#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 25, 2024; 20:49 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Sass C., & Specht C. 2010. Phylogenetic estimation of the core Bromelioids with an emphasis on the genus Aechmea (Brome- liaceae). Molecular Phylogenetics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10251] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=151; TAXLABELS Acanthostachys_pitcairnioides Acanthostachys_strobilaceae Aechmea_abbreviata Aechmea_aciculosa Aechmea_aculeatosepala Aechmea_allenii Aechmea_angustifolia Aechmea_aquilegia Aechmea_arenaria Aechmea_blumenavii Aechmea_bocainensis Aechmea_bracteata Aechmea_bracteata_var_pacifica Aechmea_brassicoides Aechmea_brevicollis Aechmea_bromeliifolia Aechmea_brueggeri 'Aechmea burle-marxii' Aechmea_caesia Aechmea_calyculata Aechmea_castelnavii Aechmea_chantinii Aechmea_coelestis Aechmea_contracta 'Aechmea correia-arauji' Aechmea_corymbosa Aechmea_cuculatta Aechmea_cylindrata Aechmea_dactylina Aechmea_dealbata Aechmea_distichantha Aechmea_farinosa Aechmea_fasciata_isolate_1 Aechmea_fasciata_isolate_2 Aechmea_filicaulis Aechmea_flemingii Aechmea_fraseri Aechmea_fulgens_var_discolor Aechmea_gamosepala Aechmea_germinyana Aechmea_gracilis Aechmea_haltonii Aechmea_hoppii Aechmea_involucrata Aechmea_jungurudoensis Aechmea_kertesziae Aechmea_kuntzeana Aechmea_lamarchei Aechmea_latifolia Aechmea_lingulata Aechmea_lueddemaniana Aechmea_manzanaresiana Aechmea_marauensis 'Aechmea marie-reginae' Aechmea_matudae Aechmea_melinonii Aechmea_mertensii Aechmea_mexicana Aechmea_miniata Aechmea_moorei Aechmea_murcae Aechmea_nallyi Aechmea_napoensis Aechmea_nidularioides Aechmea_orlandiana Aechmea_patriceae Aechmea_penduliflora Aechmea_pittieri Aechmea_polyantha Aechmea_pubescens 'Aechmea purpureo-rosa' Aechmea_racinae Aechmea_ramosa Aechmea_recurvata Aechmea_romeroi Aechmea_rosseliae Aechmea_rubiginosa Aechmea_servitensis Aechmea_sp_08004 Aechmea_sp_08089 Aechmea_sp_08095 Aechmea_sp_affinity_to_Aechmea_squarossa Aechmea_tayoensis Aechmea_tessmanii Aechmea_tillandsioides Aechmea_tocantina Aechmea_tonduzii Aechmea_veitchii Aechmea_weilbachii_forma_albipetala Aechmea_weilbachii_forma_pendula Aechmea_woronowii Aechmea_zebrina Ananas_ananasoides Ananas_bracteata Ananas_comosus Ananas_nanus Androlepis_skinneri Araeococcus_flagellifolius Araeococcus_goldaeanus Araeococcus_micranthus Araeococcus_parviflorus Araeococcus_pectinatus Billbergia_decora Billbergia_elegans Billbergia_eloiseae Billbergia_myeri Billbergia_pallidiflora Billbergia_pyramidalis 'Billbergia robert-readii' Billbergia_viridiflora Billbergia_zebrina Bromelia_plumieri Canistrum_aurantiacum Canistrum_fosterianum Edmundoa_ambigua Edmundoa_lindenii Edmundoa_perplexa Fascicularia_sp Hohenbergia_attenuata 'Hohenbergia correia-arauji' Hohenbergia_edmundoi Hohenbergia_inermis Hohenbergia_negrilensis Hohenbergia_proctori Hohenbergia_rosea Hohenbergia_spinulosa Hohenbergia_stellata Hohenbergiopsis_guatemalensis Lymania_alvimii Lymania_azurae Lymania_coralina Lymania_globosa Lymania_smithii Lymania_spiculata Neoregalia_tristis Nidularium_procerum Portea_alatisepala Portea_fosteriana Portea_grandiflora Portea_kermesina Portea_leptantha Portea_nana Portea_petropolitana Quesnelia_arvensis Quesnelia_lateralis Quesnelia_liboniana Ronnbergia_colombiana