#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 16:19 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Smith S., Sadlier R., Bauer A., & Jackman T. 2007. Molecular phylogeny of the scincid lizards of New Caledonia and adjacent areas: evidence for a single origin of the endemic skinks of Tasmantis. Molecular Phylogenetics and Evolution, 43(3): 1151-1166. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10209] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=83; TAXLABELS Aptergodon_vittatum Caledoniscincus_aquilonius Caledoniscincus_atropunctatus_AMSR161083 Caledoniscincus_atropunctatus_CAS231910 Caledoniscincus_auratus Caledoniscincus_austrocaledonicus_AMSR161186 Caledoniscincus_austrocaledonicus_CAS231888 Caledoniscincus_chazeaui Caledoniscincus_festivus Caledoniscincus_haplorhinus Caledoniscincus_orestes Caledoniscincus_renevieri Caledoniscincus_terma Catula_zia Celatiscincus_euryotis Celatiscincus_similis Cryptoblepharus_novocaledonicus Cyclodina_aenea Emoia_cyanura Emoia_loyaltiensis Eugongylus_rufescens Eutropis_multicarinata Graciliscincus_shonae_AMSR147856 Graciliscincus_shonae_AMSR165813 Kanakysaurus_viviparus_AMSR161232 Kanakysaurus_viviparus_AMSR161299 Lacertoides_pardalis_AMSR148051 Lacertoides_pardalis_CAS205483 Lampropholis_guichenoti Leiolopisma_telfairii Lioscincus_mauria_AMSR149897 Lioscincus_mauria_AMSR163164 Lioscincus_nigrofasciolatum_AMSR138624 Lioscincus_nigrofasciolatum_AMSR149334 Lioscincus_novocaledonicus_AMSR166364 Lioscincus_novocaledonicus_AMSR166367 Lioscincus_steindachneri_AMSR149418 Lioscincus_steindachneri_AMSR149890 Lioscincus_tillieri_AMSR148013 Lioscincus_tillieri_AMSR148037 Lioscincus_viviae Lygisaurus_folorium Lygosoma_punctata Marmorosphax_montana_AMSR165802 Marmorosphax_montana_AMSR165922 Marmorosphax_sp_nov_1_AMSR165973 Marmorosphax_sp_nov_2_AMSR163197 Marmorosphax_tricolor__AMSR163178 Marmorosphax_tricolor_CAS214451 Menetia_greyii Morethia_adelaidensis Nannoscincus_garrulus_AMSR144351 Nannoscincus_garrulus_CAS226166 Nannoscincus_gracilis_AMSR129892 Nannoscincus_gracilis_AMSR144351 Nannoscincus_greeri Nannoscincus_hanchestius Nannoscincus_humectus Nannoscincus_mariei_AMSR135111 Nannoscincus_mariei_AMSR146484 Nannoscincus_sleveni Niveoscincus_pretiosus Oligosoma_lichenegra Oligosoma_microlepis Oligosoma_smithi Oligosoma_suteri Panaspis_africana Phoboscincus_garnieri_AMSR146293 Phoboscincus_garnieri_AMSR1511964 Pseudemoia_pagenstecheri Saproscincus_rosei Scincidae_n._gen._Mt_Toam Sigaloseps_deplanchei Sigaloseps_ruficauda Simiscincus_auranticus Sphenomorphus_fasciatus Sphenomorphus_jobiense Tiliqua_scincoides Tropidophorus_brookei Tropidoscincus_aubrianus Tropidoscincus_boreus Tropidoscincus_variabilis_AMSR150734 Tropidoscincus_variabilis_AMSR161879 ; 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4179] TITLE 'Rag-1'; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=830; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Caledoniscincus_festivus AATGCAGCCATATGGCTAACCATGATAAAGGGAGAGTGGAAGACACTGTGGACCAAGTCTTTGAGGAAAAGGAAGATGGTGTG---------------GACCCCTTTAAGAGAGACAAAGATCGGAACAATAGTGTGGAAACT---GATAAAGATGCATTTCGTATGAACCAACGAGAGATTGAAGCTCACCAAGCAAGACTGCAGCACCTCTGCCGAATCTGTGGAGGATCATTTAAAGCTGACCCTTGCAAGA{GT}AAGTCACCCGGTACATGGACCGGTGGATAATGTGATGCAGGCCCTACTGAGAAAGAAAGAGAGAAGGGCTACATCGTGGCCAGAACTT{AC}TTGCCAAGGTTTTTAAGATTGATGTGAGAGGGGACATTGACACAATCCATCCTACTAAGTTTTGTCACAACTGCTGGAACTTTATCCAGAGGAAATTCAGCAATGTCCCAAGTGAAGTGTATTTTCCGAGGAATGGACCCATGGAGTGGCATCCCCATTCGTCAGGTTGTGAGGTTTGTGGCACTTCGGCCCGTGGGGTGAAGAGAAAGCGGCAAGCCTTAAAGCCACAAGTGAGCAAAAAACTCAGGATTGTGGCGAGATGTGCTAGCCAAATAAGGCCAGTAAGGAGCCCCAAAAAAGTGCACAGCAAAAACCTCATGAAGAAGATTGTCAACTGCAACAAGATACATGTCAGCACAAAAAGCTTTGCGGTGGACTATCCTGCAGACTTTGTGAAAGCCGTCTCTTGCCAGATCTGTGAGCACGTCCTGGCAGACCCAGTAGAGACCACTTGCAAGCACTTATTCTGCAGAGTTTGCATCCTG Caledoniscincus_haplorhinus -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGGAGGATCATTTAAAG-TGACCCTTGCAAGAGAAGTCACCCAGTACATGGACCGGTGGATAATGTGATGCAGGCCGTTTTGAGAAAGAAAGAAAGAAGGGCTACATCATGGCCCGAACTTCTTGCCAAGGTTTTTAAGATTGATGTGAGAGGGGACATTGACACAATCCATCCTA?TAAGTTTTGTCACAACTGCTGGAACTTTATCCAGAGGAAATTCAGCAATGTCCCAAGTGAAGTGTATTTTCCAAGGAATGGTCCCATGGAGTGGCATCCCCATTCGTCAGGTTGTGAGGTTTGTGGCACTTCAACCCGTGGGGTGAAGAGAAAGCGGCAAGCCTTAAAGCCACAAGTGAGCAAAAAACTCAGGATCGTGGCAAGATGTGCTAGCCAAGTAAGGCCAGTAAGGAGCCCCAAAAAAGTGCACAGCAAAAACCTCATGAAGAAGATTGTCAACTGCAACAAGATACATGTCAGCACAAAAAGCTTTGCGGTGGACTATCCTGCAGACTTTGTGAAAGCTGT?TCTTGCCAGATCTGTGAGCACGTCCTGGCAGACCCAGTAGAGACCACATGCAAGCACTTATTCTGCAGAGTTTGCATCCTG Caledoniscincus_orestes ---------------------------------------------------------------------------------------------------------TT{ACT}AGA{CG}AGACAAA{AG}ATCGGAACAATAGTGTGGAAACT---GATAAAGATGCATTTCGTATGAACCAACGAGAGATTGAAGCTCACCAAGCAAG{AG}CTGCAGCACCTCTGCCGAATCTGTGGAGGATCATTTAAAGCTGACCCTTGCAAGAGAAGTCACCCAGTACATGGACCGGTGGATAATGTGATGCAGGCCCTACTGAGAAAGAAAGAGAGAAGGGCTACATCTTGGCCAGAACTTCTTGCCAAGGTTTTTAAGATTGATGTGAGAGGGGACATTGACACAACCCATCCTACTAAGTTTTGTCACAACTGCTGGAACTTTATCCAGAAGAAATTCAGCAATGTCCCAAGTGAAGTGTATTTTCCGAGGAATGGCCCCATGGAGTGGCATCCCCATTCGTCAGGTTGTGAGGTTTGTGGCACTTCGGCCCGTGGGGTGAAGAGAAAGCGGCAAGCCTTAAAGCCACAAGTGAGCAAAAAACTCAGGATCGTGGCGAGATGTGCTAGCCAAATAAGGCCAGTAAGGAGCCCCAAAAAAGTGCACAGCAAAAACCTCATGAAGAAGATTGTCAACTGCAACAAGATACATGTCAGCACAAAAAGCTTTGCGGTGGACTATCCTGCAGACTTTGTGATAGCCGTCTCTTGCCAGATCTGTGAGCACGTCCTGGCAGACCCAGTAGAGACCACATGCAAGCACTTATT?TGCAGAGTTTGCATCCTG Caledoniscincus_renevieri AATGCAGCCATATGGCTAACCATGATAAAGGGAGAGTGGAAGACACTGTGGACCAAGTCTTTGAGGAAAAGGAAGATGGTGTG---------------GACCCCTTTAAGAGAGACAGAGATCGGAACAATAGTGTGGAAACT---GATAAAGATGCATTTCGTATGAACCAACGAGAGATTGAAGCTCACCAAGCAAGACTGCAGCACCTCTGCCGAATCTGTGGAGGATCATTTAAAGCTGACCCTTGCAAGAGAAGTCACCCGGTACATGGACCGGTGGATAATGTGATGCAGGCCCTACTGAGAAAGAAAGAGAGAAGGGCTACATC{AG}TGGCCAGAACTTCTTGCCAAGGTTTTTAAGATTGATGTGAGAGGGGACATTGACACAATCCATCCTACTAAGTTTTGTCACAACTGCTGGAACTTTATCCAGAGGAAATTCAGCAATGTCCCAAGTGAAGTGTATTTTCCAAGAAATGGACCCATGGAGTGGCATCCCCATTCGTCAGGTTGTGAGGTTTGTGGCACTT?GGCCCGTGGGGTGAAGAGAAAGCGGCAAGCCTTAAAGCCACAAGTGAGCAAAAAACTCAGGATTGTGGCAAGATGTGCTAGCCAAATAAGGCCAGTAAGGAGCCCCAAAAAAGTGCACAGCAAAAACCTCATGAAGAAGATTGTCAACTGCAACAAGATACATGTCAGCACAAAAAGCTTTGCGGTGGACTATCCTGCAGACTTCGTGAAAGCCGTCTCTTGCCAGATCTGTGAGCACGTCCTGGCAGACCCAGTAGAGACCACATGCAAGCACTTATTCTGCAGAGTTTGC-TCCTG Caledoniscincus_terma ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Catula_zia AAGGCAGCCATATGGCTAACCATGATAAAGGAAGAGTGGAAGACACTGTGGACCAAGTCTTTAAGGAAAAGGAAGATGGTGTG---------------GACCACTTT?AGAGAGACAAAGATCGGAACAATAGTGTGGAAACT---GATAAAGGTGACTTTTGTATGAACCAACGAGAGATTGAAGCTCACCAAGCAAGGCTGCAGCACCTCTGCCGACTTTGTGGAGGATCATTTAAAGCTGACCTTCGCAAGAGAAGTCACCCAGTGCATGGACCGGTGGATAATGTTATGCAGGCCCTACTGAGAAAGAAAGAGAGAAGGG{CT}TACATCTTGGCCAGAACTTCTTGCCAAGGTTTTTAAGATTGATGTGAGAGGGGACATTGACACAATCCATCCTAC?AAGTTTTGTCACAACTGCTGGAACTTTATTCAGAGGAAATTCAGCAATGTCCCAAGTGAAGTGTATTTTCCAAGGAATGGCCCCATGGAGTGGCACCCCCATTCGTCAGGTTGTGAGGTTTGTGGCACTTTGGCCCATGGGGTGAAGAGAAAGCGGCAAGTCGTAAAGCCTCAAGTGAGCAAAAAGCTCAGGATCATGGCGAGATGTGCTAGCCAAATAAGGCCAGTAAGGAGCCCCACAAAAGTGCACAGCAAAAACCTCATGAAGAAGATTGTCAACTGCAACAAAATACATCTCAGCACAAAAAGCTTTGCGGTGGACTATCCTGCAGACTTTGTGAAAGCCGTCTCTTGCCAGATCTGTGAGCATGTCCTGGCAGACCCAGTAGAGACCACATGCAAGCACCTATTCTGCAGAGTTTGCATTCTG Celatiscincus_euryotis 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-------------------CCATGATAAGGGGAATGTGGCAGGTTCTCTGGACAAAACCTCA?AGGAACAGGAAGATGTAGTGGGCTTAATGTCGCAAGACCCTTTACGGATTGACACAGAAGGGGACAATAGTGTGGCAACAACAGATAAAGATGCCTTTCGTGTGAACCAAAAAGGGACTGAAGTTCACCAGGCAAAGCTACAGCACCTCTGCCGACTCTGTGGAGGATCATTTAAAGCTGACCCTTATAAGAGAAGCCACCCAGTGCATGGACCAGTGGATAATGTGATGCAGGCTGTACTGAGAAAGAAAGAGAAAAGGGCAACATCTTGGCCAGAACTTCTTGCCAAGATTTTTAAGATTGACGTGAGAGGAGACATTGACACAATCCATCCTACCAACTTTTGT?ACAACTGCTGGCACTTTATTCAGAAGAAATTCAGCAATGTCCCCTGCGAAGTGTATTTTCCAAGGAAAGGCCCTGTGGAGTGGCATCCCCATTCATCAAACTGCGAGGTTTGTGGCACTTTGACCCGAGGGGTCAAGAGAAAGCGACAAGCCCTGAATCCACAAATGAGCAAAAAACTCAGGATCATGGCGAGACATGCTAGACAAATAAAACCAGTAAGGACTCCTAAACAAGTGAACAGCAAAAGCCTCATGAAGAAGATTGTCAACTGCAACAAGATACATCTCAGCACGAAGAACTTGGCGGTGGACTTTCCAGCAGACTTTGTGAAAGCAGTCTCTTGCCAGATCTGTGAGCACATCCTGGCAGACCCAGTAGAGACCAC---------------------------------- Graciliscincus_shonae_AMSR147856 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AATGCAGCCATATGGCTAACCATGATAAAGGGAGAGTGGAAGACACTGTGGACCAAGTCTTTAAGGAAAAGGAAGATGGTGTG---------------GACCCCTTTCAGAGAGACAAAGATCGGAACAATAGTGTTGAAACT---GATAAAGATG{CT}CTTTCGTACGAACCAACGAGAGATTGAAGCTCACCAAGCAAGGCTGCAGCACCTCT{AG}CCGAATCTGTGGAGGATCATTTAAAGCTGACCCTTGCAAGAGAAGTCACCCAGTGCATGGACCGGTGGATAATGTGATGCAGGCCCTACTGAGAAAGAAAGAGAGAAGGGCTACATCTTGGCCAGAACTTCTTGCCAAGGTTTTTAAGATTGATGTGAGAGGGGACATTGACACAATCCATCCTACTAAGTTTTGTCACAACTGCTGGAA{CT}TTTATTCAGAGGAAATTCAGCAATGTCCCAAGTGAAGTGTATTTTCCGAGGAATGGCCCCATGGAATGGCATCCCCATTCGTCAGGTTGCGAGGTTTGTGGCACTTCGGCCCGTGGGGTGAAGAGAAAGCGGCAAGCCTTAAAGCCACAAGTGAGCAAAAAACTCAGGATCGTGGCGAGATGTGCTAGCCAAATAAGGCCAGTAAGGAGCCCCAAAAAAGTTCACAGCAAAAACCTCATGAAGAAGATTGTCAACTGCAACAAGATACATGTCAGCACAAAAAGCTTTGCGGTGGACTATCCTGCAGACTTTGTGAAAGCCGTCTCTTGCCAGATCTGTGAGCACGTCCT{AG}GCAGACCCAGTAGAGACCACATGCAAGCATTTATT{ACG}TGCAGAGTTTGCATCATG Sigaloseps_ruficauda 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Tiliqua_scincoides