#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on March 28, 2024; 18:02 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Moreau C.S. 2008. Unraveling the evolutionary history of the “hyperdiverse” ant genus Pheidole (Hymenoptera: Formicidae). Molecular Phylogenetics and Evolution, 48(1): 224-239. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10430] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=171; TAXLABELS Aphaenogaster_senilis Aphaenogaster_sp. Aphaenogaster_texana Atta_sp. Brachymyrmex_sp. Cephalotes_sp. Cephalotes_unimaculatus Cyphomyrmex_sp. 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M5239] TITLE Pheidole_5_gene_matrix; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2738; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Messor_julianus 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Messor_pergandei 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Oxyopomyrmex_insularis 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Pheidole_astur 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Pheidole_laticornis 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Pheidole_sp.b_Indonesia 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Pheidole_sp.c_Madg 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Tranopelta_subterranea TTTAAATATAAA-TTATTTTTTAAT-TGAAAATTAAATGGAATCATTAAATTTATTTAATTTGGCGGTATTTTAAATAGTTAGAGGAATTTGTTTATTAAAT-GATAATCCACGATAGGAAGATCTTGACGAATTTTTTATGTATTGTTGTTTGAAAATTATTTTAATAGAA-AATAATTAATAAATTTTTAATAATTATAATTCAAATCAAAATGTAGAATTGTTAAGGTATAATGAATTACAGTTTAATTTAATAGA-TTTATATTTTTA--ATTAATATAGTGAAAGAGGATTTAATAGTAAATTTATTAAATTAAATAAATTGAAAAATAAATTAAAATATG??????????????????????????????????????????TTCATCAATGAGAATAATTATTCGATTAGAACTAGGTTCATGTGAATCTATTATTAATAATGATCAAATCTACAATTCTATTGTTACCGGTCATGCCTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCATTCATAATCGGGGGATTCGGAAATTTTTTAATCCCTCTCATACTCGGATCGCCCGATATAGCCTAC------CCTCGAATAAATAATATAAGATTTTGACTTCTCCCCCCCTCAATCATATTATTAACCCTAAGAAACTTCATTAATAACGGAACCGGAACTGGATGAACAGTATACCCGCCTCTAGCATCTAATGTCTTTCACAGTGGCCCATCAATTGATTTAGCAATCTTCTCCCTTCATATTGCAGGAATATCTTCAATTTTAGGAGCAATTAACTTTATCTCTACAATCATTAACATACACCAAAAAAATTTTTCTATAGATAAAATCCCCCTTCTTGTTTGATCAATCCTAATTACAGCAATTTTACTGTTACTATCACTGCCAGTCTTAGCTGGGGCAATTACTATACTCCTAACCGATCGTAACTTAAATACCTCCTTTTTTGACCCCACAGGAGGCGGAGACCCTATTCTATATCAACATTTATTCTGATTCTTTGGACATCCAGAAGTCTATATTTTAATTTTACCTGGATTTGGACTAATTTCCCATATTATTATAAATGAAAGAGGTAAAAAAGAAACTTTTGGGTCTTTAGGAATAATTTATGCTATAATTGCTATTGGTTTCCTAGGTTTTATCGTATGA------GCACATCATATGTTCACTATTGGACTAGATGTAGATACTCGAGCCTATTTTACCTCAGCAACCATAATTATTGCAATTCCCACAGGCATTAAAATTTTTAGGTGAATTTCAACTCTTCATGGTATAAAAATTAATTACAACCCAACCTTATGATGATCCATAGGATTTATCTTTCTATTCACAATAGGCGGATTAACTGGAATTATACTCTCTAATTCCTCTATCGACATCGTACTT??ATATCATTTTGAGGAGCA------ACAGTAATTACTAATCTTGTTTCTACCATCCCTTATATCGGAAATATACTAGTAATATGAATTTGAGGGGGATTTTCAATCAACAATGCTACCTTAAACCGATTTTTTTCTCTACATTTTATCCTACCCTTTATTATTCTACTAATAGTAATCATACACTTATACTTTCTTCATATCACAGGATCTACTAACCCACTAGGAACAAATAGAAATTTAAATAAAATCCCATTTCATATCTACTTTACCTTCAAGGACTTACTAGGATTTATTATTATAATAACAATATTTTCACTAATTATTCTCCAATATCCATATATATTTAGAGACCCAGATAATTTTATCCCAGCTAATCCCATAATTACACCAATTCACATTCAACTAGAATGATATTTCCTCTTCGCTTACGCAATCTTACGATCCTCGCAAGTCTACCGGAGGCAAAGCCCCGCGTAAACAGCTGGCAACGAAAGCGGCGCGTAAGAGTGCGCCCGCAACTGGTGGTGTGAAAAAGCCGCATCGTTATCGTCCTGGAACCGTCGCTCTTCGTGAGATCCGTCGTTACCAGAAGAGCACGGAGCTTTTGATCCGCAAACTCCCGTTCCAGCGACTTGTCCGAGAAATCGCTCAGGACTTCAAGACCGATCTCCGCTTCCAGAGCTCGGCCGTGATGGCTCTTCAGGAGGCGAGCGAAGCTTATCTCGTCGGACTGTTTGAAGATACCAACCTTTGCGCGATTCACGCCAACCACATGGTCGACGCCCACTGGTACCAATTTCCGCCGATGAACCCTCTGTGGCACGCGCTTCTCGGGTTCGTCATCGCCGTCCTCGGCACAATATCCGTAATTGGTAACGGCATGGTAATATACATATTCACCACTACCAAGAGTCTCCGTACTCCAAGCAACCTGCTCGTCGTCAATCTTGCCATCTCTGACTTCCTCATGATGTTATGCATGTCTCCAGCTATGGTGCGTCGT------TTTATTTCGC--------ACGAAATATTCGATG----CGATAAGTC--G-TATATATTCAATTAACAATGCGCACAGGTGATCAATTGCTATTACGAGACTTGGGTGCTAGGACCCTTGTTCTGTGAATTGTACGGCTTGGCGGGCTCCCTGTTCGGATGTGACTCCATATGGACGATGACGGCGATTGCATTCGACAGGTACAACGTAATCGTCAAAGGCTTGTCTGCTAAGCCAATGACCACTAACGGTGCCCTCATTCGCATACTCGGCCTCTGGGCTTTCTCGTTACTTTGGACAATTGCCCCGATGTTCG ; END; BEGIN SETS; CHARSET 12S (CHARACTERS = Pheidole_5_gene_matrix) = 1-346; CHARSET COI (CHARACTERS = Pheidole_5_gene_matrix) = 347-1412; CHARSET H3 (CHARACTERS = Pheidole_5_gene_matrix) = 1859-2182; CHARSET CytB (CHARACTERS = Pheidole_5_gene_matrix) = 1413-1858; CHARSET LR (CHARACTERS = Pheidole_5_gene_matrix) = 2183-2738; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Pheidole_5_gene_matrix) = N: 1-2738; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Pheidole_5_gene_matrix) = N: 1-2738; END; BEGIN TREES; TITLE Pheidole_Complete_Max_Likelihood_Topology_equal_branch_length; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Pheidole_biconstricta, 2 Pheidole_vallicola, 3 Pheidole_diversipilosa, 4 Pheidole_tetra, 5 Pheidole_crassicornis, 6 Pheidole_boruca, 7 Pheidole_laticornis, 8 Pheidole_indistincta, 9 Pheidole_diana, 10 Pheidole_sicaria, 11 Pheidole_sensitiva, 12 Pheidole_violacea, 13 Pheidole_cocciphaga, 14 Pheidole_innupta, 15 Pheidole_prostrata, 16 Pheidole_desertorum, 17 Pheidole_dentata, 18 Pheidole_xanthogaster, 19 Pheidole_astur, 20 Pheidole_fissiceps, 21 Pheidole_obscurithorax, 22 Pheidole_dossena, 23 Pheidole_caltrop, 24 Pheidole_indagatrix, 25 Pheidole_fiorii, 26 Pheidole_sciophila, 27 Pheidole_vistana, 28 Pheidole_jelskii, 29 Pheidole_sitiens, 30 Pheidole_perpilosa, 31 Pheidole_hyatti, 32 Pheidole_cockerelli, 33 Pheidole_morrisi, 34 Pheidole_portalensis, 35 Pheidole_sciara, 36 Pheidole_amazonica, 37 Pheidole_sospes, 38 Pheidole_moerens, 39 Pheidole_minutula, 40 Pheidole_sagittaria, 41 Pheidole_anastasii, 42 Pheidole_bilimeki, 43 Pheidole_erratilis, 44 Pheidole_browni, 45 Pheidole_umphreyi, 46 Pheidole_striaticeps, 47 Pheidole_nitella, 48 Pheidole_flavens, 49 Pheidole_nitidicollis, 50 Pheidole_laselva, 51 Pheidole_floridana, 52 Pheidole_tysoni, 53 Pheidole_metallescens, 54 Pheidole_juniperae, 55 Pheidole_casta, 56 Pheidole_harlequina, 57 Pheidole_constipata, 58 Pheidole_furtiva, 59 Pheidole_clydei, 60 Pheidole_granulata, 61 Pheidole_truncula, 62 Pheidole_pelor, 63 Pheidole_sp.1Madg, 64 Pheidole_megacephala_Aust, 65 Pheidole_sp._Aust, 66 Pheidole_ampla_Aust, 67 Pheidole_variabilis_Aust, 68 Pheidole_quadrensis_Borneo, 69 Pheidole_comata_Borneo, 70 Pheidole_quadricuspis_Borneo, 71 Pheidole_pallidula_France, 72 Pheidole_sp.a_Ghana, 73 Pheidole_sp.b_Ghana, 74 Pheidole_sp.c_Ghana, 75 Pheidole_sp.d_Ghana, 76 Pheidole_sp.a_Indonesia, 77 Pheidole_sp.b_Indonesia, 78 