Ronnbergia_explodens Ursulaea_mcvaughii Ursulaea_tuitensis Wittrockia_supurba ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4809] TITLE ETS_g3pdh_rpb2_trnLF_DNA_combined_matrix; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2457; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aechmea_aquilegia 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Aechmea_arenaria 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Aechmea_blumenavii 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Aechmea_brassicoides 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Aechmea_brevicollis 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Aechmea_bromeliifolia 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Aechmea_brueggeri GTTTCGGCCTCCC-AG-TCTAGC-GTGGCAC-AAGTGGGCGTGTC-GA-CGG-CGACTC-GAACAA---------GACCA-TGTCCACACA--TGAGCAGTCACGGATTGGTGTGTCTCGC--GGGCTCCTT-GCCTCTCGCAATCAACCACCAAAGAGGCCATCCTTCTTAGTCCTGTGCTCATTCGTATCTTTAGGCCATCCTTTTCAGTCATGTGCATTGCGTGTGCCAT--------CTACCCAGCTCTGCAGGAAGTCAACG-T---ACCTCATGTGCCAGTTCGCCTCACC-ACCTCGAGCG------GGAGGCATAACCACAATGTGGTCGTCGCGCACACCTTAACAACACAACCCTTGGGCCCCCGTGCTAGCTGGGCTCTAGAAGTATCACAAGCTCTCGCGAATGCAGCA-----------GACTTCGGGGACTTC-GGCCCTCGGCCTAGACCTTGGTAGGTCATTAAGCCACCCTCGTTGAGACAATGGT-CGATC-------------------------------------CTG-CGGGCGGTCGGGCGCCTTAACAGCATCGGCATCACAAAGGACATGC--TAC-CTGGTTGGCTGATTCAGTGAGA--ACA-GAATAGGTTTGCC-GAAATGGC-AAGGGAAA-TTGAA--AAAAGGGGG---CCCCACCTGTGT-AC-TTTGTGGG-CTT-CCCTATCCAACGTCCCAAC-------ACCCCTT--GACGATTCAGTGA--GCCTATATG-GC---TTGCTGAATT-GACAA-GCATGGCTTGGTT-CTTTAGCATCGTTTGTTGGTTGGTT----TGAGTTGATTG-ACTTCTAACATTGTGGATGCACTATATACTCAGGCCGTTGGCAAGGTGCTTCCGGCTTTGAACGGCAAATTGACTGGTATGTCTTTCC-GTGTTCCAACTATCGATGTGTCCGTCGTGGATCTCACTGTGAGACTTGAGAAAGGAGCTACC-TATGATGAGATTAAGGC-TACTATC-AAGTAAGTTTTT---AGC-ATGT-AAATGAGCACAAACTTCTT-AT--GCATTT-ATGT-GACATTTCATAATCTATT---GCC-AGCGA-GCTT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Aechmea_corymbosa -------------------------------------------------------------------------------A-TGTCCACAAA--TGAGCAGCCACGGATTGGTGTGTCCCGC--GGGTTCCTT-GCCTCTCGCAATCAACCACCGAAGAGGCCGTCCTTTTTAGTCCTGTGCTCATTCGTATCTTTAGGCCATCATTTTTAGTCATGTGCATTGTGTGTGCAAT--------CTACCCAGCTCTGCAGGAAGTCAACG-T---ACCCCATGTGCCAGTTCACCTCACC-ACCTCGAGCG------GGAGGCACAACCACAATGTGGCCGTCACGCGCACCTTAACAACACAACCCTTGGGCCTC-ATGCTAGCTGGGCTCCAGAAGTATCGCAAGCTCTCGCAAATGCAGCA-----------GGCTTCAGGGACTTC-GGCCCTCGGCCTAGACCTTGGTAGGTCATTAAGCCACCCTCGTCGAGACAAAGGT-CGATC-------------CACCGATGGGCCCCCTCCGCT-CT--A-CGGGCGGTCGGGTGCCTTAACAGCATCGGCATCACAAAGGACATGC--TAC-CTGGTTG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????----GT-AT-----ACACTTTT-ATG-------TTCCAAATTCCAAGGTT--------------------------------GTCAAGTT--ACTTTGTTTT-AAGTTATTGCC--------AAAGATCACTAGTCTTGAACAGACATATCAGAGACATC-AGACCACACCACTAAATAACATTTTCTTAGCTAACATAATTTCAGTTGAGAGGATTTAGCAGCCTTGCGCATA--ACTGAATAATGCACAAAA-CATCTGAAATGTATTTACCGTGACATCAGTAAAAGGAGTAGCATCTCCTTCCTTCCATATGGGCAGCAACATG-ATGCA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Aechmea_dealbata 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Aechmea_distichantha 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Aechmea_farinosa 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Aechmea_fasciata_isolate_1 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Aechmea_filicaulis ----------------------------------------------------------------------------------GTCCACACA--TGAGCAGTCACGGATTGGTGTGTCCCGC--GGGCTCCTT-GCCTCTCTCAATCAACCACCGAAGAGGCCATCCTTCTTAGTTCTGTGCTCATTTGTATCTTTAGGCCATCCTTTTTAGTCATGTGCATTGTGTGTGCCAT--------CTACCCAGCTCTGCAGGAAGTCAACG-T---ACCCCATGTGGCAGTTCACCTCACC-ACCTCGAGCG------GGAGGCACAACCACAATGTGGTCGTCGCGCGCACCTTAACGACACAACCCTTGGGCCCT-GTGCTAGCTGGGCTCCAGAAGTATCACAAGCTCTCGCGAATGCAGCA-----------GGCTTCGGGGACTTC-GGCCCTCGGCCTAGACCTTAGTAGGTCATTAAGCCACCCTCGTCGAGACAACGGT-CGATC-------------CACCGATGGGCCCCCTCCGCT-C----------------------------------------------------------------GCTGACTCAGTGAGA--ACA-GAATAGGTTTGCC-GAAATGGC-AAGGGAAA-TTGGA--AAAAGGGGGGG-TCCCACATGTGT-AC-TTTGTGGG-CTT-CCCTATGCAACGTCCCAAC-------ACCCCTT--GACGATTCAGTGA--GCCTATATG-GC---TTGCTGAATT-GACAA-GTATGGCTTGGTT-CTTTAGCATCGTTTGTTGGTTGGTT----TGAGTTGATTG-ACTTCTAACATTGTGGATGCACTATATACTCAGGCCGTTGGCAAGGTGCTTCCGGCTTTGAATGGCAAATTGACTGGTATGTCTTTCC-GTGTTCCAACTATCGATGTGTCCGTCGTGGATCTCACTGTGAGACTTGAGAAAGGAGCTACC-TATGATGAGATTAAGGC-TACTATC-AAGTAAGTTTAT---AGC-ATGT-AAATGAGCAGAAACTTTTT-AT--GCATTT-ATTT-GACATTTCATAATCTATT---GCC-ACCGA-GCTT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AT-TAAAAATGGGCAATCCTGAG-CCAAATCTAAAACAA-GGGTATAAAACTAGAATAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACGAATAGAGTTGACTACGTTGCGTCAG----TAGCTG------GAATCCC-TCTATCGAAATTCGAGAAAGG-ATGGCCC-TATATACC-TAATACGTACGTATACATAC-TGACATATC-----AAACGATTAATCACGACACGAAT-CCATATCGTA-TAA-TATATTTATAT----TATT-AATG------------------------TTTATTATAACATT--------------------------ACGAATGATTATGAAATCAT-------GAAATGAAATTCGGAAAAAATT----AAGAGTTATTGTGAATCCATTCCAATCCAACAAAAATCGAATATTCAGTAATAAAATCATTCATTCC-AGAGTTTGATA----------GATCTTTTTAAAAATTGATTAATTGGACGAGAATAAAGAGAGAGTCCCATTCTACATGTCAATACCGACAACA----------------------------------------------------------------------------------GAGCCCATTTTA-CTTCCTA-ACTATTTATCCTC-TTTTGTTTTTT-CATTGATG-AAAAAA-CAAAA-TTC-ACTATCTT-TCTCATTCA-TTCTAC--------------TCTTT-CACAAATGG-ATCC-GA-----ACAGAAATCTTTGGATCTTATCCCATACAAATGAAGATATATAGGTAAACAAT----------------------CTCTATTATTAAATAATTCACAATCCATATCATTATCCTTATA----------TTTACTAGGTCCAAAGTCCCTTTAATTGACATAGATACAAGTA------CTCT------GATGATGCACAAAAAATGGTCGGGATAGCTC Aechmea_flemingii GTTTCGGCCTCCC-AG-TCTAGC-GTGGCAC-AAGTGGGCGTGTC-GA-CGG-CGACTC-GAACAA---------GACCA-TGTCCACACA--TGAGCAGTCACGGATTGGTGTGTCCCGC--GGGCTCCTT-GCCTCTCGCAATCAACCACCGAAGAGGCCATGCTTCTTAGTCCTGTGCTTATTCGTATCTTTAGGCCATCCTTTTTAGTCATGTGCATTGCGTGTGCCAT--------TTACCCAGCTCTGCAGGAAGTCAACG-T---ACCCCATGTGCCAGTTCGCCTCACC-ACCTCGAGCG------GGAGGCACAACCACAATGTGGTCGTCGCGCGCACCTTAACAACACAACCCTTGGGCCCC-GTGCTAGCTGGGCTCCAGAAGTATCACAAGCTCTCGCGAATGCAGCA-----------GGCTTCGGGGACTTC-GGCCCTCGGCCTAGACTTTGGTAGGTCATTAAGCCACCCCCGTCGAGACAACGGT-CGATC-------------CACCGATAGGCCCCCTCCT--------------------------------------------------------------------GCTGATTCAATGAGA--ACA-GAATAGGTTTGCC-GAAATGGC-AAGGGAAA-TTGGA--AAAAGGGGG---CCCCACATGTGT-AC-TTTGTGGG-CTT-CCCTATCCAACATCCCAAC-------ACCCCTT--GACGATTCAGTGA--GCCTATATG-GC---TTGCTGAATT-GACAA-GTATGG----------------TCGTTTGTTGGTTGGTT----TGAGTTGATTG-ACTTCTAACATTGTGGATGCACTATATACTCAGGCCGTTGGCAAGGTGCTTCCGGCTTTGAACGGCAAATTGACTGGTATGTCTTTCC-GTGTTCCAACTATCGATGTGTCCGTCGTGGATCTCACTGTGAGACTTGAGAAAGGAGCTACC-TATGATGAGATTAAGGC-TGTTATC-AAGTAAGTTTAT---AAC-ATGT-AAATGAGCAGAAACTTTTT-AT--GCATTT-ATTT-GACATTTCATAATCTATT---GCC-AGCGA-GCTTGATTGTAAT-----ACACTTTT-ATG-------TTCCAAATTCCAAGGTTGACAACAAATATTGCTTTACA-------TATTGACAAGTT--ACTTTGTTTT-AAGTTATTGCC--------AAAGATCATTGCTCATGAACAGACATATCAGAGACATC-AGACCACACCACTAAATAACATTTTCTTAGCTAACATAATTTCAGTTGAGAGGATTTAGCAGCCTTGCGCATA--ACTGAATAATGCACAAAA-CATCTGAAATGTATTTACCGTGACATCAGTAAAAGGAGTAGCATCTCCTTCCTTCCATATGGGCAGCAACATG-ATGCA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Aechmea_fraseri 