#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 18, 2024; 21:41 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Suárez-santiago V., Díaz de la guardia C., Soltis D., Soltis P., & Blanca G. 2010. Tragopogon lainzii, a new species of Tragopogon (Asteraceae) segregated from T. dubius: Evidence from morphological and molecular data. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10410] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=33; TAXLABELS Tragopogon_angustifolius_A92 Tragopogon_angustifolius_ORC Tragopogon_australis_EU391983 Tragopogon_coloratus_EU392000 Tragopogon_crocifolius_EU391988 Tragopogon_dubius_AD Tragopogon_dubius_AT Tragopogon_dubius_CAZ Tragopogon_dubius_CH Tragopogon_dubius_EU392002_TR Tragopogon_dubius_IZN Tragopogon_dubius_LEN Tragopogon_dubius_OAS Tragopogon_dubius_SOM Tragopogon_dubius_SOR Tragopogon_dubius_TOB Tragopogon_krascheninnikovii_EU392006 Tragopogon_lainzii_CASTR Tragopogon_lainzii_CAZ Tragopogon_lainzii_FAD Tragopogon_lainzii_JOD Tragopogon_lainzii_ORC Tragopogon_lainzii_PUCAST Tragopogon_lainzii_PZ Tragopogon_lainzii_RIO Tragopogon_lainzii_SR Tragopogon_longirostris_EU391990 Tragopogon_olympicus_EU392011 Tragopogon_porrifolius_CARO Tragopogon_porrifolius_CAZ Tragopogon_porrifolius_CH Tragopogon_samaritani_EU392020 Tragopogon_sinuatus_EU391993 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=51; TAXLABELS Tragopogon_afghanicus_AY645846_AY508175 Tragopogon_angustifolius_A92 Tragopogon_angustifolius_ORC Tragopogon_australis_AY645849_AY508166 Tragopogon_balcanicum_AY645850_AY645805 Tragopogon_capitatus_AY645853_AJ633493 Tragopogon_coelesyriacus_AY645855_AY645809 Tragopogon_coloratus_AY645856_AY645811 Tragopogon_crocifolius_AY645857_AY508180 Tragopogon_dubius_AD Tragopogon_dubius_AJ633500_CH Tragopogon_dubius_AJ633503_DE Tragopogon_dubius_ALAR Tragopogon_dubius_AY645859_AY645813_TR Tragopogon_dubius_CAZ Tragopogon_dubius_CH Tragopogon_dubius_EU124037_EU124010_IN Tragopogon_dubius_IZN Tragopogon_dubius_LEN Tragopogon_dubius_OAS Tragopogon_dubius_SOM Tragopogon_dubius_SOR Tragopogon_dubius_TOB Tragopogon_krascheninnikovii_AY645821 Tragopogon_lainzii_CASTR Tragopogon_lainzii_CAZ Tragopogon_lainzii_FAD Tragopogon_lainzii_JOD Tragopogon_lainzii_ORC Tragopogon_lainzii_PZ Tragopogon_lainzii_RIO Tragopogon_lainzii_SAG Tragopogon_lainzii_SAL Tragopogon_lainzii_SR Tragopogon_longirostris_AY645873_AY508185 Tragopogon_major_AY645874_AY645825_TR Tragopogon_olympicus_AY645878_AY645829 Tragopogon_porrifolius_AJ633494 Tragopogon_porrifolius_AY645881_AY508169 Tragopogon_porrifolius_CARO Tragopogon_porrifolius_CAZ Tragopogon_porrifolius_CH Tragopogon_porrifolius_EF374202_EF374232 