#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2024; 23:23 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Nelsen M., Lücking R., Grube M., Mbatchou J., Muggia L., Rivas-plata E., & Lumbsch H. 2009. Unravelling the phylogenetic relationships of lichenized fungi in Dothideomyceta. Studies in Mycology, 64(1): 1-15. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10236] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=162; TAXLABELS Acrocordia_subglobosa_HTL940 Amphisphaeria_umbrina Anisomeridium_ubianum_94 Aptrootia_terricola Arthonia_caesia Arthonia_didyma Arthonia_dispersa Arthonia_radiata Arthonia_ruana_79B Arthonia_rubrocincta_129 Arthopyrenia_salicis Arthopyrenia_salicis_1994Coppins Ascobolus_crenulatus Astrothelium_cinnamomeum_AFTOL110 Astrothelium_confusum_98 Bacidia_schweinitzii Bathelium_degenerans1 Bathelium_degenerans2 Bimuria_novae_zelandiae Bionectria_ochroleuca Botryosphaeria_dothidea Botryosphaeria_stevensii Botryosphaeria_tsugae Botryotinia_fuckeliana Caliciopsis_orientalis Caliciopsis_pinea Camarops_ustulinoides Capnodium_coffeae Capronia_pilosella Cercospora_beticola Cheilymenia_stercorea Chiodecton_natalense Chlorociboria_aeruginosa Chrysothrix_flavovirens_L466 Chrysothrix_xanthina_126 Cladosporium_cladosporioides Cochliobolus_heterostrophus Cochliobolus_sativus Columnosphaeria_fagi Combea_mollusca Coniothyrium_palmarum Cordyceps_capitata Cryptothecia_assimilis_86B Cryptothecia_candida Cryptothelium_amazonum_47 Cryptothelium_cecidiogenum Cryptothelium_pulchrum_63C Cudoniella_clavus_cf Cystocoleus_ebeneus_L161 Cystocoleus_ebeneus_L315 Cystocoleus_ebeneus_L348 Cystocoleus_ebeneus_L364 Delitschia_winteri Dendrographa_alectoroides_100 Dendrographa_leucophaea_f_minor Dendryphiella_arenaria Dermatocarpon_miniatum Diaporthe_eres Dichosporidium_boschianum_89B Dirina_catalinariae Dothidea_insculpta Dothidea_sambuci Dothiora_cannabinae Eleutherascus_lectardii Elsinoe_centrolobi Elsinoe_phaseoli Elsinoe_veneta Endocarpon_pallidulum Enterographa_anguinella Enterographa_crassa Erythrodecton_granulatum Eupenicillium_javanicum Exophiala_salmonis Flavobathelium_epiphyllum_67 Glomerella_cingulata Glyphium_elatum Gnomonia_gnomon Guignardia_gaultheriae Herpothallon_rubrocinctum_128 Herpotrichia_diffusa Hypocrea_lutea Hysteropatella_elliptica Kirschsteiniothelia_aethiops_1 Kirschsteiniothelia_aethiops_2 Lachnum_virgineum Laurera_megasperma_GB Lecanactis_abietina Lecanactis_sp Lecanora_hybocarpa Macrophomina_phaseolina Megalotremis_verrucosa_104 Monilinia_laxa Mycomicrothelia_hemispherica_102 Mycomicrothelia_miculiformis_101B Mycomicrothelia_obovata_95 Mycosphaerella_fijiensis Mycosphaerella_punctiformis Myriangium_duriaei Nectria_cinnabarina Opegrapha_celtidicola Opegrapha_filicina Opegrapha_lithyrga Opegrapha_varia Ophionectria_trichospora Peltigera_degenii Penicillium_freii Pertusaria_dactylina Phaeotrichum_benjaminii Phoma_herbarum Phyllobathelium_anomalum_242 Phyllobathelium_firmum_ERP Pleospora_herbarum Preussia_terricola Pseudopyrenula_subgregaria_106 Pseudopyrenula_subnudata_GB Pyrenophora_phaeocomes Pyrenophora_tritici_repentis Pyrenula_pseudobufonia Pyrgillus_javanicus Pyxine_subcinerea Racodium_rupestre_L346 Racodium_rupestre_L423 Racodium_rupestre_L424 Ramichloridium_anceps Roccella_canariensis Roccella_fuciformis Roccella_montagnei_109 Roccella_tuberculata Roccellographa_cretacea Schismatomma_decolorans Schismatomma_pericleum Scorias_spongiosa Scutellinia_scutellata Simonyella_variegata Sphinctrina_turbinata Spiromastix_warcupii Sporormiella_minima Staurothele_frustulenta Strigula_nemathora_72 Strigula_schizospora_73 Stylodothis_puccinioides Sydowia_polyspora Syncesia_farinacea Trematosphaeria_heterospora Trematosphaeria_pertusa Trimmatostroma_abietis Trypetheliopsis_kalbii_243 Trypethelium_eluteriae_111 Trypethelium_eluteriae_GB Trypethelium_marcidum_132 Trypethelium_marcidum_GB Trypethelium_nitidiusculum_139 Trypethelium_papulosum_97 Trypethelium_platystomum_GB Trypethelium_tropicum_25 Tubeufia_cerea Tylophoron_crassiusculum Tylophoron_moderatum Tyrannosorus_pinicola Vibrissea_truncorum Westerdykella_cylindrica Xylaria_hypoxylon ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4854] TITLE Dothideomyceta_nuLSU_&_mtSSU; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1915; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Bacidia_schweinitzii