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Aechmea_jungurudoensis 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Aechmea_lingulata 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Aechmea_lueddemaniana 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Aechmea_manzanaresiana 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Aechmea_marauensis 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'Aechmea marie-reginae' 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Aechmea_matudae 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Aechmea_melinonii 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Aechmea_mertensii 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Aechmea_mexicana 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Aechmea_miniata 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Aechmea_moorei 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Aechmea_murcae 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Aechmea_nallyi 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Aechmea_napoensis 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Aechmea_nidularioides 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Aechmea_patriceae 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Aechmea_pubescens 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Aechmea_racinae 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Aechmea_ramosa 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Aechmea_recurvata 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Aechmea_romeroi 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Aechmea_servitensis 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Aechmea_weilbachii_forma_pendula 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Aechmea_woronowii 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Ananas_comosus 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Ananas_nanus 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Androlepis_skinneri 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Araeococcus_flagellifolius -------------------------------------GGTGT-CC-GA-TGG-CGACTC-GGACAA---------GACCA-TGACCACACA--TGAGAAGTCATGAATTGGTGT--CCCGT--GGGCTCCTT-GCCTCTCGCAATCAACCACCGAAAAGGCCATGCTTCTTAGTCTTGTGCTTATTCGTATCTTTAGGCCATCCTTTTTAGTCATGTGCATTTCGTGTGCCAT--------CTACCAAGCTCTGCAGGAAATCAACG-T---ACCCCATGTGCCAATTCGCCTCACC-AACTCGAGCG------GGAGGCACAACCACAATGTGGTCGTCGCGCGCACCTTAACGACACAACCCTTGGGCCCC-GTGATAGCTGGGCTCCAGAAGTATCACAAGCTCTCGCAAATGCAGCA-----------GGCTTCGGGGACTTC-GGCCCTCGGCCTAGACCTTGGTAGGTCAGTAAGCCACCCTCGTCGAGACAACGGT-CGATC-------------CACCGATAGGCCCCCTCCGCT-CCCTG-CAGGCGGTCAGGCACCTTAACAGCATCAACATCGCAAAGGACATGC--TAC-CTGGTTGGCTGATTCAGTGAGA--ACA-GAATAGGTTTGCC-GAAATGGC-AAGGGAAA-TTGGA--AAAAGGGGG---CCCCACATGTGT-AC-TTTGTGGG-CTT-CCCTATCCAACGTCCCAAC-------ACCCCTC--GACAATTCAGTGA--GCCTATATG-GT---TTGCTGAATT-GACGA-GTATGGCTTGGTT-CTTTAGCATCGTTTGTTGGTTGGTT----TGAGTTGATTG-ACTTCTAACATTGTGGATGCACTATATACTCAGGCCGTTGGCAAGGTGCTTCCGGCTTTGAACGGCAAATTGACTGGTATGTCTTTCC-GTGTTCCAACTATCGATGTGTCCGTCGTGGATCTCACTGTGAGACTTGAGAAAGGAGCTACC-TATGATGAGATTAAGGC-TGTTATC-AAGTAAGTTTAT---AAC-ATGT-AAATGAGCAGAAACTTTTT-GT--GCGTTT-ATTT-GACATTTCATAATCTATT---GCC-AGCGA-GCTT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AT-TAAAAATGGGCAATCCTGAG-CCAAATCTAAAACAA-GGGTATAAAACTAGAATAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACGAATAGAGTTGACTACGTTGCGTCAG----TAGCTG------GAATCCC-TCTATCGAAATTCGAGAAAGG-ATGGCCA-TATATACC-TAATACGTACGTATACATAC-TGACATATC-----AAACGATTAATCACAACACGAAT-CCATATCGTA-TAA-TATATTTATAT----TATT-AATG------------------------TTTATTATAACATT--------------------------ATGAATGATTATGAAATCAT-------GAAATGAAATTCGGAAAAAATT----AAGAGTTATTGTGAATCCATTCCAATCCAACAAAAATAGAATATTCAGTAATAAAATCATTCATTCC-AGAGTTTGATA----------GATCTTTTGAAAAATTGATTAATCGGACGAGAATAAAGAGAGAGTCCCATTCTACATGTCAATACCGACAACA----------------------------------------------------------------------------------GAGCCCATTTTA-CTTCCTA-ACTATTTATCCTC-TTTTGTTTTTT-CATTGATG-AAAAAA-CAAAA-TTC-ACTATCTT-TCTCATTCA-TTCTAC--------------TCTTT-CACAAATGG-ATCC-GA-----ACAGAAATCTTTGGATCTTATCCCATACAAATGAAGATATATAGGTAAACAAT----------------------CTCTATTATTAAATAATTCACAATCCATATCATTATCCTTATA----------TTTACTAGGTCCAAAGTCCCTTTAATTGACATAGATACAAGTA------CTCT------GATGATGCACAAAAAATGGTCGGGATAGCTC Araeococcus_goldaeanus 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Araeococcus_micranthus 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Araeococcus_parviflorus 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Araeococcus_pectinatus 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Billbergia_decora 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Billbergia_eloiseae 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Billbergia_myeri 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Billbergia_pallidiflora 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Billbergia_pyramidalis 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Billbergia_zebrina 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Bromelia_plumieri 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Canistrum_aurantiacum 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Canistrum_fosterianum 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Edmundoa_ambigua 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Edmundoa_perplexa 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Fascicularia_sp 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Hohenbergia_attenuata 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Hohenbergia_edmundoi 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Hohenbergia_inermis 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Hohenbergia_negrilensis 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Hohenbergia_proctori 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Hohenbergia_rosea 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Hohenbergiopsis_guatemalensis 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Lymania_alvimii 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Lymania_azurae 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Lymania_coralina 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Lymania_globosa 