#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 23:59 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Willis S., Nunes M., Montaña C., Farias I., & Lovejoy N. 2010. The Casiquiare River acts as a dispersal corridor between the Amazonas and Orinoco River basins: Biogeographic analysis of the genus Cichla. Molecular Ecology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10222] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=74; TAXLABELS Cichla_cf_vazzoleri_B502 Cichla_cf_vazzoleri_B504 Cichla_cf_vazzoleri_B505 Cichla_intermedia_1512 Cichla_intermedia_472 Cichla_intermedia_556 Cichla_intermedia_579 Cichla_jariina_1999 Cichla_kelberi_2189 Cichla_kelberi_2212 Cichla_kelberi_2213 Cichla_kelberi_2290 Cichla_kelberi_2291 Cichla_melaniae_B101 Cichla_melaniae_B102 Cichla_melaniae_B160 Cichla_melaniae_B180 Cichla_melaniae_B181 Cichla_melaniae_B182 Cichla_mirianae_1779 Cichla_mirianae_1829 Cichla_mirianae_1830 Cichla_mirianae_2356 Cichla_monoculus_1679 Cichla_monoculus_1886 Cichla_monoculus_2051 Cichla_monoculus_BCM60 Cichla_monoculus_BCM70 Cichla_monoculus_BM1 Cichla_monoculus_M11 Cichla_monoculus_Ne06 Cichla_ocellaris_1682 Cichla_ocellaris_2140 Cichla_ocellaris_2142 Cichla_orinocensis_1089 Cichla_orinocensis_1615 Cichla_orinocensis_382 Cichla_orinocensis_461 Cichla_orinocensis_473 Cichla_orinocensis_628 Cichla_orinocensis_630 Cichla_orinocensis_957 Cichla_orinocensis_CO38 Cichla_orinocensis_CT04 Cichla_orinocensis_O12 Cichla_orinocensis_Une1 Cichla_orinocensis_Une10 Cichla_orinocensis_Une8 Cichla_pinima_1871 Cichla_pinima_B009 Cichla_pinima_B010 Cichla_pinima_B017 Cichla_pinima_B168 Cichla_pinima_B549 Cichla_pinima_B550 Cichla_pinima_B551 Cichla_pinima_CEI10 Cichla_pinima_CEI5 Cichla_pinima_OR12 Cichla_piquiti_2200 Cichla_piquiti_2223 Cichla_pleiozona_BM21 Cichla_pleiozona_BM22 Cichla_pleiozona_BM26 Cichla_temensis_1674 Cichla_temensis_361 Cichla_temensis_648 Cichla_temensis_942 Cichla_temensis_BM12 Cichla_temensis_Ne80 Cichla_temensis_Ne90 Cichla_temensis_T18 Cichla_thyrorus_B526 Retroculus_xinguensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Cichla_monoculus_2051 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Cichla_orinocensis_461 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CHARSET ATP82 (CHARACTERS = 'CB-ATP-CR') = 672 675 678 681 684 687 690 693 696 699 702 705 708 711 714 717 720 723 726 729 732 735 738 741 744 747 750 753 756 759 762 765 768 771 774 777 780 783 786 789 792 795 798 801 804 807 810 813 816 819 822 825 828; CHARSET ATP83 (CHARACTERS = 'CB-ATP-CR') = 673 676 679 682 685 688 691 694 697 700 703 706 709 712 715 718 721 724 727 730 733 736 739 742 745 748 751 754 757 760 763 766 769 772 775 778 781 784 787 790 793 796 799 802 805 808 811 814 817 820 823 826; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'CB-ATP-CR') = N: 1-2035; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'CB-ATP-CR') = N: 1-2035; END; BEGIN TREES; TITLE Tb11181; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Retroculus_xinguensis, 2 Cichla_orinocensis_461, 3 Cichla_intermedia_472, 4 Cichla_monoculus_1886, 5 Cichla_temensis_361, 6 Cichla_intermedia_1512, 7 Cichla_monoculus_2051, 8 Cichla_kelberi_2291, 9 Cichla_kelberi_2290, 10 Cichla_piquiti_2200, 11 Cichla_kelberi_2212, 12 Cichla_orinocensis_CT04, 13 Cichla_kelberi_2189, 14 Cichla_piquiti_2223, 15 Cichla_mirianae_2356, 16 Cichla_kelberi_2213, 17 Cichla_melaniae_B180, 18 Cichla_temensis_T18, 19 Cichla_orinocensis_1615, 20 Cichla_monoculus_M11, 21 Cichla_temensis_942, 22 Cichla_orinocensis_473, 23 Cichla_ocellaris_1682, 24 Cichla_monoculus_BCM70, 25 Cichla_temensis_1674, 26 Cichla_monoculus_Ne06, 27 Cichla_pinima_CEI10, 28 Cichla_ocellaris_2140, 29 Cichla_monoculus_BM1, 30 Cichla_monoculus_BCM60, 31 Cichla_orinocensis_O12, 32 Cichla_pinima_CEI5, 33 Cichla_orinocensis_628, 34 Cichla_temensis_BM12, 35 Cichla_orinocensis_630, 36 Cichla_cf_vazzoleri_B504, 37 Cichla_thyrorus_B526, 38 Cichla_pinima_B017, 39 Cichla_cf_vazzoleri_B502, 40 Cichla_cf_vazzoleri_B505, 41 Cichla_orinocensis_Une8, 42 Cichla_orinocensis_382, 43 Cichla_orinocensis_Une10, 44 Cichla_ocellaris_2142, 45 Cichla_orinocensis_Une1, 46 Cichla_orinocensis_1089, 47 Cichla_orinocensis_CO38, 48 Cichla_pinima_B551, 49 Cichla_pinima_B549, 50 Cichla_pinima_B550, 51 Cichla_melaniae_B181, 52 Cichla_pinima_B009, 53 Cichla_pinima_B010, 54 Cichla_pinima_1871, 55 Cichla_jariina_1999, 56 Cichla_mirianae_1830, 57 Cichla_melaniae_B101, 58 Cichla_pinima_OR12, 59 Cichla_mirianae_1779, 60 Cichla_mirianae_1829, 61 Cichla_pleiozona_BM21, 62 Cichla_pleiozona_BM22, 63 Cichla_monoculus_1679, 64 Cichla_intermedia_579, 65 Cichla_orinocensis_957, 66 Cichla_temensis_Ne80, 67 Cichla_temensis_Ne90, 68 Cichla_melaniae_B182, 69 Cichla_pinima_B168, 70 Cichla_intermedia_556, 71 Cichla_melaniae_B160, 72 Cichla_melaniae_B102, 73 Cichla_temensis_648, 74 Cichla_pleiozona_BM26; TREE Fig._5 = [&R] (1,(((((((((5,21),18),73),(25,(66,67))),34),((((36,39),40),((48,50),49)),((37,(54,58)),(38,52)))),((15,(((56,59),60),((57,68),(71,72)))),((17,51),69))),((10,14),(27,(32,(53,55))))),(((((((((2,65),(12,22)),(33,47)),35),((41,43),45)),(19,31)),(42,46)),((3,6),(64,70))),(((((((4,63),((20,(24,30)),(26,29))),7),(28,44)),23),((((8,9),13),11),16)),((61,62),74))))); END;