#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 19, 2024; 7:23 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Biffin E., Hill R., & Andrew L.J. 2010. Did Kauri (Agathis: Araucariaceae) Really Survive the Oligocene Drowning of New Zealand?. Systematic Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10493] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=24; TAXLABELS Agathis_atropurpurea Agathis_australis Agathis_borneensis Agathis_macrophylla Agathis_microstachya Agathis_robusta Araucaria_angustifolia Araucaria_araucana Araucaria_bidwillii Araucaria_columnaris Araucaria_cunninghamii Araucaria_heterophylla Araucaria_hunsteinii Araucaria_rulei Cryptomeria_japonica Cunninghamia_lanceolata Phyllocladus_aspleniifolius Pinus_koraiensis Podocarpus_elatus Prumnopitys_ladei Sciadopitys_verticillata Taxodium_distichum Taxus_baccata Wollemia_nobilis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M5620] TITLE Araucariaceae_matK_and_rbcL; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1965; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Araucaria_araucana 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Araucaria_bidwillii 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Araucaria_columnaris ?????????????????GGTGTTGGATTTAAAGCTGGTGTTAAAGATTATAGATTAACTTATTATACTCCGCAATATCAGACCAAAGATACGGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTCACTCCTCAACCCGGAGTGCCCCCCGAGGAAGCAGGAGCAGCAGTAGCGGCTGAATCTTCTACCGGTACATGGACAACTGTTTGGACCGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAGGGGCGATGCTATGACATCGAGCCTGTTCCTGGAGAGGAAACTCAATTTATTGCCTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACCAACCTGTTCACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGATTCAAAGCCCTACGGGCTCTACGTCTGGAAGATCTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCACCCCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGCCGTCCCTTGTTGGGGTGTACTATAAAACCAAAATTGGGTCTATCTGCCAAAAATTATGGTAGAGCAGTTTACGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGACGAGAACGTGAATTCCCAACCATTCATGCGCTGGAGAGATCGTTTTGTCTTTTGTGCAGAAGCAATTTATAAAGCTCAGGCGGAGACGGGTGAAATTAAGGGGCATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGTGAAGAAATGATGAAAAGAGTAAATTTCGCCTATGAATTGGGAGTTCCCATCGTCATGCATGACTATCTGACGGGAGGTTTTACGGCAAATACTACGTTGGCTCATTATTGCCGAGATCATGGCCTACTTCTTCATATTCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGACAGACAAAAAATTCATGGTATGCACTTTCGTGTGCTGGCTAAAGCATTGCGTATGTCTGGCGGAGATCATGTTCACGCTGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGTGAACGAGAAGTTACTTTAGGTTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTATTTTACTCAAGATTGGGTATCTATGCCAGGTGTTTTGCCTGTAGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCTGTATTACAGTTTGGTGGGGGAACTTTGGGACACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGTAGCTAATCGGGTCTCTTTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGCGAAGGTAATGAAATTATCCGTGAAGCAGCTAA-CGTTGTCCTATGGATCTTTTCCC--GATCGAACTCATTTTGATCGAAAAATCCAAAATATTCTCATATTTCCGCGTAAAAAT------TCAAGTAAA------AAGATCTGGTTGTTAAAGGATCCTTTCATTCACTATGTGAGATATGGAGAAAGATCCCTTATAGCTCTGAAGGGTACTCACCTTCAAGTGAAAAAATGTAGATATCATCTTCTAAACTTTTGGCAATGTTATTTCCATCTTTGGTT---CCAACCGTATAGGGTATGTATTCTTGAATTATCCAAGAATTGTTCCTCTTTTCTAGGGTTTTTTCTGAGTGTTAAAATGAAATCTCTCATGGTTAGGACCAAAATGGTAGATGATTTATTGATTACCTATATCATTACGAATGAATTCGATGCAATAGCCCCTATTAGATCCATAATAGGATTATTAGCTAAAGAAAGGTTCTGCGACATCTCAGGGCGACCAATTAGTAAATTGGCTTGGACCAGTTTATCAGATGATGATATCCTCGATCGATTCGATCGAATTTGGAGAAATCTTTTTCATTACTACAGTGGATCCATCAATCAAGATGGTTTATATTGTATAAAGTATATACTTCTACTTTCATGTGCT