AACGCAGCCATATGGCTAACCATGATAAGGGGAAAGTGGGAGAGTCTCTGGACAAAGCCTTTGAGGAACAGGAAGACGAAGTGGCCTTAATGCCACAAGACCCCTTTCAGATAGACACAGAACAGAACAATAGTGTGGCAACAATAGATAAAGAAACCTTTCATGGGAATCAAAGAGAGACTGAAGCACACCAAGCAAGGCTGCAGCAGCTCTGCCGAATCTGTGGAGGATCATTTAAAGCTGACCCTTATAAGAGAAGCCACCCAGTGCATGGACCGGTGGATAATGTGATGCAAGCCCTACTGAGAAAGAAAGAGAAAAGGGCTACATCTTGGCCAGAACTTCTTGCCAAGGTGTTTAAGATTGACGTGAGAGGGGACATTGACACAATCCATCCTACTAACTTTTGTCACAACTGCTGGAACTTTATTCAGAGGAAATTCAGAAATGTCCCTTGCGAAGTGTATTTTCCAAGGAAAGGCACCATGGAGTGGCATCCCCATTCATCAAGCTGCGAGGTTTGCGGCACTTCGTCCCGCGGAGTCAAGAGAAAGTGGCAAGCCCTGAATCCACAAGTGAGCAAAAAACTCAGGATCACGGCGAGACCTGCTAGTCAAATAAGGCCGGTAAGGAGCCCCAGACAAGTGAACAGCAAAAGCCTCATGAAAAAGATTGTCAATTGCAACAAGATACATCTCAGCACAAAGAACTTTGCGGTAGACTATCCTGCAGACTTTGTGAAAGCAGTCTCTTGCCAGATCTGTGAGCACATCCTGGCAGACCCTGTAGAGACCACGTGTAAGCACTTATTCTGCAGAGTTTGCATCCTG Tropidophorus_brookei ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Tropidoscincus_aubrianus AATGCAGCCATATGGCTAACCATGATAAAGGGAGAGTGGAAGACACTGTGGACCAAGTTTTTGAGGAAAAGGAAGATGCTGTG---------------GACCCCTTTCAGAGAGACAAAGATCAGAACAATAGTGTGGAAACT---GATAAAGATGCCTTTCATATGAACCAACGAGAGATTGAAGCTCACCAAGCAAGGCTGCAGCACCTCTGCCGAATCTGTGGAGGATCATTTAAAGCTGACCCTTGCAAGAGAAGTCACCCAGTGCATGGACCGGTGGATAATGTGATGCAGGCCCTACTGAGAAAGAAGGAGAGAAGGGCTACATCTTGGCCAGAACTTCTTGCCAAGGTTTTTAAGATTGATGTGAGAGGGGACATTGACACAATCCATCCTACTAAGTTTTGTCACAACTGCTGGAACTTTATTCAGAGGAAATTCAGCAATGTCCCAAGTGAAGTGTATTTTCCGAGGAATGGCCCCATGGAGTGGCATCCCCATTCGTCAGGTTGTGAGGTTTGTGGCACTTTGGCCCGTGGGGTGAAGAGAAAGCGGCAAGCCTTAAAGCCACAAGTGAGCAAAAAACTCAGGATCGTGGCGAGATGTACTAGCCAAATAAGGCCAGTAAGGAGCCCCCAAAAAGTGCACAGCAAAAACCTCATGAAGAAGATTGTCAACTGCAACAAGATACATCTCAGCACAAAAAGCTTTGCAGTGGACTATCCTGCAGACTTTGTGAAAGCCGTTTCTTGCCAGATATGTGAGCATGTCCTGGCAGACCCAGTAGAGACCACATGCAAGCACTTATTCTGCAGAGTTTGCATCCTG Tropidoscincus_boreus AATGCAGCCATATGGCTAACCATGATAA{AG}GGGAGAGTGGAAGACACTGTGGACCAAGTTTTTGAGGAAAAGGAAGATGGTGTG---------------GACCCCTTTCAG{AG}GAGACAAAGATCAGAACA{AG}TAGTGTGGAAACT---GATAAAGATGCCTTTCGTATGAACCAACGAGAGATTGAAGCTCACCAAG{CT}AAGGCTGCAGCACCTCTGCCGAATCTGTGGAGGATCATTTAAAGCTGACCCTTGCAAGAGAAGTCACCCAGTGCATGGACCAGTGGATAATGTGATGCAGGCCCTACTGAGAAAGAAAGAGAGAAGGGCTACATCTTGGCCAGAACTTCTTGCCAAGGTTTTTAAGATTGATGTGAGAGGGGACATTGACACAATCCATCCTACTAAGTTTTGTCAAAACTGCTGGAACTTTATTCA{GT}AGGAAATTCAGCAATGTCCCAAGTGAAGTGTATTTTCCGA{AG}GAATGGCCCCATGGAGTGGCATCCCCATTCGTCAGGTTGTGAGGTTTGTGGCACTTTGGCCCGTGGGGTGAAGAGAAAGCGGCAAGCCTTAAAGCCACAAGTGAGCAAAAAACTCAGAATCGTGGCGAGATGTACTAGCCAAATAAGGCCAGTAAGGAGCCCCAAAAAAGTGCACAGCAAAAACCTCATGAAGAAGATTGTCAACTGCAACAAGATACATCTCAGCACAAAAAGCTTTGCAGTGGACTATCCTGCAGACTTTGTGAAAGC{GT}GTTTCTTGCCAGATATGTGAGCATGTCCTGGCAGACCCAGTAGAGACCACATGCAAGCACTTATTCTGCAGAGTTTGCATCCTG Tropidoscincus_variabilis_AMSR150734 AATGCAGCCATATGGCTAACCATGATAAAGGGAGAGTGGAAGACACTGTGGACCAAGTTTTGGAGGAAAAGGAAGATGGTGTG---------------GACCCCTTTCAGAGAGACAAAGATCAGAACAATAGTGTGGAAACG---GATAAAGATGCCTTTTGTATGAACCAACGAGAGATTGAAGCTCACCAAGTAAGGCTGCAGCACCTCTGCCGAATCTGTGGAGGATCATTTAAAGCTGACCCTTGCAAGAGAAGTCACCCAGTGCATGGACCAGTGGATAATGTGATGCAGGCCCTACTGAGAAAGAAAGAGAGAAGGGCTACATCTTGGCCAGAACTTCTTGCCAAGGTTTTTAAGATTGATGTGAGAGGGGACATTGACACAATCCATCCTACTAAGTTTTGTCAAAACTGCTGGAACTTTATTCAGAGGAAATTCAGCAATGTCCCAAGTGAAGTGTATTTTCCGAGGAATGGCCCCATGGAGTGGCATCCCCATTCGTCAGGTTGTGAGGTTTGTGGCACTTTGGCCCGTGGGGTGAAGAGAAAGCGGCAAGCCTTAAAGCCACAAGTGAGCAAAAAACTCAGAATCGTGGCGAGATGTACTAGCCAAATAAGGCCAGTAAGGAGCCCCAAAAAAGTGCACAGCAAAAACCTCATGAAGAAGATTGTCAACTGCAACAAGATACATCTCAGCACAAAAAGCTTTGCAGTGGACTATCCTGCAGACTTTGTGAAAGCCGTTTCTTGCCAGATATGTGAGCATGTCCTGGCAGACCCAGTAGAGACCACATGCAAGCACTTATTCTGCAGAGTTTGCATC{AC}TG Tropidoscincus_variabilis_AMSR161879 AATGCAGCCATATGGCTAACCATGATAAAGGGAGAGTGGAAGACACTGTGGACCAAGTTTT{GT}GAGGAAAAGGAAGATGGTGTG---------------GACCCCTTTCA{GT}A{GT}A{GT}ACAAAGATCAGAACAATAGTGTGGAAACT---GATAAAGATGCCTTT{CT}GTATGAACCAACGAGAGATTGAAGCTCACCAAG{CT}AAGGCTGCAGCACCTCTGCCGAATCTGTGGAGGATCATTTAAAGCTGACCCTTGCAAGAGAAGTCACCCAGTGCATGGACCAGTGGATAATGTGATGCAGGCCCTACTGA{GT}AAAGAAAGA{GT}AGAAGGGCTACATCTTGGCCA{GT}AACTTCTTGCCAAGGTTTTTAAGATTGATGTGAGAGGGGACATTGACACAATCCATCCTACTAAGTTTTGTCAAAACTGCTGGAACTTTATTCATAGGAAATTCAGCAATGTCCCAAGTGAAGTGTATTTTCCGAGGAATGGCCCCATGGAGTGGCATCCCCATTCGTCAGGTTGTGAGGTTTGTGGCACTTTGGCCCGTGGGGTGAA{GT}A{GT}AAA{GT}CGGCAAGCCTTAAAGCCACAAGTGAGCAAAAAACTCAGAATCGTGGCGAGATGTACTAGCCAAATAAGGCCAGTAAGGAGCCCCAAAAAAGTGCACAGCAAAAACCTCATGAAGAA{GT}ATTGTCAACTGCAACAAGATACATGTCAGCACAAAAAGCTTTGCAGTGGACTATCCTGCAGACTTTGTGAAAGC{CT}GTTTCTTGCCAGATATGTGAGCATGTC{CT}TGGCAGACCCAGTAGAGACC{AGT}CATGCAAGCACTTATT{AC}TGCAGAGTTTGCATCCTG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Rag-1') = N: 1-830; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Rag-1') = N: 1-830; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Caledoniscincus_aquilonius