#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 2:34 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Pirie M.D., Humphreys A., Galley C., Barker N., Verboom G., Orlovich D.A., Draffin S.J., Lloyd K., Baeza C., Negritto M., Ruiz E., Cota sanchez J., Reimer E., & Linder H. 2008. A novel supermatrix approach improves resolution of phylogenetic relationships in a comprehensive sample of danthonioid grasses. Molecular Phylogenetics and Evolution, 48(3): 1106-1119. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10427] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=298; TAXLABELS Amphipogon Andropogon Aristida Arundo Austrodanthonia_alpicola_AMH102 Austrodanthonia_auriculata_AMH36 Austrodanthonia_bipartita_MDP290 Austrodanthonia_caespitosa_AMH25 Austrodanthonia_caespitosa_AMH92 Austrodanthonia_carphoides_HPL5568 Austrodanthonia_clavata_MDP454 Austrodanthonia_duttoniana_MDP302 Austrodanthonia_eriantha_AMH43 Austrodanthonia_eriantha_AMH95 Austrodanthonia_fulva_AMH38 Austrodanthonia_geniculata_AMH39 Austrodanthonia_induta_NGW6375 Austrodanthonia_laevis_LWsn Austrodanthonia_mera_AMH125 Austrodanthonia_monticola_MDP319 Austrodanthonia_oreophila_MDP404 Austrodanthonia_penicillata_AMH99 Austrodanthonia_pilosa_AMH44 Austrodanthonia_popinensis_AMH94 Austrodanthonia_racemosa_AMH6 Austrodanthonia_richardsonii_PI Austrodanthonia_setacea_AMH20 Austrodanthonia_tenuior_AMH70 Centropodia_glauca Centropodia_mossamedensis_Ward10862 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Austrodanthonia_tenuior_AMH70 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Danthonia_alpina_MDP481 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Danthonia_intermedia_Hermannsn 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Pentameris_distichophylla_HPL5447 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Pentameris_glacialis_HPL5458 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Pentameris_longiglumis_CG536 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Pentameris_macrocalycina_GAV203 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Pentameris_swartbergensis_HPL5490 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Pentaschistis_alticola_CG377 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Pentaschistis_aristidoides_TvN37 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Pentaschistis_basutorum_CG44 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Pentaschistis_borussicaT_MN1353 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Pentaschistis_horrida_TvN20 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Pentaschistis_pallescens_GAV216 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Pentaschistis_patula_CG317 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Pentaschistis_pyrophila_GAV229 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Pentaschistis_rosea_purpurascens_CG378 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Pentaschistis_tortuosa_GAV250 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Pseudopentameris_obtusifolia_NPB1668 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Rytidosperma_exiguum_HPL5746 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Schismus_scaberrimus_GAV573 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Tribolium_acutiflorum_GAV504 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Tribolium_uniolae_GAV531 