Araucaria_cunninghamii ?????????????????GGTGTTGGATTTAAAGCTGGTGTTAGAGATTATAGATTAACTTATTATACTCCGGAATATCAGACCCTTGATACGGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTCACTCCTCAACCCGGAGTGCCCCCCGAGGAAGCAGGAGCAGCAGTAGCGGCTGAATCTTCTACCGGTACATGGACAACTGTTTGGACCGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAGGGGCGATGCTATGGCATCGAGCCTGTTCCTGGAGAGGAAACTCAATTTATTGCCTATGTAGCTTACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACCAACCTGTTCACTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGATTCAAAGCCCTACGGGCTCTACGTCTGGAAGATCTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCACCCCATGGTATTCAAGTTGAAAGAGATAAATTAAACAAATATGGCCGTCCCTTGTTGGGGTGTACTATCAAACCAAAATTGGGTCTATCTGCCAAAAATTATGGTAGAGCAGTTTACGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGACGAGAACGTGAATTCCCAACCATTCATGCGCTGGAGAGATCGTTTTGTCTTTTGTGCAGAAGCAATTTATAAAGCTCAGGCGGAGACGGGTGAAATTAAGGGGCATTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATGTGAAGAAATGATGAAAAGAGTAAGTTTCGCCTATGAATTGGGAGTTCCCATCGTCATGCATGACTATCTGACGGGAGGTTTTACGGCAAATACTTCGTTGGCTCATTATTGCCGAGATCATGGCCTACTTCTTCATATTCACCGCGCAATGCATGGAGTTATTACCAGACAAAAAATTCATGGTATGCACTTTCGTGTGCTGGCTAAAGCATTGCGTATGTCTGGCGGAGATCATGTTCACGCTGGTACTGTAGTAGGTAAACTTGAAGGTGAACGAGAAGTTACTTTAGGTTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTTTATTGAAAAAGACCGAAGTCGTGGTATTTATTTTACTCAAGATTGGGTATCTATGCCAGGTGTTTTGCCTGTAGCTTCAGGGGGTATTCACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGGGATGATTCTGTATTACAGTTTGGTGGGGGAACTTTGGGACACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGTAGCTAATCGGGTCGCTTTAGAAGCTTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGTGAAGGTAATGAAATTATCCGTGAAGCAGCTAA-CGTTGTCCTATGGATCTTTTCCC--GATCGAACTCATTTTGATCGAAAAATCCAAAATATTCTCATATTTCCGCGTAAAAAT------TCAAGTAAA------AAGATCTGGTTGTTAAAGGATCCTTTCATTCACTATGTGAGATATGGAGAAAGATCCCTTATAGCTCTGAAGGGTACTCACCTTCAAGTGAAAAAATGTAGATATCATCTTCTAAACTTTTGGCAATGTTATTTCCATCTTTGGTT---CCAACCGTATAGGGTATGTATTCTTGAATTATCCAAGAATTGTTCCTCTTTTCTAGGTTTTTTTCTGAGTGTTAAAATGAAATCTCTCATGGTTAGGACCAAAATGGTAGATGATTTATTGATTACCTATATCATTACGAATGAATTCGATGCAATAGCCCCTATTAGATCCATAATAGGATTATTAGCTAAAGAAAGGTTCTGCGACATCTCAGGGCGACCAATTAGTAAATTGGCTTGGACCAGTTTATCAGATGATGATATCCTCGATCGATTCGATCGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Araucaria_heterophylla 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Araucaria_hunsteinii 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Araucaria_rulei 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Cryptomeria_japonica 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Cunninghamia_lanceolata 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Phyllocladus_aspleniifolius 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Pinus_koraiensis 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Podocarpus_elatus 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Prumnopitys_ladei 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Sciadopitys_verticillata 