ACCATCCTATCCCTTATACTATCAAGCCTAGCTATAGGGACGATCATCACAATATCAAGCACCCACTGACTAATGGCCTGAATTGGGTTAGAACTAAACACACTCTCAATTATCCCAATCATTTCAAAACACCACTTTCCCCGCTCAACAGAAGCTACAACCAAATACTTCCTCACCCAAGCCGCTGCCTCCGCCATACTACTATTTGCAAGCACTGTTAATGCTTGACATACCGGAACATGAGATATCTCCCAACTAACAAACCACCCATCTTGCGTCATACTAACAATGGCCCTTTCCATAAAACTAGGCCTCGCACCTCTACATTTTTGACTACCAGAAGTTCTTCAAGGAACCTCACTTAGTACAGCACTAATTATTACAACATGACAAAAACTCGCCCCCATAGCCCTAATATTCCTAACGTACAACTCATTAAACCCATCAATTCTATTAACAATGGGCCTACTGTCTGCCTTAGTAGGAGGATGGGGAGGATTAAACCAGACACAGG Caledoniscincus_atropunctatus_AMSR161083 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ATTATCTTATCACTCATATTATCCAGCCTAGCTACAGGAACAATTATTACCCTAACCAGCACCCACTGACTTACAGCTTGAGTGGGACTTGAATTAAACACATTAGCAATTATCCCAATTATTACAAAACAACACTACCCACGATCAACAGAAGCCACAACTAAATATTTCCTAACCCAGGCTGCAGCCTCCGCTATACTCCTATTTGCAAGTACATTAAACGCCTGACATACAGGAACATGAGACATCACCCAACTAACAGACCAGCCGTCAAATGTCCTTCTTACAATAGCCCTTGCCATAAAACTAGGCCTTGCCCCCTTACACTTCTGACTACCA{GT}AAGTACTTCAAGGCGCCTCACTTAGTACAGCACTAATTATTACAACATGACAAAAACTAGCCCCAATAGCCCTTCTATATCTAACAAGCAGCTCGTTAAACCCCGCAGTACTAATAACACTGGGTTTATTCTCCACTCTGGTTGGGGGATGAGGCGGGTTAAACCAAACACAAG Celatiscincus_similis 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ATTATCTTATCACTAATATTAACCAGCTTAGCCATCGGAACAATCATCACCATATCCAGCACCCATTGACTCATGGCCTGGGCCGGACTAGAACTAAACACCCTCTCAATCATCCCCATTATTACAAAACACCACTACCCCCGCTCAACAGAAGCTACAACCAAATACTTTCTAACTCAAGCTGCAGCCTCCGCCATACTATTATTCGCAAGCACTATAAACGCATGACACACCGGAACATGAGATATCCTTCAACTAACAAACCAACCATCCTGCATCATGTTAACAATGGCCCTTTCCATAAAACTAGGCCTTGCCCCACTCCACTTCTGACTACCAGAAGTGCTTCAAGGCACTTCACTAAACACCGCCTTAATTATCACAACCTGACAAAAATTAGCCCCCATAGCCCTAATATTCCTAACACATGGCTCACTAAACCCCTCAATCCTTATAACAATAGGTCTTCTCTCCGCCCTCGTAGGCGGATGAGGGGGCCTAAACCAAACACAAC Nannoscincus_humectus ATTATCTTATCCCTGATATTAACCAACTTAGCCATCGGAACAATCATCACCATATCCAGCACCCATTGACTAATAGCCTGAGCCGGTCTAGAGCTAAATACTCTTTCAATCATCCCAATTATTTCAAAACACCACTACCCCCGCTCAACAGAAGCTACAACCAAATACTTTCTAACACAGGCTGCCGCCTCTGCCATACTATTATTCGCAAGCACTATAAACGCATGACACACCGGAACATGAGACATCCTTCAACTAACAAACCAACCATCCTGCATCATGTTAACAATAGCCCTCTCCATAAAACTAGGCCTTGCCCCCCTCCACTTTTGACTGCCAGAAGTACTCCAAGGCACTTCACTAAGCACAGCACTAATCATTACAACTTGACAAAAACTGGCCCCCCTGGCCCTAATATTCTTAACACATGCCTCACTAAACCCGTCAATCCTTATCACAATAGGCCTTCTCTCCGCTCTCATCGGCGGATGAGGAGGCCTAAACCATACACAA{CG} Nannoscincus_mariei_AMSR135111 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ATTATTCTATCACTAATACTAACCAGCTTAGCCATTGGAACAGTCATCACCATATCCAGCACCCATTGACTCATAGCTTGAGCCGGTTTAGAACTAAATACCTTGTCAATCATTCCAATTATCACAAAACACCACTATCCCCGCTCAACAGAAGCCACAACCAAGTACTTCCTAACCCAAGCTGCAGCCTCCGCTATATTACTATTCGCAAGCACTATAAACGCATGACACACCGGAACATGAGACATCTCTCAACTAACAAACCAGTCATCCTGTGTTATACTTACAATAGCCCTCTCCATAAAACTAGGCCTTGCCCCGCTCCACTTCTGACTACCAGAAGTACTCCAAGGCACCTCACTAAGCACTGCATTAATTATTACAACGTGACAAAAACTAGCCCCAATAGCCTTAATATTTATAACACACAGCTCACTAAGCCCATCAATCCTCATAACAATAGGACTACTCTCTACACTAGTGGGCGGATGAGGGGGATTAAACCAAACACAAA Nannoscincus_sleveni ATTATTCTATCACTTATACTAACTAGTTTAGCCATTGGAACAATTATCACCATATCCAGCACCCATTGACTCATGGCTTGAGCCGGCCTAGAACTAAACACCCTCTCAATCATCCCAATTATTACGAAACACCATTATCCACGTTCAACAGAAGCCACAACCAAATACTTCTTAACCCAAGCCGCAGCCTCTGCCATACTACTATTCGCAAGCACCCTAAACGCATGACACACAGGAACATGAGACATCTCCCAATTAACAAACCAATCATCTTGTATTATACTAACCATGGCACTTTCCATAAAACTGGGCCTTGCCCCACTCCACTTCTGACTACCAGAAGTTCTTCAAGGCACCTCATTAAATACAGCATTAATCATTACAACTTGACAAAAACTAGCCCCAATAGCCCTAATATTCCTAACACATAATTCACTAAACCCTTTAATCCTCATAACAATAGGCCTACTTTCTACTCTAGTGGGGGGATGAGGAGGCCTAAATCAAACACAAA Niveoscincus_pretiosus GCCATTCTCTCACTTATATTAACCAGCCTAGCTATCGGAACAATTATCACAATATCAAGCACCCATTGACTCATAGCATGAGTTGGCCTAGAACTAAATACACTCTCAATCATCCCAATCATTACAAAACACCACCACCCCCGCTCAACAGAGGCCACAACCAAATACTTCCTAACCCAAGCCGCAGCCTCCGCCATACTACTATTTGCAAGCACCATAAACGCATGACACACCGGAACATGAGACATCTCACAACTAACAAACTACCCAGCCTGTGTTATATTTACAATAGCCATCTCCTTAAAACTAGGCCTTGCTCCACTTCACTTCTGACTACCAGAAGTCCTACAAGGCTCCACACTTGGCACAGCACTAATCATTACAACATGACAAAAATTAGCCCCAATATCCCTAATATTTTTAACACACAGCTCACTTAACTCAACAATTCTAATAATATTAGGCCTACTCTCCGCTATAGTGGGCGGATGGGGCGGACTAAACCAAACACAGA Oligosoma_lichenegra ATTATCCTCTCACTTATGTTAACCAGCCTCGCTATCGGAACAGTAATTACTATATCCAGCACCCACTGACTCATGGCCTGAGTTGGTTTAGAACTTAATACACTTTCAATCATTCCAATTATTACAAAACACCACTACCCCCGCTCAACAGAGGCCACAACCAAATACTTCCTAACCCAAGCCGCAGCCTCCGCCATACTACTGTTCGCAAGCACTGTAAACGCATGACACACTGGAACATGAGATATCTCTCAACTAACAAACCAACCCGCCTGTGTTATGCTAACAATAGCCCTCTCCATAAAACTAGGCCTGGCCCCCTTACACTTCTGATTACCAGAAGTACTGCAAGGAGCCTCCCTCGGCACAGCCATAATTATCACAACCTGACAAAAATTAGCCCCCATAGCCTTAATATTCCTAACACACAACTCACTAAACCCAGTAATTCTTATAACAATAGGCCTGCTTTCCGCTCTCGTTGGTGGTTGAGGAGGCCTAAACCAAACACAAA Oligosoma_microlepis