#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 24, 2024; 7:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Mullin P., Harris T., & Powers T. 2003. Systematic status of Campydora (Nematoda: Campydorina). Nematology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1022] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=21; TAXLABELS Akrotonus_vigor Alaimus_parvus Aquatides_christei Belondira_apitica Campydora_demonstrans Diphtherophora_obesus Enoplus_brevis Ironus_sp_NE Isolaimium_sp_NE Leptonchus_microdens Metachromadora_sp_GB Miconchus_fasciatus Mylonchulus_subsimilis Paractinolaimus_sp_NE Pontonema_vulgare Prismatolaimus_sp_NE Romanomermis_culicivorax Trichinella_spiralis Trichodorus_proximus Tripyla_affinis Xiphinema_vuittenezi ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M612] TITLE 18s_rDNA_Nematoda; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=672; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=~ GAP= .; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Akrotonus_vigor 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GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGCCAACTAGCGATCTGTGGAGCATAATTTTATGACTCCACAGGAAGCTTCCGGGAAACCA..AAGTCTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACGCGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTC.....TTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTACTAAA.TAGTGGCTGAATTTT....TAGTTCAGCATAC..TTCTTAGAGGGACAAGGGG.TATCTAGCCCCACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAGGAGTCAACATGCATT.GATACCTAGTCTGGAAAGATT.GGGTAACCCAATGAAACTCCTTCGTGATTGGGATAGGGAATTGTAATTATTTCCCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAA.ATGCGGGTCATCATCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTAAAACAAAAACAAACAA Aquatides_christei GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGCCAACCAGCGATTA.ATCGGCGTTAATTTATGACCCGATTAGAAGCTTCCGGGAAACCA..AAGTTTTTCGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTAAGGATTGACAGACTGATAGCTC.....TTTCTTAATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCCTATTAAA.TAGTAGAGTCATTCT..GATAGTGGTTCTTAC..TTCTTAGAGGGACAAGCGG.CGTCTAGCCGCATGAAATAGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAAGAATCAGTGTGCGTCACGACCCTAGTCCGGAAGGACT.GGGTAACCCAAGTAAATTCTTTCGTGCTTGGGATAGGGAATTGAAATTATTTCCCTTAAACGAGGAATTCCCAGTAA.ATGCGGGTCATAAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACAACAAAAAAAAAAAA Belondira_apitica GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGACAACCAGCGATTA.GTCGGCGTTAATATATGACCCGACTAGCAGCTTCCGGGAAACCA..AAGTTTTTCGTTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTC.....TTTCTTAATTCAGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCCTATTAAA.TAGACGATATATCC...GAAAGTATGTCGCGC..TTCTTAGAGGGACAAGCGG.CGTCTAGCCGCATGAAATAGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAAGAATCAGCGTGCGA..TTGGCCTGATTCGGAAGAATC.GGGTAACCCCAGCAAATTCTTTCGTGCTTGGGATAGGGAATTGCAATTATTTCCCTTAAACGAGGAATTCCCAGTAA.ATGCGGGTCATAAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACAACACAAAAAACCAA Campydora_demonstrans GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGCCAACTAGCGATCCACAG.GCGTTATTCAATGACTCTGTGGGCAGCTTCCGGGAAACCA..AAGTTTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACGCGGGGAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTC.....TTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTATTAAA.TAGAATGCTAATCAC....AAGTTAGCAGAGC..TTCTTAGAGGGACTAGAGG.CGTCTAGCCTCACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAAGATTCAGCAAGCTCT.AC..CCTGAGCTGTTAAGTTT.GGGTAACCTTCTGAAACTCTTTCGTGATTGGGACAGGGACTTGTAATTATTTCCCTCGAACGAGGAATTCCTAGTAA.GTGTGGGTCATCATCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTAAAACAAAAACAAACAA Diphtherophora_obesus GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCAGACCGTAAACG.ATGCCATCTGAAAATCC.ACCGGCGTTA.TGCTTGACCCAGTGGGCGTTCAACGGGAAACCT..AAGTC...AGGTTCCAGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTC.....TTTCTTGATTCAGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTACTAAA.TAGACGGTACTTCTT...TACGAGTGCCGCGC..TTCTTAGAGGGACAAGCGG.CTTCTAGCTGCACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAGACATCAACATGCATC.TCAACCTACTCCGGAAGGAGC.GGGTAACCCGTTGAAACGTCTTCGTGATTGGGATAGGGAATTGCAATTATTTCCCTTGAACGAGGAATTCCCAGTAA.GTACGAGTCATCAGCTCGTGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACCACCAACAAAAACAA Enoplus_brevis GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGCCAGCTAGCGATCCGCGGGAGTTAGATATATGACTTCGCGGGCAGCTTCCGGGAAACCA..AAGCGTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAATCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACGCGGGGAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTC.....TTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTACTAAACTAGGCAGCAAATTTTG...TTGTTTGTTGAAC..TTCTTAGAGGGACAGAGGG.TTTCTAGCCCTACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAGCGAGCATG.AAAACCTTGTCCGGAAGGACT.GGGTAACCCGTTGAAACTCCTTCGTGCTTGGGATAGGGATTTGCAATTATCTCCCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAA.ATGTGGGTCATCATCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTAAAACAAAACAAAACAA Ironus_sp_NE GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGCAAACTAGCGATCCGTTGGTGTTAAAAATATGACTCCACGGGCAGCTTCCGGGAAACCA..AAGTGTTTCTGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACGCGGGGAATCTCACCCGGCCCTGACACTGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTC.....TTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTACTAAC.TAGTGAATAGATTTAC...TGGTTTGTTA.AC..TTCTTAGAGGGATAAGTGG.TGTCTAGCCACACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAGAACTGAGCGTGTATT.TAAGCCTTTTCCGGAAGGAAT.GGGTAACCCTTTGAAACTTCTTCGTGCTTGGGATAGGGAATTGAAATTATTTCCCTTTAACGAGGAATTCCTAGTAA.GTGCGGGTCATTATCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTAAAACAAAACAAAACAA Isolaimium_sp_NE GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGCGAACCAGCGATCC.GCCGGCGTTAAT.CACGACTCGGCGGGCAGCTTCCCGGAAACGA..AAGTCTTTCCGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCCGGCCAAGACACTGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTC.....TTTCTTGATTCGGGGGGTGGGGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACAAACGAGACTCTGGCCTGCTAAA.TAGTGAGCGGATCAC.TTGTAGTCCGCGGCGC..TTCTTAGAGGGACAAGCGG.TGTTCACCCGCATGAAAAAGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAGGAGTCAACGCGCTTT.TTAACCTGGCCCGAAAGGGCC.GGGTAACCGGATGAAAATATTTCGTGCTTGGGATAGGGACTTGCAATTATTTCCCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAA.GTGCGGGTAATAATCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACCAACAAAAAACAA Leptonchus_microdens GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGACAACCAGCGATTA.GTCGGCGTTAATCTACGACCCGACTAGCAGCTTCCGGGAAACCA..AAGTTTTTCGTTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTC.....TTTCTTAATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCCTATTAAA.TAGACGGCGTATCG...AAAAGTACGCCGAGC..TTCTTAGAGGGACAAGCGG.CGTCTAGCCGCATGAAATAGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAAGAATCAGCGTGCGATTCTCGCCTGGTCCGGAAGGATC.GGGTAACCCGAGTAAATTCTTTCGTGCTTGGGATAGGGAATTGCAATTATTTCCCTTAAACGAGGAATTCCCAGTAA.GTGCGGGTCATAAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACAACACAAAAAAAAAA Metachromadora_sp_GB GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGCCAATTAGCGATCT.GCTGGCGTTAAT.CATGACCCAGCAGGCAGCTTCCCGGAAACGA..AAATCTTTCGGTTCAGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGATGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTAAGGATTGACAGATTGACAGCTC.....TTTCTTGATTCAGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTGCTAAA.TAGTTTGCGGATCGT.TC..CGTCCGCGGTAC..TTCTTAGAGGGACAAGCGG.CATATAGCCGCACGAAATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAATATGCCTC.TTC.CCTTGTCCGAAAGGACT.GGGTAACCCTTTGAAACTCCTTCGTGATTGGGATAGCGAATTGTAATTATTTCGCTTGAACGAGGAATATCCAGTAA.GTGTGGGTCATAAGCTCACGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACCAACAAAAAACAA Miconchus_fasciatus GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGCCAACTAGCGATCC.GTCGGTGTTAAGATTTGACTCGACGGGCAGCTTCCGGGAAACCA..AAGTTTTCTGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTTAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCCGGCCAGGACACAATAAGGATTGACAGATTGATAGCTC.....TTTCTTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTATTAAA.TAGACGATATAT..TATTAGTTTAT..CGAGC..TTCTTAGAGGGACAAGCAG.CTTCTAGCTGCACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACAATGAAAATAGCAGCATGCGT.AAATACCTTTTCTGGTAAGAAT.TGGTAAAC..ACGAAATATTTTCGTGCTAGGGATAGGGGATTGAAATTATTGCCCTTAAACGAGGAATTCCCAGTAA.GTGCAAGTCATTAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACAACAAAAAAACAAAC Mylonchulus_subsimilis GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACT.ATGCCAACTAGCGATCC.GTCTGTGTTAAATATTGACTCGACGGGCAGCTTCCGG.AAACCA..AAGTTTATAGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTTAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCCGGCCAGGACACAATAAGGATTGACAGATTGATAGCTC.....TTTCTTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTATTAAA.TAGACGATATATCTTATTAGTATAT..CGAGC..TTCTTAGAGGGACGAGCAG.CTTCTAGCTGCACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACAATGAAAATAGCAGCGCGTTTCGAAAACCTTTTCTGGAAAGTAT.TGGTAAAC..GCGAAATATTTTCGTGATTGGGATAGGGGATTGCAATTATTGCCCTTGAACGAGGAATTCCCAGTAA.ATTCGAGTCATCAGCTCGAGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACAACAAAAAAACAAAC Paractinolaimus_sp_NE GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGACAACCAGCGATTA.ATCGGCGTTAATATATGACCCGATTAGCAGCTTCCGGGAAACCA..AAGTTTTTCGTTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTC.....TTTCTTAATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCCTATTAAA.TAGACGATATATTA...AAAAGTATATCGCGC..TTCTTAGAGGGACAAGCGG.CGTCTAGCCGCATGAAATAGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAAGAATCAGTGGGCGTT.AT.ACCTAGTTCGGAAGAACC.GGGTTACCCAAGTAAATTCTTTCGTGCTTGGGATAGGGAATTGCAATTATTTCCCTTAAACGAGGAATTCCCAGTAA.ATTCGGGTCATAAGCTCGAGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACAACACAAAAAAACCA Pontonema_vulgare GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGTTAACTAGCGATTCGCAGGAGTTACTTTAACGGCTCTGCGAGAAGCTCCCGGGAAACCT..AAGTGTTCAAATTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGA~~~~~~~~CACCACCAGGAGTGGAGCTTGCGGCTTAATTTGACTCAACGCGGGGAAACTCACTTGGTCAGGACACTGTAAGGATTGACAGATTGAAAGCTC.....TTTCTTGATTCGGTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTATCTTGCTAAC.TAGGCGCAGATTTAT...TCTGACTGTAGAGC..TTCTTAGAAGGACAGGGGT..TACCAACCCCACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCAAGGCTGCACGCGTGCTACACTGAAGACGGCAACATGTG.....AACCTAACTCGGAGGAGTTTGGGGAACCCTTTTAAACGTCTTCGTGCTAGAGATTGGGACTTGTAATTATTTCCCATGAACGAGGAATTCCTAGTAA.GTGCGAGTCAACATCTCGCGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTAAAACAAACAAAAACAA