#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 7:09 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Suetrong S., Schoch C.L., Spatafora J., Kohlmeyer J., Volkmann-kohlmeyer B., Sakayaroj J., Phongpaichit S., Tanaka K., Hirayama K., & Jones E. 2010. Molecular systematics of the marine Dothideomycetes. Studies in Mycology, 64(1): 155-173. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10269] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=199; TAXLABELS Acrocordiopsis_patilii_BCC_28166 Acrocordiopsis_patilii_BCC_28167 Aigialus_grandis_BCC_18419 Aigialus_grandis_BCC_20000 Aigialus_grandis_CY_2909 Aigialus_grandis_JK_4770 Aigialus_grandis_JK_5244A Aigialus_mangrovei_BCC_33563 Aigialus_mangrovei_BCC_33564 Aigialus_parvus_BCC_18403 Aigialus_parvus_BCC_32558 Aigialus_parvus_CY_5061 Aigialus_rhizophorae_BCC_33572 Aigialus_rhizophorae_BCC_33573 Allewia_eureka_DAOM_195275 Alternaria_alternata_CBS_916_96 Alternaria_maritima_CBS_126_60 Amorosia_littoralis_NN_6654 Ascochyta_pisi_CBS_126_54 Ascocratera_manglicola_BCC_9270 Ascocratera_manglicola_HHUF_30032 Ascocratera_manglicola_JK_5262C Aureobasidium_pullans_CBS_584_75 Berkleasmium_micronesiacium_BCC_8141 Berkleasmium_nigroapicale_BCC_8220 Biatriospora_marina_CY_1228 Bimuria_novae_zelandiae_CBS_107_79 Botryosphaeria_dothidea_CBS_115476 Botryosphaeria_ribis_CBS_115475 Botryosphaeria_stevensii_CBS_431_82 Botryosphaeria_tsugae_CBS_418_64 Byssothecium_circinans_CBS_675_92 Capnodium_coffeae_CBS_147_52 Capnodium_salicinum_CBS_131_34 Carinispora_nypae_BCC_36316 Caryosporella_rhizophorae_JK_5386C Cladosporium_cladosporioides_CBS_170_54 Columnosphaeria_fagi_CBS_171_93 Davidiella_tassiana_CBS_399_80 Decaisnella_formosa_BCC_25616 Decaisnella_formosa_BCC_25617 Decorospora_gaudefroyi_CBS_322_63 Delitschia_winteri_CBS_225_62 Delphinella_strobiligena_CBS_735_71 Dendryphiella_arenaria_CBS_181_58 Dendryphiella_salina_CBS_142_60 Didymella_cucurbitacearum_IMI_373225 Didymella_fucicola_JK_2932 Dothidea_hippophaes_DAOM_231303 Dothidea_insculpta_CBS_189_58 Dothidea_sambuci_DAOM_231303 Dothiora_cannabinae_CBS_737_71 Elsinoe_centrolobii_CBS_222_50 Elsinoe_phaseoli_CBS_165_31 Elsinoe_veneta_CBS_150_27 Falciformispora_lignatilis_BCC_21117 Falciformispora_lignatilis_BCC_21118 Farlowiella_carmichaeliana_CBS_206_36 Floricola_striata_JK_5603K 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2190 2200 2210 2220 2230 2240 2250 2260 2270 2280 2290 2300 2310 2320 2330 2340 2350 2360 2370 2380 2390 2400 2410 2420 2430 2440 2450 2460 2470 2480 2490 2500 2510 2520 2530 2540 2550 2560 2570 2580 2590 2600 2610 2620 2630 2640 2650 2660 2670 2680 2690 2700 2710 2720 2730 2740 2750 2760 2770 2780 2790 2800 2810 2820 2830 2840 2850 2860 2870 2880 2890 2900 2910 2920 2930 2940 2950 2960 2970 2980 2990 3000 3010 3020 3030 3040 3050 3060 3070 3080 3090 3100 3110 3120 3130 3140 3150 3160 3170 3180 3190 3200 3210 3220 3230 3240 3250 3260 3270 3280 3290 3300 3310 3320 3330 3340 3350 3360 3370 3380 3390 3400 3410 3420 3430 3440 3450 3460 3470 3480 3490 3500 3510 3520 3530 3540 3550 3560 3570 3580 3590 3600 3610 3620 3630 3640 3650 3660 3670 3680 3690 3700 3710 3720 3730 3740 3750 3760 