#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 24, 2024; 22:23 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Weigt L.A., Crawford A., Rand A., & Ryan M. 2005. Biogeography of the Túngara Frog, Physalaemus pustulosus: a Molecular Perspective. Molecular Ecology, 14: 3857-3876. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10423] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=39; TAXLABELS Engystomops_coloradorum Engystomops_freibergi Engystomops_petersi Engystomops_pustulatus Engystomops_pustulosus_ANTO Engystomops_pustulosus_BCIC Engystomops_pustulosus_CALA Engystomops_pustulosus_CARU Engystomops_pustulosus_CHIV Engystomops_pustulosus_COCO Engystomops_pustulosus_CRIC Engystomops_pustulosus_ELRE Engystomops_pustulosus_ESAL Engystomops_pustulosus_GAMB Engystomops_pustulosus_GATE Engystomops_pustulosus_GATW Engystomops_pustulosus_GBRG Engystomops_pustulosus_GUAL Engystomops_pustulosus_GUAT Engystomops_pustulosus_IREY Engystomops_pustulosus_ITAB Engystomops_pustulosus_KOBE Engystomops_pustulosus_LMAR Engystomops_pustulosus_MARI Engystomops_pustulosus_METE Engystomops_pustulosus_NICA Engystomops_pustulosus_PARM Engystomops_pustulosus_PRPH Engystomops_pustulosus_SANT Engystomops_pustulosus_SUMM Engystomops_pustulosus_TAPA Engystomops_pustulosus_TEHU Engystomops_pustulosus_TRIN Engystomops_pustulosus_VERC Physalaemus_caicai Physalaemus_ephippifer Physalaemus_fischeri 'Physalaemus sp. 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CACCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTCCCAGGATTTGGAATTATTTCCCATATTGTTACATACTACTCAAGTAAAAAGGAACCTTTTGGTTATATAGGCATAGTTTGAGCTATAATATCAATTGGCCTGCTTGGCTTTATCGTTTGAGCTCATCATATGTTTACAACTGATCTGAACGTAGACACACGAGCTTATTTTACTTCTGCAACAATAATCATCGCAATTCCAACCGGCGTAAAAGTCTTTAGTTGATTAGCAACTATACATGGGGGTATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGAGCCTTAGGCTTTATTTTCTTATTTACTGTGGGGGGACTAACAGGCATTGTTCTCGCTAATTCATCCCTAGACATTGTATTACATGATACATATTATGTTGTAGCCCACTTTCATTATGTTTTGTCTATAGGGGCTGTATTTGCTATTATGGCAGGATTTGTTCATTGATTTCCCCTATTTACAGGTTACTCTCTTCACGAGACTTGAACAAAAATTCATTTTGGTGTAATATTTGCAGGTGTAAACCTAACATTCTTTCCT Engystomops_pustulosus_TAPA CACCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTCCCGGGGTTCGGAATTATCTCCCACATTGTTACATATTACTCAAGTAAAAAGGAGCCTTTTGGTTATATAGGAATAGTTTGAGCTATAATATCTATTGGCCTTCTCGGCTTTATCGTCTGAGCCCACCATATATTTACAACTGACCTAAACGTAGATACACGAGCCTATTTTACTTCTGCAACAATAATTATTGCAATTCCAACCGGTGTAAAGGTCTTTAGCTGATTAGCAACCATACATGGAGGGATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGGGCCTTAGGTTTCATCTTCTTATTTACTGTAGGGGGATTAACAGGCATTGTTCTTGCTAACTCATCTCTAGATATTGTATTACATGACACCTATTATGTAGTAGCTCATTTTCATTACGTTTTATCTATGGGGGCTGTATTTGCTATTATAGCAGGATTTGTCCACTGATTTCCTCTATTTACAGGTTATTCTCTTCACGAAACTTGAACAAAAATTCATTTTGGTGTTATATTCGCAGGTGTAAACCTTACATTCTTTCCT