#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 17:03 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Lombard L., Zhou X., Crous P.W., Wingfield B.D., & Wingfield M.J. 2010. Calonectria species associated with cutting rot of Eucalyptus. Persoonia, 24: 1-11. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10257] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=20; TAXLABELS Calonectria_brassicae_CBS111478 Calonectria_brassicae_CBS111869 Calonectria_cerciana_CMW25309 Calonectria_colombiensis_CBS112221 Calonectria_insulare_CBS114558 Calonectria_insulare_CBS114559 Calonectria_morganii_CBS110666 Calonectria_pauciramosa_CMW25283 Calonectria_pauciramosa_CMW25311 Calonectria_pauciramosa_CMW30823 Calonectria_pauciramosa_CMW5683 Calonectria_pseudospathiphylli_CBS109165 Calonectria_pteridis_CBS111793 Calonectria_pteridis_CBS111871 Calonectria_spathiphylli_CBS116168 Cylindrocladium_cerciana_CMW25288 Cylindrocladium_cerciana_CMW25290 Cylindrocladium_chinense_CBS112744 Cylindrocladium_hawksworthii_CBS111870 Cylindrocladium_leucothoes_CBS109166 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=40; TAXLABELS Calonectria_colombiensis_CBS112221 Calonectria_leguminum_CBS728.68 Calonectria_multiseptata_CBS112682 Calonectria_pseudoreteaudii_CMW25284 Calonectria_pseudoreteaudii_CMW25285 Calonectria_pseudoreteaudii_CMW25292 Calonectria_pseudoreteaudii_CMW25310 Calonectria_queenslandica_CBS112146 Calonectria_queenslandica_CBS112155 Calonectria_reteaudii_CBS112143 Calonectria_reteaudii_CBS112144 Calonectria_reteaudii_CBS112147 Calonectria_reteaudii_CBS112153 Calonectria_reteaudii_CBS113582 Calonectria_reteaudii_CBS113583 Calonectria_reteaudii_CBS582.50 Calonectria_reteaudii_CMW18446 Calonectria_reteaudii_CMW18448 Calonectria_reteaudii_CMW18450 Calonectria_reteaudii_CMW18458 Calonectria_reteaudii_CMW18462 Calonectria_reteaudii_CMW18463 Calonectria_reteaudii_CMW20597 Calonectria_reteaudii_CMW31177 Calonectria_reteaudii_CMW31178 Calonectria_reteaudii_CMW31179 Calonectria_reteaudii_CMW31188 Calonectria_reteaudii_CMW31189 Calonectria_reteaudii_CMW31190 Calonectria_reteaudii_CMW31191 Calonectria_rumohrae_CBS109062 Calonectria_rumohrae_CBS111431 Calonectria_spathulata_CBS112689 Calonectria_terrae_reginae_CBS112151 Calonectria_terrae_reginae_CBS112634 Cylindrocladium_angustatum_CBS109065 Cylindrocladium_angustatum_CBS109169 Cylindrocladium_chinense_CBS112744 Cylindrocladium_hurae_CBS114551 Cylindrocladium_leucothoes_CBS109166 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4753] TITLE Calonectria_reteaudii_combined_dataset; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1540; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=n GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Calonectria_morganii_dataset) = N: 1-1518; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Calonectria_morganii_dataset) = N: 1-1518; END; BEGIN TREES; TITLE Tb11271; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Calonectria_insulare_CBS114559, 2 Calonectria_insulare_CBS114558, 3 Cylindrocladium_leucothoes_CBS109166, 4 Calonectria_morganii_CBS110666, 5 Cylindrocladium_hawksworthii_CBS111870, 6 Calonectria_cerciana_CMW25309, 7 Cylindrocladium_cerciana_CMW25290, 8 Cylindrocladium_cerciana_CMW25288, 9 Calonectria_spathiphylli_CBS116168, 10 Calonectria_pseudospathiphylli_CBS109165, 11 Calonectria_pteridis_CBS111793, 12 Calonectria_pteridis_CBS111871, 13 Calonectria_pauciramosa_CMW5683, 14 Calonectria_pauciramosa_CMW30823, 15 Calonectria_brassicae_CBS111869, 16 Calonectria_brassicae_CBS111478, 17 Calonectria_pauciramosa_CMW25311, 18 Calonectria_pauciramosa_CMW25283, 19 Cylindrocladium_chinense_CBS112744, 20 Calonectria_colombiensis_CBS112221; TREE Fig._2 = [&R] ((((3,(5,(((4,(1,2)),(6,7,8)),(9,10)))),(((13,14),(17,18)),(15,16))),(11,12)),(19,20)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb11270; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Cylindrocladium_leucothoes_CBS109166, 2 Calonectria_spathulata_CBS112689, 3 Calonectria_reteaudii_CBS113583, 4 Calonectria_reteaudii_CBS113582, 5 Calonectria_reteaudii_CMW20597, 6 Calonectria_reteaudii_CMW18463, 7 Calonectria_reteaudii_CMW31189, 8 Calonectria_reteaudii_CMW31190, 9 Calonectria_reteaudii_CMW18446, 10 Calonectria_reteaudii_CMW18448, 11 Calonectria_reteaudii_CMW18450, 12 Calonectria_reteaudii_CMW31191, 13 Calonectria_reteaudii_CMW18462, 14 Calonectria_reteaudii_CMW18458, 15 Calonectria_reteaudii_CMW31179, 16 Calonectria_reteaudii_CMW31177, 17 Calonectria_reteaudii_CMW31178, 18 Calonectria_reteaudii_CMW31188, 19 Cylindrocladium_chinense_CBS112744, 20 Calonectria_colombiensis_CBS112221, 21 Calonectria_multiseptata_CBS112682, 22 Calonectria_reteaudii_CBS112143, 23 Calonectria_reteaudii_CBS112144, 24 Calonectria_reteaudii_CBS112153, 25 Calonectria_reteaudii_CBS112147, 26 Calonectria_reteaudii_CBS582.50, 27 Calonectria_pseudoreteaudii_CMW25310, 28 Calonectria_pseudoreteaudii_CMW25292, 29 Calonectria_pseudoreteaudii_CMW25285, 30 Calonectria_pseudoreteaudii_CMW25284, 31 Calonectria_queenslandica_CBS112146, 32 Calonectria_queenslandica_CBS112155, 33 Calonectria_terrae_reginae_CBS112151, 34 Calonectria_terrae_reginae_CBS112634, 35 Calonectria_leguminum_CBS728.68, 36 Cylindrocladium_hurae_CBS114551, 37 Calonectria_rumohrae_CBS111431, 38 Calonectria_rumohrae_CBS109062, 39 Cylindrocladium_angustatum_CBS109065, 40 Cylindrocladium_angustatum_CBS109169; TREE Fig._1 = [&R] (((21,((((26,((22,23),(24,25))),(3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18)),(27,28,29,30)),((31,32),(33,34)))),((35,((36,(37,38)),(39,40))),(1,2))),(19,20)); END;