileostegia_viburnoides_158, 15 Schizophragma_molle_206, 16 Schizophragma_integrifolium_192, 17 Schizophragma_hydrangeoides_Moonlight_43, 18 Decumaria_barbara_90, 19 Decumaria_barbara_169, 20 Hydrangea_arborescens_84, 21 Hydrangea_arborescens_186, 22 Hydrangea_arborescens_189, 23 Hydrangea_arborescens_radiata_231, 24 Hydrangea_arborescens_187, 25 Hydrangea_involucrata_39, 26 Hydrangea_sikokiana_25, 27 Hydrangea_longipes_75, 28 Hydrangea_sargentiana_81, 29 Hydrangea_glabripes_194, 30 Hydrangea_aspera_204, 31 Hydrangea_aspera_40, 32 Hydrangea_macrophylla_stylosa_237, 33 Platycrater_arguta_249, 34 Hydrangea_seemannii_74, 35 Hydrangea_integrifolia_213, 36 Hydrangea_serratifolia_125, 37 Hydrangea_integrifolia_212, 38 Hydrangea_seemannii_168, 39 Hydrangea_anomala_44, 40 Hydrangea_petiolaris_45, 41 Hydrangea_quelpaertensis_199, 42 Hydrangea_anomala_20, 43 Hydrangea_anomala_191, 44 Hydrangea_anomala_petiolaris_143, 45 Hydrangea_anomala_petiolaris_145, 46 Broussaisa_arguta_257, 47 Hydrangea_indochinensis_207, 48 Hydrangea_macrophylla_210, 49 Hydrangea_macrophylla_Ayesha_232, 50 Dichroa_yunnanensis_181, 51 Dichroa_febrifuga_37, 52 Dichroa_hirsuta_138, 53 Dichroa_hirsuta_171, 54 Dichroa_versicolor_180, 55 Hydrangea_serrata_184, 56 Hydrangea_macrophylla_Izu_no_hana_234, 57 Hydrangea_macrophylla_Cv_xxx_233, 58 Hydrangea_macrophylla_93, 59 Hydrangea_serrata_126, 60 Hydrangea_serrata_acuminata_18, 61 Hydrangea_hirta_x_scandens_201, 62 Hydrangea_hirta_26, 63 Hydrangea_scandens_202, 64 Hydrangea_luteovenosa_196, 65 Hydrangea_lobbii_132, 66 Hydrangea_chinensis_formosana_149, 67 Hydrangea_chungii_248, 68 Hydrangea_angustipetala_203, 69 Hydrangea_angustipetala_214, 70 Hydrangea_scandens_chinensis_angustipetala_21, 71 Hydrangea_angustipetala_141, 72 Hydrangea_chinensis_formosana_148; TREE Strict = [&R] ((1,2),((3,4),(((5,((6,7),(8,9))),(((10,11),(12,13)),(14,(((15,16),17),(18,19)))),(20,(21,23),22,24),(25,(26,((27,28,29),(30,31,32)),33)),(((34,(35,36)),37,38),((39,(40,41,44,45)),(42,43)))),(46,((47,(48,49)),(((50,51,(52,53)),54),(((55,56,(57,58)),(59,60)),((61,62),((63,64),(65,(66,67,(68,69),(70,(71,72))))))))))))); END;