Engystomops_pustulosus_TEHU CACCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTCCCAGGGTTCGGAATTATCTCCCACATTGTTACATATTACTCAAGTAAAAAGGAGCCTTTTGGTTATATAGGAATAGTCTGAGCTATAATATCTATTGGCCTTCTCGGCTTTATCGTCTGAGCCCACCATATGTTTACAACTGACCTAAACGTGGATACACGAGCCTATTTTACTTCTGCAACAATAATTATTGCAATTCCAACCGGTGTAAAAGTCTTTAGCTGATTAGCAACCATACATGGGGGGATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGGGCCTTAGGTTTCATCTTTTTATTTACTGTAGGGGGATTAACAGGCATTGTTCTTGCTAACTCATCTCTAGATATTGTACTACATGACACCTATTATGTAGTAGCTCATTTTCATTACGTTTTATCTATAGGAGCTGTATTTGCTATTATAGCAGGATTTGTCCACTGATTTCCTCTATTTACAGGTTATTCTCTTCACGAAACTTGAACAAAAATTCATTTTGGTGTTATGTTCGCAGGTGTAAATCTTACATTCTTTCCT Engystomops_pustulosus_TRIN CATCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTCCCAGGATTTGGAATTATCTCTCACATTGTCACATATTACTCAAGTAAAAAGGAACCTTTTGGTTATATGGGGATGGTTTGAGCTATAATGTCAATTGGTCTGCTTGGCTTTATCGTTTGAGCTCATCATATGTTTACAACTGACCTGAACGTAGATACACGAGCTTATTTTACTTCTGCAACAATAATTATCGCAATTCCAACTGGTGTAAAAGTCTTTAGCTGATTAGCAACTATACATGGAGGTATTATTAAATGACATGCCGCTATACTATGAGCCTTAGGCTTTATTTTCTTATTTACTGTAGGGGGATTAACAGGCATTGTTCTCGCTAATTCATCTCTAGATATTGTATTACATGATACATACTATGTTGTAGCCCACTTTCATTATGTTCTATCTATGGGAGCTGTATTTGCTATTATAGCGGGATTTGTTCATTGATTCCCCCTATTTACAGGTTATTCTCTTCACGAAACTTGAACAAAAATTCATTTTGGTGTAATATTTGCAGGTGTAAACCTAACATTCTTCCCT Engystomops_pustulosus_VERC CACCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTCCCAGGGTTCGGAATTATTTCCCACATTGTTACATACTACTCAAGTAAAAAGGAGCCTTTTGGTTATATAGGAATAGTTTGAGCTATAATATCTATTGGCCTCCTCGGCTTTATCGTCTGAGCCCACCATATATTTACAACTGACCTAAACGTTGATACACGAGCCTATTTTACTTCTGCAACAATAATTATTGCAATTCCAACCGGTGTAAAGGTCTTTAGCTGATTGGCAACCATACATGGGGGAATTATTAAGTGACATGCCGCTATGTTATGAGCCTTAGGTTTTATTTTCTTATTTACTGTGGGGGGATTAACAGGCATTGTTCTTGCTAACTCGTCTTTAGATATTGTATTACATGACACCTATTATGTAGTGGCTCATTTTCATTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTATTTGCTATTATAGCAGGATTCGTACACTGATTTCCCTTATTTACAGGCTATTCTCTTCACGAAACTTGAACAAAAATTCATTTTGGTGTAATATTCGCAGGTGTAAACCTAACATTCTTCCCT Physalaemus_caicai 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CACCCTGAAGTTTATATCCTTATTCTTCCAGGTTTTGGCATTATTTCTCATATCGTAACCTATTATTCAAGTAAAAAAGAACCATTCGGATATATGGGTATAGTGTGAGCTATAATATCTATTGGTTTATTAGGATTTATTGTATGAGCGCATCATATATTCACAACTGATTTAAATGTAGATACACGTGCCTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCAACTGGGGTTAAAGTCTTTAGTTGATTAGCTACTATGCATGGAGGAATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGAGCTTTAGGATTTATTTTCCTCTTTACAGTTGGTGGGTTAACAGGAATTGTTCTAGCTAATTCATCTCTTGATATTGTTCTTCATGATACTTATTATGTAGTAGCACATTTCCATTATGTTTTATCTATGGGAGCTGTCTTTGCAATTATAGCAGGCTTTGTACACTGATTTCCTTTATTTACTGGGTATACACTCCACGAAACTTGAACAAAGATTCACTTTGGAGTAATATTTGCTGGTGTCAATCTCACCTTCTTCCCA Physalaemus_fischeri