#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2024; 13:39 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Feodorova T.A., Voznesenskaya E.V., Edwards G., & Roalson E.H. 2010. Biogeographic patterns of diversification and the origins of C4 in Cleome (Cleomaceae). Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10343] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=120; TAXLABELS Aethionema_arabicum_AY254539 Aethionema_elongatum_DQ518386 Cleome_aculeata_C119 Cleome_aculeata_C386 Cleome_aculeata_cordobensis_DQ455787 Cleome_africana_F09 Cleome_afrospina_C130 Cleome_allamanii_C127 Cleome_angustifolia Cleome_angustifolia_C325 Cleome_arborea_DQ455783 Cleome_arborea_DQ455784 Cleome_boliviensis_DQ455785 Cleome_breyeri_C169 Cleome_briquetii_C139 Cleome_briquetii_DQ455786 Cleome_cleomoides_C389 Cleome_cleomoides_C390 Cleome_coluteoides_C29 Cleome_diffusa_DQ455789 Cleome_domingensis_C015 Cleome_droserifolia_F01 Cleome_elegantissima_C142 Cleome_fimbriata_C033 Cleome_foliosa_foliosa_C324 Cleome_foliosa_lutea_C167 Cleome_gigantea_F10 Cleome_gynandra_C391 Cleome_gynandra_C392 Cleome_gynandra_F04 Cleome_gynandra_F05 Cleome_hassleriana_DQ455791 Cleome_hassleriana_F15 Cleome_hassleriana_F16 Cleome_hirta_C143 Cleome_hirta_F17 Cleome_hirta_F18 Cleome_isomeris_C014 Cleome_isomeris_F23 Cleome_kalachariensis_C173 Cleome_khorassanica_C35 Cleome_lechleri_DQ455792 Cleome_linearifolia_C172 Cleome_luederitziana_C171 Cleome_lutea_AF137588 Cleome_macrophylla_C148 Cleome_maculata Cleome_melanosperma_R98853 Cleome_microaustralica_C182 Cleome_microaustralica_C396 Cleome_microcarpa_DQ455793 Cleome_monochroma_C145 Cleome_monophylla_DQ455796 Cleome_monophylla_F08 Cleome_moritziana_DQ455794 Cleome_ornithopodioides_F07 Cleome_oxalidea_F3958 Cleome_oxyphylla_C180 Cleome_paludosa_C97 Cleome_paludosa_DQ455803 Cleome_paradoxa_F11 Cleome_parviflora_DQ455797 Cleome_pernambucensis_DQ455798 Cleome_pilosa_DQ455799 Cleome_platycarpa_C011 Cleome_quinquenervia_C030 Cleome_rosea_DQ455801 Cleome_rutidosperma_DQ455802 Cleome_schimperi_C158 Cleome_serrulata_C012 Cleome_serrulata_DQ455804 Cleome_siliculifera_H26987 Cleome_siliculifera_H27089 Cleome_sp_C395 Cleome_sparsifolia_DQ455805 Cleome_speciosa_DQ455806 Cleome_spinosa_C023 Cleome_spinosa_F21 Cleome_spinosa_longicarpa_DQ455808 Cleome_spinosa_spinosa_DQ455807 Cleome_stenophylla_DQ455814 Cleome_stricta_C160 Cleome_strigosa_C164 Cleome_stylosa_DQ455812 Cleome_tenuifolia_H16325 Cleome_titubans_DQ455813 Cleome_torticarpa_DQ455810 Cleome_trachycarpa_C051 Cleome_tucumanensis_C053 Cleome_tucumanensis_DQ455811 Cleome_turkmena_C125 Cleome_uncifera_C388 Cleome_usambarica_C165 Cleome_violacea_DQ532098 Cleome_violacea_DQ532099 Cleome_violacea_F02 Cleome_viridiflora_DQ455820 Cleome_viridiflora_DQ455821 Cleome_viridiflora_DQ455822 Cleome_viscosa_DQ455819 Cleome_viscosa_F12 Cleome_viscosa_F13 Cleome_werdermannii_DQ455809 Cleomella_brevipes_T10867 Cleomella_hillmaniiC343 Cleomella_plocasperma_T10871 Dactylaena_microphylla_C1729 Diplotaxis_tenuifolia_EF601913 Iberis_spathulata_AJ440312 Moricandia_suffruticosa_EF601908 Oxystylis_luteaC347 