Prismatolaimus_sp_NE GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCAGACCGTAAACGGATGCCAACTAGCGATCCGAGGGGCGTTAATTTATGACTCCACGGGAAGCCTTCCGGGAAACCAAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTC.....TTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTGCTAAA.TAGGCAGTGGATTCT...TA.GTCCACTGTAC..TTCTTAGAGGGACAAGCAG.CGTCTAGCTGCACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAACATGCTTC.TCAACCTTGCCCGGAAGGGCT.AGGTAACCCGTTGAAAC.TCTTCGGGATTGGGATAGGGAATTGCAATTATTTCC.TTGAACGAGGAATTCCCAGTAAAGTGCGGGTCATCAGCTCGCGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTAAAAAAAACAACAACAA Romanomermis_culicivorax GGCGATCACATACCGCCCTAGTTCTGACCGTAAACG.ATGCCAACTGGCCATTC.GCCGGAGTTACTTTATGACTCGGCGGGCAGCCTCCGGGAAACCA..AAGTTTTCTGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTTAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGTGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAGCTCACCCGGTCAGGACACAGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTC.....TTTCTCGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAAATTCTAGCCTACTAAC.TAGGCGCCAAATTCTTTTGCTGTATGGCGACC..TTCTTAGAGGGACAAGCAG.CAATTAGCTGCACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTA~ATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACAATGAAGGTAGCA~AATGTATCGAA.ACCGTGTCTGGGAAGACT.CGGTAATC..ACTAATTATTTTCGTGCTTGGGACAGGGCATTGGAATTATTGCCCTTGAACGAAGAATATCTAGTAA.GCGTGAGTCATAAGCTCCCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACAACAAAAAAAAAACC Trichinella_spiralis GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACGGTAAACT.ATGCCAACCAGCGATTC.GCCGAAGTTCATTTAAGACTCGGCGAGCAGCTTCCGGGAAACCA..AAGTGTTTCGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGG..CATGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGGAAGGATTGACAGATTGACAGCTCAGCTCTTTCTTGATTCAGTGGGTAGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTACCCTATTAAA.TAGTGACAGTATTGTATT.TTTTGTGCTGATCACTTCTTAGAGGGACTGGCAAATTGAAAGCTGCACGAAAAAGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTCGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACAATGAAAGCGTCAACGTGAGTTACG.TCCTTACCTGAAAAGGTT.TGGCAATCGAATGAAACGTTTTCTTGAATGGAATAGGGAATTGCAATTGTTTCCCTTGAACGAGGAATTCCCAGTAA.GCGTGAGTCATTAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACAACAAAAAAAAAACA Trichodorus_proximus GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCAGACCGTAAACG.ATGCCATCTGGCGATCC.ACCGGCGTTA.TGTATGACTCGGTGGGCAGCCACCGGTAAACCTTTAAGTC...AGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTC.....TTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTTATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTACTAAA.TAGACAGTACTTCCT...TA.GAGTGCTGCGC..TTCTTAGAGGGACAAGCGA.CTTCTAGTCGCACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCTGCACGCCCGCTACACTGAAGGCATCATCATGTCTA.TCAGCCTACCCCGGAAGGGGC.GGGTAACCCGATGAAACGCCTTCGTGATTGGGATAGGGAATTGCAATTATTTCCCTTGAACCAGGAATTCCCAGTAA.GTGCGGGTCATCAGCTCGCGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACCAACAACAACAACAA Tripyla_affinis GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCGTAAACG.ATGCAAACCAGAAATTCGCGGGAGTTA.ATACATGACTTCGCGAGCGTCTTCCGGGAAACCA..AAG...ATATGTTCCGGGGGTAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACGCGGGGAAACTTACCCGGCCCGGACACCGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTC.....TTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAGCCTATTAAA.TAGTCGGTAAATCCT....TTGTTTACTGTAC..TTCTTAGAGGGACAGAAGG.CGTCTAGCCTTACGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAGGATTCAACGTGATTT.TTCACCTGTTCTGGAAAGAAT.GGGTAACCCGTTGAAACTCCTTCGTGATTGGGATAGGGGCTTGTAATTAT.TCCCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAA.GTGCGGGTCATCATCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTAAAACAAAAACAAACAA Xiphinema_vuittenezi GGCGATCAGATACCGCCCTAGTTATAACCGTAAACG.ATGACAACCAGCGATTA.GTCGGCGTTAATATAAGACCCGACTAGCAGCTTCCGGGAAACCA..AAGTTTTTCGTTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTC.....TTTCTTAATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCCTATTAAA.TAGACGGTATATCTAGAAAAAGTATACCGCGC..TTCTTAGAGGGACAACCGG.CTTCTAGCCGCGTGAAATAGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAAAGAATCAGTATGCGCC.GTCGCCTAGTTCGGAAGAACC.GGGTAACCCTAGCAAATTCTTTCGTGCTTGGGATAGGGAATTGCAATTATTTCCCTTAAACGAGGAATTCCCAGTAA.ATGCGGGTCATAAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACAACAAAAAAAAACAA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 18s_rDNA_Nematoda) = N: 1-672; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 18s_rDNA_Nematoda) = N: 1-672; END; BEGIN TREES; TITLE Tb6557; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Xiphinema_vuittenezi, 2 Tripyla_affinis, 3 Trichodorus_proximus, 4 Trichinella_spiralis, 5 Romanomermis_culicivorax, 6 Prismatolaimus_sp_NE, 7 Pontonema_vulgare, 8 Paractinolaimus_sp_NE, 9 Mylonchulus_subsimilis, 10 Miconchus_fasciatus, 11 Metachromadora_sp_GB, 12 Leptonchus_microdens, 13 Isolaimium_sp_NE, 14 Ironus_sp_NE, 15 Enoplus_brevis, 16 Diphtherophora_obesus, 17 Campydora_demonstrans, 18 Belondira_apitica, 19 Aquatides_christei, 20 Alaimus_parvus, 21 Akrotonus_vigor; TREE Fig._1 = [&R] (10,(9,(5,(4,(((((21,(18,12)),1),8),19)Dorylaimida,((13,11),(((16,3),6)Triplonchida,((15,14),(2,((17,7),20)))Enoplida))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6559; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Xiphinema_vuittenezi, 2 Tripyla_affinis, 3 Trichodorus_proximus, 4 Trichinella_spiralis, 5 Romanomermis_culicivorax, 6 Prismatolaimus_sp_NE, 7 Pontonema_vulgare, 8 Paractinolaimus_sp_NE, 9 Mylonchulus_subsimilis, 10 Miconchus_fasciatus, 11 Metachromadora_sp_GB, 12 Leptonchus_microdens, 13 Isolaimium_sp_NE, 14 Ironus_sp_NE, 15 Enoplus_brevis, 16 Diphtherophora_obesus, 17 Campydora_demonstrans, 18 Belondira_apitica, 19 Aquatides_christei, 20 Alaimus_parvus, 21 Akrotonus_vigor; TREE Fig._3 = [&R] (10,(9,(5,(4,((((((21,1),8),18),12),19)Dorylaimida,((13,11),(((16,3),6)Triplonchida,(((((15,7),2),14),20),17)Enoplida))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb6558; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Xiphinema_vuittenezi, 2 Tripyla_affinis, 3 Trichodorus_proximus, 4 Trichinella_spiralis, 5 Romanomermis_culicivorax, 6 Prismatolaimus_sp_NE, 7 Pontonema_vulgare, 8 Paractinolaimus_sp_NE, 9 Mylonchulus_subsimilis, 10 Miconchus_fasciatus, 11 Metachromadora_sp_GB, 12 Leptonchus_microdens, 13 Isolaimium_sp_NE, 14 Ironus_sp_NE, 15 Enoplus_brevis, 16 Diphtherophora_obesus, 17 Campydora_demonstrans, 18 Belondira_apitica, 19 Aquatides_christei, 20 Alaimus_parvus, 21 Akrotonus_vigor; TREE Fig._2 = [&R] (10,(9,(5,(4,((((((21,(1,8)),18),12),19)Dorylaimida,13),(11,(((16,3),6)Triplonchida,(((((15,2),14),7),20),17)Enoplida))))))); END;