GAGTTGTAATTTGTAGAGGATGTTTCGGG-TGCGG--CGCC-GGTCGAAGTCCCTTGGAACAGGGTGTCACAG-AGGGTGAGAATCCCGTATGTGAAACTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAT-GGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCGACCAGA-CCTGCCCGTGGGTGC-TCAGCGGGGGTTTCCGTGCA-CTCGCCCACGA-TCAGGCCAGCATCAGTTCCGGCGACCGGATAAAGGCCCGAGGAATGTATTATAGCCTCGGGTGGCATACGGCCAGCTGACTGAGGACCGCGGGATGCTGGCGTAATGGTTGCAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG-AGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTC-AAACCCATG-CGCGCAATGAAAGTGAACGGAGGTCAGAGTGCATGATCGACCGATCCTGAAGTTTA-CGGATGGATTTGAGTATGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-CAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--AAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTT-CCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATA-GCAGTAA-CGAATTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGAGCCTAGGGGATGTAAC-ATCCTTTA-CTCATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTT-GTTGCTTAATTGAACGTGGACATTTGAATGTACCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGTGGGGTTAAGGTGCCGGAATGCACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTGATTCATCTAGACAGCCGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCGGCCGAATGAATCAGCCCTG-AAAATGGATGGCGCTCGAGCGTGCTACCTATACCCCGCCGCCAGGGTAGAAACGATGCCCTGGCGAGTAGGCAGGCGTGGGGG??TAGCCTAACGGCTGAACCAGCAACTTGGATGAATGGCAATATCAAATA-GTTGAATAAAATTCTGGATAAAA-TTTGATAATGAC-ATTTTTTATTCATATGTCTTGACCAAAAAACGTGCCAGCAGTCGCGGTAACACGTTTAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGGGA-AC-TAATCTGCTAGAGTTACTTGTG--AGGGGGCCTA-AAAGTACTATTGGTTT-----AGAGATAAAATTCTACAAGACCAATGGCACAGGTAAAGGCGAAAGCGTCCTCCTATGTGATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTTGATAGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCGAAGCAGAAAATGATGAGTGTCATAAGCTAGACTAGTTTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTTATGAGTAAAGTGGCAACGCCGGAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGACCCACAAAAAACCTTACCACAACTTGAATAACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGATT-TGGTTAGATCCATTAAATTAACGTAAACCCTTGCATTATTTGCAGTTCAACCACC-ACAAA----GGATATGATAACAGGGACTAAGACAAGTCATCA?????????????????????? 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Bimuria_novae_zelandiae 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Flavobathelium_epiphyllum_67 ????????????????????????????????????????????????????????????CAGGGCGTCATAG-AGGGTGAGAGTCCCGTTTGTGAGGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAGC-GGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGGCAGA-CTTGCTCACGGCGGTTTCGCCGGGTGTTCCGGTTTA-CTCCACCGCGT-TCAGGCCAGCATCAGTTCGGGCGACCGGAAAAAGGCGAAGGGAATGTATTATAGCCCATCGTGAAATACGGCCAGCTGACTGAGGTCAGCGG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Glomerella_cingulata GAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTTTGG-TGCGG--TGCC--TTCCAAGTTCCCTAGAACGGGACGCCAGAG-AGGGTGAGAGCCCCGTATGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAAAT-GGGAGGTATATTTCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGGGTTAAACAGCACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAGCGCTTGTGACCAGA-CTTGCGTCCGGTGAA-TCACCCAGCTCTCTGGGGCA-CTTCGCCGGCT--CAGGCCAGCATCAGCTCGGTCGG--GGACAAAAGCTTCAGGAACGTATTATAGCCTGTTGCACAATACCCTTCGGCGGCTGAGGTACGCGGGATGCTGGCATAATGGTCATCAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG-AGTCAACCTTATGTGCGAGTGTTCGGGTGTC-AAACCCCTA-CGCGTAATGAAAGTGAACGCAGGTGAGAGCGCATCATCGACCGATCCTGATGTTCT-CGGATGGATTTGAGTAAGAGCATATAGGGTTGGACCCGAAAGAAGGTGAACTATGCGTGTATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-CAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--AAATATGCGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCTTCTAGTAGCTGGTT-TCCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATA-GCAGTGT-TGAACTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGGCGCTATATTGCCTTCA-TCCATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCCTT-GTTGCTTAATTGAACGTGGGCATTCGAATGTATCAACACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGAGGTTAAGGTGCCAGAGTAGACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTACATCTTGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGACTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATGTACTAGCCCTG-AAAATGGATGGCGCTCAAGCGTCTCACCCATACCTCGCCCTCAGTGTAGAAACGATGCGCTGAGGAGTAGGCGGACGTGGAGGAATGGCCTAAGGGCTGAACTGGCAATTTGGGTAAACGAGAATTGTAACTTACTAAAATAAAGTTTTAAGTACG-TATTAATAATGATAAT-ATGTATAAAA--GTCTTGACCAA-TTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGGAGACGAGCATTATTCATATTAAATAGGTTTAAAGGGTACCCAAACGGTAGGAG-TACTTGACTAGAGTTATATGTA--AGAAGA------CCGTACTTGAGGTGG-----AGAGATTATATTTTATGATACCAAAAGGACTGATAACGGCGAAGGCTGTCTTTTATGTAATAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCATAGATAACTAACAGGATTCGTTACCCTAGTAGTCTTTGCAGACAATGATGAATGCCATTAACTAGATAGTTATATAAATGAAAATGAAAGCATTTCACCTCAAGAGTAATGTGGCAACGCAGGAACTGAAATCACTAGACCGTTTCTGACACCAGTAGTGAAGTATGTTATTTAATTCGATGATCCACGAAAAACCTTACCACAACTTGAATAACAGGAGTTGCACGGCTGTTTTCAGTTAATGTTGTGAAACTGTGGTTT-TTCCATGAAATTAACAGAATCCTTTGCTTTA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Gnomonia_gnomon 