#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 26, 2024; 7:04 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Réblová M., Gams W., & Seifert K. 2011. Monilochaetes and allied genera of the Glomerellales, and a reconsideration of families in the Microascales. Studies in Mycology, 68: 163-191. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10538] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=54; TAXLABELS Acrostalagmus_annulatus Ambrosiella_xylebori Anthostomella_torosa Australiasca_laeensis Bertia_moriformis Calosphaeria_pulchella Camarops_microspora Camarops_ustulinoides Ceratocystis_fimbriata Cercophora_caudata Chaetosphaerella_phaeostroma Chaetosphaeria_ciliata Chaetosphaeria_curvispora Coniochaeta_ostrea Corollospora_maritima Custingophora_olivacea Cylindrotrichum_clavatum Cylindrotrichum_setosum Diaporthe_phaseolorum Gelasinospora_tetrasperma Gibellulopsis_nigrescens Glomerella_cingulata Gondwanamyces_capensis Graphostroma_platystoma Halosphaeria_appendiculata Hypocrea_americana Kylindria_peruamazonensis Lasiosphaeria_ovina Leotia_lubrica Leucostoma_niveum Lignincola_laevis Lindra_thalassiae Lulworthia_grandispora Melanconis_stilbostoma Melanospora_tiffanii Melanospora_zamiae Microascus_trigonosporus Microglossum_rufum Monilochaetes_infuscans Monilochaetes_infuscans_2 Ophiostoma_piliferum Ophiostoma_stenoceras Papulosa_amerospora Peethambara_spirostriata Petriella_setifera Plectosporium_tabacinum Pseudonectria_rousseliana Reticulascus_clavatus Sordaria_fimicola Stachylidium_bicolor Togninia_minima Togniniella_acerosa Varicosporina_ramulosa Xylaria_hypoxylon ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M24230] TITLE 'Monilochaetes SSU-LSU-RPB2'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=4224; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Australiasca_laeensis 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Camarops_ustulinoides 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Custingophora_olivacea 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Xylaria_hypoxylon ????????????????????????????????????????????????????????TGTCTAGTATAAGCAATTATACCGCGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTA-CTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAATCCCGACTTACGAAGGGATGTATTTATTAGATTAAAAACCAATGCCCCTCGGGGCTTTC-TGGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGCAAGGTCTTGGCTTGCCATGGTTACAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTG-CCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAA-CCTTGGG-CCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGG-TTCGGCC-GGGCCTTT-CCCTCTGGGGAGCCCCATGCCCTTCACTGGGTGTGGC-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATCAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGATGTTA--TTTTTTGACTCGTTCGGCACCTTACGAGAAATCAAA-GTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACC-AGGTCCAGACACAATGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCC-GTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACATTTACCTGCTAAATAGCCCGTATTGCTTTGGCAGTACGCTGGCTTCTTAGAGGGACTATCCGCTTAAGCGGGTGGAAGTTGGATGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGG-CCGCACGCGCGTTACACTGACAGAGACAGCGAGTAC---TTCCTTAGTAGAGATACTTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTAAGTCATCAACTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGGCCCAGAGGAGTCGGCAACGACACCTCAGGGCCGGAAAGTTATCCAAACTCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAA?????????????????????????????????????AGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGG-GATTGCCC-TAG-TAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTT---TC--------GGGTCCGAGTTGTAATTT-GTAGAGGATGCTTTTGGCGCGG-TGCCTT--CCGA-GTTCCCTGGAACGGGACGCCTTACAGGGTGAGAGCCCCGTAC--GGTTGGACACCAAG-CCTCTGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACC-GATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAA-GCACTTTGAAAAGAGGGTTAAATAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGTTTGCGA-CCAGACCTTTTCT-TAGCGG--ATCAT-CCGGTG--TTAT--CACCGGTGCACTTCGCTAAGTT-TAGGCCAGCATCGGTTTCTGTAGGGGG--ATAAAAGCCTTGGGAACGTAGCTCCT----TC-------GGGAGTGTTATAGCCCTTTGCATAA-TACCCTTCTGGGG-ACCGAGGAC--CGCGC-TATAT----GCAAGGATGCTGGCATAATGGTCGTCAACGACCCGTCTTGAA?CACGGACCAAGGAGT-CGAACATTTATGCGAGTGTTT-GGGTGTTAAA--CCCTCACGGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGAGAGCCC-TTAC---GGGTGCATCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAACTGTTCGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGGATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGC-AGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATCTGCGCATGGGGGCGAAAGACTTATCGAACCATCTAGTAGCTG-GTTACCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTGTTGTTCT----TCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGGCGCTTTTTTGCCTTCATCCATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCCTTGTTACTTAATTGAACGTGGGCATTCGAATGTA-CCAACACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGGGGTTAAGGTGCCGGAGTGGACGCTCATCAGACACCA???????????????????????????????????????????AGACCTTTGCTCGCCAGCTCTTCCGTAACATAGTACGTCGGATGACCCAGGAAGTTCTATCGCACCTCAAGCGAAGTATCGAGCAAGGCAAGCAGTTCAACATCGCCCTGGCCGTCAAGTCAAACATTATTACGAGCGGACTGAAGTATTCTCTTGCTACAGGAAA-TTGGGGTGATCAGAAAAAGGCCATGAGCTCTACCGCCGGTGTTTCGCAGGTGCTCAACCGATACACTTTTGCATCTACCTTGTCGCATTTGCGAAGAACGAATACTCCAGTTGGTAGAGACGGTAAGCTTGCGAAACCACGGCAGCTCCACAACAGTCACTGGGGTCTCGTCTGCCCGGCCGAGACCCCCGAAGGTCAGGCTTGTGGCCTAGTCAAAAACCTGTCCCTCATGTGCTCCATCAGTGTTGGTACGTCCACGGAACCTATTATCGATTATATGATATCGCGTAATATGGAGGTTTTAGAGGAGTACGACCATCACAGATACCCT-AATGCCACCAAGATCTTTCTCAATGGTGCATGGATCGGCGTCCACCAGGATCCTAAGTCTCTTGTGAGGGATGTGCAACAATTGCGCCGAACGAATCAGATTCCCGCT----GAAGTATCCTTGATTCGAGATATTCGTGACCGCGAATTCAAAATCTTCTCGGATGCCGGCCGTGTCATGCGGCCCCTGTATGTGGTTGAGCAGGAGGATGACGCTGAGAATGGTGTCGAGAAGGGCACACTGGTCTTAACAAAGGACATGGTTCGGAGACTTGAGATCGACCAGACC?TCCCACCCGGAAGTGACGAA------------------------TACTTCGGATGGCATGGCCTGGTTCATGCTGGTGTCATCGAATACATGGATGCTGA?GA?GAGGAGACTGCGATGATTTGCATGACCCCCGAGGACTTGGAAAGTTTCCGATGCTCCAAGTTAGGTTTACCAGATCCTTTCA------------------------------ACAACGAGGACACTTTCGCCCCAAACAAGCGGCTGAAGACGAGAATAAACCCGACAACCCACATGTACACTCACTGCGAAATCCACCCGAGCATGCTTCTTGGCATTTGTGCCAGTATCATCCCCTTCCCCGATCATAATCAA ; END; BEGIN TREES; TITLE 'Monilochaetes SSU-LSU-RPB2'; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Acrostalagmus_annulatus, 2 Ambrosiella_xylebori, 3 Anthostomella_torosa, 4 Australiasca_laeensis, 5 Bertia_moriformis, 6 Calosphaeria_pulchella, 7 Camarops_microspora, 8 Camarops_ustulinoides, 9 Ceratocystis_fimbriata, 10 Cercophora_caudata, 11 Chaetosphaerella_phaeostroma, 12 Chaetosphaeria_ciliata, 13 Chaetosphaeria_curvispora, 14 Coniochaeta_ostrea, 15 Corollospora_maritima, 16 Custingophora_olivacea, 17 Cylindrotrichum_clavatum, 18 Cylindrotrichum_setosum, 19 Diaporthe_phaseolorum, 20 Gelasinospora_tetrasperma, 21 Gibellulopsis_nigrescens, 22 Glomerella_cingulata, 23 Gondwanamyces_capensis, 24 Graphostroma_platystoma, 25 Halosphaeria_appendiculata, 26 Hypocrea_americana, 27 Kylindria_peruamazonensis, 28 Lasiosphaeria_ovina, 29 Leotia_lubrica, 30 Leucostoma_niveum, 31 Lignincola_laevis, 32 Lindra_thalassiae, 33 Lulworthia_grandispora, 34 Melanconis_stilbostoma, 35 Melanospora_tiffanii, 36 Melanospora_zamiae, 37 Microascus_trigonosporus, 38 Microglossum_rufum, 39 Monilochaetes_infuscans, 40 Monilochaetes_infuscans_2, 41 Ophiostoma_piliferum, 42 Ophiostoma_stenoceras, 43 Papulosa_amerospora, 44 Peethambara_spirostriata, 45 Petriella_setifera, 46 Plectosporium_tabacinum, 47 Pseudonectria_rousseliana, 48 Reticulascus_clavatus, 49 Sordaria_fimicola, 50 Stachylidium_bicolor, 51 Togninia_minima, 52 Togniniella_acerosa, 53 Varicosporina_ramulosa, 54 Xylaria_hypoxylon; TREE Fig._3 = [&R] ((29:0.0676105,38:0.06998364):0.2395045,((32:0.18288237,33:0.26920036):0.26078415,((3:0.15460716,(24:0.08497662,54:0.10252341):0.01753986):0.08248798,((((43:0.12230835,(41:0.03003125,42:0.00975724):0.1115688):0.03108906,(51:0.11126598,((6:0.06007866,52:0.08693242):0.08206472,(19:0.08413031,(30:0.06628508,34:0.14128828):0.01526659):0.09794355):0.00795895):0.03648499):0.0195933,(14:0.19180438,(((7:0.03653044,8:0.05548847):0.06531585,(12:0.16133502,13:0.05605732):0.05661234):0.0205502,((10:0.13594893,28:0.11926353):0.02302068,(20:0.026753,49:0.01824389):0.0726427):0.03742003):0.03222138):0.02363738):0.02448899,(((5:0.28786868,11:0.20833722):0.06045629,(35:0.16766721,36:0.10113567):0.25292094):0.08606375,((47:0.0958851,(26:0.10761529,44:0.10710845):0.00924766):0.0559602,((((2:0.12354122,9:0.00680572):0.02842953,(16:0.00380602,23:0.10540416):0.01451665):0.10174322,((37:0.16525089,45:0.06746951):0.0187865,((15:0.08562199,53:0.04910976):0.05667535,(25:0.11810155,31:0.14081374):0.09554631):0.05233407):0.03533261):0.05698851,((50:0.0249202,(1:0.10169595,(21:0.05545597,46:0.04433993):0.02734277):0.00715146):0.12819004,((4:0.02051355,(39:1.0E-8,40:1.0E-8):0.04032119):0.02130567,(22:0.0723691,(27:0.05090888,(18:0.01660751,(17:1.0E-8,48:1.0E-8):0.00773294):0.01489915):0.04830984):0.01723534):0.01287882):0.10139881):0.01015058):7.8039263E-7):0.06481262):0.01737209):0.01046711):0.2395045); END;