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CCGCGCGCCGG----GGAT-----CCGTCCCCTTCGCGCGGCC-----AAGGCCG------C--CGACC-TCCG------T----CAG--GA-GGGGAGCGGCCGC-AAAA-GAACCCACGGCGCCGAATGGCGTCAAGGAACACTTGAT-ATT-GCCTT--GCGCGCGGCGGCG-ACCGGCCCGCCGGACGCTCC-GCGCGCAGCGATTCC-ATA--CTT-AATCCACACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCAAAATGCGATA-CCTGGTGTGAATTGCA-GAATCCCGCGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGCCTTCTGGCTGAGGGCACGCCT-GCCTGGGCGTCACGCCAAAAGACACTCCCCA-CCCAAACCT---------------------------CTGGGC--G-AGGACGTGGTGTTTGGCT---------------CCCCGTGCC-GCACGGCGC-GGTGGGCCGAAGTTGGGGCTGCCGGCGA--ACCGCGCCGGACA-CAGCACATGGTGG-TCGACCAA-AAGTT-GT-CACG-GTGTTGT-GTCTCGGCGCGCAGCCGG-CAAGACGGCCCTC-A----CGACCCTCAAG----ACCGATGCGCACGTCGCTCGGACC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Tribolium_utriculosum_GAV568 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CGCGCCGG----GGAT-----CCGTTCCCGTCGCGTGGCC-----AAGGCCG------C--CGACC-TCCG------T----CAG--GA-GGGGAGCGGCCGC-AAAA-GAACCCACGGCGCCGAATGGCGTCAAGGAACACTTGAT-ATT-GCCTT--GCGCGGGGCTGCG-GCCGGCCTGCCGGTCGCTCC-ACGCGCAGCGATTCC-ATA--CTT-AATCCACACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCAAAATGCGATA-CCTGGTGTGAATTGCA-GAATCCCGCGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGCCTTCTGGCCGAGGGCACGCCT-GCCTGGGCGTCACGCCAAAAGACACTCCCCA-CCCTAACCC------------------------------GGT--G-AGGACGTGGTGTTTGGCT---------------CCCCGCGCT-GCAAGGTGC-GGTGGGCCGAAGTTGGGGCTGCCGGCGA--ACCGTGCCGGACA-CAGCACATGGTGG-TCGACCAA-AAGTT-GT-CACG-GTGTTGT-GTCTCGGCGCGCAGCTGG-CGAGACGGCCCTT-A----GGACCCTTTCG----ACCGCAGCGCACGTCGCTCGGACC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN SETS; CHARSET trnLF (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 1-1334; CHARSET ndhF (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 4348-6411; CHARSET exclude_ITS (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 9988 9996-9997 10009-10012 10017-10022 10041-10046 10053-10061 10072-10082 10084-10085 10104-10109 10144-10152 10216-10218 10413-10453 10571-10573 10628-10633 10641-10648; CHARSET 26S (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 10673-11810; CHARSET rpl16 (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 1493-2870; CHARSET rbcL (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 8578-9915; CHARSET matK_indels (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 8510-8577; CHARSET ndhF_indels (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 6412-6445; CHARSET atpB_rbcL (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 3065-4238; CHARSET matK (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 6446-8509; CHARSET trnLF_indels (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 1335-1492; CHARSET exclude_cpDNA (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 108-133 415-442 493-511 1028-1043 1167-1173 1751-1754 1952-1986 2549-2557 2614-2633 3127-3136 3157-3176 3205-3212 3408-3424 3977-4012 4050-4056; CHARSET atpB_rbcL_indels (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 4239-4347; CHARSET ITS (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 9916-10672; CHARSET rpl16_indels (CHARACTERS = New_Character_Matrix) = 2871-3064; END; BEGIN TREES; TITLE SM_20080102; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Amphipogon, 2 Andropogon, 3 Aristida, 4 Arundo, 5 Austrodanthonia_alpicola_AMH102, 6 Austrodanthonia_auriculata_AMH36, 7 Austrodanthonia_bipartita_MDP290, 