Pheidole_sp.5_Ivory_Coast, 79 Pheidole_sp.8_Ivory_Coast, 80 Pheidole_sp.a_Madg, 81 Pheidole_sp.b_Madg, 82 Pheidole_sp.c_Madg, 83 Pheidole_sp.d_Madg, 84 Pheidole_sexspinosa_Palau, 85 Pheidole_oceanica_Palau, 86 Pheidole_sp.a_PNG, 87 Pheidole_sp.b_PNG, 88 Pheidole_sp.c_PNG, 89 Pheidole_sp.d_PNG, 90 Pheidole_sp.e_PNG, 91 Pheidole_sp._Sumatra, 92 Pheidole_dugasi_Thailand, 93 Pheidole_protea_Thailand, 94 Pheidole_tandjongensis_Thailand, 95 Pheidole_gatesi_Vietnam, 96 Pheidole_noda_Vietnam, 97 Pheidole_plagiara_Vietnam, 98 Pheidole_mamore, 99 Pheidole_scrobifera, 100 Pheidole_tristicula, 101 Pheidole_cephalica, 102 Pheidole_cramptoni, 103 Pheidole_allarmata, 104 Pheidole_subarmata, 105 Pheidole_absurda, 106 Pheidole_fimbriata, 107 Pheidole_boltoni, 108 Pheidole_rhinoceros, 109 Pheidole_bobjohnsoni, 110 Pheidole_tucsonica, 111 Pheidole_ceres, 112 Pheidole_gilvescens, 113 Pheidole_barbata, 114 Pheidole_californica, 115 Pheidole_rugulosa, 116 Pheidole_bicarinata, 117 Pheidole_pacifica_A, 118 Pheidole_obtusospinosa_A, 119 Pheidole_adrianoi, 120 Pheidole_coloradensis_A, 121 Pheidole_spadonia, 122 Pheidole_cerebrosior, 123 Pheidole_tepicana, 124 Pheidole_cavigenis, 125 Pheidole_senex, 126 Pheidole_artemisia, 127 Pheidole_soritis, 128 Pheidole_micula, 129 Pheidole_militicida, 130 Pheidole_xerophila, 131 Pheidole_davisi, 132 Pheidole_titanis, 133 Pheidole_hoplitica, 134 Pheidole_polymorpha_A, 135 Pheidole_polymorpha_B, 136 Pheidole_psammophila, 137 Pheidole_vinelandica, 138 Pheidole_pacifica_B, 139 Pheidole_clementensis, 140 Pheidole_macrops, 141 Pheidole_yaqui, 142 Pheidole_coloradensis_B, 143 Pheidole_inquilina, 144 Pheidole_rufescens, 145 Pheidole_obtusospinosa_B, 146 Pheidole_pilifera, 147 Pheidole_carrolli, 148 Pheidole_littoralis, 149 Pheidole_rhea_B, 150 Pheidole_rhea_A, 151 Cephalotes_unimaculatus, 152 Cephalotes_sp., 153 Myrmica_incompleta, 154 Tranopelta_subterranea, 155 Procryptocerus_batesi, 156 Atta_sp., 157 Trachymyrmex_jamaicensis, 158 Cyphomyrmex_sp., 159 Oxyopomyrmex_insularis, 160 Goniomma_hispanicum, 161 Aphaenogaster_senilis, 162 Aphaenogaster_texana, 163 Messor_bouvieri, 164 Aphaenogaster_sp., 165 Messor_julianus, 166 Messor_pergandei, 167 Ocymyrmex_picardi, 168 Pogonomyrmex_maricopa, 169 Prenolepis_imparis, 170 Lasius_alienus, 171 Brachymyrmex_sp.; TREE ML_equal_brlen = [&R] (((((((((((((((((((((1,18),22),(21,28)),8),((((((((((2,(3,5)),(30,32)),35),(4,31)),26),33),((12,17),(24,25))),(((16,29),(118,145)),((27,60),34))),(10,132)),11)),((7,13),19)),20),(((100,108),(101,105)),104)),(((((6,15),((((53,57),(((116,137),148),(119,131))),((((((109,(111,115)),(114,(128,(140,141)))),139),133),(127,144)),(123,(134,135)))),56)),37),((44,(45,107)),(61,99))),(38,48))),(((23,(((36,49),102),39)),43),(98,103))),((((((41,(42,51)),59),((((((((117,142),120),143),138),(146,147)),126),(124,125)),(121,122))),62),(((52,54),55),((110,130),112))),((((((((((63,83),81),(72,74)),64),79),(75,78)),73),((76,97),86)),(77,91)),(((((((((65,84),89),(87,90)),88),85),67),66),(80,82)),(((68,70),94),((69,(92,95)),(93,96))))))),(((46,58),71),50)),((9,14),((40,47),(113,(129,136))))),(149,150)),106),(((151,152),155),154)),(153,((156,157),158))),((((159,160),((161,162),163)),164),(165,166))),167),168),((169,170),171)); END;