GTTATCCTCTCACTTATACTAACCAGCCTGGCTGTCGGAACAATCATCACCATATCCAGCACCCACTGACTCATAGCCTGAGTTGGTTTAGAGCTAAACACACTCTCAATTATTCCAATCATTACAAAACACCACTATCCCCGCTCAACAGAAGCCACAACCAAATACTTTTTAACCCAAGCAGCCGCCTCCGCTATACTACTATTTGCAAGCACCGTAAACGCATGACACACCGGAACATGAGATATCTCTCAACTAACAAATCAGCCCGCCTGCGTAATATTCACAATAGCCCTTTCCATAAAACTAGGCCTGGCCCCCCTACACTTCTGACTGCCAGAGGTTCTTCAAGGGGCCCCCCTCAGTACAGCTTTAATCATCACAACCTGACAAAAACTAGCCCCCATAGCCCTAATATTCCTCACTCACAGCTCATTAAACCCAACAATCCTTATAATAATGGGGCTGCTCTCTGCCCTGGTCGGCGGATGGGGGGGCTTAAACCAAACACAAA Oligosoma_smithi ATTATCCTCTCACTTATACTAACCAGCTTGGCTGTCGGAACAATCATCACTATATCCAGCACCCACTGACTCATAGCCTGAGTTGGTTTAGAACTAAACACACTCTCAATTATCCCAATCATTACAAAACACCACTATCCCCGCTCAACAGAAGCCACAACCAAATACTTTTTAACCCAAGCAGCCGCCTCCGCTATACTACTATTTGCAAGCACCATAAACGCATGACACACCGGAACATGAGACATCTCTCAACTAACAAATCGGCCCGCCTGCGTAATATTCACAATAGCCCTTTCCATAAAACTAGGCCTGGCCCCACTACACTTCTGACTGCCAGAGGTCCTTCAAGGAGCCCCCCTCAGTACAGCTATGATCATCACAACCTGACAAAAACTAGCCCCCATAGCCCTAATATTCCTCACCCACAGCTCATTAAACCCAACAATCCTTATAACAATAGGGCTGCTCTCTGCCCTGGTTGGTGGGTGGGGAGGCTTAAACCAAACACAAA Oligosoma_suteri 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ATCATTCTATCACTTATACTGTCTAGCCTGGCCCTAGGCACAATCATCACCATATCTAGCACCCACTGACTAATGGCCTGAGTTGGCCTAGAATTAAACACCCTAGCAATTGTACCCCTTATCACAAAACACCACTACCCGCGATCAACAGAAGCTACAACCAAATACTTCTTAACCCAAGCCGCTGCTTCAGCCACACTACTATTTGCAAGCACAGTTAATGCTTGACACACAGGAACCTGAGACATTTCACAACTAACAGATCAACCAGCCTGCACCCTACTCACGATGGCCCTTTCTATAAAACTGGGCCTTGCCCCCCTTCACTTTTGACTACCAGAGGTACTTCAAGGCACGTCCCTAAGCACAGCCCTAATTATTACAACATGACAAAAGCTCGCCCCGCTAGCCTTAATGTTCCTAACATACAGCGCACTTAACCCAACAATCCTATTAACACTAGGACTACTCTCAGCCATAGTCGGGGGGTGGGGAGGACTAAACCAAACACAAA Sigaloseps_deplanchei 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Caledoniscincus_festivus CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAAGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCGCACTTGGCTTGGTGTTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTACGGAACTGGAAGT---ATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Caledoniscincus_haplorhinus CATGTA-CAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAAGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCGCACTTGGCTTGGTGTTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATTACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTACGGAACTGGAAGT---ATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Caledoniscincus_orestes CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAAGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCGCACTTGGCTTGGTGTTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTTTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTACGGAACTGGAAGT---ATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAATCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Caledoniscincus_renevieri ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Caledoniscincus_terma ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Catula_zia ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Celatiscincus_euryotis CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGGCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGAGTCTCCATCACCCAGTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCACAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AATTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Celatiscincus_similis CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCAGTTGGCTCTGGTGGTTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCACAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AATTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Cryptoblepharus_novocaledonicus CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAGGGTGGAAAGTTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCAGCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGATCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTATTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAACGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTGTCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAAAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAATCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTAGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Cyclodina_aenea CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTTTGGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTCAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCAAGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTCGATT Emoia_cyanura ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Emoia_loyaltiensis CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGCTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGAACTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCGAGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGAAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTACGACT--TTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCATGTGACAT-GTTGCAGGCTTGGTCTT-CTCCAT-CCCAATTCATTGTGCATCTTGATT