8 Austrodanthonia_caespitosa_AMH25, 9 Austrodanthonia_caespitosa_AMH92, 10 Austrodanthonia_carphoides_HPL5568, 11 Austrodanthonia_clavata_MDP454, 12 Austrodanthonia_duttoniana_MDP302, 13 Austrodanthonia_eriantha_AMH43, 14 Austrodanthonia_eriantha_AMH95, 15 Austrodanthonia_fulva_AMH38, 16 Austrodanthonia_geniculata_AMH39, 17 Austrodanthonia_induta_NGW6375, 18 Austrodanthonia_laevis_LWsn, 19 Austrodanthonia_mera_AMH125, 20 Austrodanthonia_monticola_MDP319, 21 Austrodanthonia_oreophila_MDP404, 22 Austrodanthonia_penicillata_AMH99, 23 Austrodanthonia_pilosa_AMH44, 24 Austrodanthonia_popinensis_AMH94, 25 Austrodanthonia_racemosa_AMH6, 26 Austrodanthonia_richardsonii_PI, 27 Austrodanthonia_setacea_AMH20, 28 Austrodanthonia_tenuior_AMH70, 29 Cortaderia_araucana_ITS, 30 Cortaderia_bifida_ITS, 31 Cortaderia_boliviensis_ITS, 32 Cortaderia_columbiana_ITS, 33 Cortaderia_hapalotricha_ITS, 34 Cortaderia_jubata_ITS, 35 Cortaderia_nitida_ITS, 36 Cortaderia_rudiuscula_ITS, 37 Cortaderia_sericantha_ITS, 38 Centropodia_glauca, 39 Centropodia_mossamedensis_Ward10862, 40 Chionochloa_australis_OTA57584_ITS, 41 Chaetobromus_involucratus_dregeanus_NPB978, 42 Chaetobromus_involucratus_involucratus_NPB1715, 43 Chionochloa_acicularis_OTA57601, 44 Chionochloa_antarctica_OTA57955, 45 Chionochloa_australis_OTA57584, 46 Chionochloa_beddiei_OTA57969, 47 Chionochloa_cheesemanii_OTA57934, 48 Chionochloa_conspicua_conspicua_OTA, 49 Chionochloa_crassiuscula_crassiuscula_OTA57968, 50 Chionochloa_defracta_OTA57937, 51 Chionochloa_flavescens_CHR475418, 52 Chionochloa_flavicans_OTA57947, 53 Chionochloa_frigida_MDP417, 54 Chionochloa_juncea_OTA57967, 55 Chionochloa_lanea_KML041, 56 Chionochloa_macra_CHR475278, 57 Chionochloa_nivifera_KML063, 58 Chionochloa_oreophila_CHR475277, 59 Chionochloa_ovata_OTA57593, 60 Chionochloa_pallens_CHR475279, 61 Chionochloa_rigida_HPL5750, 62 Chionochloa_rubra_OTA57960, 63 Chionochloa_spiralis_OTA57949, 64 Chionochloa_teretifolia_OTA57598, 65 Chionochloa_vireta_OTA57585, 66 Cortaderia_araucana_G7162, 67 Cortaderia_archboldii_JM115, 68 Cortaderia_bifida_ML1497, 69 Cortaderia_boliviensis_ML672, 70 Cortaderia_columbiana_ML920, 71 Cortaderia_fulvida_G5088, 72 Cortaderia_hapalotricha_ML1525, 73 Cortaderia_jubata_ML1515, 74 Cortaderia_nitida_ML1434, 75 Cortaderia_pilosa_3, 76 Cortaderia_pilosa_4a, 77 Cortaderia_pilosa_MDP345, 78 Cortaderia_richardii_G3816, 79 Cortaderia_rudiuscula_G11157, 80 Cortaderia_selloana_Robinson, 81 Cortaderia_sericantha_ML1128, 82 Cortaderia_splendens_G10872, 83 Cortaderia_toetoe_G5042, 84 Cortaderia_turbaria_G17358, 85 Danthonia_alpina_480_ITS, 86 Danthonia_alpina_MDP480, 87 Danthonia_alpina_MDP481, 88 Danthonia_annableae_DMP1833, 89 Danthonia_araucana_MDP337, 90 Danthonia_californica_americana_MDP330, 91 Danthonia_chilensis_var._aureofulva_MDP340, 92 Danthonia_chilensis_var._chilensis_MDP342, 93 Danthonia_compressa_Radford44899, 94 Danthonia_decumbens_MDP312, 95 Danthonia_domingensis_AA373, 96 Danthonia_filifolia_MJM34, 97 Danthonia_intermedia_Hermannsn, 98 Danthonia_malacantha_MDP339, 99 Danthonia_parryi_CWM813, 100 Danthonia_schneideri_Soreng5638, 101 Danthonia_secundiflora_ML1617, 102 Danthonia_sericea_DBW7180, 103 Danthonia_spicata_WDT95_30, 104 Danthonia_subulata_HPL7669, 105 Danthonia_unispicata_JTH52406, 106 Hordeum, 107 Joycea_clelandii_MDP250, 108 Joycea_lepidopoda_MDP285, 109 Joycea_pallida_HPL5564, 110 