3770 3780 3790 3800 3810 3820 3830 3840 3850 3860 3870 3880 3890 3900 3910 3920 3930 3940 3950 3960 3970 3980 3990 4000 4010 4020 4030 4040 4050 4060 4070 4080 4090 4100 4110 4120 4130 4140 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Acrocordiopsis_patilii_BCC_28166 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Acrocordiopsis_patilii_BCC_28167 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Dothidea_hippophaes_DAOM_231303 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Ulospora_bilgramii_CBS_101364 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; END; BEGIN SETS; CHARSET SSU (CHARACTERS = 4_gene_Marine_fungi) = 1-1096; CHARSET LSU (CHARACTERS = 4_gene_Marine_fungi) = 1097-2433; CHARSET EF (CHARACTERS = 4_gene_Marine_fungi) = 2434-3378; CHARSET RPB2 (CHARACTERS = 4_gene_Marine_fungi) = 3379-4141; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 4_gene_Marine_fungi) = N: 1-4141; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 4_gene_Marine_fungi) = N: 1-4141; END; BEGIN TREES; TITLE Tb11306; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Tremateia_halophila_JK_5517J, 2 Wettsteinina_lacustris_CBS_618_86, 3 Byssothecium_circinans_CBS_675_92, 4 Massarina_igniaria_CBS_845_96, 5 Montagnula_opulenta_CBS_168_34, 6 Phaeodothis_winteri_CBS182_58, 7 Bimuria_novae_zelandiae_CBS_107_79, 8 Myriangium_hispanicum_CBS_247_33, 9 Myriangium_duriaei_CBS_260_36, 10 Elsinoe_centrolobii_CBS_222_50, 11 Elsinoe_phaseoli_CBS_165_31, 12 Elsinoe_veneta_CBS_150_27, 13 Dothiora_cannabinae_CBS_737_71, 14 Dothidea_sambuci_DAOM_231303, 15 Guignardia_bidwellii_CBS_237_48, 16 Guigardia_gaultheriae_CBS_444_70, 17 Botryosphaeria_dothidea_CBS_115476, 18 Botryosphaeria_tsugae_CBS_418_64, 19 Macrophomina_phaseolina_CBS_277_33, 20 Massarina_eburnea_HKUCC_4054, 21 Massarina_eburnea_CBS_473_64, 22 Helminthosporium_velutinum_ATCC_38969, 23 Helminthosporium_solani_HSWS_04, 24 Stylodothis_puccinioides_CBS_193_58, 25 Botryosphaeria_stevensii_CBS_431_82, 26 Botryosphaeria_ribis_CBS_115475, 27 Aureobasidium_pullans_CBS_584_75, 28 Columnosphaeria_fagi_CBS_171_93, 29 Dothidea_hippophaes_DAOM_231303, 30 Dothidea_insculpta_CBS_189_58, 31 Delphinella_strobiligena_CBS_735_71, 32 Sydowia_polyspora_CBS_116_29, 33 Massaria_platani_CBS_221_37, 34 Ascocratera_manglicola_HHUF_30032, 35 Salsuginea_ramicola_KT_2597_1, 36 Salsuginea_ramicola_KT_2597_2, 37 Helicascus_nypae_BCC_36751, 38 Helicascus_nypae_BCC_36752, 39 Halomassarina_thalassiae_JK_5262D, 40 Halomassarina_thalassiae_JK_5385B, 41 Halomassarina_thalassiae_BCC_17054, 42 Halomassarina_thalassia_BCC_17055, 43 Lentithecium_phragmiticola_CBS_110446, 44 Helicascus_kanaloanus_A_237, 45 Helicascus_nypae_PP_6066, 46 Morosphaeria_ramunculicola_BCC_18404, 47 Morosphaeria_ramunculicola_BCC_18405, 48 Morosphaeria_ramunculicola_HKUCC_7649, 49 Morosphaeria_velataspora_BCC_17058, 50 Morosphaeria_vetatospora_BCC_17059, 51 Ophiosphaerella_herpotricha_ATCC_12279, 52 Phaeosphaeria_eustoma_CBS_576_86, 53 Loratospora_aestuarii_JK_5535D, 54 Delitschia_winteri_CBS_225_62, 55 Hysterium_angustatum_CBS_236_34, 56 Ostreichnion_sassafras_CBS_322_34, 57 Gloniopsis_praelonga_CBS_112415, 58 