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Lymania_smithii 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Lymania_spiculata 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Nidularium_procerum 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Portea_alatisepala 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Portea_fosteriana 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Portea_grandiflora 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Portea_kermesina 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Quesnelia_lateralis 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Quesnelia_liboniana 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Ronnbergia_colombiana 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Ronnbergia_explodens 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Ursulaea_mcvaughii 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Ursulaea_tuitensis GTTTCGGCCTCCC-AG-TCTAGC-GTGGCAC-AAGTGGGCGTGTC-GA-CGG-CGACAC-AGACAA---------GACCA-TGTCCACACA--TAAGCAGTCACGGATTGGTGTGTCCCGC--GGGATCCTT-GCCTCTCGCAATCAACCACCGAAGAGGCCATCCTTCTTAGTTTTGTGCTCATTCGTATCTTTAGGCCATCCTTTTTAGTCATGTGCATTGCGTGTGCCAT--------CTACCCAGCTCTGCAGTAAGTCAACA-T---ACCCCATGTGCCAGTTCGCCTCACT-ACCTCGAGCG------GGAGGCACAACCACAATGTGGTCGTCGCGCGCAC------GACACAACCCTTGGGCCCC-GTGCTAGCTGGGCTCCTGAAGTATCACAAGCTCTCGCGAATGCAGCA-----------GGCTCCGGGGACTTC-GACCT--------------------------AGCCACCCTCGTCGAGACAACGCT-CTATC-------------CACCGATAAGCCCCCTCCGCC-CCCTG-CGGACGGTCGGGCGCCTTGACAGCACCGGCATCGCAAAGGACATGC--TAC-CTGGTTGGCTGATTCAGTGAGA--ACA-GAATAGGTTTGCC-GAAATGGC-AAGGGAAA-TTGGA--AAAAGGGGG---CCCCAC--GTGT-AC-TTTGTGGG-ATT-CCCTATCCAACGTCCCAAC-------ACCCCTC--GACGATTCAGTGA--GCCTATATG-GC---TTGCTGAATT-GACAA-GTATGGCTTGGTT-CTTTAGCATCGTTTGTTGGTTGGTT----TGAGTTGATTG-ACTTCTAACATTGTGGATGCACTATATAC{GT}CAGGCCGTTGGCAAGGTGCTTCCGGCTTTGAACGGCAAATTGACTGGTATGTCTTTCC-GTGTTCCAACTATCGATGTGTCCGTCGTGGATCTCACTGTGAGACTTGAGAAAGGAGCTACC-TATGATGAGATTAAGGC-TACTATC-AAGTAAGTTTAT---AGC-ATGT-AAATGAGCAGAAACTTTTT-AT--GCATTT-ATTT-GACATT-----------------------------GATTGTAAT-----ACACTTTT-ATG-------TTCCAAATTCCAAGG{CT}TGACAACAAATATTGCTTTACA-------TATCGACAAGTT--ACTTTGTTTT-AAGTTATTGCC--------AAAGATCATTGCTCTTGAACAGACATATCAGAGACATC-AGACCACACCACTAAATAACATTTTCTTAGCTAACATAATTTCAGTTGAGAGGATTTAGCAGCCTTGCGCATA--ACTGAATAATGCACAAAA-CATCTGAAATGTATTTACCGTGACATCAGTAAAAGGAGTAGCATCTCCTTCCTTCCATATGGGCAGCAACATG-ATGCAAT-TCAAAATGGGCAATCCTGAG-CCAAATCTAAAACAA-GGGTATAAAACTAGAATAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACGAATAGAGTTGACTACGTTGCGTCAG----TAGCTG------GAATCCC-TCTATCGAAATTCGAGAAAGG-ATGGCCA-TATATACC-TAATACGTACGTATACATAC-TGACATATC-----AAACGATTAATCACGACACGAAT-CCATATCGTA-TAA-TATATTTATAT----TATT-AATG------------------------TTTATTATAACATT--------------------------ATGAATGATTATGAAATCAT-------GAAATGAAATTCGGAAAAAATT----AAGAGTTATTGTGAATCCATTCCAATCCAACAAAAATCGAATATTCAGTAATAAAATCATTCATTCC-AGAGTTTGATA----------GATCTTTTGAAAAATTGATTAATCGGACGAGAATAAAGAGAGAGTCCCATTCTACATGTCAATACCGACAACA----------------------------------------------------------------------------------GAGCCCATTTTA-CTTCCTA-ACTATTTATCCTC-TTTTGTTTTTT-CATTGATG-AAAAAA-CAAAA-TTC-ACTATCTT-TCTCATTCA-TTCTAC--------------TCTTT-CACAAATGG-ATCC-GA-----ACAGAAATCTTTGGATCTTATCCCATACAAATGAAGATATATAGGTAAACAAT----------------------CTCTATTATTAAATAATTCACAATCCATATCATTATCCTTATA----------TTTACTAGGTCCAAAGTCCCTTTAATTGACATAGATACAAGTA------CTCT------GATGATGCACAAAAAATGGTCGGGATAGCTC