Podandrogyne_chiriquensis_C192 Podandrogyne_jamesonii_C200 Podandrogyne_macrophylla_DQ455815 Polanisia__uniglandulosa_C349 Polanisia_dodecandra_F22 Polanisia_dodecandra_dodecandra_DQ455816 Polanisia_dodecandra_trachysperma_DQ4558 Stanleya_pinnata_AF531620 Wislizenia_refracta_C208 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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-------------------------------------------------------------ACT-CTCGGTGGGCCGGTT--TCTTAGCTGATCC-CG?GCCTGC-CGATTCCGTGGTT-ATGTGCATTGTCCCC-GTCAAGATT--TTTA-ATCTCGGCTGGGTAGTG-T-GCCTAG-CTTCCGGA-TATCACAAAACC?CGGCACGAAAAGTGTCAAGGAACATTCAA-CTA---AACAGCCTGCGTTCGCTAACC--CGGA--GAC--GGTGTTT-AT?CGG-ACGCTG-TGCTGCAATCTAAA---GTCT-AAAACGACTCTCGGCAA-CGGATATCTCGG-CTCTCG-CATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCTTCTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACAAATCGTCGTCCC------CCC-------------------ATCCTCTCGAGG------ATATGGGAC-GGAAGCTGGTCTCCCGTGTGTTA-CCGCACGCGGTTGGCCAAAATCCGAGC-TAAGGACGCAAG--GAGCGT-CTCGAC--ATGC--GGTGGTGAAT-TCA---AGCCTCGTCATAT-CGTC-GGTCGCTCCGGTCCGGA--AGCT--CTCG---ATG----------------------------------------------------- Wislizenia_refracta_C208 TCGATA-CCTAA---TCCG---AAAAGGAACGA-CCTGT-GAAC-GAG-TG-TT----TCCACA-CGCGGTGCGACAGGA---CCCCCGCGTCTCTGTCGTCCGC-CGAATCCGCGGAG-CTTCGTGTGTTCC---GTCGAGTACA---------CTCTTCGGAACGCCGT--CGCTT-TCGTTGGAAA-TCACCAAACCCCGGCGTGAAAAGCGCCAAGGAACATCAAATCGA---AACAGCCCGCTCCAGACG-A--CCCTC-ACAA--GGTGCTT-GTCTGG-ATGCGT-GTCTGCG-TCATAA---GTCT-ATAACGACTCTCGGCAA-CGGATATCTCGG-CTCTCG-CATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCGTCAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACGCATCGTCGTCCCCC----CCCTCACCC-GTGCTT---AACACGCCC-GGGCGA-----ACGCGGAGACGGAGATTGGTCTCCCGTGTGTTA-CCGCACGCGGTTGGCCCAAAATCGAGC-CACGG--GCGTC--GATCGT-CCTGAC--GAGC--GGTGGTGTAT-AGA---TGCCTCGTGTTTA-CGTC-GTTCG--ATCACGTCCG--CAGTGACT--CT-A------------------------------------------------------- ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Cleome_ITS) = N: 1-760; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Cleome_ITS) = N: 1-760; END; BEGIN TREES; TITLE Cleome_ITS; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Cleome_africana_F09, 2 Cleome_violacea_DQ532098, 3 Cleome_violacea_DQ532099, 4 Cleome_violacea_F02, 5 Cleome_coluteoides_C29, 6 Polanisia__uniglandulosa_C349, 7 Polanisia_dodecandra_F22, 8 Polanisia_dodecandra_dodecandra_DQ455816, 9 Polanisia_dodecandra_trachysperma_DQ4558, 10 Cleome_fimbriata_C033, 11 Cleome_quinquenervia_C030, 12 Cleome_droserifolia_F01, 13 Cleome_khorassanica_C35, 14 Cleome_turkmena_C125, 15 Cleomella_brevipes_T10867, 16 Cleomella_hillmaniiC343, 17 Cleomella_plocasperma_T10871, 18 Oxystylis_luteaC347, 19 Wislizenia_refracta_C208, 20 Cleome_lutea_AF137588, 21 Cleome_serrulata_C012, 22 Cleome_serrulata_DQ455804, 23 Cleome_isomeris_C014, 24 Cleome_isomeris_F23, 25 Cleome_platycarpa_C011, 26 Cleome_viscosa_DQ455819, 27 Cleome_viscosa_F12, 28 Cleome_viscosa_F13, 29 Cleome_cleomoides_C389, 30 Cleome_cleomoides_C390, 31 Cleome_microaustralica_C182, 32 Cleome_microaustralica_C396, 33 Cleome_oxalidea_F3958, 34 Cleome_sp_C395, 35 Cleome_uncifera_C388, 