#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 20, 2024; 13:28 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Cano M., Jimenez J., & Jimenez J. 2010. A systematic revision of the genus Erythrophyllopsis (Pottiaceae, Bryophyta). Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10308] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=25; TAXLABELS Aloina_rigida Barbula_unguiculata Bryoerythrophyllum_campilocarpum_Ecuador Bryoerythrophyllum_campilocarpum_Peru Bryoerythrophyllum_recurvirostrum Bryoerytrophyllum_inaequifolium Cinclidotus_riparius Dialytrichia_mucronata Didymodon_vinealis Erythrophyllopsis_andina_1 Erythrophyllopsis_andina_2 Erythrophyllopsis_andina_3 Erythrophyllopsis_andina_4 Erythrophyllopsis_andina_5 Erythrophyllopsis_andina_6 Erythrophyllopsis_zanderi_Bolivia Erythrophyllopsis_zanderi_Colombia Hyophila_involuta Leptodontium_viticulosoides Pleurochaete_squarrosa Pseudocrossidium_replicatum Rhexophyllum_subnigrum Scopelophila_cataractae Syntrichia_ruralis Tortula_muralis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M4818] TITLE Erythrophyllopsis_cpDNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1157; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Didymodon_vinealis 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Erythrophyllopsis_zanderi_Bolivia 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Erythrophyllopsis_zanderi_Colombia TTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAATCTTAGGTTGAAAAAAAAA-------TATAA-GCAATCCTGAGCCAAATTTTACATTTAAAAAA--CAAAATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGCTATCCTAACGCGTGTAAATTAAATCAAAAATTTTTAATGAAAATTTTT------------------------------GATTTAATTTATACGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATTTTAACAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAATACTTAATTCGAATTTTTTT-ATTGACATAAGTTTACAGTTTATGTTAGGATAGCCTAAAGAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCAGTTCAAATAGGTTATAGTCGACGCTTTTTT----ATTTTTGTTATTGCGCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTCTATGGACGAAAATTTTTTTT-ATTATATT-----AATATTAAAATAAATCCATACCATC----TATGTTAGTTTTT-TATTAAATTATTTAAGTAATGAATAACTTTGTAGATGATCCTATTACAAATTTTTA----ATAACAAAATTTGTAATTACTTCGTTTTTT-ATTTCTATTCAAATAAATCATTAGGGAAACTTTTTTT---ACCGGCTTTTTTAAAGAAAAAAA--TAGTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTATTTTAAGCTAAATGGCTTTAATTTATTTACTTTTATTTAATTAAAGGTTTAGTTACGAAAAAAA----AATTTTAGTTTTGTATCCATAGATTTTTAGCTGAAAAA-TTAATAGTTTTAAAAAAATTCCGCGTTGCTTTTTTT-ATTTGTATTATTGCAGGAATTATGCTTTTCTTTTTAGAAAAAAGTTTAAATCTTTTTAGAAATAAAATTAT---TGGTCAAATTTTTTT---AATAAAAA-CTTTAAAGACCCTTTAACTATATTTAAATTATTTATAGAACGAATCACACTTTTACCACTAAACTATACCCGCA Hyophila_involuta 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Leptodontium_viticulosoides TTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTATTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAATCTTAGGTTGAAAAAAAAG-------TATAA-GCGATCCTGAGCCAAATTTTA-ATTTAAAAAAAAAAA--TAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGCTATTCTAACGCG-------TAA---------TTTCA-TTAAATTTTTT--------------------------------TTTTATTTGCACGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATTTTAACAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAATACTTAATTCTAATTTTTTT-ATTGACATAAGTTTACAGTTTATGGTAGGATACCCTAAATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCAGTTCAAATAGGTTATAGTCGGCGCTTTTTT----ATTTTTATTATTGC-CTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATTCGGCTTCTATATGTACGATAAATTTTTTT-ATTATATT-----AATATTAAAATAAATACATACACACCACCTATGTTAATTTTT-TATTAAATCATTTAAGTAATAAATAACTTTGTAGATGATCCTATTACAAATTTTGTT---ATTACAAA-TTTGTAATTACTTCGTTTTTT-ATTTCTATTCAAATAAATCATTAGGAAAATTTTTTTT---ACCGGCTTTTT-AAATAAAAAAA--TAGTAATAACTTTAGTAAACTAATTTTATTATTTTAAGCTAAATTGCTTTAATTTATTTATTTTTGTTTAATTAAAGATTTAGTTACGAAAAAAAA---CATTTTAGTTTTGTATCCATAGATTTTTAACTGAAAAA-TTAATAGTTTTAAAAAAATTCCGCGTTGCTTTTTTT-ATTTGCGTTATTGCAGGAATTATGTTTTTCTTTTTAGAAAAGAGTTTAAATCTTTTTAGAAATAAAATTAT---TGGTCAAATGTTTTTTT-AATAAAAAA-TTTAAAGACCCTTTAACTATATTTAAATTATTTATAGAACGAATCACACTTTTACCACTAAACTATACCCGCA Pleurochaete_squarrosa TTTGAGCTTTGATAGAAAAACTTATTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGAAAAAAG---------TATAA-GCGATCCTGAGCCAAATTTTACATTTAAAAAA--CAAAATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGCTATCCTAACGCAAAAAGATTTAA--GAGTTATTT-AATAAAATTT-----------------------------------TTTAATTTACAAGCAAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATTTTAACAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAATACTTAATTCTGATTTTTTT-ATTGACATAAGTTTACAGTTTATGTTAGGATAGCCTAAAGAAAAA-GCCGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCAGTTCAAATAGGTTATAGTCGGCGTTTTTTT----ATTTTTATTATTGC-CTCTATTTCAAAACCGAACATGAAACTTTAATATCATACGGCTCCTCTATGGACGATAATTTTTTTT-ATTATATT-----AATATTAAAATAAATCCATATCACC----TATGTTAGTTTTT-TATTAAATCATTTAAATAATAAATAACTTTGTAGATGATCCTATTACAAATTTTTA----ATAACAAAATTTATAATTACTTCGTTTTTT-ATTTCTATTTAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTT---ACCGGCTTTTT-AAATAAAAAAA--TAGTAATAAATTTAGTAAACTAATTTTATTATTTTAAGCTAAATTGCTTTAATTTATTTCTTTTTATTTAATTAAAGATTTAGTTACGAAAAAAAA---TATTTTAGTTTTCTATCCATAGATTTTTAGCTTAAAAAATTG-TAATTAAAAAAAAATTCCGTGTTGCTTTTTT--ATTTGTGTTATTGCAGGAATTGTGCTTTTCTTTTTAAAAAAGAATTTAAATCTTTTTAGAAATAAAATTAT---GGGTCAAATTTTTTTTT-AATAAAAA-TTTTAAAGACCCTTTAACTATATTTAAGTTATTTATAAAACGAGTCACACTTTTACCACTAAACTATACCCGCA Pseudocrossidium_replicatum 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Rhexophyllum_subnigrum TTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAATCTTAGGTTGAAAAAAAAGA------TATAA-GCAATCCTGAGCCAAATTTTA-ATTTGAAAAA--CAAAATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGCTATTCTAACGCGTGTAAATTAAA---------------AA-------------------------------------------AATCTACACGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATTTTAACAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAATACTTAATTCTAATTTTTTT-ATTGACATAAGTTTACAGTTTATGTTAGGATAGCCTAAAGAAAAA-GCCGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCAGTTCAAATAGGTTATAGTCGGCGCTTTTTT----ATTTTTGTTATTGC-CTCTATTTCAAAACTGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTCTATGGATGAAAATTTTTTTT-ATTATATT-----AATATTAAAATAAATCCATACCACC----TATGTTAGTTTTT-TATTAAATAATTTAAGTAATAAATAACTTTGTAGATGATCCTATTACAAATTTTTA----ATAACAAAATTTGTAATTATTTCGTTTTTT-ATTTCTATTCAAATAAATCATTAGGGAAATTTTTTTT---ACCGGCTTTTT-AAATAAAAAAA--TAGTAATAAATTTAGTAAACTAATTTTATTATTTTAAGCTAAATTGCTTTAATTTATTTACTTTTATTTGATTAAAGATTTAGTTACGAAAAAAA----GATTTTAGTTTTGTATCCATAGATTTTTAGCTGAAAAA-TTAATAGTTTTAAAAAAATTCCGCGTTGCTTTTTTT-ATTTGTATTATTGCAGGAATTATGCTTTTCTTTTTAGAAAAAAGTTTAAATCTTTTTAGAAATAAAATTAT---TGGTCAAATTTTTTTT--AATAAAAA-TTTTAAAGACCCTTTAACTATATTTAAATTATTTATAGAACGAATCACACTTTTACCACTAAACTATACCCGCA Scopelophila_cataractae 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Syntrichia_ruralis TTTGAGCTTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAATCTTAGGTTGACAAAAAAAA------GATAA-GTAATCCTGAGCCAAATTTTCTATTTAAAAAG--CAAAATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGCTATCCTAACATGTGTAAATAAAATCCAAAAAATTTTATGAAATTTTTTG-----------------------------GATTTTATTTACACGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATTTTAACAACAATTTAAATTGTAGTAAAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAATACTTAATTCAAATTTTTTT-ATTGACAGAAGTTTACAATTTATGTTAGGATAGACTAAAGAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCAGTTCAAATAGGTTATAGTCGGCGCTTTTTT----ATTTTTGTTATTGC-CTCTATTTCAAAACCGAATATGAAATTTTAATATC-TACGGCTCCTATATGGACGATAAATTTTTTT-ATTATATT-----AATGTTAAAATAAATCCATACCACC----TATGTTAGTTTTT-TATTAAATCATTTAAGTAATAAATAACTTTGTAGATGATCCTATTACAAATTTTTA----ATAAAAAAATTTGTAATTACTTCGTTTTTT-ATTTCTATTCAAATAAATCATTAGGGAAATTTTTTTT---ACCGGCTTTTT-AAATAAAAAAA--TAATAATAAATTTAGTAAACTAAATTTGTTATTTTAAGCTAAATGGCTTTAATTTATTTACTTTTATTTAATTAAAGATTTAGTTACGAAAAAAA----GATTTTAGTTTTGTATCCATAGATTTTTAGCTAAAAAA-TAAATAGTTTTAAAAAAATTCCGCGTTGCTTTTCTT-ATTTATATTATTGCAGGAATTATGCTTTTCTTTTTAGAAAAAGGTTTAAATCTTTTTAGAAATAAAATTAT---TGGTCAAATTTTTTTTTTAATAAAAAA-TTTAAAGACCCTT-AACTATATTTAAATTTTTTATAGAACGAATCACACTTTTACCACTAAACTATACCCGCA Tortula_muralis 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Erythrophyllopsis_cpDNA) = N: 1-1157; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Erythrophyllopsis_cpDNA) = N: 1-1157; END; BEGIN TREES; TITLE Tb11406; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Bryoerytrophyllum_inaequifolium, 2 Pseudocrossidium_replicatum, 3 Erythrophyllopsis_andina_1, 4 Erythrophyllopsis_andina_2, 5 Erythrophyllopsis_andina_3, 6 Erythrophyllopsis_andina_4, 7 Erythrophyllopsis_andina_5, 8 Erythrophyllopsis_andina_6, 9 Bryoerythrophyllum_campilocarpum_Ecuador, 10 Bryoerythrophyllum_campilocarpum_Peru, 11 Erythrophyllopsis_zanderi_Bolivia, 12 Erythrophyllopsis_zanderi_Colombia, 13 Rhexophyllum_subnigrum, 14 Didymodon_vinealis, 15 Pleurochaete_squarrosa, 16 Bryoerythrophyllum_recurvirostrum, 17 Aloina_rigida, 18 Barbula_unguiculata, 19 Cinclidotus_riparius, 20 Dialytrichia_mucronata, 21 Tortula_muralis, 22 Syntrichia_ruralis, 23 Leptodontium_viticulosoides, 24 Hyophila_involuta, 25 Scopelophila_cataractae; TREE Fig._1 = [&R] (25,15,((((((1,(((3,4,5,6,(7,8)),(11,12)),((9,10),16))),2,17,(18,(19,20)),(21,22)),13),14),23),24)); END;