Wittrockia_supurba GTTTCGGCCTCCC-AG-TCTAGC-GTGGCAC-AAGTGGGCGGGTC-GA-CGG-CAACTC-GGACAA---------GACCA-TGTCCACACA--TAAGCAGTCACGGATTGGTGTGTCCTGT--GGGCTCTTT-GCCTCTCACAATCAACCACCGAAGAGGCCATCCTTCTTAGTCCTG--CTTATTCGTATCTTTAGGCCATCCTTTTTAGTCATGTGCATTGAGTGTGCCAT--------CTACCCAGCTCTGCAGGAAGTCAACG-T---ACCCCATGTGCCAGTTCGCCTCACC-ACCTCGAGCG------GGCGGCACAACCACAATGTGGTCGTCGCGCGCACCTTAACGACACAACCCTTGGGCCCC-GTGCTAGCTGGGCTCCAGAAGTATCACAAGCTCTCGCGAAAGCAGCA-----------GGCTTCGGGGACTTC-GGCCCTCGGCCTAGACCTTGGTAGGTCATTAAGCCACCCTCGTCGAGACAACGGT-CGATC-------------CACCGATAGGCCCCCTCCGCT-CCCTG-CAGGCGGTCGG-CGCCTTAAAAGCATCGGCATCGCAAAGGACATGC--TAC-CTGGTTG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GATTGTAAT-----ACACGTTTTATG-------TTCCAAATTCCAAGGATGACAACAAATATTGCTTTACA-------TATTGACAAGTT--ACTTTGTTTT-AAGTTATTGCC--------AAAGATCATTGCTCTTGAACAGACATATCAGAGACATC-AGACCAC-----TAAATAACATTTTCTTAGCTAACATAATTTCAGTTGAGAGGATTTAGCAGCCTTGCGCATA--ACTGAATAATGCACAAAA-CATCTGAAATGTATTTACCGTGACATCAGTAAAAGGAGTAGCATCTCCTTCCTTCCATATGGGCAGCAACATG-ATGCAAT-TTAAAATGGGCAATCCTGAG-CCAAATCTAAAACAA-GGGTATAAAACTAGAATAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACGAATAGAGTTGACTACGTTGCGTCAG----TAGCTG------GAATCCC-TCTATCGAAATTCGAGAAAGG-ATGACCA-TATATACC-TAATACGTACGTATGCATAC-TGACATATC-----AAACGATTAATCACGACACGAAT-CCATATCGTA-TAA-TATATTTATATATATTATT-AATG------------------------TTTATTATAACATT--------------------------ATGAATGATTATGAAATCAT-------GAAATGAAATTCGGAAAAAATT----AAGAGTTATTGTGAATCCATTCCAATCCAACAAAAATCGAATATTCAGTAATAAAATCATTCATTCC-AGAGTTTGATA----------GATCTTTTGAAAAATTGATTAATCGGACGAGAATAAAGAGAGAGTCCCATTCTA----------------------------------------------------------------------------------------------------GGAGCCCATTTTA-CTTCCTA-ACTATTTATCCTC-TTTTGTTTTTT-CATTGATG-AAAAAA-CAAAA-TTC-ACTATCTT-TCTCATTCA-TTCTAC--------------TCTTT-CACAAATGG-ATCC-GA-----ACAGAAATCTTTGGATCTTATCCCATACAAATGAAGATATATAGGTAAACAAT----------------------CTCTATTATTAAATAATTCACAATCCATATCATTATCCTTATA----------TTTACTAGGTCCAAAGTCCCTTTAATTGACATAGATACAAGTA------CTCT------GATGATGCACAAAAAATGGTCGGGATAGCTC ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb11250; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Aechmea_abbreviata, 2 Aechmea_aciculosa, 3 Aechmea_aculeatosepala, 4 Aechmea_sp_affinity_to_Aechmea_squarossa, 5 Aechmea_allenii, 6 Aechmea_angustifolia, 7 Aechmea_aquilegia, 8 Aechmea_arenaria, 9 Aechmea_blumenavii, 10 Aechmea_bocainensis, 11 Aechmea_bracteata, 12 Aechmea_bracteata_var_pacifica, 13 Aechmea_brassicoides, 14 Aechmea_brevicollis, 15 Aechmea_bromeliifolia, 16 Aechmea_brueggeri, 17 'Aechmea burle-marxii', 18 Aechmea_caesia, 19 Aechmea_calyculata, 20 Aechmea_castelnavii, 21 Aechmea_chantinii, 22 Aechmea_coelestis, 23 Aechmea_contracta, 24 'Aechmea correia-arauji', 25 Aechmea_corymbosa, 26 Aechmea_cuculatta, 27 Aechmea_cylindrata, 28 Aechmea_dactylina, 29 Aechmea_dealbata, 30 Aechmea_distichantha, 31 Aechmea_farinosa, 32 Aechmea_fasciata_isolate_1, 33 Aechmea_fasciata_isolate_2, 34 Aechmea_filicaulis, 35 Aechmea_flemingii, 36 Aechmea_fraseri, 37 Aechmea_fulgens_var_discolor, 38 Aechmea_gamosepala, 39 Aechmea_germinyana, 40 Aechmea_gracilis, 41 Aechmea_haltonii, 42 Aechmea_hoppii, 43 Aechmea_involucrata, 44 Aechmea_jungurudoensis, 45 Aechmea_kertesziae, 