CATCCTGAAGTTTACATCCTTATTCTACCAGGCTTCGGCATTATCTCTCACATTGTCACTTATTATTCAAGTAAAAAGGAACCGTTTGGCTACATGGGAATAGTTTGAGCCATAATATCAATTGGCTTATTAGGTTTTATCGTTTGAGCTCATCATATATTTACAACTGACTTAAACGTAGATACCCGAGCTTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCAATCCCAACCGGAGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCTACAATGCATGGAGGTATTATTAAATGACATGCAGCTATGTTATGGGCTTTGGGGTTTATTTTCCTTTTTACAGTTGGAGGATTAACAGGAATTGTTCTAGCCAACTCATCTCTTGATATTGTTCTTCATGATACTTATTACGTAGTAGCCCACTTCCATTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTTTTTGCAATTATAGCAGGTTTTGTGCACTGATTCCCTCTTTTTACTGGTTATACTCTTCACGAAACTTGAACAAAAATTCACTTTGGAGCAATATTTGCTGGTGTAAATTTAACATTTTTCCCT 'Physalaemus sp. A DCC-1998' CACCCTGAAGTTTATATTCTAATTCTTCCAGGTTTTGGCATTATTTCTCATATTGTAACCTATTATTCAAGTAAAAAAGAACCATTTGGATATATGGGAATAGTGTGAGCTATAATGTCAATTGGCTTATTAGGCTTTATTGTATGAGCCCATCATATATTTACAACTGACTTAAATGTAGATACACGTGCCTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCAACTGGAGTCAAAGTCTTTAGCTGATTAGCTACTATGCACGGAGGTATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGGGCTTTAGGGTTTATTTTCCTTTTTACAGTTGGTGGATTAACAGGAATTGTTTTAGCTAACTCATCTCTTGATATTGTTCTTCATGACACTTATTATGTAGTAGCACATTTCCACTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTTTTTGCTATTATGGCAGGCTTTGTACACTGATTTCCTCTATTTACTGGATATACACTCCACGAAACTTGAACAAAGATTCACTTTGGTGTAATATTTGCTGGTGTTAACCTTACTTTCTTCCCA 'Physalaemus sp. C DCC-1998' CACCCAGAAGTCTATATTCTTATCTTACCCGGTTTCGGCATTATTTCCCATATCGTAACTTATTATTCCAACAAAAAAGAACCTTTTGGATATATGGGCATGGTTTGAGCAATGATGTCTATTGGCCTTCTAGGCTTTATTGTTTGAGCACATCACATGTTCACAACAGACCTAAACGTGGATACACGAGCTTATTTCACCTCCGCAACAATAATTATTGCTATCCCCACTGGTGTTAAAGTATTTAGTTGATTAGCTACTATGCACGGAGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATATTATGAGCTCTAGGATTTATTTTTCTATTTACTGTTGGAGGACTCACAGGCATTGTTCTTGCCAACTCCTCTCTAGATATTGTCCTTCATGACACCTACTATGTAGTAGCTCATTTTCACTATGTTTTATCTATGGGAGCTGTCTTTGCTATTATAGCCGGTTTTGTACACTGATTTCCTTTATTTACCGGATATACACTTCATGAAACCTGAACAAAAATCCACTTCGGAGTTATGTTCTCTGGAGTTAATCTTACTTTCTTCCCT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = Engystomops_COI) = 1: 3-564\3, 2: 1-562\3, 3: 2-563\3; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Engystomops_COI) = 1: 3-564\3, 2: 1-562\3, 3: 2-563\3; END; BEGIN TREES; TITLE NJ; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Engystomops_pustulosus_VERC, 2 Engystomops_pustulosus_TEHU, 3 Engystomops_pustulosus_TAPA, 4 Engystomops_pustulosus_GUAT, 5 Engystomops_pustulosus_ESAL, 6 Engystomops_pustulosus_NICA, 7 Engystomops_pustulosus_CRIC, 8 Engystomops_pustulosus_PARM, 9 Engystomops_pustulosus_GUAL, 10 Engystomops_pustulosus_SANT, 11 Engystomops_pustulosus_ANTO, 12 Engystomops_pustulosus_GATW, 13 Engystomops_pustulosus_GATE, 14 Engystomops_pustulosus_BCIC, 15 Engystomops_pustulosus_PRPH, 16 Engystomops_pustulosus_GAMB, 17 