Psiloglonium_simulans_CBS_206_34, 59 Hysterium_pulicare_CBS_123377, 60 Hysterium_andinense_CBS_123562, 61 Lophium_mytilinum_CBS_269_34, 62 Mytilinidion_mytilinellum_CBS_303_34, 63 Pseudorobillarda_siamensis_BCC_12531, 64 Pseudorobillarda_texana_BCC_12535, 65 Pseudorobillarda_phragmitis_CBS_842_84, 66 Mycosphaerella_eurypotami_JK_5586J, 67 Mycosphaerella_graminicola_CBS_292_38, 68 Mycosphaerella_fijiensis_OSC_100622, 69 Mycosphaerella_punctiformis_CBS_113265, 70 Capnodium_coffeae_CBS_147_52, 71 Capnodium_salicinum_CBS_131_34, 72 Scorias_spongiosa_CBS_325_33, 73 Cladosporium_cladosporioides_CBS_170_54, 74 Davidiella_tassiana_CBS_399_80, 75 Quintaria_lignatilis_CBS_117700, 76 Quintaria_lignatilis_BCC_17444, 77 Caryosporella_rhizophorae_JK_5386C, 78 Carinispora_nypae_BCC_36316, 79 Heleiosa_barbatula_JK_5548I, 80 Decorospora_gaudefroyi_CBS_322_63, 81 Dendryphiella_arenaria_CBS_181_58, 82 Dendryphiella_salina_CBS_142_60, 83 Pleospora_herbarum_CBS_541_72, 84 Pleospora_sedicola_CBS_109843, 85 Pyrenophora_phaeocomes_DAOM_222769, 86 Pyrenophora_tritici_repentis_OSC_100066, 87 Allewia_eureka_DAOM_195275, 88 Lewia_infectoria_IMI_303186, 89 Alternaria_alternata_CBS_916_96, 90 Farlowiella_carmichaeliana_CBS_206_36, 91 Opegrapha_dolomitica, 92 Roccella_fuciformis_DUKE_15572, 93 Acrocordiopsis_patilii_BCC_28166, 94 Acrocordiopsis_patilii_BCC_28167, 95 Passeriniella_savoryellopsis_JK_5167C, 96 Julella_avicenniae_CY_2462, 97 Julella_avicenniae_BCC_20173, 98 Julella_avicenniae_BCC_18422, 99 Julella_avicenniae_JK_5326A, 100 Biatriospora_marina_CY_1228, 101 Melanomma_pulvis_pyrius_CBS_109_77, 102 Herpotrichia_diffusa_CBS_250_62, 103 Herpotrichia_juniperi_CBS_200_31, 104 Melanomma_radicans_ATCC_42522, 105 Floricola_striata_JK_5678I, 106 Amorosia_littoralis_NN_6654, 107 Berkleasmium_micronesiacium_BCC_8141, 108 Berkleasmium_nigroapicale_BCC_8220, 109 Preussia_minima_CBS_524_50, 110 Preussia_terricola_DAOM_230091, 111 Westerdykella_angulata_CBS_610_74, 112 Westerdykella_cylindrica_CBS_454_72, 113 Westerdykella_dispersa_CBS_508_75, 114 Halotthia_posidoniae_BBH_22481, 115 Lentithecium_arundinaceum_CBS_619_86, 116 Lophiostoma_bipolarae, 117 Lophiostoma_sagittiforme_HHUF_29754, 118 Lophiostoma_macrostomum_KT_635, 119 Lophiostoma_macrostomum_KT_709, 120 Paraliomyces_lentiferus_CY_3525, 121 Mauritiana_rhizophorae_BCC_28867, 122 Mauritiana_rhizophorae_BCC_28866, 123 Decaisnella_formosa_BCC_25616, 124 Decaisnella_formosa_BCC_25617, 125 Patellaria_cf__atrata_BCC_28876, 126 Patellaria_cf__atrata_BCC_28877, 127 Lophiostoma_scabridisporum_BCC_22835, 128 Lophiostoma_scabridisporum_BCC_22836, 129 Psiloglonium_clavisporum_CBS_123339, 130 Hysterobrevium_smilacis_CBS_114601, 131 Lophiostoma_fuckelii_CBS_113432, 132 Lophiostoma_fuckelii_CBS_101952, 133 Lophiostoma_arundinis_CBS_621_86, 134 Lophiostoma_crenatum_CBS_629_86, 135 Hysteropatella_clavispora_CBS_247_34, 136 Lophiostoma_heterosporum_CBS_644_86, 137 Pontoporeia_biturbinata_BBH_23338, 138 Hysteropatella_elliptica_CBS_935_97, 139 Gloniopsis_subrugosa_CBS_123346, 140 Oedohysterium_sinense_CBS_123345, 141 Oedohysterium_insidens_CBS_238_34, 142 Hysterographium_mori_CBS_123564, 143 