Tragopogon_porrifolius_EF374206 Tragopogon_porrifolius_IZN Tragopogon_porrifolius_OAS Tragopogon_porrifolius_ORC Tragopogon_pterodes_AY645883_AY508176 Tragopogon_samaritani_AY645888_AY645835 Tragopogon_sinuatus_AY645891_AY645838 Tragopogon_stenophyllus_AY645892_AY645840 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M5196] TITLE rpl16_Sequences; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1087; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Tragopogon_stenophyllus_AY645892_AY645840 ?????????????????TTTTGGTGCTTGCTTGGCCTCTTGGCTGAGCGGGTGGCTTTTAG--CCGAGCGGTCTTCGGGGATGATTTCCGTAAAGGTGCATGAGTGGTGTTTGGTTTGTTGCGGATGGTTGGATGTCTGCTTGTGCAGCAACTTCCATGCGGGCTTACCTCTTCAATTGTGCTACAAGCCTTGTTTGGCTTGCAGCGTTCAGTGGGTTTCTTGTGTTGATTACCTAATCGATGGCATTGTTTGTACCCATTAGTGT--GATTTTGTAAAACGTTGCTTGCGGCGTGATACAAACAATGAAGCAACCTTTGTTGTTCAACCTGTTGCTGCTCATGCATCGATGGCTTGGCCCATGAAGTGTTGATTGGTCCCTTGGATACGGAACATGATGTGGGCACAAGTTCGTCAAAGATCTTGTATTT-GCCCTATTGAGTGATTT--AGCTTCTTTAAATGACCGTCGTCCATGTATTGACA-AGTCGGTGTATGGAGGATTGTGTCAAA??????????????????????????????????????????????????????????????????AAGCAGAACGACCCGTGAAC-TGTAATTGGCAATCACCTGATGGGGAAACGGGC{GT}ACGGCCTTGAT{AC}C{GT}TGTCCC{GT}TGTCGGCG{GT}GCGTGTGTGCCGCTCCGAAGGGAACGCCATAGGTGTTTTGTTGGCAAGTTA{AG}CCAACCCCGGCACGAAATGTGCCAAGGAAAAAGAAAACAAAAGAAGGTTGTACTTGGTTTTTGCCCCGTTCGCGGTGTGCAAGCT-TTTGCGACCTCTTTCAAACAAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCACGCATCGATGAAGAACGTAGCAAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCAAAGCCATCCGGTTGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCCCCC-ATGTATATCAGATTTGGGATGCATGGTGTCGGGGCGGAGATTGGTCTCCCGTGCAACTGTCGCGGTTGGCCCAAACATGAGTCACCTTCGGTTGACGCACGGCTAGTGGTGGTTGAATAGGCCCTCGTCTTTTGCCGTGCGTCGTTTGCTG-CAAGGAAAGCTCTTGTATAAGACCCTAATGCGTTGTCC-TGTGA-GACGCTTCGA??????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN SETS; CHARSET ITS (CHARACTERS = ETS_ITS_Sequences) = 536-1263; CHARSET Missambig (CHARACTERS = ETS_ITS_Sequences) = 250-253 265-268 803 1004-1005 1196; CHARSET ETS (CHARACTERS = ETS_ITS_Sequences) = 1-535; CHARSET usertype (CHARACTERS = ETS_ITS_Sequences) = 1-5; END; BEGIN TREES; TITLE 'ETS + ITS block'; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Tragopogon_lainzii_FAD, 2 Tragopogon_lainzii_SR, 3 Tragopogon_lainzii_SAL, 4 Tragopogon_lainzii_SAG, 5 Tragopogon_lainzii_JOD, 6 Tragopogon_lainzii_CASTR, 7 Tragopogon_lainzii_ORC, 8 Tragopogon_lainzii_PZ, 9 Tragopogon_lainzii_CAZ, 10 Tragopogon_dubius_CAZ, 11 Tragopogon_lainzii_RIO, 12 Tragopogon_dubius_ALAR, 13 Tragopogon_dubius_IZN, 14 Tragopogon_dubius_LEN, 15 Tragopogon_dubius_OAS, 16 Tragopogon_dubius_SOM, 17 Tragopogon_dubius_TOB, 18 Tragopogon_dubius_AY645859_AY645813_TR, 