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Guignardia_gaultheriae 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Hypocrea_lutea GAGTTGTAATTTGTAGAGGATGCTTTTGG-TGAGG--TGCC--GCCCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCACAG-AGGGTGAGAGCCCCGTCTGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAAAT-GGGAGGTATATGTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACCTTGAAAAGAGGGTTAAATAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGTGACCAGA-CTTGGGCGCGGCGGA-TCATCCGGGGTTCCGGTGCA-CTTCGCCGCGT-TCAGGCCAGCATCAGTTCGTCGCGGGGGATAAAGGCTTCGGGAACGTGTTATAGCCCGTTGCATAATAC--CCTGCGGACTGAGGACCGCGGGATGCTGGCGTAATGGTCACCAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG-AGTCGTCTTCGTATGCGAGTGTTCGGGTGTC-AAACCCCTA-CGCGTAATGAAAGTGAACGCAGGTGAGAGCGCATCATCGACCGATCCTGATGTTCT-CGGACGGATTTGAGTAAGAGCATACGGGGCCGGACCCGAAAGAAGGTGAACTATGCCTGTATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-CAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--AAATATGGGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCTTCTAGTAGCTGGTT-TCCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATA-GCAGTGT-TGAGCTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGGCGCTATATTGCCTTCA-TCCATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCCTT-GTTACTTAATTGAACGTGGGCATTCGAATGTATCAACACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGAGGTTAAGGTGCCAGAGTAGACGCTCATCAGACACCACAAAAGGCGTTAGTACATCTTGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGACTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATGTACTAGCCCTG-AAAATGGATGGCGCTCAAGCGTCTCACCCATACCTCGCCCTCGGGGTAGAAACGATGCCCCGAGGAGTAGGCGGACGTGGAGGAATGGCCTAACGGCTGAACTGGCAACTTGGAGAAGTGAGGATTGTATTAAAATTGAATAAAGCTTTGTTTATA-TATTGATAATGACAGT-ATATATATCGT-GTCTTGACTAA-TTGCGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAAGAGACTAGTGTTATTCATCTTAATTAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTGTTAG-TACTTGACTAGAGTTTTATGTA--AGAGGG------CAGTACTTGAGGAGG-----AGAGATGAAATTCTATGATACCAAAGGGACTGGTAAAGGCGAAGGCAGCCCTCTATGTAAAAACTGACGTTAAAGGACGAAGGCACAGAGCACAAACAGGATTAGATACCCAAGTAGTCTTTGCAGTAAATGATGAATGCCATAGGTTAGATTGGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTTCACCTCAAGAGTAATGTGGCAACGCAGGAACTGAAATCACTAGACCGTTTCTGACACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTCGATGATCCACGAAAAACCTTACCACAATTTGTATAACAGGAGTTGCACGGCTGTTTTCAGTTAATGTTGTGAAACTGTGGTT---TCCATGTAATTAACGTAATCCCTGGCTTTA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Lachnum_virgineum 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Macrophomina_phaseolina GCGTTGTAATTTGTAGAGGATGATTCGGC-GAGGG--CTCC-CGCCTAAGTCCCCTGGAACGGGGCGTCATAG-AGGGTGAGAATCCCGTATGTGAATCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAAT-GGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGA-CTTGTCCGCAGTTGC-TCAACCGGTCTCCCGGTGTA-CTCTTCTGCGG-CCAGGCCAGCATCAGTTCGGGCGGTCGGATAAAGGCCCTGGGAATGTATTATAGCCCAGGGTGGAATGCGGCCAGCCGACTGAGGATCTCGGGATGCTGGCGTAATGGCTGTAAGCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG-AGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTC-AAACCCATG-CGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAATGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTT-CGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-CAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--AAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTT-CCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATA-GCAGTAA-CGTATTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAAC-AACCTTAA-CCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTT-GTTACTTAGTTGAACGTGGACACTTGAATGTACCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGATGTTAAGGTGCCGGAATGCACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATGAACTAGCCCTG-AAAATGGATGGCGCTCAAGCGTGCTACCCATACATCGCCGCCAGGGTAGATACGATGCCCTGGCGAGTAGGCAGGCGTGGAGG?????????????????????????????????????ATAGTACCGACTATGTC???TAAAGTTCTAGATAGAAAAATGATAATGACAATTTTCTATCTATATGTCTTGACCAAATCTTGTGCCAGCAGTCGCGGCAACACAAGGGAGACTAG?GTTATTCATCTTTATTAGGTTTAAAG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Myriangium_duriaei 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Nectria_cinnabarina 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Penicillium_freii