Engystomops_pustulosus_GBRG, 18 Engystomops_pustulosus_SUMM, 19 Engystomops_pustulosus_CHIV, 20 Engystomops_pustulosus_COCO, 21 Engystomops_pustulosus_KOBE, 22 Engystomops_pustulosus_ITAB, 23 Engystomops_pustulosus_IREY, 24 Engystomops_pustulosus_METE, 25 Engystomops_pustulosus_ELRE, 26 Engystomops_pustulosus_MARI, 27 Engystomops_pustulosus_LMAR, 28 Engystomops_pustulosus_CALA, 29 Engystomops_pustulosus_CARU, 30 Engystomops_pustulosus_TRIN, 31 Engystomops_petersi, 32 Engystomops_freibergi, 33 Engystomops_coloradorum, 34 'Physalaemus sp. C DCC-1998', 35 Physalaemus_caicai, 36 Physalaemus_ephippifer, 37 'Physalaemus sp. A DCC-1998', 38 Physalaemus_fischeri, 39 Engystomops_pustulatus; TREE NJ_Unpublished = [&R] ((((((1,(5,(6,7))),(2,3)),4),(((((8,9),(10,(((((((((11,(14,22)),15),16),(19,21)),20),18),17),12),13))),(28,(29,30))),(26,27)),(23,(24,25)))),((36,37),38)),((31,32),((33,39),(34,35)))); END; BEGIN TREES; TITLE ML; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Engystomops_pustulosus_VERC, 2 Engystomops_pustulosus_TEHU, 3 Engystomops_pustulosus_TAPA, 4 Engystomops_pustulosus_GUAT, 5 Engystomops_pustulosus_ESAL, 6 Engystomops_pustulosus_NICA, 7 Engystomops_pustulosus_CRIC, 8 Engystomops_pustulosus_PARM, 9 Engystomops_pustulosus_GUAL, 10 Engystomops_pustulosus_SANT, 11 Engystomops_pustulosus_ANTO, 12 Engystomops_pustulosus_GATW, 13 Engystomops_pustulosus_GATE, 14 Engystomops_pustulosus_BCIC, 15 Engystomops_pustulosus_PRPH, 16 Engystomops_pustulosus_GAMB, 17 Engystomops_pustulosus_GBRG, 18 Engystomops_pustulosus_SUMM, 19 Engystomops_pustulosus_CHIV, 20 Engystomops_pustulosus_COCO, 21 Engystomops_pustulosus_KOBE, 22 Engystomops_pustulosus_ITAB, 23 Engystomops_pustulosus_IREY, 24 Engystomops_pustulosus_METE, 25 Engystomops_pustulosus_ELRE, 26 Engystomops_pustulosus_MARI, 27 Engystomops_pustulosus_LMAR, 28 Engystomops_pustulosus_CALA, 29 Engystomops_pustulosus_CARU, 30 Engystomops_pustulosus_TRIN, 31 Engystomops_petersi, 32 Engystomops_freibergi, 33 Engystomops_coloradorum, 34 'Physalaemus sp. C DCC-1998', 35 Physalaemus_caicai, 36 Physalaemus_ephippifer, 37 'Physalaemus sp. A DCC-1998', 38 Physalaemus_fischeri, 39 Engystomops_pustulatus; TREE Fig._3 = [&R] ((((1:0.027916,(5:0.013236,(6:0.002501,7:0.006672):0.006649):0.004448):0.003963,4:0.01241):0.002261,(2:0.014018,3:0.007939):0.015254):0.030974,(((8:0.00963,9:0.001772):0.01065,(10:0.009456,((11:0.0,14:0.0,15:0.001794,16:0.0018,17:0.003595,18:0.003597,(19:0.0,21:0.0):0.001812,20:0.001793,22:0.0):0.001798,12:0.0,13:0.001797):0.007576):0.017794):0.015635,((23:0.0,(24:0.0,25:0.0):0.00187):0.032242,((26:0.015965,27:0.02111):0.005866,(28:0.0,(29:0.009171,30:0.0):0.005456):0.031342):0.003348):0.002143):0.030554):0.0; END;