19 Tragopogon_dubius_AD, 20 Tragopogon_dubius_SOR, 21 Tragopogon_dubius_CH, 22 Tragopogon_dubius_EU124037_EU124010_IN, 23 Tragopogon_porrifolius_CARO, 24 Tragopogon_porrifolius_CH, 25 Tragopogon_porrifolius_IZN, 26 Tragopogon_porrifolius_OAS, 27 Tragopogon_porrifolius_ORC, 28 Tragopogon_porrifolius_CAZ, 29 Tragopogon_major_AY645874_AY645825_TR, 30 Tragopogon_stenophyllus_AY645892_AY645840, 31 Tragopogon_capitatus_AY645853_AJ633493, 32 Tragopogon_coelesyriacus_AY645855_AY645809, 33 Tragopogon_afghanicus_AY645846_AY508175, 34 Tragopogon_pterodes_AY645883_AY508176, 35 Tragopogon_coloratus_AY645856_AY645811, 36 Tragopogon_longirostris_AY645873_AY508185, 37 Tragopogon_angustifolius_ORC, 38 Tragopogon_angustifolius_A92, 39 Tragopogon_samaritani_AY645888_AY645835, 40 Tragopogon_sinuatus_AY645891_AY645838, 41 Tragopogon_porrifolius_AY645881_AY508169, 42 Tragopogon_australis_AY645849_AY508166, 43 Tragopogon_balcanicum_AY645850_AY645805, 44 Tragopogon_crocifolius_AY645857_AY508180, 45 Tragopogon_olympicus_AY645878_AY645829, 46 Tragopogon_krascheninnikovii_AY645821, 47 Tragopogon_dubius_AJ633503_DE, 48 Tragopogon_dubius_AJ633500_CH, 49 Tragopogon_porrifolius_EF374202_EF374232, 50 Tragopogon_porrifolius_EF374206, 51 Tragopogon_porrifolius_AJ633494; TREE Fig._7 = [&R] (45,(((((((1,2,3,4,5,6,7,8,9),(18,29),34,48),((30,37,38),(32,46)),31),33),((10,11,12,13,14,15,16,17,19,20),28)),(35,36)),(((((21,24,25,27,49),26),(23,41),50,51),40),((39,43),(42,44)))),(22,47)); END; BEGIN TREES; TITLE rpl16_block; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Tragopogon_lainzii_CASTR, 2 Tragopogon_lainzii_FAD, 3 Tragopogon_lainzii_ORC, 4 Tragopogon_lainzii_PZ, 5 Tragopogon_lainzii_JOD, 6 Tragopogon_lainzii_PUCAST, 7 Tragopogon_lainzii_RIO, 8 Tragopogon_lainzii_SR, 9 Tragopogon_lainzii_CAZ, 10 Tragopogon_dubius_CAZ, 11 Tragopogon_dubius_IZN, 12 Tragopogon_dubius_AT, 13 Tragopogon_dubius_LEN, 14 Tragopogon_dubius_OAS, 15 Tragopogon_dubius_SOM, 16 Tragopogon_dubius_TOB, 17 Tragopogon_dubius_AD, 18 Tragopogon_dubius_SOR, 19 Tragopogon_dubius_EU392002_TR, 20 Tragopogon_dubius_CH, 21 Tragopogon_porrifolius_CH, 22 Tragopogon_porrifolius_CARO, 23 Tragopogon_porrifolius_CAZ, 24 Tragopogon_sinuatus_EU391993, 25 Tragopogon_australis_EU391983, 26 Tragopogon_angustifolius_ORC, 27 Tragopogon_angustifolius_A92, 28 Tragopogon_krascheninnikovii_EU392006, 29 Tragopogon_crocifolius_EU391988, 30 Tragopogon_samaritani_EU392020, 31 Tragopogon_coloratus_EU392000, 32 Tragopogon_longirostris_EU391990, 33 Tragopogon_olympicus_EU392011; TREE Fig._8 = [&R] (33,19,(28,32),((1,2,3,4,5,6,8,9),7,10,11,12,13,14,15,16,17,18,30),(29,31),((20,(21,22,23),(24,25)),(26,27))); END;