Eugongylus_rufescens 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Lioscincus_steindachneri_AMSR149418 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCGCCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCACAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACAGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Lioscincus_steindachneri_AMSR149890 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCGCCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCACAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACAGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Lioscincus_tillieri_AMSR148013 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGC?CTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAA---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Lioscincus_tillieri_AMSR148037 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAA---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTG{AT}TGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Lioscincus_viviae CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTACCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCGCCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCACAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAACGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGTTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Lygisaurus_folorium CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCAGCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGCAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTAAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCTTGCTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACGATCATAATGGAATATGTAGGTAATAGCACTTTGCACCATGTTATATATGGAACTGGAAGTATGATA---AAAAGGAAGGAG---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCCTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGACT Lygosoma_punctata ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Morethia_adelaidensis CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCAGCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCCTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACAT-GTTGCAGGCT--GTCTT-CTCCA-TCACAA-TCA-TGTGCATC-TGATT Nannoscincus_garrulus_AMSR144351 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Nannoscincus_garrulus_CAS226166 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Nannoscincus_gracilis_AMSR129892 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGTTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTGTGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTCTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAATCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACACTGTTGCAGGCTTGGACTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Nannoscincus_gracilis_AMSR144351 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGTTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTCTGGCATCA{AC}GACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACACTGTTGCAGGCTTGGACTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Nannoscincus_greeri CATGTAGCAGTCCCTTGGTATTCTCCACCAAAGGCGG-ATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGTTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTCTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGATCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Nannoscincus_hanchestius ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Nannoscincus_humectus ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Nannoscincus_mariei_AMSR135111 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTCTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTGGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGTTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Nannoscincus_mariei_AMSR146484 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGTTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGAGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTCTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTGATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTATCAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTT-GAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTT-CTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Nannoscincus_sleveni ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Niveoscincus_pretiosus CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCAGCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGCAAGAACCGTTTGGCATCACGGCAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAG---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCCTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAG-TACTCGTGTGACAT-G-TGCAGGCT--GTC-TTCTCCA-TCACAATTCA-TGTGCATCTTGATT Oligosoma_lichenegra --------------------------------------------------------GGCCCTTCCACCAAGTCTGGTCGGCTGCCAACTCACTTGGCTTAGTGCTCTATTGAGTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGGAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATCACTCAAAGGAAAGAT---A--------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Oligosoma_microlepis CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTTTTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTGTGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTCGATT Oligosoma_smithi --------CAGTCCCTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTTTTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTGTGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACCATCATAATGGAATATGTAGGTGACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGTTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTCGATT Oligosoma_suteri CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTTTTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTCGATT Panaspis_africana ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Phoboscincus_garnieri_AMSR146293 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATTACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTCTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTATTGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Phoboscincus_garnieri_AMSR1511964 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATTACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTCTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTATTGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Pseudemoia_pagenstecheri ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Saproscincus_rosei ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Scincidae_n._gen._Mt_Toam CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAAGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGTTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGAACTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTACGGAACTGGAAGT---ATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Sigaloseps_deplanchei 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CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGCAAGAATCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCATCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Simiscincus_auranticus 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CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCAGCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCACTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTT?TGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTATTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGCAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAACGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAGTCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Tiliqua_scincoides CATGTAGCAGTCCTTTGGTGTTTTCCACCACAGGTGGAATGCTGTTATTGGGAGAAGGCCCTTCTGCAAGGACTCGTCGGCTGCCACCTCACCTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTATGTCACCCTCTAGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTCTACAAGGCTACTTACTATGGAACTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATGCAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAACGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTAATAGCTGCCAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTCAGGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGAAGTATGATAACAAAGAGGAAGGATAATGAACTTGGTTATGGCTATGAACCTTTGAGTATAACACAGTCTCTGAGCTACTCATGTGACATTGTGGCAGGTTTGCTCTTTCTCCATTCACAATTAATTGTGCATCTGGATT Tropidophorus_brookei CATGTAGCAGTCCTTTGGTGTTCTCCACCAAAAATGGAATGTTATTATTGGGAGAAGGCCCTTCTCCCAGGGCTCGTCGGCTGCCACCTCATCTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGACCAGTTGTGTCTACATCACCCCCTTGGCTCTGGGGGCTTTGGTTCTGTCTACAAGGCTACTTACCATGGAACTACAGTGGCTGTAAAGCAGGTGAAGAAATGCAGTAAGAACCGGCTGGCATCACGACAAAGCTTTTGGGCAGAACTAAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTAATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTACCAATCAGAACAGTTTGGGTACCATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATATTATCTATGGAACAGGATGTATAGTAACAAAAAGGAAGGATAATGGGCTTGGTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTATAATGCAGTCTCTGAGCTACTCATGTGACATTGTGGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTAACTGTGCATCTGGATT Tropidoscincus_aubrianus ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Tropidoscincus_boreus CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCATTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTGAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGATGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAATCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTGTCTT---CTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTGATT- Tropidoscincus_variabilis_AMSR150734 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCATTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTGAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTA?GTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGACGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTT?TGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAATCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT Tropidoscincus_variabilis_AMSR161879 CATGTAGCAGTCCCTTGGTGTTCTCCACCAAAGGTGGAATGCTTTTATTGGGAGAAGGCCCTTCCACCAGGTCTCGTCGGCTGCCACCTCATTTGGCTTGGTGCTCTATTGACTGGGAACAGTTGTGTCTCCATCACCCACTTGGCTCTGGTGGCTTTGGTTCTGTTTACAAGGCTACCTACTATGGATCTACTGTGGCTGTAAAGCAAGTGAAGAAATACAGTAAGAACCGTTTGGCATCACGACAAAGCTTCTGGGCAGAACTGAATGTGGCACGCCTTAGTCATAACAATGTGGTACGTGTTATAGCTGCTAGTGCATGTTCTCCTGCCAGTGAAGACAGTTTGGGTACTATCATAATGGAATATGTAGGTAACAGCACTTTGCACCATGTTATCTATGGAACTGGACGTATGATAACAAAAAGGAAAGAT---AGTTTTGTTTGTGGCTATGAACCTTTAAGTGTAATGCAATCTTTGAGCTACTCGTGTGACATTGTTGCAGGCTTGGTCTTTCTCCATTCACAATTCATTGTGCATCTTGATT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'c-mos') = N: 1-549; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'c-mos') = N: 1-549; END; BEGIN TREES; TITLE Tb10907; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Aptergodon_vittatum, 2 Caledoniscincus_aquilonius, 3 Caledoniscincus_atropunctatus_AMSR161083, 4 Caledoniscincus_atropunctatus_CAS231910, 5 Caledoniscincus_auratus, 6 Caledoniscincus_austrocaledonicus_AMSR161186, 7 Caledoniscincus_austrocaledonicus_CAS231888, 8 Caledoniscincus_chazeaui, 9 Caledoniscincus_festivus, 10 Caledoniscincus_haplorhinus, 11 Caledoniscincus_orestes, 12 Caledoniscincus_renevieri, 13 Caledoniscincus_terma, 14 Catula_zia, 15 Celatiscincus_euryotis, 16 Celatiscincus_similis, 17 Cryptoblepharus_novocaledonicus, 18 Cyclodina_aenea, 19 Emoia_cyanura, 20 Emoia_loyaltiensis, 21 Eugongylus_rufescens, 22 Eutropis_multicarinata, 23 Graciliscincus_shonae_AMSR147856, 24 Graciliscincus_shonae_AMSR165813, 25 Kanakysaurus_viviparus_AMSR161232, 26 Kanakysaurus_viviparus_AMSR161299, 27 Lacertoides_pardalis_AMSR148051, 28 Lacertoides_pardalis_CAS205483, 29 Lampropholis_guichenoti, 30 Leiolopisma_telfairii, 31 Lioscincus_mauria_AMSR149897, 32 Lioscincus_mauria_AMSR163164, 33 Lioscincus_nigrofasciolatum_AMSR138624, 34 Lioscincus_nigrofasciolatum_AMSR149334, 35 Lioscincus_novocaledonicus_AMSR166364, 36 Lioscincus_novocaledonicus_AMSR166367, 37 Lioscincus_steindachneri_AMSR149418, 38 Lioscincus_steindachneri_AMSR149890, 39 Lioscincus_tillieri_AMSR148013, 40 Lioscincus_tillieri_AMSR148037, 41 Lioscincus_viviae, 42 Lygisaurus_folorium, 43 Lygosoma_punctata, 44 Marmorosphax_montana_AMSR165802, 45 Marmorosphax_montana_AMSR165922, 46 Marmorosphax_sp_nov_1_AMSR165973, 47 Marmorosphax_sp_nov_2_AMSR163197, 48 Marmorosphax_tricolor__AMSR163178, 49 Marmorosphax_tricolor_CAS214451, 50 Menetia_greyii, 51 Morethia_adelaidensis, 52 Nannoscincus_garrulus_CAS226166, 53 Nannoscincus_garrulus_AMSR144351, 54 Nannoscincus_gracilis_AMSR129892, 55 Nannoscincus_gracilis_AMSR144351, 56 Nannoscincus_greeri, 57 Nannoscincus_hanchestius, 58 Nannoscincus_humectus, 59 Nannoscincus_mariei_AMSR135111, 60 Nannoscincus_mariei_AMSR146484, 61 Nannoscincus_sleveni, 62 Scincidae_n._gen._Mt_Toam, 63 Niveoscincus_pretiosus, 64 Oligosoma_lichenegra, 65 Oligosoma_microlepis, 66 Oligosoma_smithi, 67 Oligosoma_suteri, 68 Panaspis_africana, 69 Phoboscincus_garnieri_AMSR146293, 70 Phoboscincus_garnieri_AMSR1511964, 71 Pseudemoia_pagenstecheri, 72 Saproscincus_rosei, 73 Sigaloseps_deplanchei, 74 Sigaloseps_ruficauda, 75 Simiscincus_auranticus, 76 Sphenomorphus_fasciatus, 77 Sphenomorphus_jobiense, 78 Tiliqua_scincoides, 79 Tropidophorus_brookei, 80 Tropidoscincus_aubrianus, 81 Tropidoscincus_boreus, 82 Tropidoscincus_variabilis_AMSR150734, 83 Tropidoscincus_variabilis_AMSR161879; TREE con_all_compat = [&R] (79,76,((((((((((((((((62,((((((2,13),8),(4,3)),((5,12),(((6,10),7),9))),11),75)),(23,24)),((81,(83,82)),80)),((((16,15),((37,38),41)),(73,74)),(((25,26),(((48,49),(45,44)),(46,47))),(((28,27),(69,70)),(34,33))))),((((55,61),54),(53,52)),(((56,(58,57)),59),60))),((((32,31),(39,40)),(((65,66),(18,67)),64)),(35,36))),((20,30),21)),(17,((29,63),((42,14),72)))),(19,50)),(51,71)),68),77),43),78),1),22)); END;