GCATTGTAATTTGCAGAGGATGCTTCGGG-AGCGG--TCCC-CATCTAAGTGCCCTGGAACGGGACGTCATAG-AGGGTGAGAATCCCGTATGTGAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAAT-GGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCGGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCGACCAGA-CTCGCTCGCGGG-GT-TCAGCCGGCATTCCGGTGTA-CTTCCCCGCGG-GCGGGCCAGCGTCGGTTTGGGCGGTCGGTCAAAGGCCCTCGGAAGGTATTATAGCCGAGGGTGCAATGCGACCTGCCGACCGAGGAACGCGGGACGCTGGCATAATGGTCGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG-AGTCTAACATCTACGCGAGTGTTCGGGTGTC-AAACCCGTG-CGCGAAGTGAAAGCGAACGGAGGTGGGAATGCACCATCGACCGATCCTGAAGTCTT-CGGATGGATTTGAGTAAGAGCGTAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGCGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-TAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--GAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTGGTAGCTGGTT-CCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATA-GCAGTAA-CGCGTTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAAC-AACCTTAA-CCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCCTT-GTTGCTTAATTGAACGTGGGCATTAGAATGATGCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGAGGTTAAGGTGCCGGAATACACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCCCGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACGGGCCGAATGAACTAGCCCTG-AAAATGGATGGCGCTTAAGCGTGTTACCCATACCTCGCCGTCA???????????????????????????????????????????????????GGCTGAACCAGTAACTTGGAAGAATGGCATTCGCGATTAACTCGCATAAAATTCTAAATAGATTAGATATAATGAC-ATAATCTATTTATAAGTCTTGACCAAACTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGGAGGCTAGTGTTAGTTATCTTTATTGGGTTTAAAGGGTAAGTAGACGGGAGTAC-TTTTTTACTAGAGTTATATGAG--AGAAGG------AAGAATTTCTGGAGT-----AGAGATAAAATTTGATGATACCAGGAGGACTGTCAACGGCGAAGGCGTCCTTCTATGTAATAACTGACGTTGAGAGACGAAGGCTTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTAATAGTCCAAGCAGACAATGATGAATGTCATACATTAGATTAATGTATAAACGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTACTATGGCAACATATAAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTAAAACCAGTAGTGAAGTATGTTATTTAATTCGATGATCCGCGAAAAACCTTACCACAGCTTGTATAACAAGCGCTGCATGGCTGTCTTTAGTTAATGTCGTGAGATTT-GGTTAATTCC-TTTAATTAACGAAAACCCTCACTTTATTTAAAGTGGTTCGCTA-CTACATC--GGACCAGATAAAAGGGATTAAGACAAGTCATTATGGCCT???????????????? Pertusaria_dactylina GAGTTGTAATTTGCAGAGGGTGTTTCGGG-CGCGG--CGCC-GGCCTAAGTTCCTTGGAGCAGGGCGTCACAG-AGGGTGAGAATCCCGTATGTGAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAC-GGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCGACCAGA-CTTGCCCGTGGGCGA-TCAACCTCCCCTTGGGTGCA-CTCGCCCGCGG-TCAGGCCAGCATCGGTTTCGGCGGCCGGACAAAGGCCCCGGGAATGTGTTACAGCCCGGGGTGCAATGCGGCCAGCCGACCGAGGACCGCGGGATGCTGGCGTAATGGTCGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG-AGTCTAACATCCATGCGAGTGTTTGGGTGTC-AAACCCATG-CGCGGAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTT-CGGATGGATTTGAGTAGGAGCATGGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-CAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--AAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTT-TCAGCCGAAGTTTCCCTCAGGATA-GCAGTAA-CGTTTTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAAC-AACCTTAA-CCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTT-GTTACTTAGTTGAACGTGGACATTTGAATGCACCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGTGAGGTTAAGGTGCCGGACTGTACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTCAGTTCATCTGGACAGTTGGACGGTGGCCACGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCAACCGAATGAACTGGCCCTG-AAAATGGATGGCGCTCAAGCGTGCGACCCATACCTCGCCGCCAGGGTAGAAACGACGCCCTGGCGAGTAGGCTGACGTGGGGG??????????????????CCAGCAACTTGGAGGAATGGCAGCAGCGACTATGTCGTGTAAAGTTCAGGGTAGAGTTATGATAATGAC-ATTTTCTATCTGTGTGTCTCGACCAAACTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTTGGAGACTAGTGTTAGTCGTCTTTAGTAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGGGGTAC-TGTTTGACTAGAGTTTTATGAG--AGGGGG-----GGTGTACTAATGGTGT-----AGAGATGAAATTCAGTCATACCTTACGAACAGGCAACAGCGAAGGCAACCCTTTATGTGTAAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCTTAG-CAACCAACAGGATTAGATACCCTAGCAGTCTGAGCAGACAATGATGAATGCCATAGACTGGAATTGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAACGCGGCAACGCGGAAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCGCGGTACACCTTACCACAATTTGTATGACAAGAGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGATTTTGGTTAGTTCCATTAAATTAACGTAAACCCTTACTTTATTTAGAGTAGTTCACCG-CTATATT--GGATATGATAAAAGGGACTAAGACAAGTCATCATGG??????????????????? 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Schismatomma_pericleum GAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTCGGC-GTTGG--CCCC-GGGTCAAGTCCCCTGGAACGGGGCGTCCAAG-AGGGTGAGAGCCCCGTACGTGAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAGT-GGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGA?AGAGAGTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCTCTTGCCGCCAGA-CTTG-CCGCGGTTGC-TCAGCCGCCCTCCCGGTGTA-CTCTTCCGCAG-GCAGGCCAGCGTCGGTTCGGGCGGCCGGATAAAGGCCCCGGGAATGTATTATAGCCCGGGGCGCAATGCGGCCAGCCGTCCGAGGGACGCGGGACGTTGGCGTAATGGCTGCAAGCGACCCGTCTTGAGACACGGACCAAGG-AGTCTAACAT???TGCGAGTGTTTGGGTGTC-AAACCCATG-CGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTT-CGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATTCCCGGATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-CAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--AAATCTAGGAATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTT-CCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATA-GCAGTGA-CGACTTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAAC-AACCTTAA-CCTTTTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCCTT-GTTGCTTAGTTGAACGTGGGCA?TCGAATGTACCGTCACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAAAGCGAGATTAAGGTGCCGGAATGCACGCTTATCGGATACCAC?AAAGGTGTTAATTGATCCAGACAGCCGGACCGTGGCCATGGAAGT??GAACCAG?TAAGGAGTGTGTAACAA?TCACCGGCCGAAT?AATTAGCCCTG-AAAATGGATGGCG?TCAAGCGTG?TACCCAAAT?TCGCC?CCG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTATACCGTATAAAGTTCTAGGTAGAATAATGATGGTGACAATTTTCTATCTATAAGTCTTGACCAAATCACGTGCCAGCAGTCGCGGTAACACGTGGAAGACAAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGAGGTACAGATTTTACTAGAGTTTGATGTA--AGAGGTTATTATCAGTATAGACAGAGT-----AGAGATAAAATTCTTTGATACTTACAGCACTGATAACGGCGAAAGCGACCCTTTATGTAAAAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTAATAGTCCATGCAGAAAATGATGAGTGCCATAGATTAGAGTGATCTATAAATTAAAGTGTAAGCATTCCACCTTAAGAGTAGTGTGGCAACACAGGAACTAAAATCATTAGACCGTTTCTGAAATCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTCGATGATCCGCGAAAAACCTTACCACAATTTGCATGACAGGTGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGATGCAGGTTAGCTCCATTAAATTAACGTAAACCCTTACTTTATTTAAAGTAGTTCTCCG-GTAGATC--GGATTAGATAACAGGGATTAAGACAAGTACTCGTGGCCCTAATATTGTGGGCTAT Scorias_spongiosa GAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTCTGG-GCAGC--CACC-GGTCTAAGTGCCTTGGAACAGGCCGTCATAG-AGGGTGAGAATCCCGTACACGTAGCTCCTTCGAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAT-GGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGA-CTTGCCTGCGGT-GT-TCCGCCGGTCTTCCGGTCTA--TTCGCCGCCT-GCAGGCCAGCATCGTTTGGGGCCGCCGGATAAAAGCGTCGGGAACGTGTTATAGCCCGGCGTGCAATACGGCGCGCCGAGCGAGGTCCGCGGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG-AGTCTAACATCTATGCGAGTGTTCGGGTGTC-AAACCCCTA-CGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAATGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTT-CGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-CAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--AAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTT-CCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATA-GCAGTAA-CGTTTTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAAC-AACCTTAA-CCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTT-GTTACTTAGTTGAACGTGGACATTTGAATGCACCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGAGGTTAAGGTGCCGGAATGCACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATGAACTAGCCCTG-AAAATGGATGGCGCTCAAGCGTGCTACCCATACCTCGCCGCCAGGGTAGAAACGATGCCCTGGCGAGTAGGCAGGCGTGGAGG?????????????????????????????????????TACGTATCGACTATGTCGAATAAAGTTCTAGGTATATAATTGATAATGACAATAATATATCTATATGTCTTGACCAAATCTTGTGCCAGCAGTCGCGGCAATACAAGGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTATTAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGAGGTAC-AAATTTACTAGAGTTTTATACG--GGAGGTAAATATTAGGATCATTGGTGT-----AGAGATGAAATTTTTTGATACTAATGAGACGGATGACGGCGAAGGCAACCCTTTATGTATAAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTGGGTAGCGAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCAGGCAGAAAATTATGAATGTTATATACTAAATTGGTGTATCAATGAAAGTGCAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATGTGGCAACGCAGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAATCAGTAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Simonyella_variegata ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTGCGAGAATGCTTCTAGTGGTTTATCCACATAAAATTCTAGATAAAAGACTGATATTGACAGATTTTTATCTAATAGTCTTGACTAAATCACGTGCCAGCTGTCGCGGTAATACGGGAAAGACAAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGGGGTACAAATAT--CTAGAGTTTTATGTG--AGAGGTTAGTGTTAGTACTAACAGAGT-----AGAGATGAAATTTTTTGATACTTGGGGCACTGATAAAGGCGAAGGCAATCCTCTATGTAAAAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTGGGTAGCAAACAGGATTAGGTACCCTAATAGTCCAGGCAGAAAATTATGAGTGTCATAAGCTAGAATAGTTTATAAATGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATGTGGCAACGCAGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTCAATTCGATGGTCCGCGAAAAACCTTACCACAATTTGGATAACAGGTGTTGCACGGCTGTCTTTAGTTAATGTCGTGAGATGCAGGTTAGCTCCAATAAATTAACGTAAACCCTTGCTTTATTTAAAGTATCTTTCTA-GTAGATC--GGAAAAGATAACAGGG??????????????????????????????????????? 