Joycea_sp_AMH104, 111 Karroochloa_curva_GAV604, 112 Karroochloa_schismoides_GAV562, 113 Karroochloa_tenella_GAV587, 114 Lamprothyrsus_hieronymi_ITS, 115 Lamprothyrsus_peruvianus_ITS, 116 Lamprothyrsus_hieronymi_OM3534, 117 Lamprothyrsus_peruvianus_G11154, 118 Merxmuellera_arundinacea_NPB1017_ITS, 119 Merxmuellera_arundinacea_NPB1742_ITS, 120 Merxmuellera_arundinacea_NPB1017, 121 Merxmuellera_arundinacea_NPB1742, 122 Merxmuellera_aureocephala_NPB, 123 Merxmuellera_cincta_NPB1160, 124 Merxmuellera_cincta_sericea_NPB1545, 125 Merxmuellera_davyi_NPB942, 126 Merxmuellera_decora_NPB1168, 127 Merxmuellera_disticha_NPB1002, 128 Merxmuellera_drakensbergensis_PM4, 129 Merxmuellera_dura_NPB983, 130 Merxmuellera_lupulina_HPL7004, 131 Merxmuellera_macowanii_NPB1008, 132 Merxmuellera_papposa_NPB1759, 133 Merxmuellera_rangei_NPB960, 134 Merxmuellera_rufa_TvN11, 135 Merxmuellera_setacea_NPB987, 136 Merxmuellera_stereophylla_PM3, 137 Merxmuellera_stricta_TvN15, 138 Micraira, 139 Notochloe_microdon_AMH66_ITS, 140 Notochloe_microdon_ITS, 141 Notochloe_microdon_MDP326_ITS, 142 Notochloe_microdon_AMH66, 143 Notochloe_microdon_MDP326, 144 Notochloe_microdon_Watson_sn, 145 Notodanthonia_gracilis_AMH148, 146 Notodanthonia_gracilis_HPL5683, 147 Notodanthonia_longifolia_MDP305, 148 Notodanthonia_semiannularis_MDP303, 149 Notodanthonia_unarede_AMH108, 150 Pentaschistis_aristidoides_TvN37_ITS, 151 Pentaschistis_basutorum_CG44_ITS, 152 Pentaschistis_chippindalliae_CG96_ITS, 153 Pentaschistis_densifolia_GAV225_ITS, 154 Pentaschistis_horrida_TvN20_ITS, 155 Pentaschistis_malouinensis_GAV218_ITS, 156 Pentaschistis_pictigluma_mannii_CG267_ITS, 157 Pentaschistis_pseudopallescens_GAV224_ITS, 158 Pentaschistis_reflexa_CG324_ITS, 159 Pentaschistis_velutina_CG389_ITS, 160 Pentameris_distichophylla_HPL5447, 161 Pentameris_glacialis_HPL5458, 162 Pentameris_hirtiglumis_HPL7789, 163 Pentameris_longiglumis_CG536, 164 Pentameris_macrocalycina_GAV203, 165 Pentameris_oreophila_HPL7802, 166 Pentameris_swartbergensis_HPL5490, 167 Pentameris_thuarii_HPL5456, 168 Pentaschistis_acinosa_TvN1, 169 Pentaschistis_airoides_airoides_HPL6971, 170 Pentaschistis_airoides_jugorum_CG81, 171 Pentaschistis_alticola_CG377, 172 Pentaschistis_ampla_GAV197, 173 Pentaschistis_andringitrensis_CG595, 174 Pentaschistis_argentea_GAV254, 175 Pentaschistis_aristidoides_TvN37, 176 Pentaschistis_aristifolia_CG388, 177 Pentaschistis_aspera_NPB1164, 178 Pentaschistis_aurea_aurea_HPL6813, 179 Pentaschistis_aurea_pilosogluma_CG47, 180 Pentaschistis_barbata_GAV219, 181 Pentaschistis_basutorum_CG44, 182 Pentaschistis_borussicaE_HPL7661, 183 Pentaschistis_borussicaK_CG230, 184 Pentaschistis_borussicaT_MN1353, 185 Pentaschistis_calcicola_calcicola_CG338, 186 Pentaschistis_calcicola_hirsuta_CG339, 187 Pentaschistis_capensis_HPL6825, 188 Pentaschistis_capillaris_CG322, 189 Pentaschistis_caulescens_CG376, 190 Pentaschistis_chippindalliae_CG96, 191 Pentaschistis_cirrhulosa_CG548, 192 Pentaschistis_clavata_HPL6893, 193 Pentaschistis_colorata_CG343, 194 Pentaschistis_colorata_CG538, 195 Pentaschistis_curvifolia_TvN52, 196 Pentaschistis_densifolia_GAV225, 197 Pentaschistis_ecklonii_HPL6136, 198 Pentaschistis_elegans_CG336, 199 Pentaschistis_eriostoma_P6, 200 Pentaschistis_exserta_CG51, 201 Pentaschistis_galpinii_CG42, 202 Pentaschistis_glandulosa_HPL6814, 203 Pentaschistis_heptamera_CG356, 204 Pentaschistis_horrida_TvN20, 