46 Aechmea_kuntzeana, 47 Aechmea_lamarchei, 48 Aechmea_latifolia, 49 Aechmea_lingulata, 50 Aechmea_lueddemaniana, 51 Aechmea_manzanaresiana, 52 Aechmea_marauensis, 53 'Aechmea marie-reginae', 54 Aechmea_matudae, 55 Aechmea_melinonii, 56 Aechmea_mertensii, 57 Aechmea_mexicana, 58 Aechmea_miniata, 59 Aechmea_moorei, 60 Aechmea_murcae, 61 Aechmea_nallyi, 62 Aechmea_napoensis, 63 Aechmea_nidularioides, 64 Aechmea_orlandiana, 65 Aechmea_patriceae, 66 Aechmea_penduliflora, 67 Aechmea_pittieri, 68 Aechmea_polyantha, 69 Aechmea_pubescens, 70 'Aechmea purpureo-rosa', 71 Aechmea_racinae, 72 Aechmea_ramosa, 73 Aechmea_recurvata, 74 Aechmea_romeroi, 75 Aechmea_rosseliae, 76 Aechmea_rubiginosa, 77 Aechmea_servitensis, 78 Aechmea_sp_08004, 79 Aechmea_sp_08089, 80 Aechmea_sp_08095, 81 Aechmea_tayoensis, 82 Aechmea_tessmanii, 83 Aechmea_tillandsioides, 84 Aechmea_tocantina, 85 Aechmea_tonduzii, 86 Aechmea_veitchii, 87 Aechmea_weilbachii_forma_albipetala, 88 Aechmea_weilbachii_forma_pendula, 89 Aechmea_woronowii, 90 Aechmea_zebrina, 91 Acanthostachys_pitcairnioides, 92 Acanthostachys_strobilaceae, 93 Ananas_ananasoides, 94 Ananas_bracteata, 95 Ananas_comosus, 96 Ananas_nanus, 97 Androlepis_skinneri, 98 Araeococcus_flagellifolius, 99 Araeococcus_goldaeanus, 100 Araeococcus_micranthus, 101 Araeococcus_parviflorus, 102 Araeococcus_pectinatus, 103 Billbergia_decora, 104 Billbergia_elegans, 105 Billbergia_eloiseae, 106 Billbergia_myeri, 107 Billbergia_pallidiflora, 108 Billbergia_pyramidalis, 109 'Billbergia robert-readii', 110 Billbergia_viridiflora, 111 Billbergia_zebrina, 112 Bromelia_plumieri, 113 Canistrum_aurantiacum, 114 Canistrum_fosterianum, 115 Edmundoa_ambigua, 116 Edmundoa_lindenii, 117 Edmundoa_perplexa, 118 Fascicularia_sp, 119 Hohenbergia_attenuata, 120 'Hohenbergia correia-arauji', 121 Hohenbergia_edmundoi, 122 Hohenbergiopsis_guatemalensis, 123 Hohenbergia_inermis, 124 Hohenbergia_negrilensis, 125 Hohenbergia_proctori, 126 Hohenbergia_rosea, 127 Hohenbergia_spinulosa, 128 Hohenbergia_stellata, 129 Lymania_alvimii, 130 Lymania_azurae, 131 Lymania_coralina, 132 Lymania_globosa, 133 Lymania_smithii, 134 Lymania_spiculata, 135 Neoregalia_tristis, 136 Nidularium_procerum, 137 Portea_alatisepala, 138 Portea_fosteriana, 139 Portea_grandiflora, 140 Portea_kermesina, 141 Portea_leptantha, 142 Portea_nana, 143 Portea_petropolitana, 144 Quesnelia_arvensis, 145 Quesnelia_lateralis, 146 Quesnelia_liboniana, 147 Ronnbergia_colombiana, 148 Ronnbergia_explodens, 149 Ursulaea_mcvaughii, 150 Ursulaea_tuitensis, 151 Wittrockia_supurba; TREE Fig._1 = [&R] (118,(112,(((81,94),(93,(95,96))),(91,92),(76,(((17,(127,(123,(119,124,125)))),(((2,85),(39,86)),(5,(36,43)),49,(147,148))),(((((29,70),((145,146),(18,(32,33)))),71,(((103,107),(105,106)),(104,108),109)),((4,(15,(16,47))),(10,((30,144),(73,((27,38,111),(40,(9,19,(22,45))))))))),(((3,13),(((7,113),(52,(137,138,(139,140,142)),141,143)),((12,80),((28,67),(79,(78,(11,69))))),((100,102),(44,(98,99))),(48,84)),((24,114),((87,88),(101,(126,(128,(120,121)))))),(((115,117),(136,(116,(135,151)))),((37,58),((133,(131,132)),(31,(130,(129,134)))))),35,(46,72),(55,68),64),(20,54),34,(122,(110,((149,150),(97,(41,(50,57),53))))),(((65,89),(63,(8,(42,(60,62))))),(23,(14,((61,(21,90)),(26,59),74),25,51,56,75,77,82,((6,83),(1,66)))))))))))); END;