36 Cleome_angustifolia, 37 Cleome_angustifolia_C325, 38 Cleome_gynandra_C391, 39 Cleome_gynandra_C392, 40 Cleome_gynandra_F04, 41 Cleome_gynandra_F05, 42 Cleome_luederitziana_C171, 43 Cleome_paradoxa_F11, 44 Cleome_breyeri_C169, 45 Cleome_stricta_C160, 46 Cleome_strigosa_C164, 47 Cleome_oxyphylla_C180, 48 Cleome_macrophylla_C148, 49 Cleome_maculata, 50 Cleome_hirta_C143, 51 Cleome_hirta_F17, 52 Cleome_hirta_F18, 53 Cleome_monochroma_C145, 54 Cleome_monophylla_DQ455796, 55 Cleome_monophylla_F08, 56 Cleome_ornithopodioides_F07, 57 Cleome_allamanii_C127, 58 Cleome_briquetii_C139, 59 Cleome_briquetii_DQ455786, 60 Cleome_elegantissima_C142, 61 Cleome_rutidosperma_DQ455802, 62 Cleome_schimperi_C158, 63 Cleome_usambarica_C165, 64 Cleome_foliosa_foliosa_C324, 65 Cleome_foliosa_lutea_C167, 66 Cleome_kalachariensis_C173, 67 Cleome_linearifolia_C172, 68 Dactylaena_microphylla_C1729, 69 Cleome_stenophylla_DQ455814, 70 Cleome_tenuifolia_H16325, 71 Cleome_lechleri_DQ455792, 72 Cleome_moritziana_DQ455794, 73 Cleome_pilosa_DQ455799, 74 Cleome_stylosa_DQ455812, 75 Podandrogyne_chiriquensis_C192, 76 Podandrogyne_jamesonii_C200, 77 Podandrogyne_macrophylla_DQ455815, 78 Cleome_arborea_DQ455783, 79 Cleome_arborea_DQ455784, 80 Cleome_gigantea_F10, 81 Cleome_viridiflora_DQ455820, 82 Cleome_viridiflora_DQ455821, 83 Cleome_viridiflora_DQ455822, 84 Cleome_melanosperma_R98853, 85 Cleome_paludosa_C97, 86 Cleome_paludosa_DQ455803, 87 Cleome_speciosa_DQ455806, 88 Cleome_rosea_DQ455801, 89 Cleome_siliculifera_H26987, 90 Cleome_siliculifera_H27089, 91 Cleome_sparsifolia_DQ455805, 92 Cleome_aculeata_C119, 93 Cleome_aculeata_C386, 94 Cleome_aculeata_cordobensis_DQ455787, 95 Cleome_afrospina_C130, 96 Cleome_diffusa_DQ455789, 97 Cleome_microcarpa_DQ455793, 98 Cleome_parviflora_DQ455797, 99 Cleome_torticarpa_DQ455810, 100 Cleome_tucumanensis_C053, 101 Cleome_tucumanensis_DQ455811, 102 Cleome_boliviensis_DQ455785, 103 Cleome_domingensis_C015, 104 Cleome_hassleriana_DQ455791, 105 Cleome_hassleriana_F15, 106 Cleome_hassleriana_F16, 107 Cleome_pernambucensis_DQ455798, 108 Cleome_spinosa_F21, 109 Cleome_spinosa_longicarpa_DQ455808, 110 Cleome_spinosa_spinosa_DQ455807, 111 Cleome_spinosa_C023, 112 Cleome_titubans_DQ455813, 113 Cleome_trachycarpa_C051, 114 Cleome_werdermannii_DQ455809, 115 Diplotaxis_tenuifolia_EF601913, 116 Aethionema_arabicum_AY254539, 117 Aethionema_elongatum_DQ518386, 118 Iberis_spathulata_AJ440312, 119 Moricandia_suffruticosa_EF601908, 120 Stanleya_pinnata_AF531620; TREE Fig._2 = [&R] (((((1,5),(2,3,4)),(((6,((7,9),8)),(((((15,17),(18,19)),(16,((20,22),((21,25),(23,24))))),(((36,37),42),43)),((((26,27,28),((((29,30),31),32),(34,35))),33),((((38,39),40),41),((((((44,47),((45,46),(48,49))),((((50,(51,52)),(54,(55,56))),53),((((57,((58,59),63)),61),60),62))),(68,(69,70))),((64,(65,66)),67)),(((71,72),((73,((75,77),76)),74)),(((78,79),((80,83),81,82)),(((84,87),(85,86)),((88,((89,90),91)),(((((92,95),98),99),(((93,94),(100,101)),(96,97))),(((102,(((104,105),106),109,112,114)),((107,110,111),108),113),103))))))))))),(10,(11,12)))),(13,14)),((((115,119),120),118),(116,117))); END;