205 Pentaschistis_insularis, 206 Pentaschistis_juncifolia_CG341, 207 Pentaschistis_lima_HPL6972, 208 Pentaschistis_longipes_HPL5018, 209 Pentaschistis_malouinensis_GAV218, 210 Pentaschistis_microphylla_CG76, 211 Pentaschistis_montana_CG574, 212 Pentaschistis_natalensisSA_CG95, 213 Pentaschistis_oreodoxa_CG32, 214 Pentaschistis_pallescens_GAV216, 215 Pentaschistis_pallida_CG547, 216 Pentaschistis_pallida_TvN32, 217 Pentaschistis_papillosa_GAV209, 218 Pentaschistis_patula_CG317, 219 Pentaschistis_pictigluma_gracilis_HPL7676, 220 Pentaschistis_pictigluma_gracilis_MN1358, 221 Pentaschistis_pictigluma_mannii_CG267, 222 Pentaschistis_pictigluma_minor_CG270, 223 Pentaschistis_pictigluma_minor_HPL7671, 224 Pentaschistis_pictigluma_pictigluma_HPL7670, 225 Pentaschistis_praecox_MDP490, 226 Pentaschistis_pseudopallescens_GAV224, 227 Pentaschistis_pungens_CG333, 228 Pentaschistis_pusilla_GAV206, 229 Pentaschistis_pyrophila_GAV229, 230 Pentaschistis_reflexa_CG324, 231 Pentaschistis_rigidissima_GAV227, 232 Pentaschistis_rosea_purpurascens_CG378, 233 Pentaschistis_rosea_rosea_GAV222, 234 Pentaschistis_rupestris_GAV251, 235 Pentaschistis_scandens_CG334, 236 Pentaschistis_setifolia_CG45, 237 Pentaschistis_tomentella_CG318, 238 Pentaschistis_tortuosa_GAV250, 239 Pentaschistis_trifida_CG577, 240 Pentaschistis_triseta_HPL6962, 241 Pentaschistis_tysonii_HPL6812, 242 Pentaschistis_velutina_CG389, 243 Pentaschistis_veneta_CG576, 244 Pentaschistis_viscidula_HPL7787, 245 Plinthanthesis_paradoxa_HPL5638, 246 Plinthanthesis_rodwayi_MDP415, 247 Plinthanthesis_urvillei_MC4003, 248 Prionanthium_dentatum_HPL5430, 249 Prionanthium_pholiuroides_HPL5402, 250 Pseudopentameris_brachyphylla_NPB1669, 251 Pseudopentameris_caespitosa_NPB1670, 252 Pseudopentameris_macrantha_HPL5470, 253 Pseudopentameris_obtusifolia_NPB1668, 254 Rytidosperma_australe_AMH145, 255 Rytidosperma_australe_MDP418, 256 Rytidosperma_buchananii_AMH120, 257 Rytidosperma_dimidiatum_MDP292, 258 Rytidosperma_exiguum_HPL5746, 259 'Rytidosperma fortunae-hibernae AMH73', 260 Rytidosperma_lechleri_CMB4256, 261 Rytidosperma_maculatum_AMH117, 262 Rytidosperma_nitens_MDP380, 263 Rytidosperma_nivicolum_MDP419, 264 Rytidosperma_nudiflorum_HPL5693, 265 Rytidosperma_oreoboloides_MWC8877, 266 Rytidosperma_paschale_CULT, 267 Rytidosperma_pauciflorum_HPL5688, 268 Rytidosperma_pictum_MDP355, 269 Rytidosperma_pulchrum_AMH143, 270 Rytidosperma_pumilum_HPL5747, 271 Rytidosperma_pumilum_NGW, 272 Rytidosperma_quirihuense_MDP338, 273 Rytidosperma_setifolium_AMH121, 274 Rytidosperma_telmaticum_AMH151, 275 Rytidosperma_thomsonii_AMH118, 276 Rytidosperma_vestitum_JM132, 277 Rytidosperma_vickeryae_MDP422, 278 Rytidosperma_violaceum_MDP356, 279 Rytidosperma_virescens_MDP331, 280 Schismus_arabicus_Willissn, 281 Schismus_barbatus_GAV503, 282 Schismus_pleuropogon_GAV628, 283 Schismus_scaberrimus_GAV573, 284 Setaria, 285 Stipagrostis, 286 Tribolium_ciliare_GAV596_ITS, 287 Tribolium_pusillum_GAV554_ITS, 288 Tribolium_acutiflorum_GAV504, 289 Tribolium_brachystachyum_GAV593, 290 Tribolium_ciliare_GAV596, 291 Tribolium_echinatum_GAV576, 292 Tribolium_echinatum_GAV601, 293 Tribolium_hispidum_GAV532, 294 Tribolium_obliterum_GAV598, 295 Tribolium_obtusifolium_GAV597, 296 Tribolium_pusillum_GAV554, 297 Tribolium_uniolae_GAV531, 298 Tribolium_utriculosum_GAV568; TREE cpDNA_MrBayes = [&R] 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