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Tyrannosorus_pinicola ??????????????????????????????????????????????CAAGTCCCTTGGAACAGGACGTCATAG-AGGGTGAGAACCCCGTATGTGAAACTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAAT-TGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGAGTTAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCGGCCAGA-CTTGCCTGCGGTTGC-TCATCCCGCCTTTGGGTGCA-CTCTTCCGCAG-TCAGGCCAGCATCGGTTTGGGCGGTCGGATAAAGGCGCCGGGAACGTATTATAGCCCGGCGCGTAATACGACCAGCCGACCGAGGTTCGCGGGATGCTGGCGTAATGGCCGTAAGCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG-AGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTC-AAACCCGTG-CGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAATGCACCATCGACCGATCCTGATGTCTT-CGGAAGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-CAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--AAATTTGCGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATTTAGTAGCTGGTT-CCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATA-GCAGTAA-CGTTTTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTGGGGGTTGAAACTAACCTTCA-CCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTT-GTTACTTAGTTGAACGTGGACATTTGAATGCACCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGGGGGGTTAAGGTGCCGGAATGCACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTGGTTCATCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATGAACCAGCCCTG-AAAATGGATGGCGCTCAAGCGTGCTACCCATACCCCCCCTCCGCGGCAGGCTTTATGCCGCGGAGAGTAGGCAGGCGTGGAGG???????????????????????????????????????GGATACTTTATATGTATATATAGTTCTAGGTAGATAAATGATAATGACAACTTTCTATCTATGTGTCTTGACCAAATCTTGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACAAGGGAGACTAGTGTTATTCATCTTTATTAGGTTTAAAGGGTACCTAGACAGAGGAACGGATACGACTAGAGTTTTATGTG--GGAGGTAAATATTAGTACTACTAGTGT-----AGAGATGAAATTCTTTGATACTTTTAGGACAGGTAATGGTGAAAGCAATCCTCTATGTAAAAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCT?GGATATCGAACAGGATTAGATACCCTAATAGTCCTTGCAGAAAATGATGAATGCCATAAGTTAGATTGGCTTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATGTGGCAACGCAGAAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTATTTAATTCGATAACCCTCGAAAAACCTTACCACAATTTGAATAACAACCGTTGCACGGCTGTCTCCAGTTAATGTCGTGAGACC-TGGTTAGATCCTTTAAATTAACGTAAGCCCTATC?TTATTT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Vibrissea_truncorum GCATTGTAATTTGTAGAGGATGCTTTGGG-GGTTG--GCCC-GGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAG-AGGGTGAGAATCCCGTATGTAAAGCTCCTTCAACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAAT-GGGTGGTATATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGA-CTTGCAGGCGGTCGA-TCATCCGGGGTTCCGGTGCA-CTCGGCCGTCT-TCAGGCCAGCATCAGTTTCGGTGGTGGGATAAAGGCCTTGGGAATGTATTATAGCCCTCGGTGCAATGCCGCCTACCGACTGAGGACCGCGGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG-AGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTC-AAACCCATA-CGCGGAATGAAAGTGAACGGAGGTAAGAACGCATTATCGACCGATCCTGATGTCTT-CGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-CAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--AAATTTGCGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTT-CCTG?CGAAG?TTCCCTCAGGATA-GCAGTGT-TGTTTTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGTTGAAAC-AACCTTAA-CCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTT-GTTGCTCAATTGAACGTGGACATTCGAATGCACCAACACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTG?CGATGCGGGATGAACCGAACGGGGAGTTAAGGTGCCGGAATCTACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAATGTGTAACAACTC?CCTGCCGAATGAACTAGCCCTG-AAAATGGATGG?GCTTAAGCGTAGTACCCATAC-TCT?CGCTGGGGTAGAAACGATGCCCCAGCGAGTAGGCAGGCGTGGGGG??????????????????????????????????ATGATAACATCGATTTTATCGAATAAAGTTCTAGATATTTCACTGATG?TGAC?ATTTTCT?TCTATATGTCTTGACCAAATTACGTGCC???AGTCGCGGTAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTATTAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGGGATAC-GGTCGTACTAGAGTTATATATG--AGAAGG-----GGAGTATTGATGGAGT-----AGAGTTGAAATTCTTTGATACCATTAGGACTGATAACGGCGAAAGCAACCTTTTATCTAATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTCGGGTAACGAACAGGAT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Westerdykella_cylindrica GAGTTGTAATTTGTAGAGGGTGCTTTGGC-ATTGG--TTGT-GGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCACAG-AGGGTGAGAATCCCGTATGTAAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAAT-GGGAGGTAAATTCCTTCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTCAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGA-CTTGCCTGTAGTTGC-TCACCTCGGCTTCTTGGGTA-CTCTTCTACGG-GCAGGCCAGCATCAGTCCGGGCGGTTGGATAAATGCCTGCTAAATGTATTATAGGGTAG-GCGGCATACAACCAGCCGACTGAGGTCCGCGGGATGCTGGCGTAATGGCTGTAAGCGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG-AGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTA-AAGCCCGGA-CGCGCAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAATGCACCATCGACCGATCCTGAAGTTTA-CGGATGGATTTGAGTATGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-CAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--AAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTT-CCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATA-GCAGTAA-CGTTTTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTGGGGGTTGAAAC-AACCTTCA-CCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGTCCTT-GTTACTTAATTGAACGTGGACATTTGAATGTATCGTTACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGGGGTTAAGGTGCCGGAATACACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATGAACTAGCCCTG-AAAATGGATGGCGCTCAAGCGTGTTACCCATACCCCGCCGCCAGGGCAAACATTATGCCCTGGCGAGTAGGCAGGCGTGGGGG?ATAGCCTAACGGCTGAACCAGCAACTTGCCGGAATGACTTGCTTGACTAGGTCTTATAAAGTTCTGGATAAA--GCTGATAATGACAACTTTATATCCATAGGTCTCGACTAAATCTTGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACAAGGGAGACGAGTGTTATTCATCTTGAACAGGTATATTGGGTACCTAGACTG-AGTACCTTATACACTAGAGTTTAATATGTAGGAGGGAGATGTCAGAATTATTAGTGT-----AGAGATGAAATCCTTTGATACTATTAGGACTGATTAAGGCGAAGGCAAACCTTTATGACTGAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTCAGAGAGTGAAGAGGATTAGATACCCCCGTAGCCTGGGCAGACAATGATGAGTGCCATAGGTTGGCTTGAACTATAAATGAAAGTGGAAGCACTCCACCTCAAGAGTAATGTGGCAACGCAGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTATTTAATTCGATGATCCGCGAATAACCTTACCACAATTTGAATGACATGCGTTGCATGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGA-TTTGGTTAGGGACGGTAAAAAAATGTAAACCCTTGTTTTATTTAA{GT}{AT}CAGCTCTCCG-CCTACAACTGGATTGTATAACAGGGA{CG}TAAGACAAGTCATCATGGCCTTAATATTGTGGGCTAT Xylaria_hypoxylon GAGTTGTAATTTGTAGAGGATGCTTTTGG-CGCGG--TGCC--TTCCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCTTAC-AGGGTGAGAGCCCCGTATGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAAT-GGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGGGTTAAATAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGTTTGCGACCAGA-CCTTTTCTTAGCGGA-TCATCCGGTGTTACGGTGCA-CTTCGCTAAGT-TTAGGCCAGCATCGGTTTCTGTAGGGGGATAAAAGCCTTGGGAACGTATTATAGCCCTTTGCATAATAC--CCTTCTGACCGAGGACCGCGGGATGCTGGCATAATGGTCGTCAACGACCCGTCTTGAA?CACGGACCAAGG-AGTCGAACATTTATGCGAGTGTTTGGGTGTT-AAACCCTCACGGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGAGAGTGCATCATCGACCGATCCTGATGTCTT-CGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAACTGTTCGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGGATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCG-CAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTC--AAATCTGCGCATGGGGGCGAAAGACTTATCGAACCATCTAGTAGCTGGTT-ACCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATA-GCAGTGT-TGTTTTCAG-TTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGGCGCTTTTTTGCCTTCA-TCCATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCCTT-GTTACTTAATTGAACGTGGGCATTCGAATGTACCAACACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGGGGTTAAGGTGCCGGAGTGGACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGCACATTTAGACAATAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGACTGTGTAACAACTCACCTATCGAATGTGCTAGCCCTG-AAAATGGATGGCGCTCAAGCGTCCCACCCATACCTCGCCCTCAGGGTAGAAACGATGCCCTGAGGAGTAGGCGGCCGTGGGGG??????????CGGCTGAACTGGCAACTTTGAGGAATGCTATAAATTGATTTATCGAATAAAATTCTAAATGTT-TATTGATAATGACGATAAACAGATTGAT-GCCTTGACTAA-TTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAAGAGGCTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGGGTACTTAGACGGAGGTAC-GTTTTTACTAGAGTTTTATGTG--AGAAGG------TAGTACTTGAGGTGT-----AGAGATTATATTCGTTGATACCTTAGGGACTGATAAAGGCGAAGGCAACCTTTTATGTAAAAACTGACGTTGAAGGACGAAGGCACAGAGAACGAACAGGATTAGATACCCTAGTAGTCTTTGCAGAGAATGATGAATGCCATAGGTTAGGTTAGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTTCACCTCAAGAGTAATGTGGCAACGCAGGAACTGAAATCACTAGACCGTTTCTGACACCAGCAGTGAAGTATGTTATTTAATTCGATAATCCACGAAAAACCTTACCACAATTCGAATGACAAGTGTTGCACGGCTGTTTTCAGTTAATGTTGTGAAACTGCGGATTCGTCCGTGGAATTAACGGATACCCCGGCTTTATTTAGAGCATTTTCTGA-TACGCTACATGTCAGGACAAAAGGGAATAAGACAAGTCATCATGGCCTTA?????????????? ; END; BEGIN SETS; CHARSET nuLSU (CHARACTERS = Dothideomyceta_nuLSU_&_mtSSU) = 1-1199; CHARSET mtSSU (CHARACTERS = Dothideomyceta_nuLSU_&_mtSSU) = 1200-1915; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Dothideomyceta_nuLSU_&_mtSSU) = N: 1-1915; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Dothideomyceta_nuLSU_&_mtSSU) = N: 1-1915; END; BEGIN TREES; TITLE Tb11213; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Stylodothis_puccinioides, 2 Sydowia_polyspora, 3 Syncesia_farinacea, 4 Trematosphaeria_heterospora, 5 Trematosphaeria_pertusa, 6 Trimmatostroma_abietis, 7 Trypetheliopsis_kalbii_243, 8 Trypethelium_eluteriae_111, 9 Trypethelium_eluteriae_GB, 10 Trypethelium_marcidum_132, 11 Trypethelium_marcidum_GB, 12 Trypethelium_nitidiusculum_139, 13 Trypethelium_papulosum_97, 14 Trypethelium_platystomum_GB, 15 Trypethelium_tropicum_25, 16 Tubeufia_cerea, 17 Tylophoron_crassiusculum, 18 Tylophoron_moderatum, 19 Tyrannosorus_pinicola, 20 Vibrissea_truncorum, 21 Westerdykella_cylindrica, 22 Xylaria_hypoxylon, 23 Flavobathelium_epiphyllum_67, 24 