Psiloglonium_araucanum_CBS_112412, 144 Ostreichnion_curtisii_CBS_19834, 145 Rimora_mangrovei_JK_5437B, 146 Rimora_mangrovei_JK_5246A, 147 Aigialus_grandis_CY_2909, 148 Aigialus_parvus_CY_5061, 149 Aigialus_grandis_JK_5244A, 150 Aigialus_grandis_BCC_18419, 151 Didymella_cucurbitacearum_IMI_373225, 152 Platychora_ulmi_CBS_361_52, 153 Phoma_herbarum_CBS_615_75, 154 Leptosphaerulina_australis_CBS_939_69, 155 Didymella_fucicola_JK_2932, 156 Aigialus_grandis_BCC_20000, 157 Ascocratera_manglicola_JK_5262C, 158 Ascocratera_manglicola_BCC_9270, 159 Aigialus_mangrovei_BCC_33563, 160 Aigialus_mangrovei_BCC_33564, 161 Aigialus_parvus_BCC_32558, 162 Aigialus_parvus_BCC_18403, 163 Aigialus_rhizophorae_BCC_33572, 164 Ascochyta_pisi_CBS_126_54, 165 Aigialus_rhizophorae_BCC_33573, 166 Neotestudina_rosatii_CBS_690_82, 167 Morosphaeria__ramunculicola_JK_5304B, 168 Ulospora_bilgramii_CBS_101364, 169 Verruculina_enalia_JK_5253A, 170 Verruculina_enalia_BCC_18401, 171 Verruculina_enalia_BCC_18402, 172 Lineolata_rhizophorae_CBS_641_66, 173 Phaeosphaeria_avenaria_DAOM_226215, 174 Trematosphaeria_pertusa_CBS_122371, 175 Trematosphaeria_pertusa_CBS_122368, 176 Massarina_ricifera_JK_5535F, 177 Repetophragma_ontariense_HKUCC_10830, 178 Keissleriella_cladophila_CBS_104_55, 179 Falciformispora_lignatilis_BCC_21117, 180 Falciformispora_lignatilis_BCC_21118, 181 Lineolata_rhizophorae_JK_5248A, 182 Phaeosphaeria_olivacea_JK_5540Q, 183 Phaeosphaeria_spartinicola_JK_5177A, 184 Lineolata_rhizophorae_CBS_118422, 185 Kirschsteiniothelia_maritima_CBS_221_60, 186 Keissleriella_rarum_CBS_118429, 187 Alternaria_maritima_CBS_126_60, 188 Saccardoella_rhizophorae_JK_5349A, 189 Pleosporaceae_sp_OSC_100706, 190 Floricola_striata_JK_5603K, 191 Scirrhia_annulata_JK_5546G, 192 Aigialus_grandis_JK_4770, 193 Kirschsteiniothelia_elaterascus_HKUCC_7769, 194 Patellaria_atrata_CBS_95897, 195 Quintaria_submersa_CBS_115553, 196 Leptosphaeria_maculans_DAOM_229267, 197 Phaeosphaeria_albopunctata_CBS_254_64, 198 Leptosphaeria_biglobosa_CBS_303_51, 199 Leptosphaeria_doliolum_CBS_505_75; TREE Fig._1 = [&R] (((77,(184,(181,172))),(79,((((194,(125,126)),(135,138)),(((90,(63,(65,64))),(188,(((54,(((100,((((106,((132,131),(116,(120,((127,128),((134,(133,(118,119))),(117,136))))))),((((109,110),(112,(111,113))),(107,108)),((104,(105,190)),(123,124)))),((122,121),(137,114))),((102,(103,101)),(((98,(99,(189,(96,97)))),(((196,(199,198)),((80,((85,86),(((84,83),(81,82)),(87,(88,(89,187)))))),(((182,53),(52,173)),(51,(197,183))))),(155,(151,(154,(164,(152,153))))))),(((33,(((40,(42,(39,41))),(175,174)),(179,180))),(((4,3),(5,(6,(1,7)))),(2,(((20,21),(23,22)),((178,186),(43,115)))))),(((49,50),(167,(48,(47,46)))),(193,(44,(45,(37,38)))))))))),((78,((75,76),((176,(166,168)),(171,(169,170))))),((195,177),((95,(93,94)),(36,35))))),((146,145),((157,(34,158)),((148,(161,162)),(((150,(192,156)),(149,147)),((165,163),(159,160)))))))),((56,(59,55)),(144,((129,(143,58)),(((140,141),(57,139)),(142,130)))))),((60,62),(185,61))))),(((19,17),(26,(18,25))),(16,15)))),(((73,74),((66,(191,(68,(69,67)))),(72,(71,70)))),(((12,(11,10)),(9,8)),(((31,32),(13,(14,(30,(24,29))))),(27,28))))))),(91,92)); END;