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Taxodium_distichum 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Taxus_baccata 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Wollemia_nobilis 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; END; BEGIN TREES; TITLE maximum_clade_cridibility_tree_scenario_b; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Pinus_koraiensis, 2 Phyllocladus_aspleniifolius, 3 Agathis_macrophylla, 4 Araucaria_bidwillii, 5 Araucaria_heterophylla, 6 Araucaria_columnaris, 7 Wollemia_nobilis, 8 Prumnopitys_ladei, 9 Taxodium_distichum, 10 Podocarpus_elatus, 11 Agathis_borneensis, 12 Cryptomeria_japonica, 13 Agathis_australis, 14 Agathis_robusta, 15 Araucaria_rulei, 16 Sciadopitys_verticillata, 17 Agathis_atropurpurea, 18 Taxus_baccata, 19 Araucaria_hunsteinii, 20 Agathis_microstachya, 21 Araucaria_angustifolia, 22 Araucaria_araucana, 23 Araucaria_cunninghamii, 24 Cunninghamia_lanceolata; TREE TREE1b = [&R] ((1:202.827484,((2:95.493568,(8:79.208206,10:79.208206):16.285362):94.579735,((7:49.391903,(13:23.428791,(3:10.535193,(11:7.260068,(14:3.222985,(17:1.601831,20:1.601831):1.621153):4.037084):3.275125):12.893598):25.963112):17.220165,(((4:4.891196,19:4.891196):20.026865,(21:5.128211,22:5.128211):19.78985):20.314974,(23:20.852404,(5:13.049931,(6:4.540843,15:4.540843):8.509089):7.802472):24.38063):21.379034):123.461227):12.754186):26.988716,(16:172.372543,(18:118.836212,(24:65.330109,(9:29.343876,12:29.343876):35.986233):53.506104):53.536335):57.443653); END; BEGIN TREES; TITLE maximum_clade_credibility_tree_scenario_a; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Pinus_koraiensis, 2 Phyllocladus_aspleniifolius, 3 Agathis_macrophylla, 4 Araucaria_bidwillii, 5 Araucaria_heterophylla, 6 Araucaria_columnaris, 7 Wollemia_nobilis, 8 Prumnopitys_ladei, 9 Taxodium_distichum, 10 Podocarpus_elatus, 11 Agathis_borneensis, 12 Cryptomeria_japonica, 13 Agathis_australis, 14 Agathis_robusta, 15 Araucaria_rulei, 16 Sciadopitys_verticillata, 17 Agathis_atropurpurea, 18 Taxus_baccata, 19 Araucaria_hunsteinii, 20 Agathis_microstachya, 21 Araucaria_angustifolia, 22 Araucaria_araucana, 23 Araucaria_cunninghamii, 24 Cunninghamia_lanceolata; TREE TREE1a = [&R] ((1:238.14449446551208,((18:158.32923885085776,(24:95.33633316354695,(9:44.17836729704155,12:44.17836729704155):51.15796586650541):62.99290568731081):65.28780862309333,16:223.6170474739511):14.527446991560993):60.22724377766437,(((7:132.46446937764748,(13:61.66226391159756,((11:17.033802328613234,(14:7.430196949965364,(20:3.4547514598579028,17:3.4547514598579028):3.975445490107461):9.603605378647899):9.643545316137732,3:26.677347644750967):34.9849162668466):70.80220546604991):58.20389182161185,((23:55.82566074643589,((15:9.027209295919675,6:9.027209295919675):21.199360668234533,5:30.22656996415421):25.599090782281678):95.70529479107773,((21:13.095558654407995,22:13.095558654407995):102.03135312224987,(19:13.38665930955753,4:13.38665930955753):101.74025246710033):36.40404376085576):39.1374056617457):60.42067631035488,((10:97.127898291041,8:97.127898291041):38.520964861992624,2:135.64886315303363):115.44017435658057):47.28270073356225); END;