Glomerella_cingulata, 25 Glyphium_elatum, 26 Gnomonia_gnomon, 27 Guignardia_gaultheriae, 28 Herpothallon_rubrocinctum_128, 29 Herpotrichia_diffusa, 30 Hypocrea_lutea, 31 Hysteropatella_elliptica, 32 Kirschsteiniothelia_aethiops_1, 33 Kirschsteiniothelia_aethiops_2, 34 Lachnum_virgineum, 35 Laurera_megasperma_GB, 36 Lecanactis_abietina, 37 Lecanactis_sp, 38 Lecanora_hybocarpa, 39 Macrophomina_phaseolina, 40 Megalotremis_verrucosa_104, 41 Monilinia_laxa, 42 Mycomicrothelia_obovata_95, 43 Mycomicrothelia_hemispherica_102, 44 Mycomicrothelia_miculiformis_101B, 45 Mycosphaerella_fijiensis, 46 Mycosphaerella_punctiformis, 47 Myriangium_duriaei, 48 Nectria_cinnabarina, 49 Opegrapha_celtidicola, 50 Opegrapha_filicina, 51 Opegrapha_lithyrga, 52 Opegrapha_varia, 53 Ophionectria_trichospora, 54 Peltigera_degenii, 55 Penicillium_freii, 56 Pertusaria_dactylina, 57 Phaeotrichum_benjaminii, 58 Phoma_herbarum, 59 Phyllobathelium_anomalum_242, 60 Phyllobathelium_firmum_ERP, 61 Pleospora_herbarum, 62 Preussia_terricola, 63 Pseudopyrenula_subgregaria_106, 64 Pseudopyrenula_subnudata_GB, 65 Pyrenophora_phaeocomes, 66 Pyrenophora_tritici_repentis, 67 Pyrenula_pseudobufonia, 68 Pyrgillus_javanicus, 69 Pyxine_subcinerea, 70 Racodium_rupestre_L346, 71 Racodium_rupestre_L423, 72 Racodium_rupestre_L424, 73 Ramichloridium_anceps, 74 Roccella_montagnei_109, 75 Roccella_canariensis, 76 Roccella_fuciformis, 77 Roccella_tuberculata, 78 Roccellographa_cretacea, 79 Schismatomma_decolorans, 80 Schismatomma_pericleum, 81 Scorias_spongiosa, 82 Scutellinia_scutellata, 83 Simonyella_variegata, 84 Sphinctrina_turbinata, 85 Spiromastix_warcupii, 86 Sporormiella_minima, 87 Staurothele_frustulenta, 88 Strigula_nemathora_72, 89 Strigula_schizospora_73, 90 Acrocordia_subglobosa_HTL940, 91 Amphisphaeria_umbrina, 92 Anisomeridium_ubianum_94, 93 Aptrootia_terricola, 94 Arthonia_caesia, 95 Arthonia_didyma, 96 Arthonia_dispersa, 97 Arthonia_radiata, 98 Arthonia_ruana_79B, 99 Arthonia_rubrocincta_129, 100 Arthopyrenia_salicis, 101 Arthopyrenia_salicis_1994Coppins, 102 Ascobolus_crenulatus, 103 Astrothelium_cinnamomeum_AFTOL110, 104 Astrothelium_confusum_98, 105 Bacidia_schweinitzii, 106 Bathelium_degenerans1, 107 Bathelium_degenerans2, 108 Bimuria_novae_zelandiae, 109 Bionectria_ochroleuca, 110 Botryosphaeria_dothidea, 111 Botryosphaeria_stevensii, 112 Botryosphaeria_tsugae, 113 Botryotinia_fuckeliana, 114 Caliciopsis_orientalis, 115 Caliciopsis_pinea, 116 Camarops_ustulinoides, 117 Capnodium_coffeae, 118 Capronia_pilosella, 119 Cercospora_beticola, 120 Cheilymenia_stercorea, 121 Chiodecton_natalense, 122 Chlorociboria_aeruginosa, 123 Chrysothrix_flavovirens_L466, 124 Chrysothrix_xanthina_126, 125 Cladosporium_cladosporioides, 126 Cochliobolus_heterostrophus, 127 Cochliobolus_sativus, 128 Columnosphaeria_fagi, 129 Combea_mollusca, 130 Coniothyrium_palmarum, 131 Cordyceps_capitata, 132 Cryptothecia_assimilis_86B, 133 Cryptothecia_candida, 134 Cryptothelium_amazonum_47, 135 Cryptothelium_cecidiogenum, 136 Cryptothelium_pulchrum_63C, 137 Cudoniella_clavus_cf, 138 Cystocoleus_ebeneus_L161, 139 Cystocoleus_ebeneus_L315, 140 Cystocoleus_ebeneus_L348, 141 Cystocoleus_ebeneus_L364, 142 Delitschia_winteri, 143 Dendrographa_alectoroides_100, 144 Dendrographa_leucophaea_f_minor, 145 Dendryphiella_arenaria, 146 Dermatocarpon_miniatum, 147 Diaporthe_eres, 148 Dichosporidium_boschianum_89B, 149 Dirina_catalinariae, 150 Dothidea_insculpta, 151 Dothidea_sambuci, 152 Dothiora_cannabinae, 153 Eleutherascus_lectardii, 154 Elsinoe_centrolobi, 155 Elsinoe_phaseoli, 156 Elsinoe_veneta, 157 Endocarpon_pallidulum, 158 Enterographa_anguinella, 159 Enterographa_crassa, 160 Erythrodecton_granulatum, 161 Eupenicillium_javanicum, 162 Exophiala_salmonis; TREE Fig._1 = [&R] (((((116,((91,22),((147,26),(24,(109,((30,48),(131,53))))))),(((41,113),((34,137),122)),20)),((84,(((67,68),((87,(157,146)),(25,((118,73),162)))),((85,(161,55)),(114,115)))),(56,((69,(105,38)),54)))),(((((((71,(72,70)),(125,((6,((46,(119,45)),((141,138),(140,139)))),(117,81)))),((128,(2,(((150,1),151),152))),(47,((155,154),156)))),((27,((111,112),(110,39))),((((64,63),((14,9),8)),(15,(93,(35,(((135,(10,11)),104),((106,107),(((136,(134,103)),13),12))))))),((43,44),42)))),(((19,57),(90,((7,40),92))),((142,((108,((130,(((61,145),(126,127)),(65,66))),58)),(((((21,62),86),4),(5,29)),(100,101)))),((33,32),(23,((60,59),(88,89))))))),(16,31)),(((((52,83),49),((((148,160),159),((149,((75,77),(74,76))),((3,121),(((37,36),(79,(143,144))),80)))),(78,(50,((129,51),158))))),((133,(132,28)),((97,(96,((95,99),98))),(18,17)))),(123,(94,124))))),(102,(153,(82,120)))); END;